쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가가 모두 있는 경우로서 청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가가 모두 있는 경우로서 청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2017.5.11. 토지가액을 OOO원으로, 건물가액을 OOO원으로 하여 쟁점부동산을 취득하였는데, 취득 당시 쟁점건물의 상당 부분이 파손되고, 건물의 효용가치가 상실된 상태였으나, 쟁점건물이 3층 구조의 철골조 및 경량철골조 콘크리트 평슬래브로 된 공장 및 기숙사 건물인 점을 감안하여 건물가액을 OOO원으로 정하였다.
(2) 그 후 청구법인은 쟁점부동산을 A 주식회사에 매각하면서, 이미 쟁점건물의 효용이 완전히 상실되어 아무런 가치가 없었기에, 2020.2.21. 건물가격을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하였다. 그리고, 매매계약서에 특약사항으로 “매도인은 본 부동산 위 지상, 지하의 시설과 공작물을 잔금일까지 이전 또는 철거 완료하며, 건물의 철거는 매수인이 매수인의 부담으로 시행한다”고 명시하였다. 즉, 쟁점건물은 매수인(A 주식회사)의 부담으로 잔금일까지 철거를 완료하기로 하였으나, 매수인이 이를 이행하지 않은 채 2020.7.6. 그대로 소유권이전등기가 완료되었다. 이 건과 같이 건물이 철거되지 않은 채로 매수인에게 이전된 경우, 건물에 대한 부가가치세 납부의무는 매도인에게 있다는 것이 법리와 판례에 부합하는 사실이나, 그 대가는 매매계약서에 기재된 금액을 기준으로 하여야 한다는 것이 법원 판례의 입장이다(대법원 2025.1.23. 선고 2024다307014 판결).
(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항에 따르면, “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하나, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 및 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 명시하고 있다. 또한, 소득세법(2024.12.31. 법률 20615호로 개정되기 전의 것) 제100조 제2항은 “실지거래가액에 따라 취득‧양도가액을 산정하는 경우로서 토지와 건물을 함께 취득‧양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 각 가액 구분이 불분명할 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “제2항을 적용할 때 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 명시하고 있다.
(2) 법원은 위 규정에 대하여 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 이 조항의 입법취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 이 사건 조항의 문언 내용 및 형식, 조세 명확주의 원칙 등에 비추어 볼 때, 위 조항의 그 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라, 반 증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 판단하고 있다(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결 등).
(3) 조세심판원도 법원 판례와 동일하게 위 규정을 간주규정으로 보고 있다(조심 2024부4478, 2024.11.27., 조심 2023광7067, 2024.4.19., 조심 2020구964, 2020.6.1. 등).
(4) 따라서, 쟁점부동산은 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로, 쟁점부동산의 공급가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분은 적법하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우에 적용되는 부가가치세법의 체계 및 개정연혁을 살펴보면 다음과 같다. 부가가치세법제29조 제9항은 토지‧건물 등의 일괄공급 시 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 단서 및 각 호(제1호: 토지와 건물등의 가액 구분이 불분명한 경우, 제2호: 실지거래가액으로 구분한 개별 자산의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우)에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있었다. 2021.12.8. 법률 제18577호로 부가가치세법이 개정되면서, 제29조 제9항 제2호 단서를 신설하여 ‘대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 제2호의 적용대상에서 제외’하도록 개정되었으며, 2022.2.15. 부가가치세법 시행령 제64조 가 개정되어 종전의 안분계산에 관한 규정은 제1항으로 편제되었고, 제2항에서 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 규정하면서, 제1호에 “다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우”를, 제2호에 “토지와 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”를 각 규정하였다. (나) 쟁점부동산의 취득 및 양도시 작성한 매매계약서는 다음과 같다.
1. 청구법인은 쟁점부동산 취득 시, 2017.5.11. 매도인(주식회사 B)과 아래 <표1>의 매매계약서를 체결하였으며, 동 계약서에는 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원(토지: OOO원, 건물: OOO원)으로 한다고 기재되어 있다. <표1> 부동산매매계약서(취득)
○○○
2. 청구법인은 쟁점부동산 양도 시, 2020.2.21. 매수인(A 주식회사)과 아래 <표2>의 매매계약서를 체결하였으며, 동 계약서 제4조(매매대금 지급방법)에는 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원(토지: OOO원, 건물: OOO원)으로 한다고 기재되어 있으며, 제9조(특약사항) 제5항에는 “매도인은 본 부동산 위 지상, 지하의 시설물과 공작물을 잔금일까지 이전 또는 철거 완료하며, 건물의 철거를 매수인이 매수인의 부담으로 시행한다”고 기재되어 있다. <표2> 부동산매매계약서(양도)
○○○ (다) 청구법인이 제출한 쟁점건물의 현장사진은 아래 <표3>과 같다. <표3> 현장사진
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 매매계약서상 매매대금에 토지가액과 건물가액을 구분하여 기재하였으므로, 이를 부인하고 토지와 건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 의견이나, 부가가치세법 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제1호에 따르면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 규정하면서, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 또는 토지와 건물 또는 구축물 등의 기준시가가 있는 경우로서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있을 경우 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가가 모두 있는 경우로서 청구법인이 실지거래가액으로 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
결정 내용은 붙임과 같습니다.