쟁점재산세(2015년〜2018년 귀속 재산세)에 대하여 후발적 경정청구 사유를 인정하여 이를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2021지3340 / 조심2021지0748 / 조심2021지0977 / 조심2021서5197

[주 문] 서울특별시 강서구청장이 2023.11.21. 청구법인에게 한 2015년∼2018년 재산세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.12.31. OOO 산업시설용지 D22-1～4(이하 “D22”라 한다)와 D25-1～4(이하 “D25”라 한다) 총 8필지 토지 13,223㎡를 OOO원에, 2015.6.30. D22와 D25의 연결녹지 93㎡(이하 “연결녹지”라 하고, D22와 D25를 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 각각 취득하고, 쟁점토지를지방세특례제한법제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제38조에 따라 산업단지에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세를 면제받았다.
• 나. 청구법인은 2017.11.24. 쟁점토지상에 건축물 77,625㎡(OOO, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(신축)하고, 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용하는 면적(40.25%)에 대해서는 취득세를 면제받았고, 나머지 전기통신업으로 사용하는 면적(59.75%)에 대해서는 녹색건축 인증 건축물에 대한 취득세 감면(10%) 규정을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 청구법인은 2018.2.20.∼2019.1.30. 쟁점토지에 대하여 기업부설연구소로 사용되는 면적만을 취득세 면제대상으로 하여 취득세 등을 수정신고ㆍ납부하였다.
• 라. 청구법인은 쟁점토지와 이 건 건축물 중 연구개발업으로 사용하는 부분(39.22%)뿐만 아니라 전기통신업으로 사용하는 부분(56.55%)도 각각 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 토지 및 건축물을 신축하여 취득한 산업용 건축물에 해당하므로 전기통신업으로 사용하는 부분에 대해서도 취득세를 면제하여야 한다고 주장하면서, 2021.1.11. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.3.3. 이를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 2021.4.15. 이의신청을 거쳐 2021.8.26. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023.6.27. 전기통신업도 지식산업에 해당하여 전기통신업으로 사용하는 부분도 산업용 건축물에 해당한다는 이유로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(조심 2021지3340, 이하 “쟁점심판결정”이라 한다)을 하였다.
• 바. 청구법인은 2023.9.22. 전기통신업으로 사용하는 부분에 대한 2015∼2023년 귀속 재산세의 경정을 처분청에 청구하였으나, 처분청은 2023.11.21. 2019∼2023년 귀속 재산세만을 경정하고, 2015∼2018년 귀속 재산세(이하 “쟁점재산세”라 한다)를 부과제척기간 만료를 이유로 거부하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.16. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 지방세기본법제50조 제2항에서 후발적 경정청구에 대하여 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고, 그 사유 중 하나로 제1호에서 “ 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있다. 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다. 조세심판원은 납세자가 재산세 등의 산정 기초에 변동이 생긴 판결일로부터 90일 이내 경정청구를 하는 등 기한을 지킨 점을 고려하였을 때 그 경정청구 거부처분에 대한 조세심판 청구는 적법하다고 본 사례(조심 2021지0748, 2022.2.10. 결정)가 있고, 대법원도 “명의수탁자는 항고소송으로 자신에게 부과된 재산세 부과처분의 위법을 주장하거나 관련 부동산의 소유권에 관한 판결이 확정됨을 안 날부터 일정 기간 이내에 지방세기본법 제50조 제2항 제1호의 후발적 사유에 의한 경정청구를 하는 등의 방법으로 납부한 재산세를 환급받을 수 있다(대법원 2018다283773, 2020.9.3. 선고)고 판결하여 일관되게 재산세의 경우에도 후발적 경정청구가 가능하다고 보고 있다. 더욱이 최근 2023.3.14. 법률 제19229호로 일부 개정된 지방세기본법 제50조 제2항 제1호는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”라고 규정하여, 명시적으로 조세심판원의 결정에 의하여 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정되었을 경우도 후발적 경정청구 사유에 포함시키기에 이르렀다. 그리고 위와 같이 개정된 지방세기본법의 부칙 제4조(경정 등의 청구에 관한 적용례 및 특례)는 “제50조 제2항 제1호의 개정규정(같은 조 제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 2023년 1월 1일 이후 제7장에 따른 심판청구,감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이 확정되는 경우부터 적용한다”라고 규정하고 있는데, 쟁점심판결정은 2023.6.27. 확정되었으므로 청구법인의 경우에도 개정된 지방세기본법 제50조 제2항 제1호가 적용되는 경우에 해당한다. 청구법인은 쟁점재산세를 부과 받은 후, 최초의 결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 조세심판원의 결정에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 후발적 경정청구를 할 수 있다. 즉, 재산세를 부과받았다 하더라도 조세심판원의 결정이 있는 경우 그에 따른 후발적 경정청구가 가능하므로, 쟁점심판결정에 의하여 “과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등”이 다른 것으로 확정되었으므로 청구법인의 후발적 경정청구는 적법하다. 이 사건의 경우,지방세특례제한법제78조 제4항 제2호 다목은 재산세 경감을 규정하면서 “가목의 부동산”이면 재산세를 경감한다고 하여, 취득세 경감 대상인 가목의 부동산을 재산세 경감 대상에 그대로 준용하는 방식으로 규정하고 있는데, 쟁점심판결정에 의하여 청구법인은 종래에는 39.22%만 산업용 건축물 또는 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 토지로 인정받았다가 전기통신업으로 사용하는 56.55% 부분도 산업용 건축물로 사용하는 것으로, 즉 95.77%(= 39.22% + 56.55%)가 산업용 건축물 또는 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 토지라는 사실로 달리 인정받게 되었기 때문이다. 요컨대 최초의 결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 ‘39.22%만 산업용 건축물로 사용되는 건축물과 그 건축물을 건축하려고 취득한 토지를 소유하는 사실’이 귀원의 결정에 의하여 ‘95.77%가 산업용 건축물로 사용되는 건축물과 그 건축물을 건축하려고 취득한 토지를 소유하는 사실’로 달리 확정되었는데, 이는 취득세와 경감 대상을 동일하게 규정하고 있는 재산세의 산정에도 직접적인 변동을 가져오는 결정에 해당한다. 그렇다면 앞서 보시다시피 쟁점심판결정(조심 2021지3340)은 2023.6.27.에 이루어진바, 청구법인은 위와 같이 일정한 재산의 소유라는 사실이 쟁점심판결정을 통하여 종래와 달리 확정된 것을 알게 된 날부터 90일 이내인 2023.9.22. 경정청구를 제기하였으므로 이는 적법하다고 할 것이고, 처분청도 이를 후발적 경정청구사유로 인정하여 2019년〜2023년 귀속 재산세를 환급하면서도 2015년〜2018년 귀속 재산세에 대하여는 부과제척기간의 만료를 이유로 후발적 경정청구 사유로 인정하지 아니하고 환급을 거부하였다. 이 사건은 부과제척기간의 시각에서 접근할 것이 아니라 경정청구기간의 문제로 접근하여야 한다. 부과는 과세관청 쪽의 문제로, 국세기본법이나 지방세기본법은 과세관청에 부여하고 있는 부과제척기간 내의 증액경정결정권과 균형을 맞추기 위하여 납세자를 위하여 경정청구제도를 두고 있기 때문이다. 즉, 과세관청은 납세자의 신고내용에 부족함이 있다고 판단되면 부과제척기간 내에서는 횟수제한 없이 증액경정처분을 할 수 있는 권한을 가지고 있는데, 이에 대응하여 납세자에게 자신의 신고내용에 과다함이 있을 경우 주어진 무기가 바로 경정청구권이다. 특히 지방세기본법은 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하기 위하여 후발적 경정청구제도를 두고 있으므로 후발적 경정청구가 가능하다면 통상적인 부과제척기간의 경과를 이유로 후발적 경정청구를 거부하는 것은 부당하다. 이와 관련하여 토지 취득을 원인무효로 본 대법원의 2020년 확정판결에 따라 그 부과제척기간이 경과한 2012년∼2014년도 재산세에 대해 이루어진 후발적 경정청구에 대해, 이를 거부한 처분청의 거부처분이 잘못되었다고 판단한 귀원의 선결정례도 존재한다(조심2021지0977, 2022.03.23.). 더욱이 지방세기본법은 제38조 제2항에서 심판청구에 대한 결정이나 행정소송의 판결이 확정되는 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정, 판결에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있도록 하는 등 이른바 특례제척기간을 두고 있는바, 특례제척기간과의 균형을 맞추기 위해서라도 후발적 경정청구는 인정되어야 하므로 처분청이 통상적인 부과제척기간의 경과를 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하다. 아울러, 이 사건과 관련한 종합부동산세 조세심판원 결정(2021서5197, 2024.5.8.)에서도, 비록 강서구청장이 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 경정청구를 거부함에 따라 환급이 이루어지지 않았다 하더라도 2016년도 및 2017년도 재산세의 경우 2019년도∼2023년도 재산세와 마찬가지로지방세특례제한법제78조 제4항이 규정한 산업단지 등에 대한 감면 규정 적용 대상으로 봄이 타당하다 할 것이고 그렇다면종합부동산세법제6조 제1항에 따라 이 건 종합부동산세도 감면대상으로 보아야 한다고 결정하였으므로 처분청이 쟁점재산세에 대하여 부과제척기간 만료를 이유로 후발적 경정청구를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세기본법 제50조 제2항은 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제1호에서는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있다. 이는 법문에 “그에 관한 심판청구”라고 명시하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않음을 전제로 하고 있기에, 이 사건에 비추어 보면 취득세에 대한 심판청구의 결정으로 취득세 산정의 근거가 된 행위가 다른 것이 되는 경우 경정을 청구할 수 있다는 뜻으로 해석하여야 할 것이다. 대법원도 마찬가지로 “법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결은, 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여 국세기본법에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다.”(대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023)라고 판시하여, 원고의 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결은 후발적 경정청구의 사유가 되는 판결에 포함되지 않는다고 본 바가 있다. 위와 같은 판례에 비추어 청구법인이 취득세에 대한 심판청구의 결정으로 재산세 환급에 대한 경정을 주장하는 것을 받아들이기 어렵다. 더하여 청구법인은 다른 세목이라 할지라도 후발적 경정청구에 해당한다면 통상적인 부과제척기간의 경과를 이유로 후발적 경정청구를 거부하는 것은 부당하다고 주장하나, 지방세기본법 제38조 제2항은 특례부과제척기간으로 “제1항에도 불구하고 다음 각 호의 경우에는 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일이나 제4호에 따른 지방소득세 관련 자료의 통보일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구나 지방소득세 관련 자료의 통보에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제1호에서는 “제7장에 따른 이의신청ㆍ심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송(이하 “행정소송”이라 한다)에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우“를 규정하고 있어, 법문에서 직접 심판청구에 따른 결정이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 명시하고 있다. 이에 따라 이 사건에서의 당초 심판청구의 결정은 취득세 부과 처분취소에 대한 결정일뿐, 그 외에 다른 세목에 대한 경정으로 이어질 수 없다 할 것이다. 이러한 내용을 대법원 판결에서 볼 수 있는바, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 한 새로운 과세처분까지 국세기본법의 특례제척기간(행정소송 판결일로부터 1년)의 적용할 수 있는 것은 아니(대법원 2012.10.11. 선고 2012두6636 판결)라고 판시하였다. 이러한 특례제척기간의 당초 입법취지는 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 있어서 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정・판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 비록 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다 하더라도, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수는 없다. 따라서 취득세 환급을 원인으로 한 조세심판결정 역시 재산세 경정청구의 대상이 되는 후발적 경정청구에 해당하고, 이를 부과제척기간 경과를 이유로 경정을 거부한 처분청의 처분은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점재산세(2015년〜2018년 귀속 재산세)에 대하여 후발적 경정청구 사유를 인정하여 이를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1996.7.11. 전기통신사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 2014.12.31.과 2015.6.30. 쟁점토지를 취득하고, 쟁점토지를지방세특례제한법제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제38조에 따라 산업단지에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세를 면제받았다. (다) 청구법인은 2017.11.24. 쟁점토지상에 이 건 건축물(엘지사이언스파크)을 취득(신축)하고, 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용하는 면적(40.25%)에 대해서는 취득세를 면제받았고, 나머지 전기통신업으로 사용하는 면적(59.75%)에 대해서는 녹색건축 인증 건축물에 대한 취득세 감면(10%) 규정을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (라) 청구법인은 2018.2.20.∼2019.1.30. 쟁점토지에 대하여 기업부설연구소로 사용되는 면적(39.22%)만을 취득세 면제대상으로 하여 취득세 등을 수정신고ㆍ납부하였다. (마) 청구법인은 쟁점토지와 이 건 건축물 중 연구개발업으로 사용하는 부분(39.22%)뿐만 아니라 전기통신업으로 사용하는 부분(56.55%)도 각각 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 토지 및 건축물을 신축하여 취득한 산업용 건축물에 해당하므로 전기통신업으로 사용하는 부분에 대해서도 취득세를 면제하여야 한다고 주장하면서, 2021.1.11. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.3.3. 이를 거부하였다. (바) 청구법인은 2021.4.15. 이의신청을 거쳐 2021.8.26. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023.6.27. 전기통신업도 지식산업에 해당하여 전기통신업으로 사용하는 부분도 산업용 건축물에 해당한다는 이유로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(조심 2021지3340, 쟁점심판결정)을 하였다. (사) 청구법인은 2023.9.22. 전기통신업으로 사용하는 부분에 대한 2015∼2023년 귀속 재산세의 경정을 처분청에 청구하였으나, 처분청은 2023.11.21. 2019∼2023년 귀속 재산세만을 경정하고, 쟁점재산세(2015∼2018년 귀속 재산세)를 부과제척기간 만료를 이유로 거부하였다. (아) 조세심판원은 2024.5.8. 용산세무서장이 2020.11.30. 청구법인에게 부과한 쟁점토지의 2016년 및 2017년 귀속 종합부동산세를 아래와 같이 취소하는 결정(2021서5197, 2024.5.8. 결정)을 하였다. ＜종합부동산세 결정 내용＞ ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점재산세에 대하여 부과제척기간이 경과하여 후발적 경정청구를 인정할 수 없다는 의견이나,지방세기본법제50조 제2항에서 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하면서, 그 제1호에서 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 따른 심판청구,감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때라고 규정하고 있는바, 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다 할 것이다. 쟁점심판결정은지방세특례제한법제78조 제4항 제2호와 관련한 결정으로 이 규정은 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세를 감면하도록 규정하고 있어 취득세와 재산세의 감면요건이 동일하여 취득세와 재산세의 후발적 경정청구 사유를 다르게 적용하기 어려우므로 쟁점심판결정에 따라 재산세를 후발적 경정청구 대상으로 보는 것이 타당한 점, 이 건의 경우 청구법인은 2015~2018년도 재산세분에 대하여 쟁점심판결정을 후발적 경정청구 사유로 보아 심판청구를 제기하였는바, 2015 ~2017년도까지의 재산세의 경우 이 건 토지취득일이 2014.12.31.이고, 쟁점건축물 신축일이 2017.11.24.이며, 쟁점심판결정에 따라 이 건 토지의 용도가 감면대상인 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 토지로 결정된 점을 볼 때, 쟁점토지 취득일부터 이 건 건축물 신축일까지는 쟁점토지를 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 토지로 보아 쟁점심판결정대로 최초 신고·결정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 행위 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 있겠으나, 2018년도 재산세의 경우에는 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점건축물이 감면대상인 산업용 건축물인지 또는 다른 용도로 사용하는 건축물인지를 단정할 수 없어 그 용도가 불분명하다 할 것이다. 다만 처분청은 이 건 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 필요한 경정이나 부과 등 다른 처분을 할 수 있었음에도 이를 행사하지 아니하였으므로 결과적으로 쟁점심판결정대로 다른 것으로 확정된 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2023.6.27. 취득세와 관련한 쟁점심판결정 통지를 받은 후, 90일 이내인 2023.9.22. 경정청구를 거쳐 2024.2.16. 이 건 심판청구를 제기하였으므로 이는 적법한 청구에 해당하는 점, 처분청도 쟁점심판결정이 취득세와 관련한 결정이지만 이를 후발적 경정청구 사유로 보았고 쟁점심판결정의 효력이 재산세에도 적용되는 것으로 인정하여 2019년∼2023년 귀속 재산세를 환급한 점, 조세심판원은 2024.5.8. 용산세무서장이 2020.11.30. 청구법인에게 부과한 쟁점토지에 대한 2016년 및 2017년 귀속 종합부동산세를 취소하는 결정(조심 2021서5197, 2024.5.8. 결정)을 하면서, 2016년도 및 2017년도 재산세의 경우 2019년도∼2023년도 재산세와 마찬가지로지방세특례제한법제78조 제4항이 규정한 산업단지 등에 대한 감면 규정 적용 대상으로 봄이 타당하다고 결정한 점 등에 비추어 처분청이 부과제척기간 경과를 이유로 쟁점재산세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관계 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 나.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 다.산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다. ＜부칙＞ 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조제4항제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(3) 지방세기본법(2023.3.14. 법률 제19229호로 개정된 것) 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제51조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급ㆍ공제 또는 감면받은 경우: 10년

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우: 7년. 다만, 다음 각 목에 따른 취득으로서 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 10년으로 한다.

• 가. 상속 또는 증여[부담부(負擔附) 증여를 포함한다]를 원인으로 취득하는 경우
• 나. 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조제1호에 따른 명의신탁약정으로 실권리자가 사실상 취득하는 경우
• 다. 타인의 명의로 법인의 주식 또는 지분을 취득하였지만 해당 주식 또는 지분의 실권리자인 자가 제46조제2호에 따른 과점주주가 되어 지방세법 제7조제5항에 따라 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보는 경우

3. 그 밖의 경우: 5년

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 경우에는 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일이나 제4호에 따른 지방소득세 관련 자료의 통보일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구나 지방소득세 관련 자료의 통보에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청ㆍ심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송(이하 “행정소송”이라 한다)에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

3. 제50조 제1항ㆍ제2항 및 제6항에 따른 경정청구가 있는 경우

4. 지방세법제103조의59 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 같은 조 제2항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 지방소득세 관련 소득세 또는 법인세 과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 등에 관한 자료를 통보한 경우 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 ＜부칙＞ 제4조(경정 등의 청구에 관한 적용례 및 특례) ① 제50조 제2항 제1호의 개정규정(같은 조 제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 2023년 1월 1일 이후 제7장에 따른 심판청구,감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이 확정되는 경우부터 적용한다.

(4) 지방세기본법(2023.3.14. 법률 제19229호로 개정되기 전의 것) 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때