[요지]
① 청구법인이 이 건 오피스텔을 의료업에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 그 유예기간(1년)을 넘긴 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 오피스텔에 대하여 당초 과세하지 않았던 취득세 중과세분을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.② 이 건 오피스텔은 이 건 병원의 전공의들을 위한 기숙사로서 이를 청구법인이 운영하는 을지대학교 의과대학 학생들을 위한 기숙사와 동일하다고 볼 수는 없음.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
○○○
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 경기도 북부지역의 의료공백을 해소하고 지역인재를 육성하기 위해 2020.12.2. 경기도 의정부시 OOO토지에 의과대학 부속병원용 건축물 174,731.82㎡(OOO병원, 이하 “이 건 병원”이라 한다)을 신축한 후, 2021년 4월 이 건 병원을 개원하였다.
(2) 이 건 병원은 2017.4.24. 의정부세무서에 법인명을 OOO병원으로, 업태를 보건업으로, 종목을 종합병원으로 하여 사업자등록(법인사업자: 지점)을 하였고, 청구법인은 2022.8.30. 이 건 오피스텔을 취득하였으므로 이 건 오피스텔은 대도시(의정부시) 내에서 지점을 설치한 후 5년이 경과한 후 취득한 부동산이므로지방세법제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과 대상에 해당하지 아니하므로 이 건 취득세 등에서 중과분 OOO원은 취소하여야 한다. (3)지방세특례제한법제41조 제1항에 따르면 고등교육법에 따른 학교법인이 교육 사업에 사용하기 위해서 취득하는 부동산은 취득세를 면제하되, 같은 항 1호에서 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(4) 청구법인은 이 건 오피스텔을 의과대학의 부속병원인 이 건 병원 전공의들의 기숙사로 사용하기 위하여 취득하였고, 그 취득자는 학교법인인 청구법인이므로 이 건 오피스텔에 대하여는 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 그 유예기간을 3년으로 보는 것이 타당한데, 처분청은 그 유예기간(2025.8.30.)이 경과하기 전에 이 건 오피스텔의 실제 사용자를 이 건 병원으로 보아 그 유예기간을 1년이라고 결정한 후 이를 의료업의 용도에 직접 사용하지 않았다고 하여, 감면분(100분의 30) 취득세 등 OOO원을 추징하였으므로 그 감면분 취득세 등은 취소되어야 한다.
(5) 설령, 이 건 오피스텔의 유예기간을 1년으로 보아야 한다고 하더라도 이 건 병원은 902병상으로 계획된 대형병원으로 청구법인은 향후 많은 수의 전공의들이 이 건 병원에 배정될 것에 대비하고, 우수한 전공의들을 유치하기 위해 이 건 오피스텔을 취득하여 전공의들을 위한 기숙사로 사용하고자 하였으나, 이 건 병원은 개원한지 3년 밖에 되지 않아 보건복지부가 배정한 전공의가 3명에 불과하고 이들은 모두 이 건 병원 내에 소재하는 관사에 거주함에 따라 이 건 오피스텔의 취득일(2022.8.30.)부터 유예기간이 경과할 때까지 이를 비워두고 있다.
(6) 보건복지부의 전공의 배정은 지역별 의료수요, 교육여건 등 여러 요소를 고려하여 결정하는 것이므로 이 건 병원에 전공의를 3명 밖에 배정하지 않은 것은 사실상 행정관청의 제한이나 금지와 다를 것이 없으므로 이와 같은 사유는 외부적인 사유로서지방세법제13조 제3항 및지방세특례제한법제41조 제1항 또는 같은 법 제178조 제1항에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.
(7) 따라서, 청구법인은 앞으로 배정된 전공의가 30여명 정도가 되면 이 건 오피스텔을 전공의들의 기숙사로 직접 사용할 예정이므로 그 유예기간이 경과할 때까지 이 건 오피스텔을 비워두고 있다고 하더라도 보건복지부로부터 전공의를 배정받는 의과대학 부속병원의 특수성을 고려하여 이 건 오피스텔을 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등을 전부 취소하여야 한다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 대도시 내에 이 건 병원을 개원한 후, 이 건 오피스텔을 병원의 전공의들의 기숙사(의료업)로 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 중과 제외 및 산출세액의 일부를 감면(100분의 30)받았으나 그 취득일부터 유예기간(1년)이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 않고 있으므로 이 건 오피스텔은지방세법제13조 제2항 단서에서 규정하고 있는 중과 제외대상에 해당하지 않고, 청구법인이 이 건 오피스텔을 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지나 행정관청의 귀책 등과 같은 정당한 사유가 있었다고 보기도 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점
① 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내에 의료업의 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세를 중과한 처분의 당부
② 이 건 오피스텔을 학교 용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 유예기간을 3년으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1966.6.15. 의학 및 보건 교육을 실시하기 위하여 설립한 학교법인으로 현재 본점소재지는 서울특별시 중구 OOO이다. (나) 청구법인은 경기도 의정부시 OOO상에 이 건 병원용 건축물의 신축공사를 착공한 후 2017.4.24. 이 건 병원의 신축 예정지에 사업자등록(업태: 보건업 등 / 업종: OOO병원 등)을 하였으나, 이 건 병원을 개원(2021년 4월)하기 전까지 그 소재지에서 인적·물적 설비를 갖추고 사업을 하지는 않은 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2021년 4월 경 이 건 병원을 개원하고, 2022.8.30. 이 건 오피스텔을 OOO원에 취득하였으며, 처분청은 이 건 오피스텔을 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종(의료업)에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산으로 보아 취득세 중과 대상에서 제외하고, 이 건 오피스텔을 의과대학 부속병원이 해당 용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세의 100분의 30을 감면하였다. (라) 처분청은 청구법인이 이 건 오피스텔을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 유예기간(1년) 내에 해당 용도(의료업)에 직접 사용하지 않았다고 보아 2023.12.14. 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다. (마) 청구법인이 이 건 오피스텔을 취득한 후 이 건 심판청구일 까지 의료업(이 건 병원에 근무하는 전공의들의 기숙사)에 직접 사용하지 않고, 비워 두고 있다는 사실은 다툼이 없으며, 이에 대해 청구법인은 이 건 병원의 전공의가 당초 예정한 숫자 보다 적게 배정되어 이 건 오피스텔을 비워두고 있을 뿐 추후 전공의가 늘어나면 기숙사로 사용할 예정이라고 한다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)지방세법제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제26조 제1항 및 제27조 제3항을 종합하면 법인이 대도시 내에서 행정안전부령으로 정하는 사무소 등을 설립(설치)한 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용 부동산에 대한 취득세율은 1천분의 80(이하 “대도시 중과세율”이라 한다)으로 하되 대도시 내에서 설치가 불가피한 업종(이하 “중과제외 업종”이라 한다)에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대하여는 대도시 중과세율을 적용하지 않는다고 규정하면서 의료업을 중과제외 업종 중 하나로 규정하고 있다. 한편,지방세법제13조 제3항 제1호 가목에서 대도시 중과제외업종에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 대도시 중과세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제6조에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 등”이란 법인세법·부가가치세법등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2017.4.24. 이 건 병원의 신축 예정지인 경기도 의정부시 OOO을 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 하기는 하였으나 이 건 병원을 개원(2021년 4월)하기 전까지 그 소재지에서 인적·물적 설비를 갖추고 사업을 하지 않았으므로 청구법인이 2017.4.24.부터 경기도 의정부시에 행정안전부령으로 정하는 사무소를 두고 있었다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 2021년 4월 경 이 건 병원을 개원하였는바, 이 건 병원을 청구법인의 대도시 내 사무소 등으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 이 건 병원을 개원한 후 5년 내인 2022.8.30. 이 건 오피스텔을 취득하였으므로 이 건 오피스텔은 대도시 내에서 사무소 등을 설치한 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 해당하는 점 처분청은 이 건 오피스텔을 대도시 내에서 설치가 불가피한 업종인 의료업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 대도시 중과세율을 적용하지 않은 것으로 나타나는 점, 청구법인은 이 건 오피스텔을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 이 건 오피스텔을 의료업의 용도에 직접 사용하지 않고 비워 놓고 있는 사실은 다툼이 없는 점 이 건 병원에 배정된 전공의가 당초 예상보다 적기 때문에 이 건 오피스텔을 전공의들의 기숙사로 사용하지 않고 비워 놓은 것이라 하더라도 보건복지부의 전공의 배정은 지역별 의료수요, 교육여건 등 여러 요소를 고려하여 결정하는 것이므로 보건복지부가 이 건 병원에 충분한 수의 전공의를 배정하지 않았다고 하여 이를 행정관청의 금지나 제한과 같은 외부적인 사유로 볼 수는 없을 뿐만 아니라 청구법인이 이 건 오피스텔을 의료업에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 그 유예기간(1년)을 넘긴 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 오피스텔에 대하여 당초 과세하지 않았던 취득세 중과세분을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다. (가)지방세특례제한법제41조 제7항 제1호에서고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2024.12.31.까지 취득세의 100분의 30을 경감한다고 규정하면서, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 볼 때, 이 건 오피스텔은 이 건 병원의 전공의들을 위한 기숙사로서 이를 청구법인이 운영하는 을지대학교 의과대학 학생들을 위한 기숙사와 동일하다고 볼 수는 없는 점, 처분청은 이 건 오피스텔에 대하여 학교가 취득하는 부동산에 대한 취득세 면제 규정인지방세특례제한법제41조 제1항을 적용하지 않고 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면 조항인 같은 조 제7항을 적용하여 산출한 취득세의 100분의 30을 감면하였으며, 청구법인은 이에 대해 이의를 제기하거나 경정청구를 제기하지는 않은 점, 이 건 오피스텔에 대하여지방세특례제한법제41조 제7항에 따라 산출한 취득세의 100분의 30을 감면받은 이상 그 유예기간도지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 1년으로 보는 것이 타당한 점, 위의 (2)에서 살펴본바와 같이 청구법인이 이 건 오피스텔을 유예기간 내에 의료업의 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 오피스텔에 대하여 감면분 취득세 등을 추징한 처분도 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정된 것) 제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만,수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우
③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.
1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우(단서 생략)
- 가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우
(2) 지방세법 시행령 제26조[대도시 법인 중과세의 예외] ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다. 9.의료법제3조에 따른 의료업 제27조[대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준] ③ 법 제13조제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. (이하 생략)
(3) 지방세법 시행규칙 제6조[사무소 등의 범위] 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란법인세법제111조ㆍ부가가치세법 제8조 또는소득세법제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법ㆍ부가가치세법또는소득세법에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과부가가치세법 시행령제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. (단서 생략)
(4) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ①초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법또는기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우