단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법 등 관련 법령에서 인정하는 과세방식이 아니라고 할 것이어서 쟁점건물 양도 차익 산정 시 기존건물의 취득가액을 실지거래가액으로, 쟁점증축분을 환산취득가액으로 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점증축분에 대한 환산취득가액을 부인하고 공사비를 자본적지출액으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법 등 관련 법령에서 인정하는 과세방식이 아니라고 할 것이어서 쟁점건물 양도 차익 산정 시 기존건물의 취득가액을 실지거래가액으로, 쟁점증축분을 환산취득가액으로 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점증축분에 대한 환산취득가액을 부인하고 공사비를 자본적지출액으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점건물은 하나의 건물이고, 쟁점증축분 공사비는 자본적 지출에 해당하므로 기존건물과 별도로 취득가액을 산정할 수 없으며, 쟁점증축분 공사비에 대한 증빙이 없어 장부가액으로 양도소득세를 산정하였으므로 이는 타당한 처분이다. (가) 쟁점건물은 취득 직후 전체 리모델링 공사를 하여 임대업에 사용하고 동일한 양수인에게 일괄 양도되었고, 전체가 법률상 하나의 건물로, 층별 구분등기된 바 없으며 취득·증축 및 양도 모두 일괄하여 이루어진 단일 과세목적물로, 양도차익 산정 시 일부는 실지거래가액으로, 나머지는 환산가액으로 적용하기는 어렵다. (나) 또한 등기부등본과 건축물대장에 증축으로 등기·등재 되었다는 사실만으로 쟁점증축분이 당연히 별도의 취득인 것은 아니고, 전체 리모델링 공사 과정에서 벽면 4면 중 2면이 뚫려 있던 1층에 벽면을 조성하고 용도를 자동차수리점에서 일반음식점으로 변경한 것으로 이는 별도의 취득이 아닌 전형적인 자본적지출에 해당하고, 쟁점증축분 374.54㎡가 공사 전 건물 연면적에 포함되지 않았던 사유는 청구인 취득 전 1층이 자동차수리점(카오디오 튜닝)으로 전면과 후면이 뚫려 있는 구조였기 때문에 건축법 시행령 제119조 에 따라 바닥면적에 산입되지 않았다가 벽면 조성 후 건물의 연면적에 포함된 것이다. (다) 소득세법 시행령제67조 제2항 및 제163조 제3항에 따르면 자본적지출이란 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며 구체적인 예시로 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 기타 개량·확장·증설 등 이와 유사한 성질의 것으로 쟁점증축분 공사비용은 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위해 지출한 비용’으로서 기존건물을 취득한 후 전체 공사를 실시하면서 1층을 용도변경하기 위하여 벽면공사 및 내장공사를 한 것이며, 기존건물과 단일한 공부상의 연면적만 늘어난 것이므로 이는 소득세법 제97조 제1항 제1호 의 취득가액이 아닌 제2호의 자본적지출로 인한 필요경비로 공제되는 것이 타당하다.
(2) 청구인은 쟁점증축분 공사비에 대하여 증빙자료를 제출하지 아니하였고, 쟁점증축분을 별도의 취득으로 본다하더라도 장부에 의하여 확인되는 실지거래가액을 적용하였으므로 이 건 처분은 타당하다. (가) 청구인은 쟁점증축분 공사비에 대한 입증요청에 대하여 ‘당시 간편장부대상자로 부가가치세와 취득세를 줄일 목적으로 지인에게 부탁하여 무자료로 공사하였고, 대금결제는 현금으로 하였다’는 해명자료를 제출하면서 청구인이 수기 작성한 노트와 공사를 하였다는 지인의 확인서를 함께 제출하였다. 청구인이 제출한 공사확인서는 청구인의 지인 C이 ‘1층 주차장을 상업시설로 변경·증축한 비용 OOO원, 2~8층 리모델링 OOO원 총 OOO원에 공사하였다’는 내용으로, C은 건설업 관련 사업이력 또는 근로(일용근로) 이력이 전무하고, 확인서는 공사시점으로부터 약 12년이 경과하여 작성되었으며, 공사계약서·견적서 등 일체의 서류없이 총 공사금액만 기재된 확인서로는 상세 공사내역이나 자본적지출에 해당하는 금액이 객관적으로 구분되지 않아 필요경비로 인정하기 어렵다. 또한, 청구인이 수기로 작성한 노트사본에는 건물 취득이후 공사관련 경비지출 내역이 일부 기록이 되어 있으나, 이는 ‘페인트’, ‘인테리어’ 등 자본적지출 미해당 항목이 대부분이고, 쟁점건물과 비슷한 시기인 2012.1.10.에 합자회사 A으로부터 취득한 OOO(쟁점건물 바로 뒤편) 건물 관련 지출기록이 혼재되어 있어 노트 기재 사항이 쟁점건물 관련 비용인지 명확히 구분되지 않는다. 그 외 대금증빙과 관련하여 청구인은 사업장의 일일 현금매출액을 입금하지 않고 두었다가 공사비로 바로 지급하였다고 하며 현금 출금 내역도 전혀 제시하지 않았는데, 쟁점증축분 공사 시점에는 청구인이 법인사업장을 운영하던 시기로 청구인의 주장을 보면 법인의 자금을 개인 소유의 건물공사비로 유용하였다는 것으로 볼 수 있으나, 그러한 내용이 해당법인 장부에서 확인되지도 않는다. (나) 양도소득세 과세표준의 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나 필요경비는 납세자에게 유리한 것이고, 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세자의 지배 영역 안에 있는 것이어서 납세자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다는 것이 대법원 등 판례(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 외 다수)의 일관된 입장으로 쟁점증축분 공사비 역시 필요경비의 공제를 주장하는 청구인이 그에 관한 입증을 하여야 하는바, 청구인은 무자료로 공사를 진행하였고, 취득세 과세표준 신고를 위해 필요한 소액의 세금계산서 한 장만 선별하여 수취하였음에도 스스로 증빙을 갖추지 않은 공사비용의 입증책임을 처분청에 전가하고 있고, 자본적지출은 추계의 방법을 규정하지 않고 있으며, 청구인의 경우와 같이 공사비가 지출된 정황만 있고, 그 금액을 알 수 없는 경우에 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 하여야 한다는 주장은 타당하지 아니하다. (다) 양도차익을 계산할 때 취득가액은 원칙적으로 ‘자산의 취득에 든 실지거래가액’으로 하고, ‘실지거래가액을 확인할 수 없는 경우’에 한하여 매매사례가액·감정가액 또는 환산가액을 순차적으로 적용하는 것으로 이는 납세자의 유불리에 따라 환산가액의 적용 여부를 취사선택할 수 있는 것이 아니며, 쟁점건물의 경우 경매로 취득한 실지거래가액이 확인되고, 청구인이 2013년부터 2022년까지 10년의 과세기간 동안 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 제출한 바 있는 장부가액으로도 실지거래가액이 확인되므로 청구인은 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우’에 해당하지 않는다. (라) 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 ‘고정자산 관리대장’에는 건물취득가액과 증축분 도장비용(취득세 과세표준 신고분), 승강기 설치비, 전자제품, 비품 등의 취득가액을 장부에 계상하고 이를 기초로 감가상각한 내역이 상세하게 기재되어 있고, 청구인이 이를 부인하려면 청구인이 장부의 기재가 실지취득가액과 다르다는 증빙을 제시하거나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 증명 하여야 하나, 청구인은 이러한 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있다. (마) 청구인은 스스로 부가가치세와 취득세를 부담하지 않을 목적으로 증빙서류를 수취하지 않은 것으로 보이고, 조세부담의 유불리에 따라 쟁점증축분 공사비를 모른다는 이유로 환산취득가액을 적용하는 것은 추가 비용을 부담하면서 증빙자료를 수취하는 대다수 납세자와의 형평에도 어긋나므로 쟁점증축분에 대하여 별도로 환산취득가액을 적용해야 한다거나 쟁점건물 1층에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.
(1) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제114조의2(감정가액 또는 환산취득가액 적용에 따른 가산세) ① 거주자가 건물을 신축 또는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 경우에 한정한다)하고 그 건물의 취득일 또는 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물의 감정가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다) 또는 환산취득가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다)의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다.
② 제1항은 제93조 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제163조 및 법인세법 제121조 에 따른 계산서
2. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서
3. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)
4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) (2) 소득세법 시행령(2022.12.31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ①법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라계산한 가액으로 한다.
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객 관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
(3) 지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑥ 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중 100분의 90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 제2항 단서, 제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다. (4) 지방세법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것) 제16조(증축 등의 과세표준) 법 제10조 제3항 후단에서 “대통령령 으로 정하는 시가표준액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
1. 취득세 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관련 장부나 그 밖의 증명서류를 갖추고 있는 경우에는 이에 따라 계산한 가액
2. 제1호에 따른 관련 장부나 증명서류를 갖추고 있지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 해당 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 드는 것으로 인정되는 자재비, 인건비, 그 밖에 취득에 필요한 경비 등을 기준으로 시장ㆍ군수가 산정한 가액보다 부족한 경우에는 시장ㆍ군수가 산정한 가액 제18조(취득가격의 범위 등) ④ 법 제10조 제6항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격”이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.
1. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액
2. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중 소득세법 제163조 에 따른 계산서 또는 부가가치세법 제16조 에 따른 세금계산서로 증명된 금액
주택법 제68조 에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 금융회사등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
(5) 건축법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. “대수선”이란 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부형태를 수선ㆍ변경하거나 증설하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
10. “리모델링”이란 건축물의 노후화를 억제하거나 기능 향상 등을 위하여 대수선하거나 건축물의 일부를 증축 또는 개축하는 행위를 말한다. (6) 건축법 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “증축”이란 기존 건축물이 있는 대지에서 건축물의 건축면적, 연면적, 층수 또는 높이를 늘리는 것을 말한다. 제119조(면적 등의 산정방법) ① 법 제84조에 따라 건축물의 면적ㆍ높이 및 층수 등은 다음 각 호의 방법에 따라 산정한다.
3. 바닥면적: 건축물의 각 층 또는 그 일부로서 벽, 기둥, 그 밖에 이와 비슷한 구획의 중심선으로 둘러싸인 부분의 수평투영면적으로 한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 목에서 정하는 바에 따른다.
4. 연면적: 하나의 건축물 각 층의 바닥면적의 합계로 하되, 용적률을 산정할 때에는 다음 각 목에 해당하는 면적은 제외한다.
(3) 청구인이 쟁점증축분을 별도 건축물로 보아야 한다며 제시한 증축공사 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) C의 2023.12.7.자 확인서에 따르면, C은 2012년 기존건물의 1층 120평 주차장을 상업용 상가로 설계·증축공사를 OOO원에 하였고, 2층부터 8층까지 리모델링 공사를 OOO원, 합계 OOO원에 수임하여 기존건물 공사를 마무리하였다고 기재한 후 인감증명서를 첨부하였다. (나) 청구인은 쟁점증축분 공사 당시 자료를 전혀 보관하고 있지 않아 당시 설계를 맡은 OOO 건축사무소로부터 준공당시 건물배치도 및 준공 전·후 1층 평면도와 정화조 검토(하수종말처리장 연결) 등 자료를 제시하였고, 증축 후 평면도에 의하면 평면도 하단 구역에 벽체설치, 화장실 등을 배치한 것으로 보인다. <표3> 쟁점건물 1층 증축 전·후 평면도 (다) 청구인은 쟁점증축분 공사에 대한 증빙자료로 수기노트 기록 12매를 제출하였고, 그 일부는 아래와 같으며, 쟁점증축분 내역 뿐만 아니라 다른 층의 수리비 등 내역이 포함되어 있고, 이에 대한 금융증빙자료는 제출하지 아니하였다. <표4> 수기노트 일부 발췌
(4) 청구인의 양도소득세와 관련하여 조사청이 조사한 내용은 아래와 같다. (가) 청구인은 2011년과 2012년은 간편장부로 종합소득세를 신고하였고, 2013년부터 복식부기장부에 따른 종합소득세 신고서를 제출하면서 쟁점건물의 장부가액을 OOO원으로 계상하였으며, 청구인은 ㈜D(대표자: 청구인)으로부터 2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 2011년 OOO원, 2012년 OOO원의 근로소득을 지급받은 것으로 나타난다. (나) 쟁점건물의 공사 전·후 거리뷰 사진은 아래와 같다. (나) 부산광역시 동래구청장이 조사청의 취득세 신고서 등 제출협조 요청에 대한 2023.11.9.자 회신공문에 의하면 청구인은 쟁점부동산을 2012.5.23. 증축하였고, 과세표준액 OOO원으로 하여 신고하였다고 기재되어 있고, 과세표준액은 시가표준액 등이 아닌 청구인의 취득신고가액으로 확인되나 보존기간 경과로 근거서류는 폐기되었다고 회신한 것으로 나타난다. (다) 청구인이 쟁점증축분 공사를 하였다는 C의 건축 및 리모델링 공사와 관련한 이력을 조회한 결과 사업자등록 이력이나 근로이력이 확인되지 아니하였다.
(5) 청구인의 세무대리인은 2025.3.27. 조세심판관회의에 출석하여 쟁점증축분의 취득세나 부가가치세 납부와 관련한 질문에 대하여 당시 취득세 신고시 시가표준액 등은 청구인이 신고하는대로 받아주었기 때문에 적은 금액으로 신고하였고, 당시 표준건축비로 볼때 OOO원 정도 산정된다고 진술하였으나 이에 대한 자료는 제시하지 아니하였으며, 공사비는 모두 현금으로 지급하였기 때문에 부가가치세를 납부하지 아니하였다고 진술하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 1층을 신축한 것이나 다름없으므로 쟁점증축분 또는 쟁점증축분이 위치한 1층에 대하여 기존건물과 구분하여 양도차익을 산정하여야 하고, 쟁점증축분 취득 시 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점건물은 법률상 하나의 건물로, 층별 구분등기된 바 없고, 취득과 양도 모두 일괄하여 이루어진 단일 과세대상 목적물로, 단일한 과세대상 목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법 등 관련 법령에서 인정하는 과세방식이 아니라고 할 것이어서 청구주장처럼 쟁점건물 양도차익 산정 시 기존건물의 취득가액을 실지거래가액으로, 쟁점증축분을 환산취득가액으로 적용하기는 어렵다고 보이는 점, 쟁점증축분 공사비용은 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 소득세법 제97조 제1항 제1호 의 취득가액이 아니라 제2호의 자본적지출액에 해당한다고 보아야 하고, 취득가액에 포함되는 일부 비용이 확인되지 아니한다하여 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 볼 수는 없는 점, 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이므로 건물의 증축은 증축 사실은 물론 증축에 소요된 지출에 대하여도 납세자가 입증할 책임이 있다할 것인바, 청구인은 쟁점증축분 공사시 쟁점건물의 다른 층 리모델링 공사를 함께 한 것으로 보이고, 쟁점증축분 공사에 대한 공사계약서, 금융증빙 등 서류를 제시하지 못하고 있으며, 쟁점건물 공사를 하였다는 C의 확인서를 제시하고 있으나, C은 건물공사 등 사업이력이나 근로이력 확인되지 않고, 청구인이 공사내역을 정리하였다는 수기노트에는 쟁점증축분 공사뿐 아니라 다른 층의 수리내역 및 청구인이 취득한 인근 건물의 공사내역도 포함되어 있어 이를 쟁점증축분 공사비 증빙자료로 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점증축분에 대한 환산취득가액을 부인하고 공사비를 자본적지출액으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.