이 건 부칙에 따라 「조세특례제한법」상 법인세 세액감면에 따른 효과는 법인지방소득세에도 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.10.1.∼2018.9.30., 2018.10.1.∼2019.9.30., 2019.10.1.∼2020.9.30. 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)에 법인세를 신고하면서 조세특례제한법제121조의2 제2항에 따라 외국인투자기업에 대한 세액감면을 받았으나, 처분청에 법인지방소득세를 신고하면서 지방세법제103조의19에서 규정한 과세표준(법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준)에 따라 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2009.10.27. 조세특례제한법제121조의2 제1항의 요건을 충족한 외국인투자기업으로서 같은 조 제2항에 따라 외국인투자에 대한 조세감면(이하 “쟁점 세액공제액”이라 한다)을 받았으므로, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 부칙 제15조(일반적 경과규정, 이하 “이 건 부칙”이라 한다)에 따라 쟁점 세액공제액과 관련된 법인지방소득세(아래 ＜표1＞ 기재와 같음)도 공제하여야 한다는 취지로, 2023.9.13. 경정청구를 제기하였으나, 처분청들은 2023.10.4. 및 2023.11.2. 이를 거부하였다. ＜표1＞ 청구법인 경정청구 내역 (단위: 원) ◯◯◯
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법제85조는 법인지방소득세의 과세표준이 신고·납부하여야 하는 법인세액을 기준으로 함에 따라 청구법인과 같이 조세특례제한법에 따라 법인세를 감면받은 경우 법인지방소득세도 동일한 감면효과가 적용되었으나, 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을 법인세액이 아닌 법인세 과세표준으로 계산하는 방식의 독립세로 전환된 후 법인지방소득세에는 더 이상 법인세 감면효과가 적용되지 않는다. 그런데, 이 건 부칙은 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고, 이러한 경과규정은 구법에 의하여 납세의무성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로 2014년 이전에 외국인 투자기업으로서 조세감면결정을 받아 법인세를 감면받았다면, 이에 따라 법인지방소득세도 감면이 적용될 것으로 판단한 납세자의 신뢰는 보호받아야 하므로, 종전의 규정에 따라 쟁점사업연도 법인지방소득세도 감면효과를 적용하는 것이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 개정 전 지방세법제85조는 법인지방소득세의 세액 산출방식만을 규정하고 있을 뿐이고, 세액공제 및 이월공제를 규정한 것은 조세특례제한법이므로, 개정 전 지방세법제85조가 법인세액을 과세표준으로 규정함에 따라 결과적으로 조세특례제한법에 따른 감면 효과가 법인지방소득세에 영향을 미쳤다 하더라도, 지방세법제85조가 지방세 감면에 관한 사항을 규정하고 있었던 것으로 보기 어렵다. 이 건 부칙은 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면된 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는데 이 건 법인지방소득세의 경우 종전의 규정에 따라 감면된 지방세에 해당하지 아니하므로 위 부칙이 적용될 여지가 없다. 따라서, (개정 전 지방세법이 아니라) 쟁점사업연도 당시에 시행되는 지방세법에 따라 법인지방소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 부칙에 따라 조세특례제한법상 법인세 세액감면에 따른 효과는 법인지방소득세에도 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2009.10.27. 기획재정부장관으로부터 조세특례제한법제121조의2에 따른 외국인투자에 대한 조세 감면 대상으로 통보(기획재정부 대외경제총괄과-2870, 2009.10.27.)를 받았으며, 2014사업연도부터 2019사업연도까지 외국인투자에 대한 조세 감면(법인세)을 받았다. (나) 청구법인은 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법제103조의19가 신설되어 법인지방소득세 과세표준이 법인세액에서 법인세 과세표준으로 변경됨에 따라, 쟁점사업연도에 대하여 쟁점 세액공제액과 관련된 법인지방소득세를 포함하여 법인지방소득세를 신고·납부하였다. (다) 청구법인은 2023.9.13. 이 건 부칙에 따라 구 지방세법을 적용하여 쟁점 세액공제액과 관련된 법인지방소득세는 환급되어야 한다고 주장하며 처분청들에게 경정청구를 하였으나, 처분청들은 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 지방세법103조의19가 신설된 이후에도 이 건 부칙에 따라 쟁점 세액공제액과 관련된 법인지방소득세에도 감면이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나, 2014.1.1. 개정 전 지방세법은 법인세분 지방소득세를 산정함에 있어 법인세 납부세액을 지방소득세의 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산정함에 따라 청구법인이 법인세 감면에 따른 법인지방소득세 감소 효과를 보았다 하더라도 이는 간접적인 효과에 불과한 점, 이 건 부칙은 지방세법령에서 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데 조세특례제한법 제121조의2는 지방세법령에 해당하지 아니하고, 지방세법령에서는 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 대한 규정을 두고 있지 아니한 점, 따라서 조세특례제한법 제121조의2 외국투자기업에 대한 법인세 감면 규정에 따라 법인세분 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 이 건 부칙이 규정하고 있는 일반적 경과조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다(대법원 2023.12.7. 선고 2020두42668 판결, 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구법인에게 여전히 쟁점 세액공제액과 관련한 법인지방소득세 납세의무가 있다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제86조(납세의무자 등) ① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 소득세법과 법인세법에서 정하는 바에 따른다. 제87조(지방소득의 범위 및 구분 등) ③ 내국법인 및 외국법인의 법인지방소득은 다음 각 호와 같이 구분하고, 법인의 종류에 따른 각 호의 소득의 범위는 법인세법 제4조에서 정하는 바에 따른다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조 제2항, 제103조의3 제4항의 개정규정은 2020년 1월 1일부터, 제103조의 20 제2항의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행하며, 제103조의29의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(3) 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[조세특례제한법 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

• 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것
• 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.

1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액

2. 조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

• 가. 산업지원서비스업: 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업
• 나. 고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업