조세심판원 심판청구 소득세

위법한 세무조사에 근거한 처분이므로 취소대상이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2025-구-0072 선고일 2026.02.05 조세심판원

쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 국세기본법제84조 제1항 및 제2항에 따라 법원으로부터 적법하게 수보한 과세자료에 근거하여 청구인을 세무조사 대상으로 선정한 점, 행정기관에 대한 과세자료 수집은 청구인에 대한 세무조사가 아니므로 중복조사에 해당되지 않는 점, 청구인에 대한 세무조사 사전통지 내용상 조사사유에는 세무조사 근거 조항으로국세기본법제81조의6 제4항이 기재되어 있기는 하나, 이는 국세기본법제81조의6 제3항 4호를 오기인 것으로 보이고 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없는바, 이것만으로는 중대한 절차상 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

② 에 관하여 살피건대, 청구인은 경락으로 쟁점토지를 취득한바, 경락가액을 스스로 알 수 있는 지위에 있는 자인 점, 이를 잊었거나 관련 서류를 분실하였다는 등의 사정만으로는 납세자에게 의무 이행을 기대하기 어려운 사정이 있었다고 보기 어려운 점 등에

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1992.7.18. 서울특별시 종로구 OOO 토지 790㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 경락으로 취득하였고, 이후 2023.7.3. 쟁점토지를 OOO원에 양도한 후, 취득 당시의 경매가액을 확인할 수 없다는 이유로 2023.9.26. 환산취득가액 OOO원을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 신고를 하였다.
  • 나. 처분청은 2024.6.12.부터 2024.7.1. 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 후, 서울중앙지방법원으로부터 쟁점토지의 경매가액을 OOO원으로 확인하고 이를 취득가액으로 하여 2024.9.9. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원, 합계 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 이 건은 적법하지 않은 세무조사에 근거한 과세처분으로 위법하다. (가) 국세기본법상 세무조사 대상 및 세무조사 절차는 다음과 같다. 국세기본법에 의하면 신고주의 세목에 해당하는 양도소득세의 경우, 법정신고기간내에 과세표준신고서를 제출한 경우에는 국세기본법 제81조의3 (납세자의 성실성 추정)에 따라 같은 법 제81조의6 제3항(수시 세무조사 대상)에 해당하는 사유가 반드시 있어야만 세무조사를 할 수 있도록 규정하고 있다. 반면에 같은 법 제81조의6 제4항은 ‘세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준액과 세액이 결정되는 세목의 경우 과세표준이나 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다’고 명시하고 있는바, 이는 상속세나 증여세와 같은 부과과세 방식의 세무조사 대상에 해당하는 것이다. 세무조사 절차를 살펴보면, 국세기본법 제81조의7 (세무조사의 통지 등) 제1항에 따라 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사 대상 세목, 조사 기간, 및 조사 사유 등을 통지하도록 규정하고 있다. 또한 국세청 훈령인 ‘양도소득세 사무처리규정’ 및 ‘조사 사무처리규정’에도 공히 세무조사 사전통지를 하는 경우에는 ‘조사사유’란에 국세기본법 제81조의6 에 따른 조사 사유와 법적근거를 구체적으로 밝혀야 한다고 규정하고, 세무공무원이 세무조사를 시작하는 때는 신분증과 조사원증을 반드시 납세자에게 제시한 후 조사사유 등 필요한 사항을 납세자에게 상세히 설명하여야 한다고 명시하고 있다. (나) 이 건 세무조사는 조사대상 선정사유 없이 이루어진 위법한 처분이다. 처분청이 이 건 세무조사를 위하여 청구인에게 발송한 세무조사 사전통지서의 ‘조사사유’란에는 ‘ 국세기본법 제81조의6 제4항 규정에 따라 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사 실시’라고 기재되어 있었고, 또한 세무조사 착수 당일(2024.6.12.)에도 조사공무원은 조사원증을 청구인에게 보여주면서 세무조사 사전통지서에 기재된 내용과 동일한 법적 근거와 조사사유를 고지하였다. 처분청은 국세기본법 제81조의6 제4항 의 사유로 청구인을 세무조사 대상자로 선정하였으나 양도소득세와 같은 신고주의 세목은 국세기본법 제81조의6 제4항 에 규정에 따라 세무조사를 실시할 수 있는 대상이 아니다. ‘양도소득세 사무처리규정’ 제34조 제3항에서도 국세기본법 제81조의6 제3항 에 따른 범위 안에서 납세지를 관할 지방국세청장 또는 세무서장이 선정한다고 규정하고 있을 뿐이다. 따라서 처분청이 이 건 세무조사 사유 및 법적 근거를 정함에 있어 국세기본법상 양도소득세 세무조사 대상의 핵심 법리가 담긴 납세자 성실성 추정의 원칙에 따른 수시 세무조사 대상(제81조의6 제3항)과는 전혀 관계없는 제81조의6 제4항(과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사 실시)을 적용한 것은 세무조사 대상 선정사유가 없는 세무조사를 실시한 것이며 적법한 세무조사 없이 이 건 과세처분이 이루어진 것이다. (다) 대법원도 세무조사 대상 선정사유 없이 이루어진 위법한 세무조사에 기초한 과세처분은 위법하다고 판결하였다. 이 건 세무조사와 관련된 대법원 판례(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 등)에 의하면, 세무조사는 법이 정한 사유에 해당하는 경우에 한하여 개시될 수 있고, 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 하며, 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점은 피고(처분청)가 증명하여야 한다고 하면서, 법정 세무조사 대상 선정사유 없이 이루어진 세무조사는 위법하다고 보아야 하고 이러한 전제하에 조사대상 선정사유 없이 이루어진 위법한 세무조사에 기초한 과세처분은 위법하다고 판시하였다. 또한 판례는 현행 국세기본법에서 정한 세무조사에 관한 절차 규정을 훈시규정이 아니라 강행규정으로 본 것으로, 이 건 부과처분이 실체적 과세자료에 근거한 것과는 별개로 처분 자체가 위법한 것으로 볼 수밖에 없다. (라) 세무조사 선정사유의 하자는 경미한 절차상 하자라고 볼 수는 없다. 처분청은 세무조사 선정 사유의 적용을 세무공무원의 착오나 실수로 보고 중대한 절차상 하자가 아니라고 할지 모른다. 하지만 국세기본법 제81조 6 제4항이라는 법적 근거와 ‘과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사 실시’라는 조사사유가 기재되어 있었다는 사실만으로는 단순한 착오(숫자 기재 착오)나 실수(법적 근거와 조사사유 상이)가 있다고 볼 수 없으며, 세법상 가산세 면제 사유의 다툼에 대하여 ‘납세자의 고의‧과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지‧착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.’라는 대법원 판례(대법원 2002.11.13. 선고 2001두4689 판결 등)의 법리와 동일한 잣대로 견주어 보면 담당 공무원의 착오 또는 실수로 치부될 수는 없다. 세무조사 선정사유의 법적용 위반은 세무공무원의 실수 여부와는 관계없이 그 자체만으로도 처분의 취소사유가 되는 중대한 위법에 해당한다. 나아가 잘못된 법적용의 근본 원인은 뒤에서 설명하는 것과 같이 담당 공무원이 적법한 세무조사 절차 없이 신고내용 확인 과정에서 임의로 과세자료(경락허가결정문)를 수집한 위법행위를 함으로써 세무조사 선정사유 적용대상이 없기 때문이다. (마) 처분청의 의견은 타당하지 않다.

1. 처분청은 실제 내부절차에 따라 세무조사대상 선정사유를 ‘기타탈루혐의’로 결정한 후 전산 기본정보 화면상에 선정근거가 되는 조항을 국세기본법제81조의6 제3항 제4호(명백한 탈루 혐의)를 입력하였으나, 세무조사 사전통지서 출력 과정에서 선정사유 조항을 잘못 클릭한 것은 물론이고 내부 결제과정에서도 인지하지 못한 채 발송함으로써 발생한 단순한 실수에 기인되었다는 의견이다. 그러나 일반적 전산시스템 구성에 비추어, ‘기본정보 화면’이 세무조사 전산시스템의 기본이 된다면, 세무조사 사전통지서를 출력할 경우에도 기본정보 화면에 입력된 조사사유 항목을 별도로 선택(클릭) 없이 자동적으로 연계되는 것이 정상적인 시스템의 구조라고 볼 것이고, 사전통지서를 출력할 때 조사사유 항목을 다시 클릭해야 한다는 설명은 납득이 되지 않는다. 설령 사전 통지서 출력시 잘못 클릭하였다고 치더라도, 세무조사 당일 청구인에게 제시한 ‘조사원증’(세무조사 사전통지서상의 선정사유와 동일하다는 것은 청구인과 세무대리인이 분명히 확인하였음)은 세무조사 사전통지서와 작성시점이 서로 다른 별건의 문서로서 조사사유 항목 전산입력의 실수가 두 차례나 반복된 것은 결코 전산담당자의 단순 착오(실수)가 아니라고 보인다.

2. 또한 처분청이 이미 객관적 과세자료를 확보한 상황에서 선정사유를 ‘명백한 탈루혐의’로 적용했다는 의견은 국세기본법제81조의6 제3항 제4호 조문의 취지에 어긋난다. 처분청은 ‘경락허가결정문은 위법한 절차를 통하여 수집한 자료이기 때문에 세무조사대상 선정사유가 될 수 없을 뿐만 아니라, 그에 기반으로 삼은 부과처분은 무효라는 청구인 주장’에 대하여는 반론을 하지 않고 있다. 만약 처분청이 신고내용 확인과정에서 확보한 경락허가결정문이 정당한 절차에 따라 적법하게 수집한 과세자료라고 판단하였다면, ‘양도소득세 사무처리규정’ 제19조 제1항에 의거 과세예고통지서를 즉시 발송하고 1개월 후에 부과처분을 하는 것이 너무나 당연한 절차임에도 불구하고 위 규정 제18조(해명안내 등)를 위반하면서 6개월 이상 방치한 것은 이건 세무조사대상 선정사유 법적용 위반과 결코 무관하지 않다.

3. 나아가 처분청은 청구인의 양도소득세 신고서 정확성 검증과정에서 과소신고 혐의를 발견하고 자료생성 후 실제 경매가액이 확인됨을 세무대리인에게 전달하며 수차례 수정신고를 권고하여 스스로 오류를 수정할 기회를 제공하였으나 세무대리인은 ‘청구인이 수정신고를 원하지 않는다.’고 답변하여 조사의뢰를 하게 되었다는 조사의뢰 경위를 설명하였다. 그러나 처분청은 대리인이나 납세자에게 유선으로 한 차례라도 수정신고 권유가 없었음은 물론이고 이 중대한 사실에 대하여 사무처리규정상 기한 후 신고 안내 또는 양도소득세 수정신고 안내 규정에도 불구하고 어떠한 서면발송도 없었다. 또한 처분청 담당자가 2023.10.30.경 법원으로부터 경락허가결정문을 받아 취득가액을 알고 있음에도 불구하고 6개월이 넘도록 제18조에 따른 양도소득세 해명자료 제출 안내 요청 등 어떠한 후속조치도 없이 방치한 것은 행정기본법 제12조 (신뢰보호의 원칙) 제2항의 ‘실권의 법리’가 적용되어 제10조에 명시된 ‘경정청구 처리기간(2개월)’과 제17조에 명시된 ‘신고내용 확인 처리기간(2개월)’이 납세자의 예측가능성 확보차원에서 규정된 강행규정이라는 점에서 위법한 행정작용으로 이건 과세처분은 위법하다. 처분청의 의견은 확인 담당자가 정당한 절차 없이 위법하게 수집한 과세자료를 확보한 후 6개월 이상 방치하였다가 부과처분을 위해서는 세무조사 절차가 필수적이라는 사실을 인식하고 뒤늦게 세무조사팀에 세무조사를 의뢰하기 위하여 조사의뢰 사유를 정당화시키려는 고의성이 있는 허위성 주장이라고 볼 수 밖에 없을 뿐만 아니라, 이 역시 세무조사대상 선정사유(국세기본법 제81조의6 제4항 적용) 결정과도 무관하지 않는 것으로 보인다.

(2) 처분청이 이 건 부과처분의 근거자료로 제시한 경락허가결정문은 세무조사 등 적법절차를 거치지 않고 수집한 위법한 과세자료이다. (가) 경락허가결정문은 아래와 같은 사유로 부적격한 과세자료이다.

1. 보존기간이 많이 경과된 자료이다. ‘법원재판사무 처리규칙’ 제29조 별표2에 의거 보존기간이 10년으로 명시되어 있고, ‘재판서 사건기록 등의 보존에 관한 예규’ 제15조(기록의 폐기) 제1항에서는 ‘보존기간이 만료된 재판서 사건기록 및 장부는 다음해 3월 31일까지 폐기절차를 이행한다.’라고 규정하고 있다. 또한 보유기간이 30년 이상 장기간 경과로 관련 서류가 존재하지 않을 것으로 판단되는 경험칙이나 사회통념에 반하는 자료이며, 사적 매매거래의 경우 상대방의 매매계약서 확인이 거의 불가능한 것과 비교할 때 법적 형평성에도 반하는 자료이다.

2. 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률(이하 “과세자료법”이라 한다) 제8조의 범위를 넘어 수집한 자료이다. 과세자료법 제8조 의 자료수집 범위는 같은 법 제5조 제1항의 각호의 국세의 부과·징수의 납세에 관리에 직접적으로 필요한 자료에 한정되어 있다. 따라서 같은 법 제8조에 따른 과세자료 수집은 제한 없이 수집할 수 있다고 볼 수 없고 세무조사 등 적법한 절차에 따라서 수집하여야 한다. 3) 개인정보보호법 제18조 에 규정된 ‘개인정보 제공 제한의 예외’에 벗어난 위법한 자료이다. 민사집행법 제9조 (기록 열람·등본 부여)나 대법원 ‘재판기록의 열람·복사 예규’에는 열람 복사 신청 자격도 엄격히 제한되어 있다. 과세자료법 제5조 의 자료와 달리 과세자료법 제8조 는 법령에 특정하여 명시한 자료가 아니므로 개인정보보호법 제18조 에서 규정한 ‘제공 제한의 예외’에 해당하지 않는다. (나) 이 건 부과처분의 근거로 삼은 과세자료의 수집은 세무조사에 해당한다. 1) 국세기본법 제2조 제21호 에 ‘세무조사’의 정의를 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부‧서류 또는 그 밖의 물건을 검사‧조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.’라고 규정하고 있다. 그런데 과세관청은 신고내용 확인이나 현장조사 과정에서 단순한 사실관계 확인은 세무조사에 해당하지 않는다고 해석하고 있다. 또한 대법원 판례도 세무조사를 ‘국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위해 질문하고 장부서류 등을 검사‧조사하거나 제출을 명하는 일체의 행위’라고 정의하면서, 세무공무원의 행위가 세무조사에 해당하는지 여부에 대해 법원은 형식이 아닌 그 실질로 판단(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)하고 있어 납세자의 영업의 자유나 재산권의 침해 등에 영향을 미치는 경우에는 그 형식과는 무관하게 이를 세무조사로 보고 있다. 나아가 대법원은 세무공무원이 실시하는 질문·조사권을 통해 과세요건을 조사‧확인하고 과세에 필요한 직접‧간접의 자료를 수집하는 일련의 행위가 세무조사에 해당(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결)된다고 판단하고 있다.

2. 따라서 처분청이 이 건 부과처분의 근거자료로 삼은 경락허가결정문은 누구나 신청하면 발급이 가능한 단순 민원서류 범위를 벗어나 과세자료법 제8조 에 따라 서울중앙지방법원에 과세자료 제출 협조 요청을 통하여 수집한 자료일 뿐만 아니라, 담당 공무원이 행정편의와 성과에 편승하여 오직 부과처분을 목적으로 적극적인 행정작용으로 수집한 행위이기 때문에 세무조사에 해당한다. 감사원 감사보고서(과세자료 처리 및 활용실태, 2020년 1월 발행, 13쪽)에도 과세자료법 제8조 에 의한 외부자료 수집은 신고내용 사후검증이 아닌 세무조사로 분류하였다. 이는 국세청이 제출한 자료를 재구성한 것으로 처분청의 의견으로 볼 수 있다. (다) 또한 국세기본법상 납세자 성실성 추정의 원칙에 따라 세무조사 대상자 선정 및 세무조사 사전통지 등 적법한 세무조사 절차를 거치지 않고 수집한 자료는 부과처분의 근거자료로 삼을 수 없다. 법정기한 내 성실하게 신고한 양도소득세의 경정을 위해서는 앞서 설명한 바와 같이 국세기본법 제81조의3 에 규정된 납세자 성실성 추정의 원칙에 따라 같은 법 제81조의6 제3항(수시 세무조사 대상)에 해당된 경우에 한하여 세무조사 사전통지 등 적법절차를 거쳐 과세자료를 수집하여야 한다. 따라서 이 건 수집행위는 수시 세무조사 대상(5개 항목)의 어느 항목에도 해당되지 않을 뿐만 아니라, 설령 해당된다고 하더라도 세무조사 대상 선정사유가 명시된 세무조사 사전통지 등 적법절차를 거치지 않고 수집한 경락허가결정문은 적격성을 갖추지 못한 과세자료에 해당한다. (라) ‘양도소득세 사무처리규정’에 규정된 절차를 위반하였다.

1. ‘양도소득세 사무처리규정’ 제14조 내지 제19조에 따르면, 처분청이 양도소득세의 오류 또는 누락 여부 등 신고 적정 여부를 확인하기 위하여, 지방국세청장이 신고내용 확인 계획 수립 및 확인담당자 지정, 지방국세청장이 확인 대상자 선정 후 세무서장에게 신고내용 확인 계획 및 대상자 시달, 납세자의 해명이 필요할 경우 ‘양도소득세 해명자료 제출안내’ 서면 요구, 또한 해명자료를 제출하지 않았을 때 한하여 탈루혐의가 명백하여 실지조사가 필요하다고 인정되는 경우 실지조사 대상자로 선정 등 신고내용 확인 절차를 상세하게 기술하고 있다.

2. 이와 같은 신고내용 확인 절차를 종합하여 보면, 처분청이 신고내용 확인 계획 수립이나 확인담당자 지정 등에 대한 정당한 절차 이행 여부는 논외로 하더라도, 최소한 납세자의 해명자료 제출 요청 절차를 거쳐 실지조사 대상자로 전환한 후 과세자료 수집 여부를 결정하는 것이 적법한 절차인데도 불구하고, 최초 담당자가 이러한 모든 절차를 무시하고 임의로 위법하게 과세자료를 수집한 것이다. (마) 처분청의 주장은 타당하지 않다.

1. 처분청은 과세자료 수집근거가 국세기본법 제84조 제1항 의 규정에 따른 것으로 적법하기 때문에 청구인이 주장하는 과세자료법 제8조 의 범위를 넘어 수집한 자료가 아니라는 의견이다. 그러나 처분청이 외부로부터 과세자료(경락허가결정문)를 수집할 수 있는 세법상 근거를 살펴보면, 국세기본법 제84조 제1항 (국세행정에 대한 협조)은 국세 전반에 대한 협조를 요청할 수 있는 포괄적인 규정임에 반하여 과세자료법은 과세자료의 제출·관리 및 활용에 관한 사항을 규정하는 개별 법률이기 때문에 이건 부과처분을 위한 과세자료(경락허가결정문) 수집근거는 마땅히 과세자료법 제8조 를 적용하여야 함에도 불구하고, 처분청의 과세자료 수집근거는 국세기본법 제84조 규정에 따르기 때문에 과세자료법 제8조 의 범위를 넘어 수집한 자료가 아니라는 의견은 명백하게 잘못된 논거이다. 나아가 감사원 감사보고서(과세자료 처리 및 활용실태 13쪽, 2020. 1.)에 ‘국세청은 과세자료법에 근거하여 과세자료관리규정 제4조부터 제8조까지의 규정에 따라 과세자료를 과세자료 제출기관 등으로부터 수집하고 있다.’라고 기술되어 있는 사실에도 비추어 본다면, 이 건 과세자료(경락허가결정문) 수집근거로 과세자료법 제8조 (과세자료의 수집에 관한 협조 요청)를 적용하는 것이 명확하다는 법리에 비추어, 처분청은 과세자료법을 위반하면서 과세자료를 위법하게 수집하였다는 사실을 자인하는 결과가 되는 것이다.

(3) 가산세 감면의 정당한 사유가 있다. (가) 국세기본법 제48조 는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구인이 환산취득가액으로 양도소득세를 신고한 것은 위에서 언급한 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과는 타당하지 않다. 청구인은 2023.7.3. 매도로 인한 소유권 이전 시 등기필증(경락허가결정문) 멸실로 등기필정보의 부존재 확인서(공증서)를 서울중앙지방법원 중부등기소로부터 받았다. 또한 청구인은 쟁점토지의 물건소재지인 서울특별시 종로구나 청구인의 주소지인 대구광역시 남구에 취득가액 확인을 위한 열람을 청구하였으나 1997년에 행정전산화 작업을 하여 그 이전의 자료는 불가하다는 답변을 받았으며, 대법원 경매정보 사이트에서도 전산화 이전 자료이므로 취득가액 확인이 불가하였으며, 경매정보 제공회사로 가장 오래된 OOO에서도 취득가액 확인이 불가하였다. 그리고 청구인은 취득가액을 더 적극적으로 알아보기 위해 서울중앙지방법원에 사건기록 열람 신청을 하였고 2022.5.24. 서울중앙지방법원으로부터 ‘사건기록 폐기증명원’을 발급받는 등 납세자의 납세협력의무를 충실하게 이행하였다. 청구인은 취득가액을 알 수 없었기에 소득세법 제114조 제7항 의 취득가액을 환산취득가액으로 양도소득세를 신고하게 된 것이다. 청구인은 쟁점토지의 매매를 결정할 때 환산취득가액을 기준으로 한 양도소득세 부담 정도가 양도 여부를 결정하는데 중요한 판단기준이었으며, 만약 이 사건 처분과 같은 양도소득세가 부과된다는 사실을 알았다면 그 당시 이 사건 토지를 매각하지 않고 다른 결정을 하였을 것이다. 청구인은 취득가액을 알아보기 위해 충분한 노력을 하였음에도 이를 알 수 없어 환산취득가액으로 신고한 것이며 조세법률주의가 추구하는 납세자의 법적 안정성과 예측 가능성 보장을 신뢰하고 매매 여부를 결정한 것이다. 그러므로 청구인이 환산취득가액으로 양도소득세를 신고한 것은 정당한 사유가 있고, 가산세가 감면되어야 한다. (나) 청구인이 경락가액을 알 수 없다는 취지의 증빙자료로 제출한 ‘사건기록 폐기증명원’에 대하여 처분청은 청구인이 실제 알고자 하는 경매가액을 법원에 직접적으로 확인 요청한 것이 아닌 단순 사건기록이 폐기되었다는 증명서류에 불과하다는 의견이나, 이는 사실과 다르다. 먼저 법원에 직접적으로 확인 요청한 것이 아니라는 의견에 대하여는 청구인이 서울중앙지방법원 제3별관 기록관리과 분실 민원창구에 직접 방문하여 발급받은 사실에 반할 뿐만 아니라, 이건 민원서류 발급 과정에서 청구인이 민원창구에서 어떠한 행위를 잘못하였는지 구체적 설명이 없다. 또한 청구인은 경락가액을 알기 위한 구체적 증빙서류를 확보하기 위하여 사건기록 폐기증명원을 발급받기 이전에 다음과 같은 몇가지 사실을 확인하였다. 첫째, 쟁점토지의 보유기간이 30년 이상 너무나 오래된 시간이 경과하였기 때문에 지자체나 법원 등 어떠한 행정기관에서도 관련 서류를 찾기가 어렵다는 인식(사회통념)을 갖게 되었다. 둘째, 주변의 여러 세무사들에게 경락허가결정문의 보존기간(10년)이 많이 경과되었기 때문에 법원에서는 이미 폐기되어 보존하고 있지 않거나 설령 보존하고 있더라도 발급해주지 않을 것이라는 사실(법적 안정성 측면)을 들었다. 셋째, 이러한 사실을 뒷받침하는 증거로 법원행정처 발행 법원실무제요 책자에도 상세하게 기술되어 있는 것을 확인하였다. 즉 법원실무제요(민사소송)에는 ‘사건기록’이라 함은 재판사무에 있어서 특정사건에 대하여 작성되거나 제출된 관계서류 등의 총체를 의미한다고 정의하면서 법원에 의하여 작성된 조서나 재판서 등은 물론이고 당사자가 작성한 서류 등 모든 기록이 포함된다고 기술하고 있다. 또한 사건기록의 보존기간 및 폐기 방법에 대하여 재판서 중 결정문은 보존기간이 10년(법원재판사무 처리규칙 제29조 별표2)이며 보존기간이 만료된 재판서 등은 다음해 3월 31일까지 폐기절차를 이행한다(보존예규 15조 1항)고 기술되어 있다. 따라서 청구인은 경락가액을 알기 위하여 법원 민원창구에 가서 담당직원에게 보존기간이 경과된 서류의 발급을 요청한 것이고 이에 부합하는 ‘사건기록 폐기증명원’을 발급받은 것이다. 이와 같이 ‘사건기록 폐기증명원’은 법원의 규정과 같은 법원실무제요의 내용과 명확하게 일치된 사실을 증명한 서류라고 인식되기 때문에 청구인은 이 증명원 내용에는 경락허가결정문도 포함되어 보존기간 경과로 폐기된 것으로 이해할 수 밖에 없을 뿐만 아니라, 법원 민원서류 발급 과정에 어떠한 잘못도 없었다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 처분청이 제시한 세무조사 대상 선정사유는 적법하다. 세무조사 사전통지서는 국세청 전산시스템에서 ① FA01화면, ② FB01화면, ③ FB08화면까지 순서대로 입력해야만 출력된다. 전산입력 담당자가 FA01화면에서 조사대상 선정사유를 입력할 때 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 규정으로 입력하였으나, FB08화면 입력 시 실수로 체크한 국세기본법 제81조의6 제4항 의 내용이 출력되어 청구인에게 발송된 것이다. <국세청 세무조사대상 입력 전산화면 설명> FA01 (조사대상자 및 관련인 선정관리) FB08 (조사착수처리) 조사대상자 기본정보 입력, 조사선정 기본정보 입력 조사요원입력, 조사원증 및 사전통지서 등 출력 국세청 전산시스템 입력 시 FB08화면은 제시된 문구 중 해당하는 사항을 클릭으로 선택하도록 되어 있다. 전산입력 담당자가 정확하게 선정사유를 선택하였어도 마우스나 키보드 조작 실수로 바로 인접해 있는 항목이 재선택되어 본인이 인지하지 못한 상태에서 다음 항목으로 이동하는 경우가 있다. 이처럼 FA01화면에는 정상적으로 조사선정 사유(국세기본법 제81조의6 제3항 제4호)가 입력되었으나, FB08화면에서 단순 클릭 실수로 실제와 다른 조사선정 사유(국세기본법 제81조의6 제4항)가 기재된 세무조사 사전통지서가 출력된 것이다. 전산입력 실수로 출력된 세무조사 사전통지서를 처분청에서 인지하지 못하고 발송하였으며, 2024.6.12. 남대구세무서 4층 재산세과 사무실에서 청구인과 동행한 세무대리인과 만나 조사를 착수하였다. 조사 착수 시 세무조사 절차에 따라 청구인에게 조사공무원의 신분증과 조사원증을 제시한 후 경매가액이 존재함에도 취득가액을 환산으로 신고한 것으로 인해 조사 대상자로 선정되었다는 선정사유를 설명하였고 청구인과 세무대리인은 이를 분명하게 인지하였다. 청구인은 조사 착수 당시 처분청에서 경매가액을 확인한 것을 알고 있는 것처럼 서울중앙지방법원에 공문을 언제 보내어 확인한 것인지 공문발송일에 대하여 계속하여 질문하였으며 불복할 것이라고 말했다. 이는 청구인이 사전에 조사 선정 사유를 명확하게 알고 있었음을 의미한다. 처분청의 단순한 전산입력 실수로 세무조사 사전통지서에 조사 사유가 잘못 기재 되었다고는 하나, 이는 청구인이 주장하는 바와 같이 세무조사 대상자 선정 사유 자체가 위법하다고 볼 수 없다. 처분청에서 작성한 조사 대상 선정 검토표(증거목록 첨부)에 기재 된 조사 선정 사유에서 확인되듯이 ‘경매로 취득하여 실질거래가액이 존재하나 환산취득가액으로 신고하여 양도소득세 과소신고 한 혐의’로 조사 대상자로 선정한 것이다. 또한, 처분청이 상식적으로 신고세목인 양도소득세 조사에 적용할 수 없는 상속·증여세의 조사 선정 사유인 국세기본법 제81조의6 제4항 을 세무조사 선정 사유로 입력할 이유가 없고, 청구인이 주장하는 ‘세무조사 선정 사유를 적용할 법령이 없기 때문’이 아니라 단순 전산입력 실수로 세무조사 사전통지서에 상속·증여세 세목에 적용되는 조사 사유가 기재된 것이다. 설령, 세무조사 사전통지서 일부 내용이 잘못 기재 되었다 하더라도 부과제척기간이 경과하지 않아 치유(재결정 고지)가 가능하여 청구인에게 조세심판을 청구할 이익이 없다. (2) 처분청의 과세자료 수집 절차 및 신고내용 확인 절차에는 위법 사실이 없다. 청구인은 처분청이 수집한 경락허가결정문에 대해 보존기간이 많이 경과된 자료로 경험칙이나 사회통념상 확인이 불가한 자료라고 주장하나 처분청에서는 경락으로 인한 거래가액이 존재하므로 보존기간 여부와 상관없이 국세의 부과와 징수에 필요한 자료를 국세기본법 제84조 제1항 규정에 의해 수집한 것이다. 또한 과세자료법 범위를 넘어 수집한 자료라는 청구인의 주장은 잘못된 것이다. 과세자료법은 2000.7.1. 시행된 법령으로 공공기관 등이 보유하고 있는 자료로서 국세의 부과와 납세의 관리에 필요한 자료를 세무관서에 의무적으로 제출하도록 하고, 이를 통하여 수집된 과세자료를 효율적으로 관리·활용함에 있어서 필요한 사항을 규정한 것이다. 따라서 처분청에서 국세기본법 제84조 제1항 규정에 근거하여 수집한 경매가액은 적법한 절차에 따라 수집한 자료로 청구인이 주장하는 과세자료법 제8조 의 범위를 넘어 수집한 자료가 아니다. 또한 청구인은 ‘양도소득세 사무처리규정’ 제3절의 ‘신고내용 확인’을 언급하며 규정된 절차를 위반하였다고 주장하나, 지방국세청장이 신고내용 확인 계획을 수립하여 세무서장에게 시달하는 ‘신고내용 확인’ 제도와 일선 세무서 재산세과 신고팀에서 확인하는 ‘신고서의 정확성 검증’ 과정과는 다른 것이다. 국세청 ‘재산제세 업무매뉴얼Ⅰ(양도소득세 분야)’에 따른 양도소득세 신고서의 정확성 검증 과정에 의하면, 양도소득세 예정(확정)신고서를 배정받은 내부 업무 처리자(이하 “신고팀 담당자”라 한다)는 양도소득세 세액의 계산 검증을 위해 상세 물건을 입력하는 등 신고서의 정확성을 검증하여야 한다. 이에 따라 처분청 재산세과 신고팀 담당자는 청구인의 양도소득세 신고서 정확성 검증 과정에서 과소신고 혐의를 발견하고 자료 생성 후 실제 경매가액이 확인됨을 세무대리인에게 전달하며 수 차례 수정신고를 권고하여 스스로 오류를 수정할 기회를 제공하였으나 세무대리인은 ‘청구인이 수정신고를 원하지 않는다’고 답변하여 조사 의뢰하게 된 것이다. 이처럼 내부 업무처리 매뉴얼에 의하여 양도소득세 신고서의 정확성 검증 과정을 거쳐 절차대로 조사 대상자로 선정 하였기에 양도소득세 사무처리규정을 위반하지 않았다. (3) 청구인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 없다. 청구인이 양도소득세 신고 시 환산취득가액 적용 소명서를 제출하고 납세의무를 성실히 이행하려고 노력하였다고 하나, 가장 중요한 경매가액을 법원에 확인 요청 하였다는 내용은 없다. 청구인이 제출한 ‘사건기록 폐기증명원’은 쟁점토지의 임의경매 사건 관련 기록이 보존기간이 만료되어 폐기되었다는 증명원으로, 쟁점토지를 양도시점(2023.9.26.) 이전인 2022.5.24.에 청구인이 주장하는 서류 보존기간 30년이 지난 시점에 발급받은 것으로, 청구인이 실제 알고자 하는 경매가액을 법원에 직접적으로 확인요청한 것이 아닌 단순 사건기록이 폐기되었다는 증명서류이다. 처분청이 조사기간 동안 서울중앙지법 기록관리과에 문의하였을 때는 취득당시의 경매가액이 확인 가능하다는 답변을 받았다. 쟁점토지의 경락 당사자인 청구인이 경매가액을 직접적으로 문의하였다면 충분히 확인 가능하였을 것이다. 청구인은 1992년 쟁점토지를 OOO원에 경락받은 반면, 청구인이 신고한 쟁점토지의 환산취득가액은 OOO원으로 청구인이 쟁점토지의 실제 경매가액을 정확히 알지는 못하였다고 하더라도 쟁점토지의 취득시기나 일반적인 토지가격의 상승 경향 등을 고려할 때 적어도 실제 취득가액이 환산취득가액보다 현저히 낮다는 것은 충분히 인지하고 있었음에도 쟁점토지의 실제 취득가액인 경매가액을 직접적으로 확인하려는 노력을 다하지 않은 것이다. 따라서 청구인이 주장하는 사유는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 위법한 세무조사에 근거한 처분이므로 취소대상이라는 청구주장의 당부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법률: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인에 대한 세무조사 사전통지 내용은 다음과 같다. <표1> 청구인에 대한 세무조사 사전통지 내용 (나) 청구인은 쟁점토지 양도에 대한 등기완료 통지서 및 청구인의 쟁점토지 취득 당시 경락 사건OOO의 사건기록 폐기증명원을 제출하였다. (다) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 처분청은 2023.10.18.경 서울중앙법원장에게 쟁점토지의 경매매각금액 확인을 위한 공문을 발송하였고, 서울중앙지방법원장은 이에 대해 2023.10.30.경 경매가격은 OOO원이라는 내용으로 회신한 것으로 나타난다. <매각허가결정문 사본 의뢰> <매각허가결정문 사본 의뢰에 대한 회신> (라) 처분청은 청구인에 대해 2024.6.12.부터 2024.7.1.까지 세무조사를 실시한바, 처분청이 제출한 조사대상 선정 검토표 및 조사종결 보고서에 의하면 다음과 같이 선정사유가 기재되어 있으나 적용 법조항은 기재되어 있지 않다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

1. 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이 위법한 세무조사에 근거한 처분이라고 주장하나, 처분청은 국세기본법제84조 제1항 및 제2항에 따라 서울지방법원으로부터 적법하게 수보한 과세자료에 근거하여 청구인을 세무조사 대상으로 선정한 점, 행정기관에 대한 과세자료 수집은 청구인에 대한 세무조사가 아니므로 중복조사에 해당되지 않는 점, 청구인에 대한 세무조사 사전통지 내용상 조사사유에는 세무조사 근거 조항으로국세기본법제81조의6 제4항이 기재되어 있기는 하나, 이는 국세기본법제81조의6 제3항 4호를 오기인 것으로 보이고 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없는바(대법원 2019.1.31. 선고 2016두64975 판결, 같은 뜻임), 이것만으로는 중대한 절차상 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 세무조사 절차에 따라 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

2. 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 등, 같은 뜻임), 청구인은 경락으로 쟁점토지를 취득한바, 경락가액을 스스로 알 수 있는 지위에 있는 점, 이를 잊었거나 관련 서류를 분실하였다는 등의 사정만으로는 납세자에게 의무 이행을 기대하기 어려운 사정이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 가산세(과소신고가산세 및 납부지연가산세)를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 국세기본법 제22조(납세의무의 확정)

① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

7. 교육세

8. 교통ㆍ에너지ㆍ환경세

9. 종합부동산세(납세의무자가 종합부동산세법 제16조제3항 에 따라 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에 한정한다)

③ 제2항 각 호 외의 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 확정된다. 제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)

① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다. 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)

① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. 제84조(국세행정에 대한 협조) ① 세무공무원은 직무를 집행할 때 필요하면 국가기관, 지방자치단체 또는 그 소속 공무원에게 협조를 요청할 수 있다.

② 제1항의 요청을 받은 자는 정당한 사유가 없으면 협조하여야 한다. 제85조(과세자료의 제출과 그 수집에 대한 협조)

① 세법에 따라 과세자료를 제출할 의무가 있는 자는 과세자료를 성실하게 작성하여 정해진 기한까지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 국세정보통신망을 이용하여 제출하는 경우에는 지방국세청장이나 국세청장에게 제출할 수 있다.

② 국가기관, 지방자치단체, 금융회사 등 또는 전자계산ㆍ정보처리시설을 보유한 자는 과세와 관계되는 자료 또는 통계를 수집하거나 작성하였을 때에는 국세청장에게 통보하여야 한다.

(2) 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 제5조(과세자료의 범위)

① 과세자료제출기관이 제출하여야 하는 과세자료는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자료로서 국세의 부과ㆍ징수와 납세의 관리에 직접적으로 필요한 자료로 한다.

1. 법률에 따라 인가ㆍ허가ㆍ특허ㆍ등기ㆍ등록ㆍ신고 등을 하거나 받는 경우 그에 관한 자료

2. 법률에 따라 실시하는 조사ㆍ검사 등의 결과에 관한 자료

3. 법률에 따라 보고받은 영업ㆍ판매ㆍ생산ㆍ공사 등의 실적에 관한 자료

4. 부가가치세법소득세법 또는 법인세법에 따라 교부하거나 교부받은 세금계산서 및 계산서의 합계표

5. 과세자료제출기관이 지급하는 각종 보조금ㆍ보험급여ㆍ공제금 등의 지급 현황(보조금 관리에 관한 법률에 따라 교부한 보조금으로서 같은 법 제26조의2에 따른 보조금통합관리망으로 관리 중인 보조금의 경우에는 보조금통합관리망에 따른 교부 현황을 말한다) 및 제4조제6호에 따른 기관이나 단체의 회원ㆍ사업자 등의 사업실적에 관한 자료

6. 제4조 제1호에 따른 중앙관서 중 중앙행정기관 외의 기관이 보유하고 있는 자료로서 국세청장이 납세관리에 필요한 최소한의 범위에서 해당 기관의 장과 미리 협의하여 정하는 자료 제8조(과세자료의 수집에 관한 협조 요청) 세무관서의 장은 제5조에 따른 과세자료 외의 자료로서 과세자료로 활용할 가치가 있다고 인정되는 자료가 있으면 해당 자료를 보유하고 있는 과세자료제출기관의 장에게 그 자료의 수집에 협조하여 줄 것을 요청할 수 있다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)