조정된 판관비를 안분하는 방식으로 필요경비 불산입액을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당함
조정된 판관비를 안분하는 방식으로 필요경비 불산입액을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] 제주세무서장이2024.11.8. 청구인에게 한2020년 〜 2022년 귀속 종합소득세 합계OOO원의 각 부과처분은 청구인이 수령한 코로나19 손실 보상금에 대응되는 공통필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유] 1.처분개요
(1) ‘국세청 법인세과 과세지침’에 근거하여 쟁점손실보상금에 대응하는 필요경비를 불산입한 이 건 처분은 소득세법에 정함이 없는 위법한 처분이다. (가) 영리법인인 경우 자산이 증가하면 과세소득이며 비영리법인인 경우 수익사업에 해당하는 소득인지 고유목적사업에 속한 소득인지를 구분하여 과세한다(법인세법 시행규칙 제76조 제6항). 따라서 비영리의료법인인 경우 코로나19 손실보상금도 영업활동을 통한 수익인지를 불문하고 구분경리해야 한다. 그러나 사업소득은 계속·반복되는 사업(원천사업)에서 발생한 소득에 대하여 과세하는 소득원천설에 기반한 것으로 코로나19 손실보상금인 쟁점손실보상금은 비록 환자수 감소, 미사용병상 손실, 의료수입 감소 등에 근거하여 산정된 것으로서 사업자의 직접·반복적 의료행위로 인한 수입이 아니라 일시적·우발적으로 발생한 일종의 기타소득적 성격인 국고보조금에 해당한다. 이러한 일시적, 우발적 국고보조금이 총수입금액에 산입되지 않는다 하여 이에 대응하는 비용을 안분하여 필요경비에 산입하지 아니한다는 규정은 소득세법 어디에도 찾아볼 수 없다. (나) 청구인이 공동사업자들과 운영하는 쟁점병원은 종합병원으로 코로나19 치료병원으로 지정되어 오로지 코로나 환자만 진료함에 따라 코로나19 외의 환자를 진료치 못한 경우의 기회비용이 발생하는 것이 아니라, 다른16개 병과에서도 진료는 통상적으로 이루어졌고 단지 코로나19로 인한 환자수가 감소하여 이에 따른 진료 수입이 감소한 것에 불과하기에 “기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다”라는 기획재정부 유권해석(소득세제과-415, 2023.5.15)과 ‘국세청 법인세과 과세지침’을 오로지 코로나19만 진료하는 전담병원에는 적용할 수 있을지 모르나 개인사업자가 운영하는 종합병원에도 일률적으로 적용하는 것은 부당하다. (다) 기획재정부 예규(소득세제과-415, 2023.5.15) 및 ‘국세청 법인세과 과세지침’에 기반하여 손실보상금에 대응되는 필요경비를 안분 계산하면 결손인 사업자(대형 의료법인 포함)였으면 코로나19 손실보상금보다 큰 금액이 필요경비 불산입되어 아래 ＜표1＞과 같이 소위 역전 현상이 나타나는 모순이 발생할 수 있다. ＜표1＞ 결손금이 있는 병원에 대한 예시 (라) 소득세법 시행규칙 제62조 제1항에서 감면사업과 기타사업의 공통수입금액은 감면사업과 기타사업의 수입금액 비례하여 안분하고 공통필요경비는 감면사업과 기타사업의 업종이 동일한 경우 감면사업과 기타사업의 수입금액에 비례하여 안분하고 감면사업과 기타사업의 업종이 다른 경우는 감면사업과 기타사업의 개별필요경비에 비례하여 안분한다고 규정하고 있어 원천수입이 아닌 국고보조금, 고정자산 처분익 등은 개별수입금액으로, 보상금, 고정자산처분손실 등은 개별필요경비로 구분하여 과세하도록 규정하고 있다. ＜표2＞ 소득구분명세서(양돈사업자) (단위천원) 위 ＜표2＞ 예시와 같이 개인사업자의 계속·반복적으로 발생하는 원천수입에 대해 비과세되는 비율로 필요경비도 불산입되고, 일시·우발적 수익에 대해서는 개별 구분하여 과세소득이 개별수입금액인지 비과세되는 개별수입금액인지를 구분하여 과세소득을 계산한다. 그러므로 쟁점손실보상금은 의료행위로 인한 계속·반복적 수입이 아니고2020년 〜 2022년의 코로나19 질병시기의 일시적 국가보조금으로 볼 수 있으므로 국가에서 총수입금액에서 제외하라는 지침에 따라 당연히 비과세되는 개별수입금액으로 보아야 한다. 따라서 이러한 보조금 성격의 코로나19 손실보상금에 대응하는 비용 등을 안분하여 필요경비 불산입한 처분은 소득세법의 법리를 오해한 것으로 부당하다. (마) 청구인은 코로나19 손실보상금의 필요경비 불산입에 관한 ‘국세청 법인세과 과세지침’에 대하여 설명받지 못하였고 법인세는 순자산증가설에 기반하여 과세하고 있기에 소득원천설에 근거해 과세하는 개인사업자의 사업소득계산에 유추적용하는 것은 부당하며, 아래 예시 ＜표3＞과 같이 동일한 조건의 과세 상황에서 동일한 과세소득이 산출되지 않고 많은 차이가 발생하는 것은 법인세법과 소득세법의 과세체계가 다르기 때문으로 ‘국세청 법인세과 과세지침’에 의해 청구인에게 부과한 이 건 처분은 위법·부당하다. ＜표3＞ 국세청 법인세과 과세지침에 의한 과세 비교 (단위억원) (바) 동일한 사유로 소상공인에게 지급 되었던 재난지원금도 ‘국세청 법인세과 지침’에 의해 비용을 안분하여 과세해야 하는데 지방자치단체가 지급한 기회비용분 재난지원금에 대응하는 필요경비를 불산입한다는 국세청 소득세 과세지침도 없고 과세처분된 사례도 없으므로 이 건 과세 처분은 합리성과 일관성을 찾아볼 수 없다. (2) 법인세법 시행규칙 제76조 는 수입금액에 대응하는 모든 비용을 안분할 경우에는 우선 직접경비를 차감한 후 공통비용에 대하여 일정한 기준으로 배분하는 것을 규정한 조항이다. (가) 쟁점병원은 코로나19 전담병원이지만 다른16개 병과의 수입이 존재하고, 개별적으로 이러한 병과에서 근무하는 의사, 간호사 등 의료관련 인적비용과 의약품비, 진료재료비, 기타 의료장비 감가상각비 등 제비용이 직접적, 혹은 개별적으로 발생하였는바, 쟁점병원은 코로나19감염 시기에 선별진료소, 국민안심병원, 감염병병원(중증 병상)으로 지정받아 운영하였으나 대부분의 수입이 다른16개 병과에서 발생했다. 청구인이 제출한 연도별 수입금액 및 매출원가, 일반관리비 배분내역서와 같이 청구인의 종합병원 의료수입에 대응되는 의료(진료)원가는 개별 직접경비로 차감하고 코로나19 손실보전금의 직접 경비는OOO원으로 하되 다만, 의료수입에 간접적으로 발생한 일반관리비 등을 공통비용으로 보아 아래 ＜표4＞와 같이 연도별 일반관리비 안분 금액과 같이 계산한 금액인2020년 귀속OOO원, 2021년 귀속OOO원, 2022년 귀속OOO원을 필요경비 불산입하는 것이 일응 타당하다고 볼 수 있다. ＜표4＞ 연도별 의료원가 및 일반관리비 구분과 필요경비 불산입 안분산정내역 (단위원) (나) 의료원가와 일반관리비를 합한 총원가에서 의약품재료비를 차감한 비용을 기회비용분 손실보상금과 대응하여 필요경비 불산입되는 비용이라는 기획재정부 유권해석(소득세제과-415, 2023.5.15.)과 이에 따른 ‘국세청 법인세과 과세지침’은 소득세법에 규정된바 없어 자기 창설적일 뿐만 아니라, 불산입되는 비용을 산출할 때 총 재료비 중에서 의약품재료비, 영업외비용, 특별비용을 제외하는 합리적 근거도 제시 하지 못하고 있으므로 이 건 처분은 부당하다. 나.처분청 의견 쟁점손실보상금을 총수입금액에서 제외함에 따라 그에 대응하는 공통비용을 안분하여 필요경비 불산입한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 코로나19 기간인2020 〜 2022년 동안 쟁점병원은 미사용 병상 손실과 일반환자 감소 손실, 감염병 전담회복보상 등의 명목으로 쟁점손실보상금을 정부로부터 수령하였으며 기획재정부(소득세제과-415, 2023.5.15.)는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다고 아래와 같이 해석하고 있다. 예규 기획재정부 소득세제과-415(2023.5.15.) 감염병 관리기관으로 지정된 병원 등을 운영하는 사업자가 감염병예방법 제70조 에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는 것입니다. 이때 공통비용이 발생한 경우, 공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 총수입금액과 기회비용분 손실보상금의 합계액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비중에 따라 안분 계산되는 것입니다. ＜산식＞ 공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용 = 공통비용× [기회비용분 손실보상금÷ (총수입금액기회비용분 손실보상금)]. 끝. 위 예규와 마찬가지로 의료법인을 대상으로 나온 예규 또한 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니하는 것으로 해석하였다(기획재정부 법인세제과-282, 2023.5.8.).
(2) 국세청 법인세과는 위 기획재정부 예규 등에 따라 공통손금을 의료수익(수익사업)과 코로나 손실보상금(비수익사업)으로 안분계산하여 손실보상금 관련 비용은 손금불산입하여야 한다는 처리지침을 내려주었고, 동 지침에는 보건복지부에서 발표한 기회비용분 손실보상금 산정근거에 약품비와 진료재료비가 제외되어 있어 손익계산서상 약품비 및 진료재료비를 제외한 의료비용이 공통손금에 해당한다고 명시하였다. 공통손금의 개념
(3) 조사청은 국세청 소득세과의 처리지침이 없어 위 ‘국세청 법인세과 처리지침’에 따라 의료법인의 기회비용분 손실보상금에 대해 회계처리 시 의료수익(수익사업)과 코로나 손실보상금(비수익사업)으로 안분계산하는 것을 참고하였고, 소득세법 제27조 제1항에 따라 필요경비는 총수입금액에 대응하는 비용이어야 하나 손실보상금은 총수입금액에서 제외되므로, 손실보상금에 대응하는 공통비용을 필요경비를 불산입하는 것은 소득세법에 정함이 없는 위법한 사항이 아니라 법을 합리적으로 사실관계에 적용한 것이다.
(4) 청구인은 기획재정부 예규(소득제세과-415, 2023.5.15.)와 ‘국세청 법인세과 처리지침’은 오로지 코로나19만 진료하는 전담병원에는 적용할 수 있을지 모르지만 청구인과 같이 여러 병과가 있는 개인사업자가 운영하는 종합병원에도 일률적으로 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 기획재정부 예규와 ‘국세청 법인세과 처리지침’ 모두 코로나19만 전담 진료하는 병원에만 적용된다고 명시되어 있지 않고, 기회비용분 손실보상금에 대한 예규와 처리지침이므로 쟁점병원도 동일하게 적용하는 것이 타당하다.
(5) 청구인은 기획재정부 예규와 ‘국세청 법인세과 처리지침’대로 과세하는 경우 결손병원의 경우 코로나19 손실보상금보다 큰 금액이 필요경비 불산입되어 역전현상이 나타날 수 있다고 주장하나, 코로나 손실보상금은 기회비용분에 대한 의료수익 손실 보전 성격이며 병원 업종 특성상 손실보상금을 수령했음에도 결손인 경우는 흔치 않을 것으로 판단되고 쟁점병원의 조사대상기간 손익계산서상 당기순이익이2020년OOO원, 2021년OOO원, 2022년OOO원으로 확인되어 위 논리는 청구주장의 근거로 타당하지 않다.
(6) 청구인은 쟁점손실보상금은 의료행위로 인한 계속·반복적 수입이 아니고 코로나19 질병시기의 일시적 국가보조금으로 볼 수 있으므로 국가에서 총수입금액에서 제외하라는 지침에 따라 당연히 비과세되는 개별수입금액으로 보아야 한다고 주장하나, 다수 판례(대법원2014.6.26. 선고2013두17527, 창원지방법원2013.12.4. 선고2013구합1646 판결 참조)에서 영업손실을 보상하기 위한 보상금은 사업소득이라고 판시하고 있어, 기회비용분에 대한 손실보상금은 일시적인 소득이 아닌 사업소득으로 신고되어야 하며, 이에 대응하는 공통비용을 안분계산하여 필요경비 불산입한 이 건 처분은 소득세법 제27조 제1항에 따른 정당한 처분이다.
(7) 청구인은 법인세법과 소득세법의 과세체계가 다르므로 ‘국세청 법인세과 처리지침’에 따라 청구인에게 부과한 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 처분청은 기획재정부 예규 및 ‘국세청 법인세과 처리지침’의 논리를 참고하여 소득세법 제27조 에 따라 과세하였고, 의료법인과 개인병원 모두 보건복지부의 산정 근거에 따라 기회비용분에 대한 손실보상금을 수령하였으므로 공통비용에 대한 안분은 법인세와 소득세에 동일하게 적용되어야 한다. 3.심리 및 판단
(1) 보건복지부는 감염병예방법에 따라 코로나19 전담병원 등으로 지정되어 발생하는 손실에 대해 보상금을 지급하였는데, 이러한 손실보상금은 의료기관이 감염병 관리시설의 설치 및 운영으로 발생하는 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 등 직접 소요된 비용(직접비용)과 미사용 병상 손실, 사용 병상 손실, 일반환자 감소손실 등 사용하지 못한 비용(기회비용)과 회복기간 손실, 의료부대사업 손실, 건강검진사업 손실 등 감염병전담병원 추가 보상으로 구분되었는바, 쟁점병원이 보건복지부로 수령한 연도별 보상금 내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점병원의 연도별 보상금 수령내역 (단위원)
(2) 코로나19 중앙사고수습본부에서2022.1.5. 배포한 “코로나19 대응을 위한 주요 지원 제도[의료기관]”의 일부내용은 아래와 같다.
(3) 처분청이 제출한 코로나19 손실보상금 관련 의료법인 경정청구 처리지침(국세청 법인세과-2023.12.) 일부 내용은 아래와 같다. ＜표2＞ 국세청 법인세과 처리지침 일부 내용
(4) 처분청이 위 처리지침에 따라 쟁점손실보상금에 대응하여 필요경비 불산입한 금액을 계산한 내역은 아래 ＜표6＞와 같은바, 코로나 손실보상금에 대응하는 필요경비를 손익계산서상 판매비 및 관리비에서 기회비용분 손실보상 시 산정 제외된 약품비 및 진료재료비 성격의 비용을 차감한 금액을 손실보상금과 총수입금액 비율로 안분하여 계산한 것으로 확인된다. ＜표6＞ 쟁점손실보상금에 대응하는 필요경비를 불산입한 계산내역 (단위천원)
(5) 기획재정부가 의료법인 또는 병원 등을 운영하는 사업자가 지급받은 기회비용분 손실보상금과 관련하여 해석한 내용은 아래와 같다. (가) 법인세제과-343, 2022.8.29. [제 목] 의료법인이 지급받은 코로나19 관련 손실보상금의 수익 해당 여부 [요 지] 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 감염병예방법에 따라 코로나19 관련 전담병원 등으로 지정되어 발생한 손실 등을 보상하기 위한 손실보상금은 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 않음 [답변내용] 의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여 감염병예방법 제70조 에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 법인세법제4조 제3항에 따른‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하지 않는 것입니다. (나) 법인세제과-282, 2023.5.8. [제 목] 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부 [요 지] 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 감염병예방법에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함 [답변내용] 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 감염병예방법 제70조 에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금산입 여부 (제1안) 손금산입 가능 (제2안) 손금산입 불가능 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. (다) 소득세제과-415, 2023.5.15 [제 목] 감염병예방법에 따른 손실보상금 중 기회비용분 손실보상금에 대응하는 비용의 필요경비 산입여부 [요 지] 감염병 관리기관으로 지정된 병원 등을 운영하는 사업자가 감염병예방법 제70조 에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는 것임 [답변내용] 감염병 관리기관으로 지정된 병원 등을 운영하는 사업자가 감염병예방법 제70조 에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는 것입니다. 이때 공통비용이 발생한 경우, 공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 총수입금액과 기회비용분 손실보상금의 합계액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비중에 따라 안분 계산되는 것입니다. ＜산식＞ 공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용공통비용× [기회비용분 손실보상금÷ (총수입금액기회비용분 손실보상금)]. 끝. (라) 법인세제과-586, 2023.10.12. [제 목] 코로나19 손실보상금 관련 손금불산입액 계산 등 [요 지] 비영리법인의 수익사업과 비수익사업이 있는 경우 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것임 [답변내용] (쟁점1) 비영리법인의 수익사업과 비수익사업이 있는 경우 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호에 따라 수익사업과 비수익사업이 동일한 업종이면 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것입니다. 또한 같은 조 제6항에 따라 수입금액에 비례하여 구분하는 것이 불합리한 경우에는 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산 할 수 있는 것입니다. (쟁점2) 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조 제1항에 따라 비영리법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 그 계상한 고유목적사업준비금을 같은 조 제1항 각호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 손금에 산입하는 것입니다. 또한 같은 조 제2항에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금으로 적립한 경우 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보는 것입니다. (쟁점3) 국세기본법 제48조 제1항 제2호에 따라 납세자에게 가산세가 감면되는 정당한 사유가 있는지는 구체적인 사안에 대해 사실판단 할 사항입니다. 끝.
(6) 청구인이 종합소득세 신고시 제출한2020년 손익계산서상 매출원가는OOO원, 판매비와 관리비는OOO원으로 기재되어 있고, 청구인은 쟁점병원에서 발생한 수입에 직접 대응하는 의료(진료)원가가 있고 이를 직접원가로 차감한 금액을 안분계산대상 판매비와 관리비로 보아야 한다고 주장하며, 이 건 심판청구시 별도로 구분한 손익계산서와 원가명세서, 구분 기준명세를 아래와 같이 제출하였는바, 매출원가(의료원가)는OOO원이고 안분계산대상 판매비와 관리비는OOO원이며, 연도별로 이를 계산·정리한 내역은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구인과 처분청의 안분계산 대상 판매비와 관리비 (단위원) ＜청구인이 종합소득세 신고시 제출한2020년 손익계산서＞ ＜그림 삽입을 위한 여백＞ ＜청구인이 별도로 구분한 손익계산서 및 원가명세서＞ ＜ 청구인이 산정 한 의료원가 구분기준 ＞ *1년간의 전표를 건건이 확인 후 직법적으로 지출한 의료비용을 집계하였음
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 아래와 같이 살펴본다. (가) 소득세법 제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정하고 있어 총수입금액에 대응하지 아니한 금액은 이에 해당하지 아니한다 할 것이다. (나) 청구인은 쟁점손실보상금은 국고보조금의 성격이므로 판매비 및 관리비를 공통필요경비로 보아 안분계산하여 필요경비를 산입하지 아니하는 것은 부당하고, 설령 안분계산하더라도 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 손익계산서와 원가명세서 기준으로 의료비용은 전액 개별필요경비로 산입하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 청구인이 신고한 손익계산서상 진료재료비, 약제비를 제외한 판매비와 관리비 전부를 공통필요경비로 보아 안분계산한 이 건 처분은 타당하다는 의견이다. (다) 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 재무제표 등을 살펴보면 쟁점병원은 의료기관임에도 불구하고 의료기관 회계기준을 적용하지 아니하고 일반기업 회계기준을 근거로 손익계산서 등을 작성한 것으로 나타나고 청구인은 이 건 심판청구시 의료직/행정직으로 구분하여 의료직 직원 등으로 인하여 발생한 금액 등을 의료원가(개별 필요경비)로 하여 손익계산서 및 원가명세서를 별도로 제출하였다. (라) 청구인이 받은 쟁점손실보상금 중 병상손실보상금은 코로나19 환자 치료로 인해 사용하지 못한 병상에 대한 손실을 보전하는 미사용 병상 손실금이고, 일반환자 감소 손실은 코로나19 환자 치료기간 동안 일반환자 감소에 따른 진료비 손실이며, 회복기간 손실은 전담병원 운영 종료 후 회복기간 동안의 진료비 손실인바, 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업(치과, 산부인과, 재활의학과 등)에 대응되는 개별필요경비를 쟁점손실보상금과 관련된 공통필요경비로 보는 것은 부당하다 할 것이다. 구체적으로 코로나19 병상에 투입된 의료진 등을 제외한 일반 환자 치료만을 전담한 의료진 등의 인건비, 코로나19 병상 운영과 무관하게 발생한 비용과 일반환자가 감소함에도 불구하고 발생하는 전반적인 병원 운영 및 관리에 따라 수반되는 비용인 관리운영비, 감가상각비, 여비교통비, 접대비 등은 구분계산의 대상이 되는 공통필요경비의 범위에서 제외되는 것이 타당하다 할 것이다. (마) 코로나19 전담 치료 의료진 등의 급여 등과 코로나19 병상 운영과 관련한 관리운영비(전기수도료, 연료비, 피복침구비 등)는 개별필요경비로 보기 어려워 보여 청구인이 심판청구 시 제출한 임의로 구분한 손익계산서 및 원가명세서를 근거로 공통필요경비를 산정하기는 타당하지 않아 보이므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 종합소득세 부과처분은 처분청에서 청구인이 신고시 제출한 손익계산서상 판매비 및 관리비 중 일반 의료사업(치과, 산부인과, 재활의학과 등)에 대응하는 개별필요경비임이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용 등을 재계산하여 이 비용상당액을 판매비와 관리비의 범위에서 제외하고, 이 조정된 판매비 및 관리비를 청구인이 신고한 쟁점손실보상금과 관련된 공통필요경비로 보아 안분계산하는 방식으로 필요경비 불산입액을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심2024부4625, 2024.12.30., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 소득세법 제19조【사업소득】① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.
16. 보건업 및 사회복지서비스업(대통령령으로 정하는 사회복지사업은 제외한다)에서 발생하는 소득
21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적·반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득 제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.
② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.
③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다. 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)
2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.
8. 사업과 관련이 있는 제세공과금
9. 삭제 ＜2010. 2. 18.＞
10. 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률에 따라 공제계약사업주가 건설근로자퇴직공제회에 납부한 공제부금 10의2. 근로자퇴직급여 보장법에 따라 사용자가 부담하는 부담금 10의3. 중소기업 인력지원 특별법 제35조의3 제1호에 따른 중소기업이 부담하는 기여금
11. 국민건강보험법, 고용보험법 및 노인장기요양보험법에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료 또는 부담금 11의2. 국민건강보험법및노인장기요양보험법에 의한 직장가입자로서 부담하는 사용자 본인의 보험료 11의3. 국민건강보험법 및 노인장기요양보험법에 따른 지역가입자로서 부담하는 보험료
12. 단체순수보장성보험 및 단체환급부보장성보험의 보험료
13. 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자
16. 대손금(부가가치세 매출세액의 미수금으로서 회수할 수 없는 것중 부가가치세법 제45조 에 따른 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)
17. 거래수량 또는 거래금액에 따라 상대편에게 지급하는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액
18. 매입한 상품ㆍ제품ㆍ부동산 및 산림 중 재해로 인하여 멸실된 것의 원가를 그 재해가 발생한 과세기간의 소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입한 경우의 그 원가
19. 종업원을 위하여 직장체육비ㆍ직장문화비ㆍ가족계획사업지원비ㆍ직원회식비 등으로 지출한 금액
20. 보건복지부장관이 정하는 무료진료권에 의하여 행한 무료진료의 가액
21. 업무와 관련이 있는 해외시찰ㆍ훈련비
22. 초ㆍ중등교육법에 의하여 설치된 근로청소년을 위한 특별학급 또는 산업체부설 중ㆍ고등학교의 운영비
23. 영유아보육법에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비
24. 광물의 탐광을 위한 지질조사ㆍ시추 또는 갱도의 굴진을 위하여 지출한 비용과 그 개발비 24의2. 삭제 ＜2008.2.22.＞
25. 광고ㆍ선전을 목적으로 견본품ㆍ달력ㆍ수첩ㆍ컵ㆍ부채 기타 이와 유사한 물품을 불특정다수인에게 기증하기 위하여 지출한 비용{특정인에게 기증한 물품(개당1만원 이하의 물품은 제외한다)의 경우에는 연간3만원 이내의 금액에 한정한다}
26. 영업자가 조직한 단체로서 법인이거나 주무관청에 등록된 조합 또는 협회에 지급하는 회비
27. 종업원의 사망 이후 유족에게 학자금 등 일시적으로 지급하는 금액으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 충족하는 것
28. 제1호부터 제27호까지의 경비와 유사한 성질의 것으로서 해당 총수입금액에 대응하는 경비
② 제1항 제16호에 따른 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제1호부터 제11호까지의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
③ 제1항 제10호의2에 따라 필요경비에 산입할 부담금 중 사용자가 퇴직연금계좌에 납부한 부담금은 전액 필요경비에 산입하고, 확정급여형퇴직연금제도에 납부한 부담금은 제57조 제2항에 따른 추계액에서 다음 각 호의 금액을 순서에 따라 공제한 금액을 한도로 하며, 둘 이상의 부담금이 있는 경우에는 먼저 계약이 체결된 퇴직연금의 부담금부터 필요경비에 산입한다.
1. 해당 과세기간 종료일 현재의 퇴직급여충당금
2. 직전 과세기간 종료일까지 지급한 부담금
④ 제1항 제10호의2에 따라 부담금을 필요경비에 산입한 사업자는 과세표준확정신고서에 기획재정부령으로 정하는 퇴직연금부담금조정명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑤ 제3항에 따른 부담금을 필요경비에 산입한 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에서 규정하는 금액을 그 사유가 발생한 과세기간의 소득금액계산에 있어서 총수입금액에 산입한다.
1. 삭제 ＜2013.2.15.＞
2. 보험계약 또는 신탁계약이 해지되는 경우사업자에게 귀속되는 금액
3. 삭제 ＜2013. 2. 15.＞
4. 근로자퇴직급여 보장법 시행령 제24조 각 호에 따라 적립금이 사용자에게 귀속되는 경우당해 적립금
⑥ 식품등 기부 활성화에 관한 법률 제2조 제1호 및 제1호의2에 따른 식품 및 생활용품(이하 이 조에서 “식품등”이라 한다)의 제조업ㆍ도매업 또는 소매업을 경영하는 거주자가 해당 사업에서 발생한 잉여 식품등을 같은 법 제2조 제5호에 따른 사업자 또는 그 사업자가 지정하는 자에게 무상으로 기증하는 경우 그 기증한 식품등의 장부가액을 필요경비에 산입한다. 이 경우 그 금액은 법 제34조 제1항에 따른 기부금에 포함하지 아니한다.
⑦ 제2항에 따른 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제3항 각 호의 어느 하나의 날이 속하는 과세기간의 필요경비로 한다. (2) 소득세법 시행규칙 제62조【공통손익의 계산과 구분경리】① 법 및 조세특례제한법 제3조 제1항에 따른 법률에 따라 소득세가 감면되는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액과 공통필요경비는 다음 각 호의 기준에 따라 구분하여 계산한다. 다만, 공통수입금액 또는 공통필요경비를 구분계산할 때 개별필요경비가 없거나 그 밖의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 그 공통필요경비의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적 등의 기준에 따라 안분계산한다.
1. 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액은 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.
2. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같은 경우의 공통필요경비는 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.
3. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같지 아니한 경우의 공통필요경비는 감면사업과 그 밖의 사업의 개별 필요경비에 비례하여 안분계산한다.
② 법 및 조세특례제한법 제3조 제1항에 따른 법률에 따른 경리의 구분은 각각의 해당 규정에 따라 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 총수입금액과 필요경비를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 총수입금액과 필요경비는 그러하지 아니하다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.
(3) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.
1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 1의2. 제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실
2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실
3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실
4. 제47조 제1호, 제4호 및 제5호, 제48조 제1항, 제49조 제1항 제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호, 제12호의2 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실
5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한 국민건강보험법제42조 에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실
② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.
③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.
④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】① 법 제70조 제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표2의2와 같다. [별표2의2] 손실보상의 대상 및 범위(제28조 제1항 관련)
1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실
2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실해당 의료기관(감염병관리기관인 의료기관은 제외한다)이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료ㆍ치료ㆍ격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용
3. 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실해당 의료기관이 폐쇄 또는 업무 정지로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용
4. 법 제47조 제1호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실폐쇄ㆍ출입금지ㆍ이동제한 또는 통행차단으로 활용하지 못하게 되는 시설ㆍ장비ㆍ인력 비용
5. 법 제47조 제4호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실감염병병원체에 오염되었거나 오염되었다고 의심되는 물건을 버리는 행위 또는 태우거나 폐기처분 당시 그 물건의 평가액
6. 법 제47조 제5호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실감염병병원체에 오염된 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용
7. 법 제48조 제1항에 따른 조치로 인하여 발생한 손실감염병환자등이 발생한 장소나 감염병병원체에 오염되었다고 의심되는 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용
8. 법 제49조 제1항 제4호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실감염병 전파의 위험성이 있어 판매ㆍ수령이 금지된 음식물, 폐기된 음식물 또는 그 밖에 필요한 처분의 대상이 된 음식물의 평가액
9. 법 제49조 제1항 제6호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실물건의 소지ㆍ이동이 제한ㆍ금지됨에 따라 발생한 비용 또는 폐기, 소각 또는 그 밖에 필요한 처분의 대상이 된 물건의 평가액
10. 법 제49조 제1항 제7호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실배치된 의사의 인건비 및 감염병 예방에 필요한 시설의 설치에 드는 비용
11. 법 제49조 제1항 제8호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실공중위생에 관계있는 시설 또는 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용
12. 법 제49조 제1항 제9호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실쥐, 위생해충 또는 그 밖의 감염병 매개동물의 구제(驅除)에 드는 비용 또는 구제시설의 설치에 드는 비용
13. 법 제49조 제1항 제10호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용어로(漁撈)의 사용을 제한하거나 금지하는 경우 제한기간 또는 금지기간 동안 해당 어로를 통하여 얻을 수 있는 매출액
14. 법 제49조 제1항 제12호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용동원된 의료인ㆍ의료업자 및 그 밖에 필요한 의료관계요원에 대한 인건비 14의2. 법 제49조 제1항 제12호의2에 따른 조치로 인하여 발생한 비용동원된 의료기관 병상, 연수원ㆍ숙박시설 등 시설을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용
15. 법 제49조 제1항 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용오염된 건물에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용 비 고
1. 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위에 관한 세부사항은 보건복지부장관이 정하여 고시한다.
2. 보건복지부장관은 감염병의 특성에 따라 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위를 적용하는 것이 곤란하다고 판단하는 경우에는 위 표에도 불구하고 손실보상의 대상 및 범위를 별도로 정하여 고시할 수 있다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.