청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 점, 2021.12.8. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서신설 전 사건으로 청구주장을 받아들이기 어려움
청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 점, 2021.12.8. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서신설 전 사건으로 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점거래의 매매금액은 부가가치세법제29조 제9항의 실지거래가액에 해당하며, 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로, 철거가 약정된 쟁점건물의 부가가치세 과세표준은 합의된 매매금액인 OOO원으로 보아야 한다. 쟁점건물은 철거가 예정되어 있던바, 청구법인과 매수인은 쟁점건물의 가액을 없는 것으로 하고 쟁점부동산 중 토지의 가액만을 매매대금으로 산정하여 거래한 것으로 보는 것이 타당하다. (가) 쟁점부동산의 양도일(2020.10.29.) 이전인 2020.3.3., 쟁점부동산 매매계약의 연대보증인인 b 주식회사는 청구법인에게 쟁점부동산에 대한 매수청약 계획안을 제출하였는데, 동 계획안에는 쟁점건물을 철거할 예정인 점이 명시되어 있으며, 매매목적물을 쟁점부동산 중 토지로 한정하고 있다. 또한 연대보증인은 쟁점부동산에 대한 실사를 요청하면서, 실사 목적을 ‘쟁점건물 철거 견적을 위함’이라고 명시한 바 있다. 연대보증인은 쟁점부동산이 위치한 대구광역시의 부동산 개발업체로서 공동주택, 상업시설, 의료시설 등 다양한 분야에 개발을 주업종으로 약 10년간 사업을 이어온 시행업체이다. 연대보증인의 사업목적을 고려할 때, 노후한 쟁점건물을 취득 후 건물의 목적으로 사용 및 수익할 유인은 없으며, 쟁점건물을 철거하여 부동산 개발사업을 진행하고자 했던 것으로 보는 것이 합리적이다. 매매계약으로 매매목적물의 소유권이 매수인에게 이전된 이후, 청구법인은 매매계약서 제7조(매도인과 매수인의 무상임대차계약)에 근거하여 매매목적물에 대한 점유 개정 방식으로 청구법인이 기존에 사용하던 물류창고 및 관련 사무실 등을 무상으로 임차하였다. 이는 매매목적물 양도 시점에 기존 시설을 신규 부지로 일시에 이관하기 힘든 실무적 어려움 때문에 일시적으로 발생한 것이다. 청구법인이 매매목적물 양도 이후에도 쟁점건물을 별도 대가 없이 무상으로 임차한 사실은 매수인의 입장에서 쟁점건물은 별도의 사용가치나 사용수익이 없었다는 것을 방증한다. 쟁점거래 및 무상임대차계약 종료 이후, 매매계약 당시 의도에 부합하게 실제로 매수인은 2022년 쟁점건물을 철거하였으며, 2022.9.16.에 쟁점건물은 멸실 등기되었음이 확인된다. (나) 쟁점건물의 매매가액 OOO원은 매매계약의 사실관계를 반영한 정상적인 실지거래가액이다. 토지와 그 토지에 정착된 건물을 양도하는 경우에 토지와 건물의 가액은 각각 공급시점에서 그 가액의 확정이 가능할 것이지만, 토지의 공급은 부가가치세가 면세되는바, 토지와 건물을 일괄공급하는 경우 토지와 건물의 각 가액을 구분하는 것은 매우 중요한 문제이다. 이에 부가가치세법은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 원칙적으로 건물의 실지거래가액을 구분하여 이를 과세대상 공급가액으로 하도록 규정하고 있다. 관련하여 소득세법 제88조 제5호 는 ‘실지거래가액’을 자산의 양도 또는 취득 시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서, 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전 및 그 밖의 자산이라고 규정한다. 또한 대법원은 양도차익 계산 시 기준이 되는 실지거래가액을 객관적 교환가치를 반영한 일반적인 시가가 아니라, 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 당사자 간에 약정된 금액을 의미한다고 판시한 바 있다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 등). 청구법인의 경우, ① 비특수관계인 청구법인과 매수인 간 체결된 매매계약에 기재된 쟁점건물의 가액 OOO원은 이를 실지거래가액이 아닌 것으로 취급할 특별한 사정이 없고, ② 매매계약 당사자 간에 쟁점부동산의 토지와 건물 가액을 합의한 사실이 매수청약 계획안 및 매매계약서 등 관련 증빙을 통해 확인되며, ③ 매매계약서에 기재된 매매금액(OOO원)이 당사자 간 실제 거래대금이라는 점이 대금이체 내역 등 제반 증빙으로 확인된다. 쟁점건물의 매매가액 OOO원은 거래 사실을 반영한 정상적인 실지거래가액이며, 쟁점건물의 가액이 불분명하다고 취급할 근거도 없다. (다) 쟁점거래는 조세회피 의도와는 무관하며 실질과세의 원칙에도 부합한다. 부가가치세법 제6조 제1항 등에 따르면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급이라고 하고, 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하고 있다(대법원 1999.2.9. 선고, 98두16675 판결). 또한, 대법원(대법원 1989.1.17. 선고 88누4713 판결)은 “그 건물이 장차 건물로 사용할 수 없게 되고 매수인으로서도 그것을 건물로 사용할 의도가 없었던 이상, 매매계약 당시 건물이 현존하였다고 하더라도 거기에 재화(건물)의 공급이 있었다고 인정하는 것은 사리에 맞지 아니한다”고 하여 부가가치세 취소판결을 내린 바 있다(부산지방법원 2009.6.18. 선고, 2008구합3556 판결 참조). 이처럼, 건물 철거 후 토지만을 사용할 목적으로 일괄취득 후 건물은 즉시 멸실할 계획이라면 매수인의 관점에서 건물의 가치는 없으므로 일괄매수금액의 분할시 건물의 가액을 OOO원으로 합의하는 것이 사회통념상 합리적인 거래이다. 특히, 부가가치세는 사업자가 공급하는 재화와 용역을 과세대상으로 하는 간접세로 부담의 주체는 매수인이며 매도자는 부가가치세를 매수인으로부터 징수하여 과세관청에 납부하므로 일괄 양도된 토지·건물 등 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피 의도는 주로 매도인이 아닌 매수인에게 있다고 할 수 있다. 다만, 매수인이 사업자인 경우 건물 취득 후 사업용으로 계속 사용한다면 부가가치세를 매입세액으로 공제받으므로 별도의 부가가치세가 과세되지 않으니 토지와 건물의 가액을 자의적으로 구분할 실익이 적다. 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다. 청구법인과 매수인이 철거가 예정된 쟁점건물의 실지거래가액을 OOO원으로 결정한 것은 조세회피목적의 자의적 구분이 아니라 거래의 실질을 반영한 것인 바, 실질과세원칙에 따르더라도 쟁점건물의 공급가액은 합의된 매매가액(OOO원)으로 보아야 한다. (라) 청구법인의 재무제표 및 감사보고서 상 쟁점건물이 장부가액으로 계상된 사정은 쟁점건물이 매각 시점까지 유형자산으로 관리되었음을 의미할 뿐, 세법상 양도 당시 독립된 재산가치 보유를 입증하는 객관적 근거가 될 수 없다. 통상 재무제표상 유형자산은 사용 여부와 무관하게 매각 시점까지 장부에서 제거되지 않는 것이며, 특히 철거 예정 건물 역시 회계상 내용연수를 경과하여 사용하지 않았다면 회계적으로는 철거 시점까지 내용연수에 따른 감가상각을 통해 장부가액을 유지하는 것이 일반적이다. 쟁점건물이 청구법인의 재무제표에 계상되어 있다는 사실은 쟁점건물의 회계적 관리상태를 나타낼 뿐, 세법상 쟁점건물이 독립된 재산가치를 보유한다는 사실을 직접 입증하는 근거가 아니다. 또한 감사보고서는 외부감사인이 회계기준 준수 여부 및 장부기재의 적정성을 확인하는 것일 뿐, 쟁점건물의 존재 여부 확인 외에 세법 상 독립된 재산가치 존재를 입증할 수 있는 객관적 자료가 아니다. 즉, 재무제표 및 감사보고서상 쟁점건물이 장부가액으로 계상되어 있다는 사정은 쟁점건물이 회계기준에 따라 철거 시점까지 유형자산으로 관리되었음을 의미할 뿐, 매각 당시 독립된 재산적 가치를 보유한 자산으로서 거래의 객체가 되었음을 객관적으로 입증하는 자료가 될 수 없으며, 특히 쟁점건물은 거래 구조상 철거를 전제로 한 종속적 자산에 불과하고, 매매대금 산정에도 그 가치가 반영되지 않았으므로, 단순한 장부가액 존재만을 근거로 독립된 재산가치를 가진다고 보는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.
(2) 2022.2.15. 신설되어 토지와 건물을 일괄양도 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 인정한 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 2호 는 과거 유권해석, 심판례 등으로 인정되던 세무관행을 명문화한 확인적·선언적 규정이므로 쟁점거래에도 적용하는 것이 타당하다. 토지와 그 토지에 정착된 건물을 양도하는 경우에 토지와 건물의 가액은 각각 공급시점에서 그 가액의 확정이 가능할 것이지만, 토지의 공급은 부가가치세가 면세되는바, 토지와 건물을 일괄 공급하는 경우 토지와 건물의 각 가액을 구분하는 것은 매우 중요한 문제이다. 이에 부가가치세법은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 ① 원칙적으로 건물의 실지거래가액을 구분하여 이를 과세대상 공급가액으로 하도록 하지만, ② 사업자가 자의적으로 실지거래가액 구분하는 방법 등으로 조세를 회피할 우려가 있다는 점을 고려하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물등의 가액이 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하고 있다. ③ 다만, 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정할 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 실지거래가액을 인정하는데, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우, 또는 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우가 이에 해당한다. ③의 내용은 2022년 부가가치세법 시행령 개정 시 명문화되었는데 당시 개정취지는 “토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화”였다. 한편, 2022년 개정 이전에도 관련 유권해석 내지 심판례에서는 거래의 외형은 일괄공급이지만 건물의 철거가 예정되어 있어 거래의 실질이 토지의 양도인 경우, 이와 같은 거래의 실질을 인정하여 토지거래가액을 거래가액으로 인정해왔다. <표1> 관련 유권해석 및 선결정례 즉, 상기 유권해석 및 심판례는 2022년 개정 전 사례이나 2022년 개정 내용과 그 취지 및 해석을 같이 하고 있다. 조세법령 개정에 따른 신설 또는 개정 규정이, 당해 신설‧개정 규정이 없더라도 종래에 해석상 당연히 인정되는 내용을 담고 있는 확인적‧주의적 성격의 규정인지, 아니면 당해 신설‧개정 규정으로 말미암아 새로운 조세법률관계가 형성되는 내용을 담고 있는 창설적‧형성적 성격의 규정인지에 관하여 구체적 쟁송에서 납세의무자와 과세관청 간에 다툼이 되는 경우가 있다. 이 사건의 경우 2022년 개정 전 유권해석과 심판례에 비추어 판단컨대, 2022.2.15. 신설되어 토지와 건물을 일괄양도 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 인정한 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 2호 는 과거 유권해석, 심판례 등으로 인정되던 세무관행을 명문화한 확인적·선언적 규정이므로 쟁점거래에도 적용가능한 것으로 보는 것이 타당하다.
(3) 청구법인은 이 사건 처분 이전에 쟁점거래에 대한 세무조사를 수검한바, 이 사건 처분은 중복조사금지의 원칙을 위반하여 위법하다. (가) 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따르면, 세무공무원은 일정한 법정 사유가 있는 경우를 제외하고는 ‘같은 세목 및 같은 과세기간’에 대하여 재조사를 할 수 없다. 이는 동일 세목 및 동일 과세기간에 대하여는 원칙적으로 세무조사를 1회 실시하고 중복세무조사를 불허함으로써 세무조사권이 남용되는 것을 방지하고 납세자의 영업의 자유를 보호하기 위한 취지이며, 중복조사에 기한 과세처분은 위법한 것으로 취급된다. 관련하여 대법원은 설사 신고내용의 검증을 위한 자료 조사가 중심이었다고 하더라도 감사지적에 따른 조사는 중복된 세무조사라는 입장(대법원 2018.6.15. 선고 2018두36394 판결)이며, 국세기본법에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결)한바 있다. 또한, 국세기본법상 중복세무조사의 예외적 허용 사유인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’와 관련해, 대법원은 ‘종전 세무조사에서 이미 조사된 자료’를 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에서 제외한 바 있다(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결). 청구법인의 경우, ① 쟁점거래는 2020년 체결된 계약을 토대로 2021년에 종결되었던바, 2022년 대구지방국세청에서 수행한 세무조사 당시 쟁점부동산의 안분과 관련한 부가가치세 과세 여부에 대해 이미 세무조사를 수행하였고, 청구법인은 관련 증빙을 제출하며 충분한 소명을 하였던바, 쟁점거래에 대한 세무조사가 이미 실행되었다고 봄이 타당하고, ② 감사지적에 따른 조사는 중복된 세무조사이나 ③ 청구법인의 경우 국세기본법이 재조사를 허용하는 예외 사유(국세기본법 제81조의4 제2항, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 등)에 해당한다고 볼 수 없는바, 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 이 사건 처분이 이뤄졌는지, 재조사 자료는 제외하더라도 이미 확보한 자료만으로도 같은 과세처분을 내릴 수 있었는지를 따질 필요도 없이 이 사건 처분은 중복조사 금지원칙에 위반한 것으로, 그 자체로 위법하다. (나) 처분청은 이 사건 처분이 감사원의 지적사항에 따라 이루어진 것으로 ‘단순히 신고내용의 적정성을 확인하고자 해명안내를 하여 소명자료를 요구한 것에 불과’하므로 중복세무조사 금지 원칙이 적용될 수 없다는 의견이나, 처분의 근거가 된 처분청의 자료요청 및 질의는 그 목적과 실시경위, 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료가 ‘실질적으로 과세표준과 세액을 결정’하기 위한 것이었고, 동 건 자료요청 및 질의 이후 실제 과세처분이 이루어진 점을 고려할 때, 사실상 ‘실질적 질문조사권을 행사한 경우’와 다를 바 없다. 처분청의 해명안내 이후 청구법인은 당초 2022년 수행된 세무조사에서 본 거래와 관련하여 당시 조사팀에 소명한 자료와 설명 내용을 포함한 자료를 제출한바 있고, 관련 계약서 사본을 함께 제출하였을 뿐만 아니라, 별도로 구두 설명을 통해 이미 해당 쟁점이 세무조사에서 검토되었으나 별도 과세 없이 종결된 바 있음을 수차례 설명한 바 있다. 단순히 소명자료를 요구하였거나 적정한 수정신고를 위한 안내를 위한 목적이라고 한정하기 보다는, 추가적이고 실질적인 질문조사권을 행사한 것으로 보는 것이 타당하다. (다) 이미 조사된 사안에 대하여 재조사를 하여 이 건 처분은 한 것은 신의성실 원칙을 위반한 것이다. 청구법인의 경우, 2022년 세무조사에서 쟁점거래에 대해 이미 검토가 되어 과세 없이 종결된 바, 쟁점거래의 세무상 적절성에 대해 신뢰하였고, 쟁점거래와 관련해서는 추가검토 내지 수정신고 등을 진행하지 않았고, 이와 같은 청구법인의 부작위는 2022년 세무조사 수검결과에 기인한다. 그런데 이 사건 처분은 2022년 세무조사에서 이미 검토 및 종결된 사항을 동일 사실관계에 근거해 과세하는 것으로 청구법인의 신뢰를 저버리는 과세권 행사라고 할 수 있다. 즉, 쟁점거래는 2022년 세무조사의 조사 범위에 포함되었는데 당시 과세당국은 질문조사권을 행사하여 계약 체결 경위, 대금 지급 과정, 사후 처리까지 구체적으로 검토하였고, 그 결과 아무런 과세처분 없이 조사를 종결한바, 이는 쟁점거래에 대해 과세하지 않겠다는 과세관청의 묵시적인 공적 견해표명에 해당한다. 청구법인은 2022년 세무조사 과정에서 모든 관련 사실과 자료를 성실히 제공하였으므로, 상기와 같은 과세관청의 견해표명에 대한 신뢰 형성에 어떠한 귀책사유도 없음에도 처분청이 세무조사가 종결된 지 3년여가 지난 후 동일한 사실관계를 전제로 기존의 공적 견해표명을 번복하여 과세하는 것은 중복세무조사 금지 원칙에 반할 뿐만 아니라, 과세관청 스스로 형성한 납세자의 신뢰를 저버리는 것이다.
(4) 설사 쟁점거래가 처분청의 의견대로 부가가치세 신고 및 세금계산서 발행 대상 거래라 하더라도, 쟁점거래에는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 납부지연가산세는 부과되지 않아야 한다. 국세기본법 제48조 제1항 2호 는 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있을 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 정한 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무이행 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는 것으로 해석되고 있다. 청구법인의 경우, 이 사건 처분으로부터 약 3년여 앞선 2022년 시행된 세무조사 과정에서 이미 대구지방국세청에 의하여 쟁점거래에 대한 검토가 이루어진 바 있다. 대구지방국세청은 2022.5.17. 쟁점거래 관련 서류 및 협의가격 산정근거의 제출을, 2022.5.18. 쟁점거래 관련 매수인의 매수의향서 및 감정평가 자료의 제출을 각각 요청하며 쟁점거래에 대한 해명을 요구하였다. 이에 청구법인은 2022.5.17.부터 2022.5.25.까지 4차례에 걸쳐 매매계약서, 관련 법령 및 선결정례, 매수인의 매수의향서 및 외부 감정평가법인의 감정평가서를 제출하여 성실히 소명하였으며, 그 결과 쟁점거래는 과세 없이 검토가 종결되었다. <표2> 세무조사 수검 당시 요청 및 제출 자료 목록 청구법인은 이 사건 처분에 의해 2025년 7월 현재 OOO원에 달하는 납부지연가산세를 부담하게 되었는데, 만약 2022년 세무조사 당시 쟁점거래가 과세사례로 적출되었다면, 납부지연가산세는 현저히 줄어들었을 것이다. 청구법인이 쟁점거래가 발생한 2021사업연도에 대한 세무조사가 완료된지 약 3년여가 지난 2025년 7월에 이르러 OOO원에 달하는 납부지연가산세를 부담하게 된 것은 결국 부실한 세무조사에 따른 결과로 그 귀책사유가 처분청에 있는 것으로 보이는바, 쟁점거래에는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 납부지연가산세는 부과되지 않는 것이 마땅하다.
(1) 이 사건 처분은 청구법인이 2021.5.28. 토지·건물 일괄 양도한 부동산 등기자료 및 매매계약서에 근거하여 2021년 1기 부가가치세 신고내용을 면밀히 검토한 결과, 매각 당시 적용되던 부가가치세법 제29조 제9항 및 관련 시행령에 따라 공급가액을 기준시가에 따라 재산정하고 이를 과세표준에 적용하여 부과한 것으로서 절차상·법령 해석상 적법하다. 청구법인은 쟁점거래에 관하여 부가가치세법 시행령 제64조 2호 를 근거로 들어 “쟁점건물은 철거 예정이었기에 공급가액은 실지 거래 가액인 OOO원으로 보아야 한다”고 주장하나, 해당 시행령상 예외 규정은 2022.2.15. 개정으로 신설된 것으로서 개정사항은 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용된다고 명시되어 있으므로 2021년 5월에 이미 이루어진 쟁점거래에 소급하여 적용할 수 없다. 또한 청구법인의 쟁점거래 직전인 2020사업연도 재무제표 및 감사보고서에 의하면, 양도 직전까지 쟁점건물은 약 OOO원 상당의 장부가액으로 계상되어 있었다. 이는 양도 당시 쟁점건물을 독립된 재산적 가치를 보유한 자산으로서 관리하여 왔음을 객관적으로 입증한다.
(2) 청구법인은 이 사건 처분이 감사원의 지적사항에 따라 이루어진 것으로서, 2022년 실시된 세무조사와 중복되는 재조사에 해당하므로 국세기본법 제81조 의 4에 위배된다고 주장한다. 그러나 처분청의 행위는 단순히 신고내용의 적정성을 확인하고자 해명안내를 하여 소명자료를 요구한 것에 불과하며, 청구법인의 사업장에 직접 방문하여 장부·서류를 조사하거나 장기간 대면조사를 한 사실이 전혀 없었으므로 이를 세무조사라 볼 수 없다. 이 사건의 신고내용 검토 절차는 감사원에서 시달된 검토 대상 명단에 포함된 청구법인에게 부가가치세 신고 시 토지·건물을 함께 공급한 경우 안분계산을 누락하여 매출을 과소신고한 혐의에 대한 설명과 소명자료를 요구한 것에 불과할 뿐 세무조사에는 해당하지 않는다. 또한 처음부터 부과 처분을 하려던 것이 아닌 당초 신고내용의 오류를 안내하고, 수정신고 및 자기 시정의 기회를 제공하는 데에 목적이 있었다. 청구법인은 처분청으로부터 해명 안내를 받은 후, 토지·건물 매매계약서와 청구법인이 참고했던 일부 판례의 요약본만을 제출하였다. 그럼에도 청구법인은 이를 근거로 세무조사에 해당한다고 주장하고 있으나, 제출한 자료와 내용만으로는 세무조사에 준하는 것이 아니라고 판단된다. 대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결은 세무공무원의 행위가 중복 세무조사에 해당하는지, 단순한 사실확인 절차에 불과한지를 구분하는 기준을 명확히 제시한 판례이다. 따라서 이 사건의 적법성을 판단함에 있어 해당 판례의 법리를 준용하면, 신고내용의 검증을 위한 처분청의 통상적인 간단한 질문 및 단순 사실관계 확인 행위에 대해서 ‘납세자가 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우’에 해당하여 세무조사로 보기 어려우므로 중복조사 금지 원칙에 위배되어 위법하다고 할 수 없다.
① 쟁점부동산의 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 처분청이 중복 세무조사 금지 원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부
③ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산의 매매계약서에 따르면 쟁점부동산 중 쟁점건물은 철거하는 것을 전제로 하여 매매한다는 기재사항이 확인되며, 건물분 매매대금이 OOO원으로 기재된 것이 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점부동산 매매계약의 연대보증인인 b 주식회사가 작성한 ‘매수 청약 계획안’ 문서를 제출한바, 물건의 표시 부분의 ‘매입 후 계획’ 란에 전체 건물 철거 예정이라고 기재된 점, 제5조(계약수반조건)에 청구법인의 현 부지내 실사(철거견적을 위한 답사) 일정을 요청한 점 등이 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점건물의 (말소)건축물대장을 제출한바, 변동사항에 따르면 2022.9.16. ‘건축물대장말소_해체멸실’로 기재된 점이 나타난다. (라) 처분청 제출자료에 따르면, 청구법인은 2022.5.6.부터 2022.9.11.까지 2017사업연도부터 2021사업연도까지의 과세기간을 대상으로 법인 통합조사를 받은 것으로 나타나고, 조사 당시 쟁점거래와 관련된 경정 내용은 나타나지 않는다. (마) 처분청은 2025.4.11. 감사원으로부터 “청구법인의 쟁점거래상 실지 거래가액과 대통령령으로 정한 바에 따른 안분계산 금액 간 차이가 30% 이상인 경우, 건물 양도 후 신고한 부가가치세 과세표준의 적정 여부를 검토하라”는 내용의 감사지적 통보를 받고, 이후 2025.4.14. 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분 이 부당하다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 구분한 쟁점부동산 중 건물과 토지의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 의 개정이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된부가가치세법제29조 제9항은 동 법 시행(2022.1.1.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용되는 것이고, 그 부칙 제7조에 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 처분이 중복 세무조사 금지 원칙을 위반한 위법한 세무조사에 따라 이루어진 처분이라는 취지로 주장하나, 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바(조심 2025인3949, 2025.12.12.), 해명자료 제출 안내는 이에 대하여 대답하거나 수인할 의무가 없는 서면확인 절차로서 단순한 사실관계의 확인에 불과한 것으로 보이는 점, 그 밖에 처분청이 청구법인의 사업장에 출장하여 상당 기간 질문을 하거나 장부․서류 등을 검사․조사하여 영업의 자유 등에 큰 영향을 미치는 등의 세무조사를 실시하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다. (다) 끝으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인바(조심 2018서2410, 2018.11.20. 같은 뜻임), 2022년 실시된 대구지방국세청의 세무조사 당시 이 사건 부과 세목 및 과세기간인 2021년 제1기 부가가치세 신고 내용에 관해 쟁점건물의 공급가액에 대해 견해의 대립 등이 나타났다는 등의 객관적 증거가 없는 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자의 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 점(조심 2023인0499, 2023.4.25. 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 납부지연가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
(4) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제47조 및 제53조의2 제6항부터 제8항까지의 개정규정은 2022년 7월 1일부터 시행한다. 부칙 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다. 부칙 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (5) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. <신설 2022.2.15>
1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우
2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.