[요지] 청구법인은 2021.6.18. 취득세 과세대상인 쟁점부동산 등에 대한 간주취득세를 신고·납부한 후 2021.12.7. 피합병법인을 흡수합병함에 따른 이 건 취득세 등을 신고·납부하였으므로 이 건 취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다(조심 2022지1032, 2023.6.27., 같은 뜻임)고 보는 것이 타당해 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[요지] 청구법인은 2021.6.18. 취득세 과세대상인 쟁점부동산 등에 대한 간주취득세를 신고·납부한 후 2021.12.7. 피합병법인을 흡수합병함에 따른 이 건 취득세 등을 신고·납부하였으므로 이 건 취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다(조심 2022지1032, 2023.6.27., 같은 뜻임)고 보는 것이 타당해 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[참조결정] 조심2022지1032 / 조심2020지0259
[주 문] 경상북도 칠곡군수가 2024.3.7. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 과점주주에 대한 간주취득세는 과점주주가 법인의 재산에 대해 관리·처분권을 행사할 수 있는 지위에 있음에 착안하여 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세하는 것이라면, 합병으로 인한 취득세는 상법상 합병절차에 의하여 합병등기가 이루어진 경우 존속법인 또는 신설법인이 소멸법인의 재산을 현실적으로 양도받고, 그 재산의 완전한 소유권을 취득하므로 그 자산의 양도에 대해 취득세를 과세하는 것으로, 과점주주에 대한 간주취득세와 합병으로 인한 취득세는 과세를 하는 원인이 다르기 때문에 과세요건을 달리한다. 또한 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체에 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세로서 재산의 이전이라는 사실 자체가 발생하는 횟수에 따라 반복적으로 발생 가능한 것이므로 과점주주에 대한 간주취득세와 법인의 합병으로 인한 취득세는 별개의 새로운 과세사실에 대해 취득세를 부과하는 것이기 때문에 이중과세 금지 원칙에 반하지 않는다.
(2) 합병에 따른 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 신고내역을 살펴보면 간주취득세와 비교했을 때 지방세특례제한법에 따른 세율특례를 적용받아 구 취득세(2%)에 해당하는 세율은 차감되고, 구 등록세(1.5%)의 50%가 감면되어 부동산 등기 등록에 따른 세액만 납부한 사실을 확인할 수 있는바, 관련 법령의 개정취지 및 실질적인 세액 측면에서 살피더라도 청구법인이 쟁점부동산에 대해 이중과세되었다고 보기 어렵다고 보인다. 따라서 청구법인이 피합병법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되어 취득세를 신고·납부하였다 하더라도, 청구법인이 피합병법인을 적격 합병하여 쟁점부동산의 소유권을 온전히 취득한 때 취득세 납세의무가 성립된 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 법인등기부등본을 살펴보면, 청구법인은 1980.5.10. 전자 전기 기계 기구 및 동 부품 제조 판매업 등을 영위하기 위하여 설립되었고, 2021.11.2. 피합병법인을 흡수합병한 것으로 나타난다. (나) 피합병법인은 2002.12.2. 이차전지케이스 및 건전지케이스 제조판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2021.11.8. 흡수합병으로 해산등기되었다. (다) 청구법인은 2021.3.24. 피합병법인의 주주인 A 등 5인으로부터 피합병법인의 발행주식 50,000주(지분 100%)를 OOO원에 매수하는 내용으로 주식매매계약서를 체결하였고, 2021.4.22. 주식매매대금을 감액(OOO원)하여 OOO원으로 조정하는 매매대금조정합의서를 작성하였다. (라) 청구법인은 2021.6.18. 지방세법 제7조 제5항 및 제10조 제4항에 따라 이 건 부동산에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. ＜표1＞ 청구법인의 이 건 부동산에 대한 간주취득세 신고 내역 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 2021.6.30. 이 건 부동산 중 경상북도 칠곡군 OOO 공장용지 및 그 지상 건축물을 B에게 매도하였고, 등기사항전부증명서에서 2021.6.14. 매매를 원인으로 2021.6.30. B 명의로 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다. (바) 등기사항전부증명서에서 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 2021.11.2. 회사합병을 원인으로 2021.12.8. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 2021.8.20. 피합병법인과 합병계약을 체결한 후 2021.9.23. 이사회에서 2021.11.1.을 합병기일로 하여 합병을 승인하였고, 2021.11.8. 피합병법인의 등기부를 소멸한 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 2021.12.7. 쟁점부동산에 대하여 그 시가표준액을 과세표준으로 하고, 지방세법 제15조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 세액을 산출한 후 지방세특례제한법 제57조의2 제1항에 따른 취득세 감면을 적용하여 이 건 취득세(아래 ＜표2＞ 기재)를 신고·납부하였고, 쟁점부동산의 취득이 지방세특례제한법 제57조의2 제1항에 따른 감면대상에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간 이견이 없다. ＜표2＞ 청구법인의 이 건 취득세 등에 대한 신고 내역 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세와 이 건 취득세가 이중과세에 해당하지 않는다는 의견이나,
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 일부개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.
3. 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.
(2) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정된 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.
② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.
③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.
④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.
(3) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18128호로 개정된 것) 제57조의2(기업합병‧분할 등에 대한 감면) ① 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 중소기업기본법에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.
1. 지방세법 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액
2. 지방세법 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액
(4) 지방세특례제한법 시행령(2021.4.6. 대통령령 제31614호로 개정된 것) 제28조의2(법인 합병의 범위 등) ① 법 제57조의2 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 합병일 현재 조세특례제한법 시행령 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우로서 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우를 포함하며, 이하 이 항에서 “소비성서비스업”이라 한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 “합병법인”이라 한다) 간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 경우에는 해당 합병을 포함한다.
② 법 제57조의2 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
1. 합병등기일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 법인
2. 합병등기일까지 중소기업 기술혁신 촉진법 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 법인
3. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 조세특례제한법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업
4. 합병등기일까지 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업
(5) 조세특례제한법 시행령 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ③ 법 제32조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다.
1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업은 제외한다)
2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)
3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업