조세심판원 심판청구 취득세

기 취득세 등을 경감받은 창업중소기업 부동산을 임대한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

사건번호 조심 2024지0483 선고일 2024-07-17 조세심판원

[요지] 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 건축물(1,255.97㎡) 및 그 부속토지를 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] [이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2020.6.30. 경상남도 창원시 OOO토지 2,665.2㎡ 및 건축물 1,730.06㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 2021.5.20. 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물(204㎡) 및 그 부속토지를 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용하여 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 취득세 등 합계 OOO원을 청구법인에게 부과·고지하였다.
  • 다. 이후, 처분청은 2023.11.15. 청구법인이 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분) 신고 당시 처분청에 제출한 부동산 임대계약서를 근거로 이 건 부동산을 취득한 후 제3자에게 임대중인 건축물 연면적(1,255.97㎡) 및 그 부속토지에서 위 (나)에서 기 추징한 부분을 제외한 건축물(1,051. 97㎡) 및 그 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 2020년도 주민세(재산분) 신고 당시 처분청에 제출한 부동산임대계약서를 근거로 하여, 그 부동산 임대계약서상에 기재된 임대면적 1,255.97㎡를 추징대상으로 보아, 기 추징면적(204㎡)을 뺀 나머지 면적에 대하여 이 건 취득세 등을 과세하였다.

(2) 그러나, 이 건 부동산의 실제 임대 현황을 보면, 이 건 부동산 중 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이 물류창고로 사용하고 있는 부분은 패널로 구분되어 있고, 그 중에서도 일부인 84.15㎡는 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후부터 청구법인의 직원휴게실 용도로 사용하기 위하여 패널을 설치하여 구분 사용하였으며, 청구법인이 A과 작성한 부동산 임대계약서(이하 “이 건 제①계약”이라 한다)상 기재된 면적은 743.67㎡이지만, 이는 이 건 부동산의 매도인인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)와 A이 2018.8.28. 체결한 임대계약을 승계한 것으로, 실제 임대면적을 확인하지 않고 작성된 계약서상의 면적으로, 실질적으로 임대한 면적을 실측하면 659.52㎡로 이 건 제①계약서상 기재된 것 보다 적다.

(3) 또한, B는 이 건 부동산의 매도인으로, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 공장을 이전하기 전 일시적으로 공장일부와 사무실을 임대하기로 하고 임대차계약(512.3㎡, 이하 “이 건 제②계약”이라 하고, 이 건 제①계약과 합하여 이하 “이 건 계약”이라 한다)을 작성하였으나, 사무실은 사용하지 않기로 하고 공장일부분만 임대하였으며, B의 고정용접기계장치가 놓여져 있던 면적을 실측하면 272.9㎡로, 당초에 계약한 사무실 부분을 사용하지 않기로 하였지만 이 건 제②계약서을 새롭게 작성하지 않았기에 계약서상 면적과 실제 임대면적이 차이가 있다. (4)지방세기본법제17조에서 과세표준과 세액은 실질내용에 따라 적용하여야 한다고 규정하고 있으므로 실제 임대면적이 아닌 이 건 계약서상 기재된 형식상의 임대면적으로 추징한 이 건 취득세 등 부과처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 이 건 부동산의 매도인인 B와 A간 2018. 8.28. 작성한 임대계약서를 보면, 임대면적 743.67㎡는 공부상 전용면적 또는 연면적, 실측면적이라고 기재하고 있고, 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원으로 계약하였고, 청구법인은 2020.6.30. 이 건 부동산을 취득한 후, A과 B의 임대차계약과 동일한 임대면적, 보증금, 월차임을 조건으로 하여 2020.7.1. 임대차계약을 체결한 것으로 보이는 점, 청구법인은 A이 임대한 면적 중 일부(84.15㎡)는 청구법인 대표자의 비용으로 직접공사를 하고, 비품을 구입하여 청구법인의 직원휴게실로 사용하였다고 주장하지만, 그에 대한 지출증빙자료나 근거자료를 제시하고 있지 못하고 있는 점, 청구법인과 A 및 B가 처분청에 신고한 2020년도 내지 2021년도 주민세(재산분) 등 신고내역 또한 2020.7.1.에 체결한 임대차계약서상의 임대면적과 동일한 점, 임대차계약서상의 임대면적과 실제 임대면적이 다르다는 청구법인의 주장을 뒷받침할 수 있는 근거자료로서 청구법인이 직접 작성한 도면만을 제시할 뿐, 그 외에 증빙할 수 있는 자료가 부족해 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 2020.6.30. 이 건 부동산을 취득한 후, 청구법인이 A 및 B과 직접 작성한 2020.7.1. 임대차계약서상의 면적(1,255.97㎡)은 청구법인이 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 기 취득세 등을 경감받은 창업중소기업 부동산을 임대한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

2. 2020년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 법인등기부를 보면 2020.4.9. 경상남도 창원시 OOO을 본점 소재지로, 의료기기제조업, 유류탱크제조업 등을 목적사업으로, 대표자를 aaa로하여 설립되었다.

○○○ (나) 청구법인은 2020.5.12. B와 이 건 부동산을 취득을 위한 매매계약을 체결하고, 2020.6.30. 매매대금 OOO원을 지급하여 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다. (다) 청구법인이 2020.7.31. 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분)신고서를 보면 이 건 부동산 중 건축물 1,255.9㎡를 A(743.6㎡) 및 B(512.3㎡)에게 임대하고, 나머지 474.16㎡는 청구법인이 사용하는 것으로 하여 주민세(재산분) 합계 118,500원을 처분청에 신고·납부하였고, 그 신고·납부 당시 처분청에 제출한 이 건 제①계약서를 보면 계약일은 2020.7.1.로, 임대기간은 2020.7.1.부터 2022.6.30.까지로 임대면적을 743.67㎡로, 보증금 및 월 임대료를 OOO원, OOO원으로 기재되어 있고, 이 건 제②계약서를 보면 계약일은 2020.7.1.로, 임대기간은 2020. 7.1.부터 2020.12.31.까지로 임대면적은 512㎡(155평)로, 월 임대료를 OOO원으로 기재되어 있으나, 그 계약서상 특약사항을 보면 현장 413.22㎡(125평)의 계약기간은 2020.9.30.까지로 기재되어 있는 것으로 확인된다. (라) A이 2021.8.23. 처분청에 제출한 2021년도 주민세(사업소분) 신고서를 보면 이 건 부동산 중 건축물 743.67㎡를 임대하여 사업장으로 사용하는 것으로 하여 주민세(사업소분)를 납부한 것으로 확인되고, 그 신고서상 첨부자료로 위 이 건 제①계약서를 제출한 것으로 확인되며, B는 2021.8.31. 이 건 부동산 중 건축물 512㎡를 임대하여 사업장으로 사용하는 것으로 하여 2021년도 주민세(사업소분)을 납부한 것으로 확인된다. (마) 청구법인의 2020년 7월부터 2023년 6월까지 임대료수입 계정별원장에는 A로부터 2020년 7월부터 2023년 5월까지 매월 공장임대료 OOO원을 받은 것으로, B로부터 2020년 9월부터 2021년 11월까지 매월 공장임대료 OOO원(2020년 7월분은 OOO원, 2020년 8월분은 OOO원)을 받은 것으로 확인된다. (바) 처분청은 2021년 5월 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대한 감면 사후관리를 위하여 청구법인으로부터 제출받은 임대차계약서상 A과 임대면적 136㎡(월 임대료 OOO원)과 B와 임대면적 68㎡(월 임대료 OOO원)를 근거로 하여 이 건 부동산 중 그 임대면적 204㎡(A 136㎡, B 68㎡)이지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 이 건 부동산 취득일부터 3년 이내에 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보고, 2021. 5.20. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다. (사) 청구법인은 이 건 계약서 착오로 인하여 불익을 받아야 한다면 수용할 수 있지만, 아래와 같이 이 건 취득세 등에서 이 건 제①계약서 면적 중 청구법인이 사용하는 휴게실 면적(84.15㎡)와 임대차계약서 작성의 착오로 인하여 불이익을 받아야 한다면 어느 부분 수용 할 것이나 실제로 휴게실 등으로 사용한 면적과 이 건 제②계약서 면적 중 B에게 사무실로 임대하기로 하고 임대하지 않은 면적(239.4㎡)에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하고 있다.

○○○ (아) 청구법인은 A에게 임대한 면적 중 일부(84.15㎡)는 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시부터 청구법인이 직접 판넬공사를 하여 직원휴게실로 사용하고 있다고 주장하지만, 비용문제로 중고판넬을 싸게 구입하고, 청구법인 대표이사가 인부 몇 명을 데리고 직접 공사를 하여 제출한 증빙자료는 별도로 없다는 입장이다. (자) 청구법인이 제출한 청구이유서를 보면 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 매도자인 B가 제작품의 일부가 남아서 몇 개월만 사용하기를 원해서 어쩔 수 없이 일부를 사용하기는 했으나, B가 사무실(239.4㎡)은 필요하지 않다고 하여 공장만 임대하였고, 청구법인이 B로부터 2020년 7월 임대료 OOO원을 지급받은 것은 청구법인이 B 제작의 일부를 도와 주고 받은 대가라고 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제58조의3 제1항에서중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 하면서 그 제1호에서 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이라고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제2호에서 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우라고 규정하고 있다. 청구법인은 처분청이 기 취득세 등을 경감받은 청구법인의 이 건 부동산 중 건축물(1,255.97㎡)와 그 부속토지가 아닌 건축물(932.42㎡)와 그 부속토지만을 임대하였으므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 2020.7.31. 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분)신고서 등에서 이 건 부동산 중 건축물 1,255.9㎡를 각 A(743.6㎡) 및 B(512.3㎡)에게 임대하고, 나머지 474.16㎡는 청구법인이 사용하는 것으로 하여 주민세(재산분) 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부한 점, A과 B가 2021년도 주민세(사업소분)와 관련하여 이 건 부동산 중 건축물 743.67㎡를 A이 건축물 512.3㎡를 임대하여 사업장으로 사용한 것으로 하여 신고·납부한 점, 청구법인은 이 건 계약서 착오작성으로 인하여 청구법인이 휴게실(건축물 84.15㎡, 그 부속토지) 및 사무실(건축물 239.4㎡, 그 부속토지)을 직접 사용하고 있다고 주장하고 있으면서도 구체적인 증빙자료 등을 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 A에게는 건축물(659.52㎡) 및 그 부속토지, B에게 건축물(272.90㎡) 및 그부속토지를 임대하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 2020년 7월부터 2023년 6월까지 A에 대한 임대료수입 계정별원장을 보면 매월 OOO원을 지급 받은 것으로, 2020년 9월부터 2021년 11월까지 B에 대한 임대료 수입 계정별 원장을 보면 매월 공장임대료 OOO원(2020년 7월분은 OOO원, 2020년 8월분은 OOO원)을 지급 받은 것에서 볼 때 청구법인이 주장하는 임대면적 보다는 이 건 계약서상 면적대로 임대한 것으로 보는 것이 그 임대료 비율상 임대한 면적이 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 건축물(1,255.97㎡) 및 그 부속토지를 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2020.6.30. 경상남도 창원시 OOO토지 2,665.2㎡ 및 건축물 1,730.06㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 2021.5.20. 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물(204㎡) 및 그 부속토지를 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용하여 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 취득세 등 합계 OOO원을 청구법인에게 부과·고지하였다.
  • 다. 이후, 처분청은 2023.11.15. 청구법인이 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분) 신고 당시 처분청에 제출한 부동산 임대계약서를 근거로 이 건 부동산을 취득한 후 제3자에게 임대중인 건축물 연면적(1,255.97㎡) 및 그 부속토지에서 위 (나)에서 기 추징한 부분을 제외한 건축물(1,051. 97㎡) 및 그 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 2020년도 주민세(재산분) 신고 당시 처분청에 제출한 부동산임대계약서를 근거로 하여, 그 부동산 임대계약서상에 기재된 임대면적 1,255.97㎡를 추징대상으로 보아, 기 추징면적(204㎡)을 뺀 나머지 면적에 대하여 이 건 취득세 등을 과세하였다.

(2) 그러나, 이 건 부동산의 실제 임대 현황을 보면, 이 건 부동산 중 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이 물류창고로 사용하고 있는 부분은 패널로 구분되어 있고, 그 중에서도 일부인 84.15㎡는 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후부터 청구법인의 직원휴게실 용도로 사용하기 위하여 패널을 설치하여 구분 사용하였으며, 청구법인이 A과 작성한 부동산 임대계약서(이하 “이 건 제①계약”이라 한다)상 기재된 면적은 743.67㎡이지만, 이는 이 건 부동산의 매도인인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)와 A이 2018.8.28. 체결한 임대계약을 승계한 것으로, 실제 임대면적을 확인하지 않고 작성된 계약서상의 면적으로, 실질적으로 임대한 면적을 실측하면 659.52㎡로 이 건 제①계약서상 기재된 것 보다 적다.

(3) 또한, B는 이 건 부동산의 매도인으로, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 공장을 이전하기 전 일시적으로 공장일부와 사무실을 임대하기로 하고 임대차계약(512.3㎡, 이하 “이 건 제②계약”이라 하고, 이 건 제①계약과 합하여 이하 “이 건 계약”이라 한다)을 작성하였으나, 사무실은 사용하지 않기로 하고 공장일부분만 임대하였으며, B의 고정용접기계장치가 놓여져 있던 면적을 실측하면 272.9㎡로, 당초에 계약한 사무실 부분을 사용하지 않기로 하였지만 이 건 제②계약서을 새롭게 작성하지 않았기에 계약서상 면적과 실제 임대면적이 차이가 있다. (4)지방세기본법제17조에서 과세표준과 세액은 실질내용에 따라 적용하여야 한다고 규정하고 있으므로 실제 임대면적이 아닌 이 건 계약서상 기재된 형식상의 임대면적으로 추징한 이 건 취득세 등 부과처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 이 건 부동산의 매도인인 B와 A간 2018. 8.28. 작성한 임대계약서를 보면, 임대면적 743.67㎡는 공부상 전용면적 또는 연면적, 실측면적이라고 기재하고 있고, 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원으로 계약하였고, 청구법인은 2020.6.30. 이 건 부동산을 취득한 후, A과 B의 임대차계약과 동일한 임대면적, 보증금, 월차임을 조건으로 하여 2020.7.1. 임대차계약을 체결한 것으로 보이는 점, 청구법인은 A이 임대한 면적 중 일부(84.15㎡)는 청구법인 대표자의 비용으로 직접공사를 하고, 비품을 구입하여 청구법인의 직원휴게실로 사용하였다고 주장하지만, 그에 대한 지출증빙자료나 근거자료를 제시하고 있지 못하고 있는 점, 청구법인과 A 및 B가 처분청에 신고한 2020년도 내지 2021년도 주민세(재산분) 등 신고내역 또한 2020.7.1.에 체결한 임대차계약서상의 임대면적과 동일한 점, 임대차계약서상의 임대면적과 실제 임대면적이 다르다는 청구법인의 주장을 뒷받침할 수 있는 근거자료로서 청구법인이 직접 작성한 도면만을 제시할 뿐, 그 외에 증빙할 수 있는 자료가 부족해 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 2020.6.30. 이 건 부동산을 취득한 후, 청구법인이 A 및 B과 직접 작성한 2020.7.1. 임대차계약서상의 면적(1,255.97㎡)은 청구법인이 취득한 후 3년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 기 취득세 등을 경감받은 창업중소기업 부동산을 임대한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

2. 2020년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 법인등기부를 보면 2020.4.9. 경상남도 창원시 OOO을 본점 소재지로, 의료기기제조업, 유류탱크제조업 등을 목적사업으로, 대표자를 aaa로하여 설립되었다.

○○○ (나) 청구법인은 2020.5.12. B와 이 건 부동산을 취득을 위한 매매계약을 체결하고, 2020.6.30. 매매대금 OOO원을 지급하여 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 부동산의 취득이 지방세특례제한법제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다. (다) 청구법인이 2020.7.31. 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분)신고서를 보면 이 건 부동산 중 건축물 1,255.9㎡를 A(743.6㎡) 및 B(512.3㎡)에게 임대하고, 나머지 474.16㎡는 청구법인이 사용하는 것으로 하여 주민세(재산분) 합계 118,500원을 처분청에 신고·납부하였고, 그 신고·납부 당시 처분청에 제출한 이 건 제①계약서를 보면 계약일은 2020.7.1.로, 임대기간은 2020.7.1.부터 2022.6.30.까지로 임대면적을 743.67㎡로, 보증금 및 월 임대료를 OOO원, OOO원으로 기재되어 있고, 이 건 제②계약서를 보면 계약일은 2020.7.1.로, 임대기간은 2020. 7.1.부터 2020.12.31.까지로 임대면적은 512㎡(155평)로, 월 임대료를 OOO원으로 기재되어 있으나, 그 계약서상 특약사항을 보면 현장 413.22㎡(125평)의 계약기간은 2020.9.30.까지로 기재되어 있는 것으로 확인된다. (라) A이 2021.8.23. 처분청에 제출한 2021년도 주민세(사업소분) 신고서를 보면 이 건 부동산 중 건축물 743.67㎡를 임대하여 사업장으로 사용하는 것으로 하여 주민세(사업소분)를 납부한 것으로 확인되고, 그 신고서상 첨부자료로 위 이 건 제①계약서를 제출한 것으로 확인되며, B는 2021.8.31. 이 건 부동산 중 건축물 512㎡를 임대하여 사업장으로 사용하는 것으로 하여 2021년도 주민세(사업소분)을 납부한 것으로 확인된다. (마) 청구법인의 2020년 7월부터 2023년 6월까지 임대료수입 계정별원장에는 A로부터 2020년 7월부터 2023년 5월까지 매월 공장임대료 OOO원을 받은 것으로, B로부터 2020년 9월부터 2021년 11월까지 매월 공장임대료 OOO원(2020년 7월분은 OOO원, 2020년 8월분은 OOO원)을 받은 것으로 확인된다. (바) 처분청은 2021년 5월 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대한 감면 사후관리를 위하여 청구법인으로부터 제출받은 임대차계약서상 A과 임대면적 136㎡(월 임대료 OOO원)과 B와 임대면적 68㎡(월 임대료 OOO원)를 근거로 하여 이 건 부동산 중 그 임대면적 204㎡(A 136㎡, B 68㎡)이지방세특례제한법제58조의3 제7항 제2호에 따른 이 건 부동산 취득일부터 3년 이내에 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보고, 2021. 5.20. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다. (사) 청구법인은 이 건 계약서 착오로 인하여 불익을 받아야 한다면 수용할 수 있지만, 아래와 같이 이 건 취득세 등에서 이 건 제①계약서 면적 중 청구법인이 사용하는 휴게실 면적(84.15㎡)와 임대차계약서 작성의 착오로 인하여 불이익을 받아야 한다면 어느 부분 수용 할 것이나 실제로 휴게실 등으로 사용한 면적과 이 건 제②계약서 면적 중 B에게 사무실로 임대하기로 하고 임대하지 않은 면적(239.4㎡)에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하고 있다.

○○○ (아) 청구법인은 A에게 임대한 면적 중 일부(84.15㎡)는 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시부터 청구법인이 직접 판넬공사를 하여 직원휴게실로 사용하고 있다고 주장하지만, 비용문제로 중고판넬을 싸게 구입하고, 청구법인 대표이사가 인부 몇 명을 데리고 직접 공사를 하여 제출한 증빙자료는 별도로 없다는 입장이다. (자) 청구법인이 제출한 청구이유서를 보면 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 매도자인 B가 제작품의 일부가 남아서 몇 개월만 사용하기를 원해서 어쩔 수 없이 일부를 사용하기는 했으나, B가 사무실(239.4㎡)은 필요하지 않다고 하여 공장만 임대하였고, 청구법인이 B로부터 2020년 7월 임대료 OOO원을 지급받은 것은 청구법인이 B 제작의 일부를 도와 주고 받은 대가라고 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제58조의3 제1항에서중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 하면서 그 제1호에서 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이라고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제2호에서 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우라고 규정하고 있다. 청구법인은 처분청이 기 취득세 등을 경감받은 청구법인의 이 건 부동산 중 건축물(1,255.97㎡)와 그 부속토지가 아닌 건축물(932.42㎡)와 그 부속토지만을 임대하였으므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 2020.7.31. 처분청에 제출한 2020년도 주민세(재산분)신고서 등에서 이 건 부동산 중 건축물 1,255.9㎡를 각 A(743.6㎡) 및 B(512.3㎡)에게 임대하고, 나머지 474.16㎡는 청구법인이 사용하는 것으로 하여 주민세(재산분) 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부한 점, A과 B가 2021년도 주민세(사업소분)와 관련하여 이 건 부동산 중 건축물 743.67㎡를 A이 건축물 512.3㎡를 임대하여 사업장으로 사용한 것으로 하여 신고·납부한 점, 청구법인은 이 건 계약서 착오작성으로 인하여 청구법인이 휴게실(건축물 84.15㎡, 그 부속토지) 및 사무실(건축물 239.4㎡, 그 부속토지)을 직접 사용하고 있다고 주장하고 있으면서도 구체적인 증빙자료 등을 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 A에게는 건축물(659.52㎡) 및 그 부속토지, B에게 건축물(272.90㎡) 및 그부속토지를 임대하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 2020년 7월부터 2023년 6월까지 A에 대한 임대료수입 계정별원장을 보면 매월 OOO원을 지급 받은 것으로, 2020년 9월부터 2021년 11월까지 B에 대한 임대료 수입 계정별 원장을 보면 매월 공장임대료 OOO원(2020년 7월분은 OOO원, 2020년 8월분은 OOO원)을 지급 받은 것에서 볼 때 청구법인이 주장하는 임대면적 보다는 이 건 계약서상 면적대로 임대한 것으로 보는 것이 그 임대료 비율상 임대한 면적이 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 건축물(1,255.97㎡) 및 그 부속토지를 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)