조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-구-1100 선고일 2025.09.17 조세심판원

처분청은 시공사가 23.1기에 청구법인에 공사대금을 청구한 사실을 제시하나, 당시 청구법인은 시공사가 제시한 공정률 등에 의문이 있어 공사대금을 지급하지 않겠다고 회신한바, 그 당시 공사대금이 확정된 것으로 보기 어려운 측면. 오히려, 그로부터 1년이 경과하여, 당초 청구액을 증액 없이 그대로 지급한 것에 비추어, 23.1기에는 공정률에 이르지 못해 추가공사 등을 거쳐, 24.1기에 최종적으로 공사대금의 합의를 거쳐 지급된 것으로 봄이 타당해 보임

[주 문] [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 건물신축판매업을 영위하는 법인으로, 2016.3.22. 대구광역시 중구 OOO 등 13필지 소재 OOO 신축공사(이하 “이 건 공사”라 한다)를 위해 주식회사 A(이하 “시공사”라 한다)과 이 건 공사에 관한 건설도급공사계약을 체결하였다.
  • 나. 시공사는 2023.2.21. 기성검사감리 결과에 따라 이 건 공사의 공정률(91.41%)에 따른 기성공사대금 OOO원(이하 “이 건 공사대금”이라 한다)을 청구하였으나, 청구법인은 이 건 공사대금을 청구일로부터 7일 내에 지급하지 아니하였고, 2023.3.15. 시공사에게 자체감리결과에 따라 공사대금 청구서에 따른 공정률이 완공되지 아니하여 이 건 공사대금을 지급하지 아니한다고 회신하였다.
  • 다. 청구법인은 2024.6.5. 이 건 공사대금을 지급한 후 시공사로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받았으며, 2024.7.15. 2024년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서의 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 2024년 제1기 부가가치세 환급세액을 OOO원으로 신고하였다.
  • 라. 처분청은 쟁점세금계산서의 공급시기는 기성검사에 따라 이 건 공사대금을 청구한 2023년 제1기로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 2024.11.18. 환급신청한 세액 중 OOO원을 제외한 나머지 OOO원만 2024년 제1기 부가가치세로 환급하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 실적적인 누적공정률 달성시기에 맞추어 발행·수취한 것으로, 공급시기가 사실과 다르다는 사유로 매입세액불공제한 처분청의 처분은 부당하다. (가) 이 건 공사는 당초 2016년도에 착공하여 2019년도 2월에 준공될 예정이었으나, 분양대금의 횡령 및 부실시공 의혹 등으로 인하여 공정 및 준공이 무기한 연기되었다. 청구법인은 이 건 공사를 진행하던 중 코로나19로 인하여 건설경기부진 및 급격한 이자율 상승, 분양률 저조, 국제적인 원자재가격 상승 등으로 인하여 급격히 경영수지가 악화되었고, 자금압박 및 신탁사 잔고부족사태로 하도급공사비 등이 체불되어 부득이 공사 중단 및 재개가 반복되었으며, 실질적 경영자 B[시공사 ㈜A와 청구법인 B㈜의 100% 주주]은 횡령 등으로 구속되어 지역경제의 이슈로 언론매체를 통하여 뉴스로 보도되었다. 2022.12.20. 이를 타개하기 위하여 수분양자 중심의 OOO 준공추진위원회(이하 “준공추진위원회”라 한다)가 구성되어 준공 시까지 공사전반에 대한 관리․감독, 자금집행 등의 전권을 행사하게 되었고, 청구법인은 사실상 시행사로서의 지위를 잃게 되었다. 장기간 공사 중단 및 재개가 반복되는 과정에서 시공사와 감리사는 자급압박에 시달리는 청구법인이 공사비 집행을 못할 것을 우려하여 조기에 공사대금을 변제받고자 누적공정률을 무리하게 설정하여 기성금을 청구하는 사례가 빈번하게 발생하였고, 청구법인의 시행전권을 행사하는 준공추진위원회와 자주 마찰이 발생하였으며, 이에 준공추진위원회에서는 2021년 1월 경부터 별도의 감리단 전문업체인 ㈜C를 포함하는 공사기성검증단을 구성하여 공정률 파악을 위한 현장검증 등을 진행하여 왔다. 위와 같이 공사 중단 및 지연이 반복되어 당초 공사기간을 지킬 수 없어 시공사와 도급공사금액 변동 없이 공사기간만 연장하는 내용으로 도급공사계약을 16회에 걸쳐 변경하였고, 2024.6.27. 최종변경(공사기간: 2016.3.22.∼2024.12.31.)계약하였으나, 현재까지 미준공 상태에 있다. (나) 시공사는 이 건 공사를 포함한 OOO원대 분양사기 및 부실시공 의혹이 불거졌고, 이러한 의혹에 대하여 국토교통위원회는 2020.10.23. 시공사의 대표이사(A), 그룹계열사 회장(B) 등을 증인으로 채택하여 국정감사를 하였으며, 이에 대해 시공사는 모든 사업장에 대해 책임 시공 및 준공을 약속하였다. 준공추진위원회는 기존 감리업체인 ㈜D를 신뢰할 수 없어 자체 계약한 감리전문업체 ㈜C에 별도의 감리업무를 맡겼다. (다) 시공사는 2023.2.21. 이 건 공사에 대해 공사감리(누적공정률 91.41%)를 받은 후 청구법인에게 공사대금지급을 요청하였으나, 청구법인의 준공추진위원회에서 상세 검증한 결과, 쟁점기성공사가 중단 및 재개를 반복한지 6∼7년의 세월이 흐르다보니 기완성공사부분에서 본래 용도로 사용할 수 없을 정도로 형태가 변질 또는 낙후되어 재시공이 요구되거나, 즉시 하자보수를 하지 않으면 쓸 수가 없는 설비시설이 많아 2023.3.15. 시공사에게 이러한 사유로 누적공정률에 도달하지 않아 제21회 기성금을 지급할 수 없다는 내용의 답변서를 회신하였다. 이후, 시공사와 준공추진위원회는 상호 협력하여 재시공 또는 하자보수가 필요한 부분을 점검 ․ 확인하는 한편, 상시 논의를 하면서 최소한의 범위 내에서 즉시 재시공 및 추가공사를 하지 않으면 안 되는 분야, 즉시 하자보수를 해야 하는 분야를 확정하여 아래와 같이 추가공사를 진행하였다. <표1> 이 건 공사 관련 시공사의 추가 공사내역 ㅇㅇㅇ (라) 시공사와 준공추진위원회는 추가공사 후 상호검증 결과, 2024년 6월에 이르러서야 비로소 누적공정률이 91.41% 달하였다고 합의하여 제21회 기성금 공급가액(OOO원)을 확정하였고, 청구법인은 시공사로부터 2024.6.5. 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제 신고하였다. 청구법인과 시공사는 주주(지분 100%)와 실질적 경영자가 B으로 동일한 특수관계법인에 해당하고, 만일, 실질과세원칙에 입각한 위와 같은 실질내용을 반영하지 않고 특수관계인 점을 이용하여 누적공적률이 91.41%라는 형식을 갖춘 시기인 2023년 2월에 세금계산서를 발행·수취하였다면 이는 오히려 세법 질서를 왜곡하는 결과를 초래하게 될 것이다.

(2) 객관적이고 투명한 책임준공을 완수하고자 구성된 준공추진위원회는 특수관계법인 간 통정에 의한 형식절차를 빌어 실질내용을 무시하는 행위에 대하여 모든 면에서 엄격한 기준을 가지고 업무를 추진하고 있고, 누적공정률 및 기성금청구에 대하여도 엄격한 사실관계를 확인하여 업무집행을 하였다. 청구법인의 준공추진위원회는 시공사의 형식적인 누적공적률 및 기성금청구 건에 대하여 공정한 검증과정을 거쳐 추가공사를 하였고, 이후 시공사와 상호 확인하여 실질적으로 누적공정률이 달성된 시기를 확정하였다. 따라서 쟁점세금계산서를 발행·수취한 것으로서 공급시기가 사실과 다르다는 사유로 매입세액을 불공제한 처분청의 처분은 너무도 억울하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서의 공급시기는 기성청구서와 감리조서에 의하여 계약상 공사대금이 확정된 2023년 제1기로, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 따라 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 시공사 및 감리사가 확인하여 제시한 기성고에 대하여 명확한 근거자료 없이 공정률에 관해 이견이 있어 기성 검사에 대한 확정을 하지 못하였던 것이라고 주장하나, 이 건 공사에 대한 도급계약서를 보면, 대금지급조건은 매월 1회이고, 기성고에 대한 대금은 제22조에 시공사가 기성부분에 대한 검사를 요청하면 지체없이 검사하여 그 결과를 시공사에 통보하고, 통보 후 7일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 보아야 하고, 대금지급을 지연하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 지급하여야 한다고 기재되어 있다. 청구법인이 주장하는 바와 같이 검사결과에 따른 공정률에 이견이 있어 기성고를 확정할 수 없는 상황이라면, 당초 계약 내용에 따라 7일 이내에 통지를 했어야 하고, 자체 감리결과 공정률을 산정한 내용에 대한 명확한 자료를 제출하여 ‘공정률 재산정’에 관련한 답변을 하는 것이 마땅함에도 별도의 통지 없이 대금을 지급하지 않았으며, 이후 시공사가 공사대금 지급을 독촉하자 청구법인은 시공사에게 기성청구 공정률을 인정할 수 없다는 답변서만 발송하였다. (나) 청구법인은 이 건 공사 진행 중 코로나19사태로 인한 원자재의 가격 상승, 분양률 저조로 경영수지가 악화되었고, 주주의 횡령, 구속 등으로 정상적인 사업 운영이 어려운 상황에서 자금압박을 겪었다. 이러한 상황으로 인해 청구법인이 기성고 청구내역을 인지하였음에도 당장에 자금을 집행할 여력이 없는 상황에 처하여 정당한 이유와 통지 없이 상호 간의 계약 내용을 이행하지 않은 것으로 보인다. (다) 청구법인이 증거자료로 제출한 ‘OOO 준공추진위원회 감리단 현장방문요청 공문’을 보면, 이 건 공사와 관련하여 별도의 전문 감리단을 구성하여 공정률을 파악하겠다는 내용이 확인되나, 실제로 공사를 검증했던 자료나 기성청구 당시 공정률을 재산정했다는 것을 입증할 만한 자료는 제출하지 않았다. 또한 청구서에 기재된 바와 같이 준공추진위원회는 해당 건물 수분양자 중심으로 구성된 단체로서, 청구법인과는 별도의 이해관계자에 불과하다. (라) 청구법인이 증거자료로 제출한 ‘OOO 추가공사 내역’은 단순히 시공사의 해당 과세기간 세금계산서 매입 내역을 나열한 자료로, 해당 매입이 실제 기성청구서의 누적공정률에 도달하기 위한 추가공사에 관련 되었는지의 여부는 확인할 수 없다.

(2) 청구법인과 시공사가 체결한 이 건 공사와 같은 완성도기준지급조건부 건설용역의 공급시기는 부가가치세법 시행령 제29조 에 따르면 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 한다고 명시되어 있는바, 시공사가 쟁점 세금계산서를 발행한 날인 2024.6.5.을 부가가치세법 시행령 제29조 에 따른 공급시기로 보기에는 청구법인이 제출한 증빙이 부족하여 받아들이기 어려우므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다. 부가가치세법 기본통칙 16-29-2【지급일을 명시하지 아니한 완성도 기준지급조건부 건설공사의 공급시기】 건설공사 계약 시에 완성도에 따라 기성대가를 수차례에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 본다 16-29-4【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】 사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 해당 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우

2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우

④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (3) 부가가치세법 시행규칙 제20조(중간지급조건부 용역의 공급) 영 제29조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

2. 국고금 관리법 제26조 에 따라 경비를 미리 지급받는 경우

3. 지방회계법 제35조 에 따라 선금급을 지급받는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2016.3.22. 시공사와 이 건 공사에 관한 도급계약을 체결하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다. <이 건 공사 관련 도급계약서 중 일부 발췌> ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 2016.3.22. 이 건 공사에 관해 당초 준공예정일을 2019.4.30.로 계약하였고, 이후 15회의 변경 계약을 체결하여 준공예정일을 2024.12.31.로 연장한 것으로 나타난다. <이 건 공사 관련 변경계약 체결 내역> ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 이 건 공사에 관하여 2015.8.31. ㈜D와 공사감리계약(계약금액 OOO원, 계약기간 2015..10.∼2019.2.)을 체결하였고, 이후 이 건 공사기간의 연장 등으로 감리기간을 2023.9.30.로 변경하였다. <이 건 공사 관련 감리계약서(2015.8.31.) 중 일부 발췌> ㅇㅇㅇ (라) 시공사는 2023.2.21. 청구법인에게 청구서(제21회) 및 기성부분검사원을 제출하여 기성부분에 대한 검사를 요청하였다. <제21회 청구서 및 기성부분검사원> ㅇㅇㅇ (마) ㈜D는 2023.2.21. 청구법인에게 공정률 및 기성금액이 적합하다는 취지의 감리조서 및 공정확인서를 제출한 것으로 나타난다. <제21회 기성 감리원 감리조서 및 공정확인서> ㅇㅇㅇ (바) 시공사는 2023.3.13. 청구법인에게 쟁점공사대금을 지급하지 않으면 공사를 중단하겠다는 취지로, 공사대금 지급 독촉문(2차)을 전달하였고, 이에 대해 청구법인은 2023.3.15. 자체감리 결과 기성 청구서상 공정률을 인정할 수 없어 쟁점공사대금을 지급하기 어렵다는 내용의 답변서를 회신하였다. <공사대금 지급독촉문 및 이에 대한 답변서> ㅇㅇㅇ (사) 청구법인은 2024.6.5. 시공사에 쟁점공사대금을 지급한 후 쟁점세금계산서를 교부받아 2024.7.19. 2024년 제1기 부가가치세를 환급세액을 OOO원으로 하여 신고하였다. <표2> 2024년 제1기 부가가치세 신고내역 ㅇㅇㅇ (아) 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 환급세액을 OOO원에서 OOO원으로 감액경정한 후 2024.11.8. 청구법인에게 국세환급금충당통지를 하였다. (자) 주주명부에 따르면, 2020사업연도부터 2023사업연도까지 청구법인과 시공사의 최대주주는 B(100%)으로 동일하다. <표3> 주주명부에 따른 청구법인과 시공사의 주주 ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 기성부분에 대한 감리시 준공추진위원회의 감리를 요한다고 주장하면서 감리단 현장방문 요청에 관한 공문을 제출하였다.

1. 준공추진위원회는 2021.1.27. 청구법인과 시공사를 대상으로 공문을 제출하였는바, 이에 따르면 이 건 공사와 관련하여 공사기성검증단에 전문감리단을 추가 구성하고 준공을 위하여 현재 공사 공정율을 파악하기로 하였으며, 감리단 전문 업체 ㈜C를 공사기성금 업체에 포함할 것을 요청한 것으로 나타난다.

2. 준공추진위원회는 2022.12.20. ‘OOO 준공추진위원회’라는 명칭으로 고유번호증을 발급받았다. ㅇㅇㅇ (카) 청구법인이 제출한 대구지방법원 2024.2.16. 선고 2021고합498 등의 판결문에 따르면, 시공사는 이 건 공사현장 공정률이 55%가량에 불과함에도 공정률을 70%로 맞추어 기성금을 청구하라는 취지로 지시하였고, 이에 맞추어 허위증빙자료를 첨부하여 작성한 서류를 바탕으로 감리사의 확인을 받은 다음 19회차 기성청구서, 기성부분검사원, 감리조서, 공정확인서를 시행사에게 제출한 것으로 나타난다. <대구지방법원 2024.2.16. 선고 2021고합498 등 판결문 중 일부> ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 공급시기가 지난 후 교부받았으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제대상이 아니라는 의견이나, 청구법인이 2016.3.22. 시공사와 체결한 이 건 공사에 관한 도급계약에서 청구법인이 기성고에 따라 공사대금의 각 부분에 대한 검수를 거쳐 대금을 지급하기로 하였으므로 해당 건설용역의 공급시기는 공사용역의 완성 정도에 관한 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 할 것인바, 이 건 공사의 경우, 2016.3.22. 체결한 계약이 16회 변경되면서 공사기간이 수차례 연장되었고, 대구지방법원 2024.2.16. 선고 2021고합498 판결문 등에 따르면 청구법인과 시공사 간 기성금의 지급과 관련한 법적 분쟁이 있었던 것으로 나타나며, 시공사는 2018년 1월경 19회 기성공사대금 청구시 허위 증빙자료를 첨부하여 작성한 서류를 바탕으로 기성청구서, 감리조서, 공정확인서를 청구법인에게 제출한 이력이 있는 것으로 보이는 점, 이로 인해 이 건 공사에 관한 준공추진위원회는 2021.1.27. 청구법인과 시공사를 대상으로 공사기성검증단에 ㈜C를 감리업체에 추가할 것을 요청한 것으로 나타나는 점, 시공사는 2023.2.21. 이 건 공사대금을 청구하면서 ㈜D가 작성한 감리조서 및 공정확인서를 제출하였으나, 이 건 공사에 관한 준공추진위원회가 추가로 선임을 요청한 ㈜C로부터는 확인받은 감리조서는 제출하지 아니하여 시공사가 2023.2.21.에 제출한 감리조서만으로 이 건 공사의 공정률을 신뢰하기는 어렵다는 청구법인의 주장이 타당해 보인다. 또한 이 건 공사도급계약서 제22조 제2항에서 기성부분은 산출내역서의 단가에 의하여 산정하되, 산출내역서가 없는 경우에는 공사진척율에 따라 갑과 을이 합의하여 산정하도록 규정하고 있는바, 시공사가 2023.2.21. 이 건 공사대금을 청구하였으나, 청구법인은 2023.3.15. 자체감리 결과 기성청구서상 공정률을 인정할 수 없어 쟁점공사대금을 지급하기 어렵다는 내용의 답변서를 회신하여 청구법인과 시공사 간 이 건 공사대금의 지급에 대한 합의가 이루어지지 않은 것으로 보이고, 청구법인은 이 건 공사대금의 기성청구서를 받은 날로부터 1년이 경과한 후에도 종전에 수령한 기성청구서상의 금액을 증액하지 아니하였고 당초 시공사가 청구한 공사대금을 그대로 지급한 점 등에 비추어 볼 때 시공사가 이 건 공사대금을 청구한 시점에는 기성청구서상 공정률에 이르지 못하여 추가적인 공사를 진행한 후 2024.6.5.에 이르러 이 건 공사대금을 지급하기로 합의한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 기성고를 확인하고 공사대금 지급여부를 확정한 2024.6.5.을 공급시기로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 2024년 제1기 부가가치세 환급을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)