(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면, b는 1997.11.17. 쟁점부동산을 매매로 취득하였고, 1999.7.21. 근저당권자 주식회사 D, 채무자 주식회사 C로 하는 근저당권설정등기가 경료되었으며, 2002.6.15.~2003.7.31. 기간동안 채권자들로부터 가압류등기 5건, 압류등기 2건이 있었고, 2003.1.25. 채권자 주식회사 D에 의한 임의경매개시결정이 있었으며, 2004.3.22. a에게 임의경매로 매각되어 선행 근저당권설정등기 및 가압류․압류등기가 전부 말소되었다. 이후 ① 2004.3.22. 근저당권자 주식회사 E, 채무자 a, 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 경료되고, ② 2004.4.13. 근저당권자 c, 채무자 a, 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 경료되었으며, ③ 2005.6.22. 나주세무서의 압류등기, ④ 2005.9.14. F 주식회사의 가압류 등기가 경료된 상태에서 청구인은 2005.12.7. 쟁점부동산을 매매로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타나고, 2006.7.20. 채권자 c에 의한 임의경매개시결정이 있었다가 2006.10.13. 취하되었고, ①~④ 근저당권설정등기 등은 아래 <표1>과 같이 말소되었으며, 2006.12.27.~2015.9.9. 기간동안 청구인을 채무자로 하는 근저당권설정등기가 경료되었고, 2012.12.21.~2022.6.16. 기간동안 근저당권설정등기를 말소하여 쟁점부동산에 제한물권이 남아 있지 않은 상태에서 2022.6.30. 쟁점부동산을 양수법인에게 양도한 것으로 나타난다. <표1> 쟁점부동산의 제한물권 내역
○○○ (나) 청구인은 쟁점부동산에서 ‘B’이라는 상호로 2006.1.2.~2022.6.30. 기간동안 사료 제조업을 영위한 개인사업자이고, 2022.4.5. 청구인과 양수법인 간에 작성한 포괄 사업 양도․양수계약서의 주요 내용은 다음과 같다. <포괄 사업 양도․양수계약서>
○○○ (다) 2022.4.23. 청구인과 양수법인 간에 작성한 쟁점부동산 매매계약서에는 매매대금 OOO원[계약금 OOO원, 1차중도금(2022.5.15.) OOO원, 잔금 OOO원]을 지급하기로 하고, 쟁점부동산의 인도일은 2022.6.30.으로 기재되어 있으며, 같은 날 작성한 설비, 차량 등 매매계약서에는 차량 3대, 장비(2톤 지게차) 1대, 자숙시설, 건조시설, 대기시설, 기타시설, 전기시설, 폐수처리시설, 사무실 및 휴게실 비품 일체에 대하여 매매대금 OOO원[1차(2022.5.15.) OOO원, 2차(2022.5.31.) OOO원]을 지급하기로 하고 2022.6.30.까지 소유권이전을 완료하기로 한다고 기재되어 있다. 또한, 같은 날 작성한 청구인의 확인서에는 청구인이 운영하고 있는 B에 관한 일체의 권리와 의무를 양도함에 있어 거래처별 외상 매입금, 미지급금, 금융기관 부채 현황, 미지급 급여, 퇴직급여 충당금, 지방세 및 국세 납부에 대하여 잔금일 이전까지 문제 없음을 확인한다고 기재되어 있다. (라) 청구인은 쟁점부동산에 대하여 양도가액 OOO원, 환산취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 유형자산의 매매대금 OOO원에서 B의 유형자산 감가상각비명세서상 미상각잔액 합계 OOO원(구축물, 기계장치, 차량운반구, 비품, 시설장치) 및 기타비용 OOO원을 공제하여 양도차익 OOO원(쟁점①금액)을 사업소득으로 하여 2022년 귀속 종합소득세를 신고한 것으로 나타난다. (마) 양수법인은 쟁점부동산 및 유형자산을 취득하여 2022사업연도 표준재무상태표상 유형자산으로 아래 <표2>와 같이 계상하였고, 무형자산으로 영업권을 OOO원(기초가액 OOO원, 당기 상각비 OOO원)으로 계상한 것으로 나타난다. <표2> 양수법인의 재무상태표(2022사업연도) (단위: 원)
○○○ (바) 전라남도 함평군수의 대기배출시설설치 및 폐수배출시설설치에 관한 허가증, 폐기물종합재활용업 허가증(영업대상 폐기물: OOO)에 따르면, 2022.7.6. 청구인에서 양수법인으로 변경신고된 것으로 나타난다. (사) 조사청이 2025.2.28.∼2025.3.19. 기간동안 청구인에 대하여 조사한 내용은 다음과 같다.
1. 청구인의 종합소득세 신고서상 B(폐업일 2022.6.30.)의 사업소득내역은 아래 <표3>과 같고, 수입금액의 계정과목은 주로 제품매출과 혈액수거수입(2016년 OOO원, 2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원)으로 나타나고, 2022년 귀속 종합소득세 수입금액 OOO원은 부가가치세 과세표준 OOO원 + 유형자산처분이익 OOO원(쟁점①금액) + 쟁점부동산 처분이익 OOO원 – 차량매각 OOO원으로 나타난다. <표3> 청구인의 종합소득세 신고 내역 (단위: 백만원)
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2. 조사종결보고서에는 청구인이 2022년 귀속 종합소득세로 신고한 유형자산 처분이익인 쟁점①금액(OOO원)을 소득세법제94조 제1항 제4호 가목의 영업권으로 보았고, 광주지방법원 목포지원 2015.7.20. 결정 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문에서 청구인이 특허권에 관하여 OOO원을 지급한 사실이 확인되어 그 취득금액 OOO원을 차감한 OOO원에 대하여 양도소득세를 부과한다고 기재되어 있다. < 광주지방법원 목포지원 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문 >
○○○ 3) 쟁점부동산의 전소유자 a의 2005년 귀속 양도소득세 신고서 및 국세청의 통합전산상 결정결의내역에는 쟁점부동산 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 결정유형은 쌍방실가로 나타나고, 위 양도가액에서 건물의 감가상각누계액 OOO원을 차감한 금액 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 경정한다는 내용이 기재되어 있다. 다만 2005.12.7. a과 청구인 간의 양도계약서는 서류 보존기간이 경과되어 제출되지 않았다. <표4> 청구인의 신고내역 및 처분청의 경정 내역 (단위: 원)
○○○ (아) 청구인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 청구인은 쟁점①금액에 관하여, 양수법인의 대표자 d이 2025.8.5. 작성한 확인서를 제출하였는바, 청구인과 양수법인은 영업권의 대가 지급여부에 대하여 합의하지 않았고, 이 건 양도대금 OOO원에는 영업권의 가치가 포함되어 있지 않으며, 양수법인의 재무상태표상 무형자산의 감가상각비에 B의 영업권을 계상한 것은 법인세 신고 세무대리인과 소통이 제대로 되지 않아 발생한 것이라고 기재되어 있다.
2. 쟁점부동산 전 소유자인 a이 2004.3.22. 쟁점부동산을 경매로 취득할 당시 쟁점부동산의 감정가는 OOO원이고, 낙찰가는 OOO원으로 나타난다.
3. 청구인은 b와 a에게 주식회사 C의 운영을 위하여 OOO원을 대여하였고 대여금을 회수하지 못하여 사실상 대물변제로 쟁점부동산을 a로부터 취득한 것이라고 주장하면서, 자금대여에 관한 금융증빙을 제출하는 것은 불가능하여 차용증을 제출하였는바, 채무자 b의 차용증에는 금 OOO원을 2003.12.31.까지 변제하기로 하고, 채무자 a의 차용증에는 금 OOO원을 2005.3.24.까지 상환하고, 이에 대한 담보로 주식회사 C의 공장건물과 부지를 제공한다고 기재되어 있다.
4. 또한 청구인은 주식회사 C를 인수하게 된 경위 및 청구인의 대여금채권에 관하여 광주지방법원 OOO 유체동산 인도 소송에서 피고(청구인)가 제출한 답변서를 제출하였다. < 광주지방법원 OOO 유체동산인도 소송의 답변서>
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5. 청구인은 쟁점②금액에 관하여 입출금거래내역을 제출하였는바, 2006.10.12. 청구인의 계좌에서 OOO원이 출금되었고, 이체메모에 ‘근저당권자 c에게 이체-입금증 따로 있음’이라고 기재되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 양도 시 영업권 양도에 관한 약정을 하지 않아 쟁점①금액을 영업권의 대가로 볼 수 없다고 주장하나, 소득세법제94조에서는 영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하여 양도소득으로 규정하는 점, 광주지방법원 목포지원 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문에 따르면 주식회사 C는 OOO를 이용하여 혈분사료를 제조하였고, OOO에 관한 특허권을 출원․등록하였으며, 청구인은 2006년경 주식회사 C로부터 공장, 토지 설비 일체를 양수하면서 OOO도 함께 양수하였고, 청구인이 운영하는 B은 2006년경부터 OOO를 사용하여 혈분사료를 제조․판매한 것으로 나타나는바, 청구인은 사업에 관한 특허권을 보유한 것으로 보이는 점, 청구인은 B의 사업을 영위하기 위해서 전라남도 함평군수로부터 대기배출시설 및 폐수배출시설에 관한 허가, 폐기물종합재활용업에 관한 허가를 받았고, 양수법인이 이를 승계한 것으로 나타나는 점, 청구인의 2016 ~2022년 기간동안 발생한 혈액수거수입금액은 폐기물종합재활용업 허가를 받음으로써 얻는 경제적이익으로 볼 수 있는 점, 양수법인은 청구인에게 유형자산의 장부가액을 초과하는 대가를 지급하였고, 그 차액을 무형자산인 영업권으로 계상한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점①금액을 소득세법제94조 제1항 제4호의 영업권으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 전소유자의 2005년 양도소득세 신고내용에 따라 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 적용하여야 한다는 의견A, 부동산등기법에 따라 부동산 거래시 실거래가액을 등기부에 기재하는 제도는 2006.6.1.부터 시행되었고, 토지, 건물에 대한 양도소득에 대해 원칙적으로 실거래가에 의해 과세하는 제도는 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용하는 점, 청 구인이 쟁점부동산을 취득할 당시인 2005년에는 양도소득세 신고시 기준시가를 적용하여 양도소득을 산정할 수 있었고, 쟁점부동산의 전소유자 a의 2005년 귀속 양도소득세 신고서에 기재된 쟁점부동산 양도가액(OOO원) 및 취득가액(OOO원)은 당시 거래 관행상 취‧등록세 등을 적게 납부할 목적으로 실제보다 낮은 가액으로 신고되었을 개연성이 커 보일 뿐만 아니라, 2005.12.7. a과 청구인 간의 매매 계약서가 확인되지 않은 상황에서 단지 전소유자가 신고한 쟁점부동산 양도가액만으로 이를 실지거래가액으로 단정하기도 어려운 점, 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면 b와 a은 주식회사 C에 관하여 E, c 등으로부터 채무를 부담하고 있었고 청구인이 주식회사 C를 인수하는 과정에서 b와 a에게 금전을 대여하거나 채무를 대신 변제한 것으로 보이며 청구인이 b와 a에게 대여한 금전을 회수하지 못하여 쟁점부동산을 대물변제로 취득한 것으로 보이는 점, 청구인의 금전채권 금액을 알 수 있는 증빙이 보존되지 않아 쟁점부동산의 취득가액을 구체적으로 확인하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액을 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에 의하여 환산하여야 한다는 청구인의 주장이 타당하다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점
③ 은 쟁점②가 인용되었으므로 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.