재산세 과세기준일(6.1.) 국제선박등록을 신청하였으나, 행정청이 6.7. 국제선박으로 등록한 경우, 「제주특별자치도세 감면 조례」 제17조의2 제2항에 따른 재산세 등의 면제 대상인지 여부

[참조결정] 조심2021지0442 / 조심2016지0549

[주 문] 제주특별자치도 제주시장이 2023.7.4. 청구법인에게 한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 선박 AAA(OOO, 이하 ‘쟁점선박’이라 한다)가 2023.6.7. 국제선박으로 등록되어, 제주특별자치도세 감면 조례제17조의2 제2항에 따른 재산세 등의 면제대상에 해당하지 않는 것으로 보아, 2023.7.4. 청구법인에게 쟁점선박의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 제주특별자치도세 조례 제31조의6(선박에 대한 재산세 세율특례)에 따른 세율(1천분의 2.5)을 적용하여 산출한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국제선박등록법의 등록된 국제선박에 대하여 조세를 감면하여 주는 등의 정책적인 지원을 통해 우리나라에 국제선박으로 등록을 유인하기 위하여 제정된 것으로 그 취지가 해운사업을 영위하기 위한 필요한 인허가에 관한 것이 아니다. 해운사업을 하기 위해 필요한 인허가 등은 해운법에서 별도로 규정하고 있다. 국제선박등록법제4조 제2항은 해양수산부장관이 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후, 등록대상인 경우 지체없이 이를 국제선박등록부에 등록하고 신청인에게 국제선박등록증을 발급하도록 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행규칙 제3조는 국제선박등록신청시 첨부해야 하는 서류의 종류를 규정하고 있는데, 이 서류들은 국제선박 등록 전에 이미 다른 관청으로부터 발급받았거나, 관계 기관이 확인 및 날인한 서류에 해당한다. 이는 국제선박등록을 위한 지방해양수산청의 재량이 개입될 여지가 없다는 점과, 등록증 발급이 신청일인 6.1.에도 가능했다는 것을 의미한다. 실제로 쟁점선박도 청구법인이 6.1. 신청하였으나, 행정청은 6.7. 접수처리를 하고, 같은 날 등록증을 발급한바, ‘신청일 당일’에도 등록증 발급이 가능했던 것으로 보인다. 이러한 성격의 등록업무는 행정청의 ‘기속행위’로 평가되는데, 학계는선박법에 따른 선박등록행위를 기속행위로 보므로, 국제선박등록행위 역시 기속행위에 해당한다고 판단되며, 이 경우 등록의 효력은 신청(접수)된 때로 소급하여 인정하는 것이 타당하다. 조세심판원도 등록을 요건으로 한 감면 규정의 적용에 있어 행정기관의 내부절차로 인하여 등록일을 경과한 경우로 관계기관과의 협조가 필요한 복합민원이 아니라 특별히 심사 등의 절차가 없이 처리되는 경우에 감면요건을 충족하였다고 결정한 바 있다(조심 2016지549, 2016.12.7.등 다수, 같은 뜻임). 감면요건을 국제선박등록이 완료된 시점을 기준으로 판단하는 것은 행정관청의 행정처리 상황에 따라 감면여부가 달라지는 결과를 초래하므로 타당하지 않다. 쟁점선박의 경우 납세자가 2023.6.1. 적법한 신청서류를 갖추어 국제선박등록을 신청하였고, 그에 기초하여 2023.6.7. 등록증이 발급되었으므로, 신청일로 소급하여 6.1. 국제선박등록이 된 것으로 보아 감면 여부를 판단하는 것이 타당하다. 따라서, 재산세 과세기준일 현재 쟁점선박이 국제선박으로 등록되지 않은 것으로 보아 한 이 건 재산세 등의 과세처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점선박은 과세기준일(6.1.) 현재 선적항 요건은 충족되었지만, 국제선박등록 요건의 경우 국제선박등록을 신청한 사실만 확인될 뿐, 인천지방해양수산청이 쟁점선박을 국제선박으로 등록한 날짜는 2023.6.7.이므로, 제주특별자치도세 감면 조례제17조의 2 제2항에 따른 재산세 면제요건을 충족하지 않는다. 민원처리에 관한 법령에서는 법정민원에 대하여 처리대상 업무 종류에 따라 처리기간을 달리 정하고 있는데, 그 예로 선박수리의 신고의 경우에는 처리기간을 즉시로 규정하고 있고, ‘즉시’로 처리기간을 정한 경우에는 정당한 사유가 있는 경우를 제외하고는 근무시간 이내에 처리해야 하는 것이나, 국제선박등록의 법정업무 처리기간이 3일으로 규정되어 있으므로, 이는 국제선박등록업무가 청구법인의 주장처럼 기속행위이고 단순한 절차적·행정적 처리가 아니라는 것에 대한 반증이라 할 것이다. 청구법인이 제시한 결정례(조심 2016지549, 2016.12.7.)는 감면된 취득세 추징에 대한 사안으로 정상적으로 임대사업자 등록을 신청하였으나 행정기관의 안내에 따라 취하한 후 다시 등록을 신청하여 등록일을 경과하여 신청한 점 등의 사유를 고려하여 판결한 사례로 이 사건과는 사실관계가 달라 원용하기 어렵다. 오히려, 감사원은 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 ‘등록’한 경우에 취득세를 면제받을 수 있고, 특별히 행정관청이 등록 업무를 지연시키는 등의 사정이 있어 청구인에게 불이익을 전가하는 것이 현저히 불합리하지 않는 한 신청서 접수일을 기준으로 감면혜택을 줄 수 없다고 판단하였다(감심 2016-687, 2018.3.6., 같은 뜻임). 또한, 국제선박 등록제도는 각종 세제 지원, 외국인선원 등의 승선 등의 혜택을 주기 위한 것이므로, 그 등록에 있어서는 보다 엄격하게 판단하여 등록 업무를 하는 것이 타당하다. 특히, 국제선박 등록업무 처리 절차가 신청과 등록을 명확히 구분하고 있고, 관련 규정에 따라 국제선박 등록대상이 되는 선박인지를 확인하는 과정이 선행되어야 하며, 확인이 되면 지체없이 등록 및 국제선박등록증을 발급하도록 하고 있어 등록과 발급이 동시에 이루어지는 것을 알 수 있는바, 발급일을 등록일로 보는 것이 타당하다. 한편, 청구법인은 2023.6.1. 17:30에 등록을 신청하여 업무시간 마감 직전에 신청을 하였으므로 일련의 절차가 같은 날에 이뤄진다고 판단하는 것은 단순한 기대이며, 신청일에 처리되지 않을 수 있다는 것이 충분히 예상 가능한 상황이었다. 청구법인이 소유한 다른 선박의 사례를 통해 처리기한이 3일이라는 점은 스스로 잘 알고 있었을 것으로 보이는바, 과세기준일에 신청이 아닌 등록이 완료되도록 사전 준비가 필요하였고, 이를 준비하지 않아 재산세 과세기준일 현재 국제선박으로 등록되지 못한 것이다. 따라서, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 국제선박으로 등록신청만 하고, 과세기준일이 지난 6.7. 국제선박으로 등록된 쟁점선박을 제주특별자치도세 감면 조례제17조의 2 제2항에 따른 재산세 등의 면제요건을 충족하지 못한 것으로 보아 한 이 건 재산세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 재산세 과세기준일(6.1.) 국제선박등록을 신청하였으나, 행정청이 6.7. 국제선박으로 등록한 경우, 제주특별자치도세 감면 조례 제17조의2 제2항에 따른 재산세 등의 면제 대상인지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점선박의 등기사항전부증명서(선박)에 의하면, 쟁점선박의 선적항은 제주특별자치도 제주시, 선령은 20년 이하, 총톤수는 OOO톤 이상, 국적은 대한민국인 사실 등이 확인되고, 주요기재내용은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 등기사항전부증명서 주요 내용 ◯◯◯ (나) 청구법인이 제출한 OOO과 OOO이 2023.5.16. 연명하여 작성한 국제선박 단체협약 적용 확인서에 의하면, 청구법인이 국제선박 외국인선원고용협의회 운영규정 제8조에 의하여 국제선박 단체협약 적용을 승인받은 사실이 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 운항선박명세서에 의하면, 해양수산부장관이 2023.5.30. 운항선박명세서를 발급한 사실 및 청구법인의 운항선박에 쟁점선박이 포함된 사실이 나타난다. (라) 청구법인이 제출한 아래 쟁점선박에 대한 선박국적증서에 의하면, 부산지방해양수산청장이 2023.5.30. 선박국적증서를 발급한 사실 및 쟁점선박의 국적이 대한민국인 사실이 나타난다. (마) 청구법인이 제출한 쟁점선박에 대한 국제선박등록 신청서에 의하면 청구법인이 쟁점선박에 대한 국제선박 등록을 2023.6.1. 17:30에 신청한 사실 및 인천지방해양수산청에서 이를 2023.6.7. 17:53에 접수한 사실이 나타나고, 청구법인이 제출한 국제선박등록증에 의하면, 인천지방해양수산청장이 2023.6.7. 쟁점선박에 대한 국제선박등록증을 발급한 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 제주특별자치도세 감면 조례 제17조의2 제2항은 과세기준일 현재 제1항 제1호의 제주선박등록특구를 선적항으로 하여 국제선박으로 등록되어 있는 선박에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 쟁점선박이 재산세 과세기준일(6.1.)이 경과한 6.7.에야 국제선박으로 등록되었으므로, 제주특별자치도세 감면 조례제17조의 2 제2항에 따른 재산세 등의 면제 대상이 아니라는 의견이다. 그러나, 청구법인은 재산세 과세기준일인 2023.6.1. 쟁점선박을 국제선박등록법 시행규칙 제3조 제1항의 서류를 구비하여 국제선박으로 등록을 신청한 점, 인천지방해양수산청은 2023.6.7. 이를 접수하고 추가서류의 제출없이 7분여만에 국제선박등록증을 발급한바, 국제선박 등록업무는 복합민원이 아니라 특별한 심사 등의 절차없이 신청 당일에 처리될 수 있다고 보이고, 이에따라 위 감면조례에 규정된 국제선박으로 등록되어 있는 선박이란 국제선박으로 등록신청되어 있는 선박으로 해석함이 합리적인 점, 행정청 담당공무원의 업무역량에 따라 재산세 감면여부가 결정되는 것은 불합리하다고 보여지는 점 등에 비추어, 청구법인이 2023년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점선박을 국제선박으로 등록신청하여 제주특별자치도세 감면 조례제17조의 2 제2항에 따른 재산세 면제 요건을 충족한 것으로 보이므로(조심 2021지442, 2021.8.6., 같은 뜻임), 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 제주특별자치도세 감면 조례 제17조의 2(선박등록특구의 국제선박 등 지원을 위한 감면) ① 국제선박등록법에 따라 국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제12조제1항 및 같은 법 제15조제2항에 따른 취득세율에서 1천분의 20을 경감한다. 1.제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 "제주특별법"이라 한다) 제443조제1항에 따른 선박등록특구(이하 "제주선박등록특구"라 한다)를 선적항으로 하는 선박 2.국제선박등록법 제3조제1항제4호에 해당하는 제주선박등록특구의 선적항 등록 조건부 선박

② 과세기준일 현재 제1항제1호의 제주선박등록특구를 선적항으로 하여 국제선박으로 등록되어 있는 선박에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다.

(2) 제주특별자치도세 조례 제31조의 6(선박에 대한 재산세 세율특례) ①제주특별법 제123조에 따라 법 제111조 제1항 제4호 나목에도 불구하고 선박에 대한 재산세 세율은 1천분의 2.5로 한다.

(3) 국제선박등록법 제3조(등록대상 선박) ① 국제선박으로 등록할 수 있는 선박은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박으로 한다. 다만, 국유ㆍ공유 선박과 어선법 제2조제1호에 따른 어선은 제외한다.

1. 대한민국 국민이 소유한 선박

2. 대한민국 법률에 따라 설립된 상사(商事) 법인이 소유한 선박

3. 대한민국에 주된 사무소를 둔 제2호 외의 법인으로서 그 대표자(공동대표인 경우에는 그 전원을 말한다)가 대한민국 국민인 경우에 그 법인이 소유한 선박

4. 외항운송사업자 또는 해운법 제33조에 따라 선박대여업을 등록한 자가 대한민국의 국적 취득을 조건으로 임차(賃借)한 외국선박 중 외항운송사업자가 운항하는 선박

② 제1항에 따라 국제선박으로 등록할 수 있는 선박의 규모, 선령(船齡), 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제4조(등록절차) ① 국제선박으로 등록하려는 등록대상 선박의 소유자, 외항운송사업자 또는 선박대여업자(이하 “선박소유자등”이라 한다)는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록을 신청하여야 한다. 이 경우 선박소유자등은 국제선박으로 등록하기 전에 선박법 제8조제1항 및 제2항에 따라 그 선박을 선박원부(船舶原簿)에 등록하고 선박국적증서를 발급받아야 한다.

② 해양수산부장관은 제1항에 따른 국제선박의 등록신청을 받은 경우에는 그 선박이 제3조에 따른 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후, 등록대상인 경우 지체 없이 이를 국제선박등록부에 등록하고 신청인에게 국제선박등록증을 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록된 국제선박의 선박소유자등은 그 등록사항이 변경된 경우에는 그 사실이 발생한 날부터 1개월 이내에 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 변경등록을 신청하여야 한다.

(4) 국제선박등록법 시행령 제2조(등록대상 선박) 국제선박등록법(이하 “법”이라 한다) 제3조제2항에 따라 국제선박으로 등록할 수 있는 선박은 국제총톤수 500톤 이상이면서 선령(船齡)이 20년 이하인 선박으로 한다. 다만, 선박안전법에 따른 선급법인이나 그 밖에 해양수산부령으로 정하는 선급에 등록한 선박으로서 해양수산부령으로 정하는 국제협약증서를 갖춘 선박은 선령기준을 적용하지 아니한다.

(5) 국제선박등록법 시행규칙 제3조(국제선박의 등록신청 등) ① 국제선박등록법(이하 “법”이라 한다) 제4조제1항에 따라 국제선박으로 등록하려는 등록대상 선박의 소유자, 외항운송사업자 또는 선박대여업자(이하 이 조에서 “선박소유자등”이라 한다)는 별지 제1호서식의 국제선박등록 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지방해양수산청장에게 제출하여야 한다.

1. 삭제

2. 국제톤수증서 사본

3. 삭제

4. 삭제

5. 제2조 각 호에 따른 국제협약증서 사본(선령이 20년을 초과하는 선박인 경우만 해당한다)

6. 선박안전법에 따른 선급법인 또는 제2조에 따른 선급이 발행한 선급증서 사본(선령이 20년을 초과하는 선박인 경우만 해당한다)

7. 등록신청 선박의 국제항행(國際航行) 여부를 확인할 수 있는 운항선박 명세서 또는 해운법 시행규칙 제2조제6항에 따른 해상여객운송사업 면허증

8. 법 제6조제1항에 따라 체결된 단체협약의 적용 여부를 확인할 수 있는 서류(이하 “단체협약적용확인서”라 한다) 사본

② 지방해양수산청장은 제1항에 따라 등록신청을 받은 경우에는 해당 선박이 법 제3조에 따른 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후 등록대상 선박이면 국제선박등록부에 등록한 후 지체 없이 신청인에게 별지 제2호서식의 국제선박등록증을 발급하여야 한다.

(6) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제443조(선박등록특구의 지정) ① 선박등록을 활성화하기 위하여 선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률제2조에 따른 제주자치도 내 무역항을 선박등록특구로 지정한다.

② 국제선박등록법 제4조에 따라 해양수산부장관에게 등록한 선박으로서 제1항에 따른 무역항을 선적항으로 하는 선박과 대통령령으로 정하는 외국선박에 대해서는 조세특례제한법, 지방세특례제한법 및 농어촌특별세법에서 정하는 바에 따라 취득세, 재산세, 지방세법 제146조제3항에 따른 지역자원시설세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 면제할 수 있다.

③ 선박등록특구의 지정과 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 선박법 제8조(등기와 등록) ① 한국선박의 소유자는 선적항을 관할하는 지방해양수산청장에게 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 선박을 취득한 날부터 60일 이내에 그 선박의 등록을 신청하여야 한다. 이 경우 선박등기법 제2조에 해당하는 선박은 선박의 등기를 한 후에 선박의 등록을 신청하여야 한다.

② 지방해양수산청장은 제1항의 등록신청을 받으면 이를 선박원부(船舶原簿)에 등록하고 신청인에게 선박국적증서를 발급하여야 한다.

③ 선박국적증서의 발급에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.

④ 선박의 등기에 관하여는 따로 법률로 정한다.

(8) 선박법 시행령 제10조(선박의 등록신청) ① 법 제8조제1항에 따라 선박의 등록을 신청하려는 자는 별지 제6호서식의 선박등록신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 해당 선박의 선적항을 관할하는 지방청장에게 제출하여야 한다.

1. 선박 총톤수 측정증명서[공단 또는 선급법인(이하 “대행기관”이라 한다)으로부터 선박 총톤수 측정증명서를 발급받은 경우로 한정한다]

2. 선박등기부 등본(선박등기법 제2조에 따른 선박등기 대상 선박으로 한정한다)

② 제1항에 따른 신청서 제출 시 지방청장은 전자정부법 제36조제1항에 따라 행정정보의 공동이용을 통하여 법인 등기사항증명서(법인인 경우만 해당한다)를 확인하여야 한다.

(9) 민원처리에 관한 법률 제9조(민원의 접수) ① 행정기관의 장은 민원의 신청을 받았을 때에는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 접수를 보류하거나 거부할 수 없으며, 접수된 민원문서를 부당하게 되돌려 보내서는 아니 된다.

② 행정기관의 장은 민원을 접수하였을 때에는 해당 민원인에게 접수증을 내주어야 한다. 다만, 기타민원과 민원인이 직접 방문하지 아니하고 신청한 민원 및 처리기간이 ‘즉시’인 민원 등 대통령령으로 정하는 경우에는 접수증 교부를 생략할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 민원의 접수 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조(법정민원의 처리기간 설정ㆍ공표) ① 행정기관의 장은 법정민원을 신속히 처리하기 위하여 행정기관에 법정민원의 신청이 접수된 때부터 처리가 완료될 때까지 소요되는 처리기간을 법정민원의 종류별로 미리 정하여 공표하여야 한다. 제19조(처리기간의 계산) ① 민원의 처리기간을 5일 이하로 정한 경우에는 민원의 접수시각부터 “시간” 단위로 계산하되, 공휴일과 토요일은 산입(算入)하지 아니한다.

(10) 민원처리에 관한 법률 시행령 제6조(민원의 접수) ① 민원은 민원실[법 제12조의2제2항에 따른 전자민원창구(이하 “전자민원창구”라 한다)를 포함한다. 이하 같다]에서 접수한다. 다만, 민원실이 설치되어 있지 아니한 경우에는 문서의 접수ㆍ발송을 주관하는 부서(이하 “문서담당부서”라 한다) 또는 민원을 처리하는 주무부서(이하 “처리주무부서”라 한다)에서 민원을 접수한다.

② 행정기관의 장은 제1항에 따라 민원을 접수하였을 때에는 그 순서에 따라 민원 처리부에 기록하고 해당 민원인에게 접수증을 발급하여야 한다.

③ 법 제9조제2항 단서에서 “기타민원과 민원인이 직접 방문하지 아니하고 신청한 민원 및 처리기간이 ‘즉시’인 민원 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 민원인 경우를 말한다.

1. 기타민원

2. 제5조에 따라 민원인이 직접 방문하지 아니하고 신청한 민원

3. 처리기간이 ‘즉시’인 민원

4. 접수증을 갈음하는 문서를 주는 민원

④ 행정기관의 장은 제1항에 따라 민원을 접수하였을 때에는 구비서류의 완비 여부, 처리 기준과 절차, 예상 처리소요기간, 필요한 현장확인 또는 조사 예정시기 등을 해당 민원인에게 안내하여야 한다.

⑤ 행정기관의 장은 민원을 접수할 때 필요하다고 인정되는 경우에는 해당 민원인 본인 또는 그 위임을 받은 사람이 맞는지 확인할 수 있다.

⑥ 행정기관의 장은 5명 이상의 민원인으로부터 동일한 취지의 민원을 접수할 때에는 이를 병합하여 접수할 수 있다.

⑦ 행정기관의 장은 전자민원창구를 통하여 민원이 신청된 경우에는 그 민원이 소관 행정기관의 전자민원창구에 도달한 때부터 8근무시간 이내에 접수해야 한다. 제19조(처리기간의 계산) 민원의 처리기간을 ‘즉시’로 정한 경우에는 정당한 사유가 있는 경우를 제외하고는 3근무시간 이내에 처리하여야 한다.