[요지] 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당함(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2021지2347, 2022.10.6. 등, 같은 뜻임).
[참조결정] 조심2021지2347
[주 문] 대구광역시 북구청장이 2024.2.27. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무가 성립하고, 과점주주에게 이러한 취득세 납세의무를 부과하는 취지는 해당 법인의 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 갖게 되어 실질적으로 그 재산 자체를 직접 소유하는 것이나 다름없기 때문이다. 취득세 과세대상의 명의자가 당해 법인일지라도 그 실질적인 사용·수익·처분권은 과점주주에게 귀속되기 때문에 ‘과점주주 지위의 취득’과 ‘당해 법인의 취득세 과세대상 물건 자체에 대한 취득’은 지방세법상 동일한 것으로 의제되는 것이다. 이 건에서도, 청구법인이 쟁점법인 지분 100%를 보유하는 과점주주로 이미 취득세를 납부하였음에도 불구하고, 이 건 합병으로 인하여 재차 취득세를 납부한 것은 동일한 과세물건의 취득에 대하여 취득세를 이중으로 납부한 것이 된다. 관련 대법원 판례 및 다수의 조세심판원 선결정례에서도 법인 주식을 취득함으로써 간주취득세를 납부한 이후 해당 자산을 실제로 취득하면서 납부한 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당한다는 취지로 판단하고 있다.
(2) 지방세법의 개정 연혁을 살펴보면 과거 2010년 지방세법 개정 당시 기존 취득세와 등록세(취득 관련분)를 통합 취득세로 통·폐합하였고, 동 개정 규정은 2011.1.1. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다. 청구법인의 경우 과점주주로서의 간주취득과 이 건 합병이 모두 2011년 이후 이루어져 개정규정의 적용을 받는 것이므로 청구법인은 이에 따라 통합된 단일 세목인 지방세법상 취득세의 납세의무를 두 차례 부담한 것이다. 그러나 현행 지방세법 제7조 제2항에서는 부동산등의 취득은 민법등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 규정하고 있어 현행 지방세법상 부동산 취득에 따른 취득세 납세의무와 등기·등록은 무관하다는 점 등에 비추어 보면, 청구법인과 같이 과점주주 간주취득세를 이미 납부하였음에도 합병으로 인하여 납부하는 취득세는 구 등록세 해당분이므로 이를 별개로 보아 취득세를 재차 부담하여야 한다는 처분청의 해석은 현행 법령 어디에서도 도출할 수 없는 것이다.
(1) 과점주주 취득세와 합병 취득세 는 취득의 성격이 달라 과세요건을 달리하는 것이다. 먼저, 과점주주 취득세는 지방세법 제7조 제5항에서 규정하고 있는 바, 지방세기본법 제46조 제2호에 따라 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아지방세법제15조 제2항 제3호 중과기준세율(2%)을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다. 즉, 과점주주 취득세 규정은 납세자가 법인의 재산을 직접 취득한 것이 아니라 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에 재산을 취득한 것으로 보는 의제 규정에 해당한다. 한편, 합병 취득세는 상법상 합병 절차에 의하여 합병 등기가 이루어진 경우 존속·신설법인이 소멸 법인의 재산을 실제로 양도받고, 그 재산에 대해 완전한 소유권을 취득하기 때문에 과세하는 것이다. 또한지방세법 제15조 제1항 제3호에서는 법인의 합병에 대해 세율 특례를 규정하여 중과기준세율(2%)을 뺀 세율을 적용하고 있으며,지방세특례제한법 제57조의2 제1항에서는 추징사유(법인세법 제44조의3 제3항)가 발생할 경우에는 추징할 수 있도록 하였다. 이러한 세율 특례와 추징 규정은 과점주주 취득세에는 찾아볼 수 없어 과점주주 취득세와 합병으로 인한 취득세는 그 성격과 과세요건이 다름을 알 수 있다.
(2) 구 지방세법은 취득세와 등록세를 별도의 세목으로 규율하였으나 2010.3.31. 개정된 지방세법에서 구 등록세 중 취득을 전제로 한 부분을 취득세로 통합하였으며 그 과정에서 구 지방세법상 무상취득 시 취득세 2%, 등록세 1.5%였던 것을 합하여 취득세 3.5%로 규정하였다. 이는 개정 지방세법의 취득세가 실질적으로 구 지방세법의 취득세와 등록세(취득 관련분)의 과세대상을 그대로 유지하여 합산한 것에 불과하며, 등기를 요하지 않는 취득세 과세대상에 적용하기 위해 중과기준세율이라는 특례 세율을 마련한 것이다. 청구법인은 2021.1.4. 청구법인이 구 취득세분에 해당하는 중과기준세율로 과점주주 취득세를 신고한 후 2021.3.3. 합병 취득세 신고 시지방세법 제11조 제1항 제2호 무상취득에 해당하는 세율 3.5%에서 중과기준세율 2%를 제외한 구 등록세분에 해당하는 1.5%의 세율로 산출한 취득세에 100분의 50을 경감한 세액으로 신고·납부하였는바, 청구법인이 제시한 대법원 판례는 지방세법이 전면개정되기 전의 사례로서 이 건의 취득세 등이 이중과세에 해당한다는 주장의 근거가 될 수 없다. 다시 말해, 과점주주의 취득세율은 등기를 요하지 않는 취득세 과세대상에 적용하는 특례세율인 중과기준세율이 적용되고, 법인 합병 취득세율은 중과기준세율을 제외한 세율을 적용하는 바, 과점주주 간주 취득세와 법인 합병 취득세는 원칙적으로 이중과세에 해당하지 않는 것이다. 또한, 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하는 세금으로서 헌법재판소도 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체가 발생하는 횟수에 따라 반복적으로 발생 가능하다고 판시한 바 있다.(헌재 2005.2.6. 선고 2004헌바27 결정, 2008.4.24. 선고 2006헌바107 결정 등). 과점주주 취득세는 과점주주가 법인의 재산에 대해 관리·처분권을 행사할 수 있는 지위에 있음에 착안하여 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세하는 것이라면, 합병으로 인한 취득세는 존속법인 또는 신설법인이 상법상 합병이라는 절차를 통해 소멸법인으로부터 자산양도(현물출자)를 받아 그 재산의 완전한 소유권을 취득하므로 그 자산의 양도에 대해 취득세를 과세하는 것으로 과점주주 취득세와 법인의 합병으로 인한 취득세는 과세를 하는 원인이 다르기 때문에 각 취득 행위는 독립적인 성격을 지닌다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2020.11.5. 쟁점법인의 지분 전부를 인수한 후, 2020.12.30. 지방세법 제7조 제5항(과점주주 간주취득세)에 따라 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다. (나) 청구법인은 2021.1.11. 쟁점법인을 흡수합병함에 따라 쟁점부동산을 취득하게 되자 2021.3.21. 쟁점부동산의 취득에 대하여 쟁점부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였다. (다) 청구법인은 2024.1.9. 처분청에 과점주주 간주취득세와 합병에 따른 취득세는 동일한 과세물건 취득에 대한 취득세로서 이중과세에 해당하는 것이므로 취득세 등 합계 OOO원을 환급할 것을 요구하는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.2.27. 위 경정청구를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 간주취득에 따른 쟁점부동산 취득과 실제 쟁점부동산 취득에 따른 취득은 그 내용을 달리하므로 별도의 취득세 납세의무가 있다거나, 쟁점부동산 취득시 납부하는 취득세는 사실상 등록세 성격의 취득세에 해당하므로 이중과세에 해당하지 않는다는 의견이다. 그러나, 지방세법 제7조 제5항에서 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으므로, 청구법인은 2020.11.5. 쟁점법인의 주식을 취득함과 동시에 지방세법상 쟁점부동산을 취득한 것으로 간주된다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 2021.1.11. 쟁점법인을 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 쟁점부동산의 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, 지방세법상 청구법인이 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 쟁점부동산을 2021.1.11. 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하다. 그런데, 지방세법제7조 제1항은 취득세는 부동산등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, 청구법인과 같이 2021.1.11. 지방세법상 쟁점부동산을 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것이다. 위와 같은 지방세법령 규정의 내용들을 고려하면, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2024지45, 2024.9.13. 등, 같은 뜻임). 따라서, 청구법인에게 2021.1.11. 쟁점부동산 취득에 따른 취득세 납세의무가 존재한다는 전제 하에 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 일부개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.
3. 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다. 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다(각 목 생략).
(2) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 중소기업기본법에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.