청구법인이 설립 이후 취득한 이 건 부동산에 대하여 ‘창업중소기업 등에 대한 감면’(「지방세특례제한법」제58조의3)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.8.23. 농산물의 유통, 가공(제조), 판매 등을 목적으로 하고 경상남도 통영시 OOO을 본점으로 하는 농업회사법인을 설립하였고, 2019.6.4. 현재의 주식회사로 변경하였으며, 2021.7.1. 경상남도 통영시 OOO토지 827.1㎡ 및 건물 1,528.63㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 경매로 취득하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여지방세특례제한법제58조의3 제1항의 규정에 따라 ‘창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산’으로 취득세의 100분의 75를 감면받았다.
• 나. 처분청은 2023.6.9. 청구법인이지방세특례제한법제58조의3 제6항 제1호 및 제4호의 규정에 따른 ‘사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’ 및 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에 해당하여 지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업중소기업 감면대상에 해당하지 아니한 경우로 보아, 기 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세등”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.22. 이의신청을 거쳐 2024.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업중소기업에 해당하는지 여부는 창업 당시 기준으로 판단하여야 하는데, 청구법인은 창업 당시 농산물 가공(제조)업 등을 위하여 2017.8.23. 설립되었고, 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 지방세특례제한법제58조의3에 따라 창업일로부터 4년 이내에 이 건 부동산을 취득하였는바, 이 건 부동산 취득은 지방세특례제한법상 창업중소기업 감면대상에 해당한다. 그럼에도 처분청은 지방세특례제한법제58조의3 제6항 규정에 따른 창업여부 판단 시 창업 당시 기준이 아니라 이 건 부동산 취득 당시 기준으로 해당규정을 적용하여,지방세특례제한법제58조의3 제6항에 따른 창업으로 보지 않는 경우로 보았으므로, 이 건 취득세 등을 추징하는 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 농산물 유통, 가공(제조), 판매를 목적으로 하는 농업회사법인으로 2017.8.23. 설립되었으나, 설립이후 농업회사법인으로 농산물 유통, 가공(제조), 판매 등의 해당사업을 영위한 실적이 전혀 존재하지 않고, 이 건 부동산 취득 이후 현재까지도 최초의 목적사업을 영위한 실적이 없는 점, 청구법인은 2019.6.4. 농업회사법인에서 일반주식회사로 변경등기하면서 본점을 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)가 소유하고 있는 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하고, 도·소매업 등을 업종추가[2019.6.4. 수산물 판매·유통·가공(제조) 등 / 2019.8.14. 식재료 도·소매업 등]하였으며, 그 이후 이 건 부동산 소재지에서 2020년말까지 식품 유통업 등의 도·소매업만 영위한 점으로 볼 때, 청구법인의 설립시점 등기부상 목적사업이 농산물 유통, 가공(제조), 판매업이라 할지라도 실질적인 사업내용으로 볼 때, 청구법인은 설립 이후 3년 정도의 기간 내 유일하게 영위한 도·소매업을 해당사업으로 창업한 것으로 보아야 하고, 도·소매업은 지방세특례제한법제58조의3 제4항에 따른 창업중소기업 감면대상 업종에 해당하지 않으므로, 청구법인은지방세특례제한법상 창업중소기업의 범위에 포함되지 않는다 할 것이고, 설령, 청구법인의 주장대로 이 건 부동산을 창업일 당시 업종인 ‘농산물의 유통, 가공(제조), 판매’로 사용하기 위하여 취득하였다 하더라도 지방세특례제한법제58조의3 제7항에 따라 이 건 부동산을 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도(수산물가공업, 식재료 도·소매업)로 사용하여 취득세 등 추징대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 설립 이후 취득한 이 건 부동산에 대하여 ‘창업중소기업 등에 대한 감면'(지방세특례제한법제58조의3)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.8.23. 상호를 ‘농업회사법인 B 주식회사’로, 대표자를 ‘aaa’으로 하고 경상남도 통영시 OOO에서 농산물의 유통, 가공(제조), 판매 등을 목적으로 하여 설립되었다. (나) A은 2018.1.26. 대표자를 aaa으로 하고, 이 건 부동산에서 수산물가공(제조)업, 식재료 도·소매업 등을 목적으로 설립되었다. (다) 청구법인은 2019.6.4. 본점 소재지를 이 건 부동산으로 이전하면서 상호를 ‘농업회사법인 B주식회사’에서 일반 주식회사인 ‘B 주식회사’로, 대표자를 ‘aaa’에서 ‘bbb(aaa의 배우자)’로 변경등기 하였고, 목적사업에 수산물 가공(제조), 판매, 유통업 등을 추가하였으며, 2019.8.14. 목적사업에 식재료 도·소매업 등을 추가하였다. (라) 청구법인은 2019.6.6. A과 이 건 부동산 중 OOO동 2호 1〜4층 공장을 2019.6.6.〜2021.6.5.까지 보증금 OOO원, 월임차료 OOO원에 임대하는 임대차계약서을 체결하였고, 청구법인은 2021.7.1. A 소유의 이 건 부동산(공장 내 기계설비 등 제시외 포함)을 OOO원에 경매로 취득한 후 A과 같은 종류의 사업을 영위한 것으로 보인다. (마) 청구법인의 2017년∼2022년까지의 재무제표상 매출을 살펴보면, 아래 ＜표1＞과 같다.

○○○ (바) 청구법인의 2019년∼2021년까지의 상품매출 주요매출처를 살펴보면 ‘OOO’, ‘OOO’, ‘OOO’ 등이고, 주요매입처는 ‘C’, ‘D’ 등으로 나타난다. (사) 통영서무서장이 2023.8.2. 발급한 청구법인의 사업자등록증명상 업태 및 업종은 아래 ＜표2＞와 같다.

○○○

(2) 지방세특례제한법제58조3 제1항과 같은 조 제6항 제1호 및 제4호에서 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 100분의 75를 경감하되, ‘합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우(제1호)’, ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우(제4호)’에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였으므로 이 건 부동산 취득은 지방세특례제한법상 창업중소기업 감면대상에 해당한다는 주장이나, 창업중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재만을 가지고 판단할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하는 것이 합리적일 뿐더러, 실질적인 창업업종을 영위하는 중소기업에 세제혜택을 부여하고자 하는 조세감면의 입법취지에도 부합한다 할 것이다. 청구법인의 경우, 2017.8.23. 농업회사법인을 설립하였다가 실제 사업을 개시하지 아니한 상태에서 2019.6.4. 법인형태를 주식회사로 변경하고 업종을 수산물 가공, 판매, 유통업으로 하여 2020년도까지 도소매 관련 매출만 발생하였는바, 청구법인 주장과 같이 2019.6.4. 무렵을 실질적인 창업일로 보더라도 청구법인의 2019년도∼2020년도 손익계산서 등에서 이 기간 동안 식재료 도·소매업 관련 상품매출만이 발생한 것으로 확인되고 이러한 도·소매업은 지방세특례제한법제58조의3 제4항에서 명시한 창업 감면 업종에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 창업 당시부터 도소매업 이외에 제조업을 영위하고자 제조에 필요한 기계설비 및 구축물 등 제조를 위한 시설투자가 이루어졌다는 등 제조업의 준비과정에 있었다고 볼 만한 객관적인 입증자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어 청구법인은 창업 당시부터 도소매업을 영위하였던 것으로 보인다. 설령, 청구법인이 수산물 제조업을 영위하기 위하여 설립되었다고 하더라도 청구법인은 종전사업자인 A이 수산물 가공(제조)업에 사용하던 이 건 부동산을 취득하여 같은 종류의 사업을 영위한 것으로 보이므로 지방세특례제한법제58조의3 제6항 제1호의 경우에 해당하여 창업중소기업에 대한 감면대상에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 이 건 부동산 취득이 창업중소기업에 대한 감면 대상이 아니라고 보아 이 건 취득세등을 청구법인에게 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 생략

② ~ ③ 생략

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 생략

2. 제조업

3. ~ 12. 생략

⑤ 생략

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 부가가치세법 제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우

5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

⑧ ~ ⑨ 생략

(2) 지방세특례제한법 시행령 제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서“대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

2. 개인이 창업하는 경우: 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록일

② ~ ⑩ 생략