청구법인이 이 건 법인의 주식을 취득하고 납부한 간주취득세와 이 건 법인을 합병하면서 납부한 취득세는 이중과세에 해당된다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지3829

[주 문] 경기도 의왕시장, 경기도 군포시장 및 전라남도 여수시장이 별지와 같이 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 A 주식회사(이하 “종전 주주”라 한다)로부터 B 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식전부(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2016.4.29. 및 2019.7.30. 두 차례에 걸쳐 취득하고 그 과점주주 취득세를 모두 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2020.1.3. 이 건 법인을 흡수합병하면서 이 건 법인이 보유하고 있는 취득세 과세대상물건(＜별지＞ 참조, 이하 “쟁점부동산 등”이라 한다)에 대한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하고, 2023.11.6. 이 건 취득세 등은 과점주주 취득세와 그 과세대상물건이 같은 것이라서 이중과세에 해당된다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청들은 별지와 같이 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 합병에 앞서 쟁점주식을 전부 취득하였는데, 이때 지방세법제7조 제5항에 따라 그 주식의 취득이 쟁점부동산 등을 취득한 것으로 간주되었다. 즉, 취득세의 체계 내에서는 합병 전부터 청구법인이 쟁점부동산 등의 소유자에 해당하므로, 이후에 이 건 법인을 합병한다 하더라도 또 다시 쟁점부동산 등을 취득했다고 전제하여 그 취득세 납세의무를 지울 수는 없다. 구체적으로 보면, 지방세법제7조 제5항은 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 취득세의 과세체계 안에서는 과점주주의 주식 취득이 주식발행법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 간주된다는 의미로 풀이된다. 법원도 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자가 그 후 영업양수도 방식으로 그 법인의 자산 전부를 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판결하였다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결). 조세심판원도 과점주주가 주식발행법인을 흡수합병한 사안에서, 과점주주는 주식발행법인의 부동산을 소유하고 있었다고 보아야 한다면서 흡수합병으로 취득한 부동산 등에 대해서 취득세를 부과할 수 없다고 결정하였다(조심 2019지3829, 2023.10.19.). 청구법인의 경우, 쟁점주식을 취득하면서 쟁점부동산 등을 취득한 것으로 간주되어 이미 OOO원 가량의 취득세를 납부하였고, 이 건 법인을 합병하면서 동일한 과세대상물건에 대하여 이 건 취득세 등을 납부한 것이므로, 이는 앞서 본 법리에 비추어 이중과세에 해당된다. 아울러, 강원도 평창군수 및 충청남도 보령시장이 청구법인이 제기한 같은 내용의 경정청구를 받아들인 점까지 고려하면, 처분청들이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법한 것으로 보인다.
• 나. 처분청들 의견 부동산의 취득이란 형식적 취득과 사실상의 취득 행위를 모두 포괄하는 의미이고, 형식적 취득이란 소유권이전 형식에 의한 모든 경우를 의미하며, 사실상 취득이란 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 의미한다 할 것(대법원 2002.7.12. 선고 2000두9311 판결, 같은 뜻임)이다. 또한, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(대법원 2007.5.11. 선고 2005두13360 판결 참조)으로, 일반적인 경우는 자산을 취득하게 되면 그 취득자는 그 과세물건에 대한 실질적인 지배권(사실상 취득)과 형식적인 소유권(형식상 취득)을 같이 취득하게 되는데, 개정 전 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다)에서는 사실상 취득은 취득세로, 형식상 취득(소유권의 등기 또는 등록)은 등록세로 구분하여 과세하고 있었지만, 현행 취득세 체계에서는 이를 통합하여, 취득세와 등록세를 합한 과세 세율을 현행 취득세 세율로 하고 있으며, 사실상 취득(취득세) 혹은 형식상의 취득(등록세)만으로 과세세율을 적용하여야 하는 경우에는 지방세법제15조의 세율특례 등으로 이를 보완하고 있다. 과점주주 취득세의 경우, 비상장법인의 주식의 과반을 취득하여 과점주주가 된 자는 해당 법인의 자산에 대한 소유권을 형식적으로 취득하지는 못하였지만, 과점주주가 되면서 실질적으로 해당 법인의 자산에 대한 관리‧처분권을 취득하게 되어 실질적인 지배권을 가지므로, 그에 대한 사실상 취득한 것으로 간주하여 납세의무가 성립하고, 그 세율 역시 예전 취득세의 세율(2%)과 동일한바, 사실상 취득세로 보아야 할 것이다. 반면, 흡수합병으로 인한 취득세는 피흡수합병 법인의 자산을 흡수합병 법인의 소유로 그 등기 사항을 변경하게 되면서, 그 소유권이 형식적으로 흡수합병 법인으로 넘어가면서 취득세를 납부한 것이고, 그 세율 역시 예전 등록세의 세율(1.5%)과 동일한바, 형식상 취득세로 판단하는 것이 타당하다. 청구법인의 경우, 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 자산을 실질적으로 취득(사실상 취득)하였으나, 실제 소유권은 이 건 법인이 소유하고 있던 상태에서 이 건 법인과 흡수합병하면서 이 건 법인의 자산의 소유권을 이전(형식상 취득) 받으면서, 이 건 법인의 자산을 완전히 소유(사실상, 형식상 취득)하게 되었다 할 것인데, 이중과세란 일반적으로 동일한 과세물건에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말한다 할 것(서울행정법원 2012.8.17 선고 2011구합42543 판결 참조)으로, 과점주주 취득세와 흡수합병으로 인한 취득은 그 성질이 사실상 취득, 형식상 취득으로 다르며, 과세대상물건의 취득 요건 자체도, 과점주주 취득세는 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 과점주주가 되었을 때 성립하게 되고, 흡수합병으로 인한 취득세는 청구법인이 합병등기하면서 그 자산의 소유권을 취득함으로써 성립하는 것이라서 그 과세요건과 과세사실 등이 다르다. 법원도 과점주주 취득 간주 행위와 흡수합병의 취득 행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득 행위로서의 성질을 가진다고 판결한바 있다(대전고등법원 2006.6.22. 선고 2005누1648 판결, 같은 뜻임). 한편, 청구법인이 인용한 판례(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결)의 경우에는, 주식 취득일이 2000.9.18.이고, 영업양수도 방식에 의한 자산 취득일은 2003년 9월경으로, 그 당시에는 구지방세법이 적용되어, 현행 취득세가 취득세(사실상 취득), 등록세(형식적 취득)로 구분되어 있었던바, 해당 판례에서는 과점주주가 되어 해당 법인의 실질적 자산을 취득한 걸로 간주하여 취득세(사실상 취득)를 납부한 후, 해당 법인으로부터 영업양수도 방식으로 자산을 취득하여 추가로 취득세(사실상 취득)를 납부한 것으로, 해당 자산에 대한 사실상의 소유권 취득에 따른 실질적 취득세를 두 번 납부한 결과가 되어 이중과세에 해당한 경우이다. 그에 반해, 이 건의 경우는 사실상 취득(과점주주 취득세)과 형식상 취득(합병으로 인한 취득세)에 대하여 각각 납부한 것으로 그 납부된 취득세의 성질과 사실관계 등이 다르다 할 것으로 해당 판례를 근거로 이 건 취득세 납부가 이중과세라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 과점주주가 되어 취득세를 납부한 후 청구법인이 이 건 법인을 흡수합병하여 이 건 부동산 취득세를 납부한 것은 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 처분청에서 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 이 건 법인의 주식을 취득하고 납부한 간주취득세와 이 건 법인을 합병하면서 납부한 취득세는 이중과세에 해당된다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 1976.3.16. 서울특별시 OOO에 본점을 두고 석유화학제품 생산, 판매 등을 영위하는 법인이다. (나) 청구법인은 2015.10.30. 종전 주주의 케미칼 사업 분할 후 분할신설법인의 주식을 취득하는 방식으로 종전 주주의 케미칼 사업부를 양수하기로 하는 계약을 체결하였다. (다) 종전 주주는 2016.2.1. 케미칼 사업부를 물적분할하여 이 건 법인을 설립하였고, 청구법인은 2016.4.29. 및 2019.7.30. 종전 주주로부터 이 건 법인의 주식 90% 및 10%를 각각 취득하였다. (라) 청구법인은 2020.1.1. 청구법인을 존속회사로 하고 완전자회사인 이 건 법인을 소멸회사로 하여 흡수합병을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청들은 취득의 종류가 사실상 취득과 형식적 취득으로 구분되고, 간주취득세는 사실상 취득이며, 합병은 형식적 취득이라서 각각 별개로 납세의무가 성립되어야 한다는 의견이다. 그러나 사실상 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 의미(대법원 2021.5.27. 선고 2017두56032 판결)하는 것으로, 취득세 납세의무의 성립(취득시기)과 관련된 개념일 뿐, 취득행위의 종류가 사실상 취득과 형식적 취득으로 구분되는 것은 아니다. 또한, 일련의 취득 과정에 있어서 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 그 실질적 요건을 갖춘 것으로 평가할 만한 국면이 존재하는 경우에는 이를 사실상 취득으로 보는 것일 뿐, 잔금 지급에 앞서서 등기가 이루어지는 경우에는 사실상 취득이라는 국면 없이 곧바로 취득세 납세의무가 성립하는 것이고, 잔금 지급 등 사실상 취득이 이루어진 후에 그 형식적 요건(등기)을 갖추더라도 별도로 취득세 납세의무가 성립되지는 않는다. 한편, 처분청이 주장하는 “형식적 취득”은 구지방세법제110조에서 열거하고 있는 합병, 신탁, 상속 등을 지칭하는 것이고, 이는 1954.4.14. 법률 제332호로 개정된 지방세법에서 취득세 비과세 대상 19개 종에 포함된 후에 1961.12.8. 법률 제827호로 폐지제정된 지방세법에서 “형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세”로 구분하여 따로 규정하게 된 것인데, 당시의 ‘신탁’이 신탁법에 따른 신탁이 아닌 명의신탁을 의미하는 것이었고, 합병에 대해서도 인격합일설의 입장이 반영된 것으로 보이며, 상속도 취득자의 의사에 따른 것이 아니라는 점 등을 고려하여, 이와 같은 취득의 실질이 매매 등과 같이 실질적인 재화의 이전은 없다고 평가하여 이를 “형식적인 소유권의 취득”이라고 명명하여 그 취득세를 비과세한 것으로 보인다[현재의 지방세법령은 신탁을 형식적인 취득에서 제외하였고, 환매, 재산분할, 공유물 분할, 상속(1가구 1주택), 법인세법상 적격 합병 등을 형식적인 취득으로 규정하고 있음]. 입법자가 합병과 같은 형식적인 취득을 비과세 또는 낮은 취득세율을 적용하려는 이유는 그 실질이 재화의 이전이 없는 것으로 평가할 여지가 있기 때문이라고 보이므로, 이를 본인이 이미 취득한 부동산 등을 또다시 취득할 수 있다는 논거로 인정할 여지는 없다. 따라서 청구법인이 쟁점주식의 취득으로 쟁점부동산 등을 취득한 이상, 취득세의 체계 안에서는 쟁점부동산 등은 합병 전부터 청구법인의 소유였고, 본인 소유의 부동산 등을 본인이 다시 취득할 수 있다고 해석할 만한 규정이 없는 이상, 간주 취득 후 합병으로 인한 취득을 또 다시 과세대상으로 볼 수는 없으므로(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 같은 뜻임), 처분청들이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 일부개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다 제7조(납세의무자 등) ② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공안전법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법 또는 수산업법 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제46조제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

1. 신탁(신탁법에 의한 信託으로서 信託登記가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 취득. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.

• 가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득
• 나. 신탁의 종료 또는 해지로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득
• 다. 수탁자의 경질로 인하여 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득

2. 환매권의 행사 등으로 인한 취득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 취득

• 가. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득
• 나. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의한 환매권의 행사로 매수하는 부동산의 취득
• 다. 징발재산정리에 관한 특별조치법 또는 국가보위에 관한 특별조치법 폐지법률 부칙 제2항의 규정에 의한 동원대상지역내의 토지의 수용·사용에 관한 환매권의 행사로 매수하는 부동산의 취득

3. 상속으로 인한 취득중 다음 각목의 1에 해당하는 취득

• 가. 대통령령이 정하는 1가구 1주택 및 그 부속토지의 취득
• 나. 제261조 제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세의 감면대상이 되는 농지의 취득

4. 법인의 합병 또는 공유권의 분할로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병후에 제112조의2의 규정에 의한 과세물건에 해당하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 건축물의 이전으로 인한 취득. 다만, 이전한 건축물의 가액이 종전의 건축물의 가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

6. 민법 제839조의2에 따른 재산분할로 인한 취득 ＜별지＞ ㅇㅇㅇ