청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수주하고 쟁점법인을 공급자로 한 세금계산서를 발행하는 등 사실과 다른 세금계산서를 발행한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] 포항세무서장이 2024.9.9. 청구법인에게 한 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상북도 OOO을 사업장 소재지로 하고 설비공사 일체 등 을 영위하고 있는 법인사업자이고, 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 2001.1.16. 개업하여 경상북도 OOO를 사업장 소재지로 하여 건축공사업 등을 영위하고 있는 법인사업자이다. 쟁점법인은 주식회사 B(현재 상호: C, 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 OOO 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 수주한 뒤 쟁점공사 중 기계설비 등 공정을 청구법인에게 하도급(이하 “쟁점하도급공사”라 한다)하였다. 청구법인의 대표인 D는 쟁점공사 및 쟁점하도급공사 계약 체결 당시 쟁점법인의 공동대표의 지위에 있었다.
• 나. 처분청은 2024.4.23.부터 2024.7.7.까지(2024.5.28. 범칙조사로 전환, 이하 “쟁점범칙조사”라 한다) 청구법인에 대한 2017년 제2기부터 2018년 제2기까지 세목별 세무조사를 실시하였고, 쟁점법인이 청구법인에게 하도급을 준 것이 아니라 청구법인이 직접 쟁점공사를 수주하고 직접 쟁점공사를 수행한 것으로 보아 쟁점거래처에 대한 매출 세금계산서 미발행 및 쟁점법인에게 쟁점하도급공사 관련해 위장 세금계산서를 발행한 것으로 판단해 조세범 처벌법 위반 혐의로 청구법인의 대표이사 D를 고발하고, 2024.9.9. 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 기계설비공사업 면허(단종면허)를 가진 업체로 E를 비롯한 OOO 내에서 약 20년 가까이 기계설비공사업에 종사해 왔는데, 일정한 공사의 경우 종합건설면허가 있어야 공사 수주를 할 수 있어, 청구법인의 대표이사인 D는 지인의 소개로 위 면허를 가지고 있는 쟁점법인의 대표이사 F를 만나게 되었다. 이후 D는 2014.3.3.부터 2019.3.20.까지는 쟁점법인의 사내이사로, 쟁점공사를 수주하기 약 7개월 전인 2017.5.31.부터 2019.3.20.까지는 쟁점법인의 각자대표로 재직하면서, 쟁점공사와 같이 시공에 종합건설면허가 필요한 공사의 경우에는 쟁점법인이 공사를 수주하고 기계설비 공사는 청구법인에게 하도급을 주어 청구법인이 수행하는 형태로 협업하여 업무를 수행해 왔다.

(2) 쟁점법인은 쟁점공사 계약을 체결한 뒤에 쟁점법인의 현장소장인 G을 비롯한 소속 직원들을 통해 공사관리, 공무관리, 안전관리, 경리관리 등의 업무를 수행하였다. 쟁점거래처도 쟁점법인에게 작업지시를 하고 공사 관련 회의를 진행하기도 하였고, 쟁점공사의 감리인 H는 쟁점법인에 대하여 쟁점공사 감리업무를 수행하였다. 이처럼 쟁점공사의 실제 시공사가 쟁점법인이므로 쟁점법인은 쟁점거래처에게 각 매출세금계산서를 발행하고, 현장소장인 G 등을 통하여 기성금 청구를 하며, 공사대금 또한 쟁점법인이 쟁점거래처로부터 직접 수령하였던 것이다.

(3) 청구법인은 기존에 해왔던 것과 마찬가지로 쟁점공사 중 일부시공에 대하여 쟁점법인으로부터 하도급받아 공사를 완료하였다. 청구법인은 쟁점하도급공사를 완료하고 공사대금을 지급받기 위하여 쟁점법인을 공급받는자로 하여 여러 차례 세금계산서를 발행하였는데, 현실적으로는 세금계산서를 발행할 때마다 청구법인의 경리직원이 쟁점법인의 I에게 연락해 세금계산서의 품목 및 발행금액 등에 관하여 알리고, I이 이를 검토한 후 발행을 수긍하면(승낙의 실 권리자는 F임) 세금계산서를 발행하였고, 이에 따라 그 금액대로 쟁점하도급공사대금이 지급되었다.

(4) 쟁점법인의 각자대표였던 F와 D 사이에는 쟁점공사와 같이 D가 쟁점법인 명의로 공사를 수주하면, 공사대금의 일정비율(이하 “부금”이라 한다)을 F에게 지급하기로 하는 약정이 존재했다. 쟁점법인이 D 등을 피고로 하여 제기한 관련 민사소송(대구지방법원 포항지원 2021.8.26. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점민사소송”이라 한다)에서 쟁점공사에 대해 ‘부금공사에 의한 명의대여로 청구법인이 쟁점법인과 하도급계약을 체결하는 형식으로 쟁점공사를 수행한 것으로 보이는 점’이라는 판시 내용이 있는바, 처분청은 단지 위 판결이유에 설시된 사정만 가지고 쟁점공사의 수행주체를 청구법인이라 단정하였다. 그러나 쟁점민사소송은 쟁점법인이 D를 상대로 제기한 사해행위취소청구 소송으로서 D 등의 소송대리인은 쟁점법인의 D에 대한 피보전채권이 존재하지 않는다는 점에 대한 증거자료만 한정하여 제출하였고 그 결과 쟁점공사를 수행한 주체가 실제는 청구법인이라는 판단에 이른 것이나, 이 건 심판청구에서와 같이 쟁점공사에 대한 모든 증거를 현출하였더라면 위와 같은 판단을 하기는 어려웠을 것이므로 쟁점민사소송의 판결이유를 가지고 쟁점공사의 시공주체를 쟁점법인이 아닌 청구법인으로 보기에는 무리가 있다고 할 것이다.

(5) 처분청은 2024년경 쟁점범칙조사를 거쳐 D를 조세범 처벌법위반혐의로 고발(이하 “쟁점조세범고발건”이라 한다)하였으나 대구지방검찰청 포항지청(OOO)은 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수주한 것으로 볼 수 없다는 취지로 불기소처분(이하 “쟁점불기소처분”이라 한다)하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 2024.4.23. 세무조사에 착수하여 청구법인의 사업장을 방문해 쟁점법인의 공사 관련 서류를 열람·복사하고 관련 서류를 검토하였다. 청구법인·쟁점법인·D·F의 계좌내역을 확보하여 부금 지급내역을 확인하고, 쟁점민사소송에 제출된 증거를 수집하는 등의 과정을 거쳐 이 건 처분을 한 것이지 쟁점민사소송 판결문만을 근거해 처분한 것이 아니다.

(2) D가 쟁점법인의 명목상 대표이사로 되어 있었기에 계약서 및 감리 서류 등이 쟁점법인의 이름으로 작성되어 있고 현장 소장 및 직원의 급여 등이 쟁점법인의 통장에서 이체된 것으로 확인되나, 쟁점민사소송에서 쟁점공사가 청구법인의 책임하에 시행되었고 공사대금의 사용권한 또한 청구법인에게 있다고 판단되었으며, D가 쟁점법인의 대표이사로 취임 후 쟁점법인의 또 다른 대표이사인 F에게 쟁점공사의 기성율에 따라 부금을 지급했다고 판단했는데, 처분청은 위 쟁점민사소송의 판단과 달리보아야 할 근거를 확인하지 못하였다. 따라서 처분청은 청구법인이 종합건설 면허 없이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수주하고 청구법인이 실제 공사를 진행하였다고 보고 쟁점법인이 아닌 청구법인에게 쟁점거래처에 대한 세금계산서 발행 의무가 있다고 보았고 청구법인이 쟁점법인에게 공사하도급 용역 공급의 명목으로 발행한 세금계산서는 허위의 세금계산서로 보았다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수주하고 쟁점법인을 공급자로 한 세금계산서를 발행하는 등 사실과 다른 세금계산서를 발행한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO 설립되어 설비공사 일체 등을 영위하는 법인사업자이고, 청구법인의 임원에 관한 사항은 <표1>과 같으며, 쟁점법인은 2001.1.16. 설립되어 건축공사업 등을 영위하는 법인사업자이고, 쟁점법인의 임원에 관한 사항은 <표2>와 같으며 2017.6.5.부터 2019.3.27.까지 D와 J가 쟁점법인의 대표이사로 각 등기되어 있음이 확인된다. <표1> 청구법인 법인등기사항전부증명서 임원에 관한 사항(요약)

○○○ <표2> 쟁점법인 법인등기사항전부증명서 임원에 관한 사항(요약)

○○○ (나) 쟁점법인의 2017.6.14.자 사업자등록증에는 F, D가 쟁점법인의 각자대표로 기재되어 있음이 확인된다. (다) 쟁점공사의 전자계약서에는 쟁점법인과 쟁점거래처가 쟁점공사의 주체이고, 공사대금은 OOO원(공급금액 OOO원, 부가가치세 OOO원)이며, 계약기간은 2018.2.1.부터 2018.10.31.까 지인 것으로 기재되어 있고, 쟁점법인의 대표란에는 F와 D가 각 기재되어 있는 것으로 확인되며 그 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점공사 전자계약서(요약)

○○○ (라) 쟁점하도급공사의 전자계약서에는 청구법인과 쟁점법인이 계약 주체이고 공사대금 OOO원(공급금액 OOO원, 부가가치세 OOO원), 계약기간 2018.4.1.부터 2018.7.31.까지로 기재되어 있는 것으로 확인되며 그 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점공사 전자계약서(요약)

○○○ (마) 쟁점공사와 관련된 각 회의록(2018.3.13.부터 2018.6.20.까지 총 7회 개최됨)을 보면 쟁점법인의 G이 매 회의마다 참석한 것으로 확인되며 그중 2018.3.13. 회의록 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점공사 회의록(요약)

○○○ (바) 쟁점거래처는 2018.2.20.부터 2018.10.30.까지 쟁점공사에 대한 지시서를 수회 작성하였는데 해당 지시서의 수신인은 쟁점법인의 현장대리인으로 기재되어 있다. (사) G은 쟁점민사소송 진행 당시 증인으로 출석하여 본인이 2018년 2월부터 2018년 11월까지 쟁점법인의 쟁점공사 현장의 현장소장으로 근무했다고 진술하며 쟁점공사 현장에는 쟁점법인 소속 직원 총 5명이 업무를 수행했다고 진술하고 있고, G을 포함하여 쟁점법인 소속으로 쟁점공사에 투입된 직원들이 모두 쟁점법인으로부터 임금을 받았다고 진술하고 있으며 그 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점민사소송 증인신문조서(요약)

○○○ (아) 쟁점불기소처분 결정서에는 쟁점공사대금 OOO원이 쟁점법인의 계좌로 이체되었고, 이 중 청구법인 명의의 계좌로 이체된 금액은 그중 일부인 OOO원으로 기재되어 있다. (자) 청구법인이 제출한 쟁점법인의 계좌OOO 내역과 청구법인의 계좌OOO내역을 살펴보면 쟁점거래처로부터 입금된 금액 중 약 OOO원만이 청구법인에게 이체되었을 뿐 나머지 금액은 쟁점공사에 참여한 업체 등에게 이체된 것으로 확인된다. (차) 쟁점범칙조사의 결과로 청구법인의 대표인 D가 조세범처벌법위반혐의로 고발되었으나 대구지방검찰청 포항지청은 2025.2.28. 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수임했음이 인정되지 않는다는 취지로 불기소처분하였으며, 그 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 조세범 처벌법 위반 혐의 불기소이유서(요약)

○○○ (카) 쟁점법인은 청구법인 및 D 등을 피고로 하여 D가 쟁점법인의 대표이사로 있으면서 쟁점공사 대금을 횡령했음을 주된 청구원인으로 하여 손해배상 등을 청구하는 쟁점민사소송을 제기하였는데, 법원은 쟁점법인의 청구를 기각하면서 쟁점공사의 공사대금 사용권한이 청구법인 및 D에게 있다고 판시하는 과정에서 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 도급받았다고 판단하였고 그 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점민사소송 판결문 요약(대구지방법원 포항지원 2021.8.26. 선고 OOO 판결)

○○○ (타) 쟁점법인은 2020년경 D를 횡령 혐의로 고소(대구지방 검찰청 포항지청 OOO, 이하 “쟁점횡령고소건”이라 한다)하였는데 대구지방검찰청 포항지청은 불기소처분하였고, 불기소결정서에는 청구법인이 쟁점법인의 명의로 쟁점공사를 수주하였으며 쟁점공사를 실제로 진행한 자는 D라고 기재되어 있고 그 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점횡령고소건에 관한 불기소결정서 요약(대구지방검찰청 포항지청 OOO)

○○○ (파) 청구법인에 대한 쟁점범칙조사 종결 보고서에 따르면 쟁점민사소송 판결문 및 쟁점횡령고소건 불기소결정서의 내용을 근거로 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여하여 쟁점공사를 수주하고 이에 대한 대가로 부금을 지급했다고 판단한 것으로 확인되고 그 내용은 아래 <표9>와 같다. <표9> 세금계산서 범칙조사 종결 보고서(요약)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사계약을 체결하고 쟁점공사를 수행한 것이라는 의견이나, 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는바(대법원 2023.11.30. 선고 2020두37857 판결, 같은 뜻임), 쟁점불기소처분 결정서에 따르면 F는 ‘쟁점법인이 쟁점공사를 수행하였고, 청구법인은 쟁점법인으로부터 공사를 하도급받은 것이며, D와 구두로 맺은 부금 계약은 D와 본인 개인 사이의 계약이고, 쟁점법인과 청구법인 사이의 계약이 아니다’라는 취지로 진술했으며 쟁점민사소송에서도 같은 취지로 주장해 그 진술이 일관된 점, 쟁점공사의 현장소장인 G은 쟁점민사소송의 증인신문 당시 본인을 쟁점법인 소속이라 진술하였고 본인과 쟁점공사현장의 직원들이 쟁점법인으로부터 급여를 받았다고 진술하고 있는 점, 쟁점거래처가 주재하는 쟁점공사와 관련한 회의에도 위 G이 쟁점법인 소속으로 수회에 걸쳐 꾸준히 참석한 점, 쟁점공사의 공사대금 OOO원은 쟁점법인의 계좌로 입금되었고 쟁점공사에 관여한 회사들에게 지급되었으며 이 중 약 OOO원만이 청구법인의 계좌로 이체된 점, 쟁점민사소송 판결문 및 쟁점횡령고소사건의 불기소처분이유서에는 ‘쟁점법인은 청구법인 및 D로 하여금 쟁점법인 명의로 쟁점공사를 도급받아 청구법인 및 D의 계산과 책임 하에 공사를 수행하도록 하였다’는 취지로 기재되어 있으나 앞서 살펴본 내용을 종합하여 보았을 때 D는 F가 아닌 본인이 쟁점공사를 주도하였기에 쟁점공사대금을 횡령한 것이 아니라는 취지로 항변하는 과정에서 위와 같이 주장한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인의 대표인 D가 쟁점법인의 각자대표까지 맡아 공사를 수주하면서 청구법인에 일부 공사를 하도급하여 이득을 취하는 대가로 F에게 금원을 교부하며 이를 ‘부금’이라고 칭하였을 가능성을 배제하기 어려우므로 부금을 반드시 명의대여의 대가로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점법인의 명의를 대여해 쟁점공사를 수행했다고 보아 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. (단서 생략) (2) 국세기본법 제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (3) 조세범 처벌법 제10조 (세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 부가가치세법에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위