청구법인이 쟁점부동산 전체를 본점으로 사용한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 서울특별시 서초구청장이 2023.8.21. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 서울특별시 서초구 OOO 외 1필지 건축물 1,347.52㎡ 중 14.7427㎡(공용면적 포함)에 대하여만지방세법제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2000.7.6. 서울특별시 OOO(대도시외 지역 산업단지)를 본점 소재지로 하고, 게임소프트웨어 개발 및 서비스업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적 사업으로 하여 설립된 법인이다.
• 나. 청구법인은 2018.12.28. 서울특별시 서초구 OOO 외 1필지 토지 352.9㎡ 및 건축물 1,347.52㎡(지하 2층/지상 6층, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 2021.12.29. 이 건 부동산의 3층(169.6㎡) 및 6층(105.47㎡)(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)으로 본점을 변경 등기를 하였다가, 2022.11.8. 다시 이 건 부동산의 4층(145.96㎡, 이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)으로 본점을 변경 등기하자, 청구법인이 본점을 대도시에 있는 쟁점부동산에 설치한 것으로 보아, 2023.8.21. 쟁점부동산에 대하여지방세법제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.17. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점부동산 전체를 청구법인의 본점으로 사용한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세를 부과하였으나, 쟁점부동산의 임대현황과 임대차계약서, 월세 및 보증금 이체내역 등에 나타나듯이 쟁점부동산 전체를 본점으로 사용한 사실이 없고, 청구법인은 쟁점부동산 중 4층 일부 면적 14.7427㎡(공용면적 포함)만을 본점으로 사용하였다. 청구법인이 2021.12.19. 본점을 1차로 변경시에 코로나 시국으로 인해 청구법인의 인원은 건물관리(청소와 경비)요원 이외에는 거의 재택근무하였고, 6층 OOO 한켠에 책상 2개를 사용한 것이 전부였다. 2022.11.18. 본점을 2차로 변경시에 코로나 시국이 거의 끝나가는 무렵 이미 6층은 2022.4.1.부터 OOO에게 임대를 하였으므로 OOO가 6층에서 내려간 4층으로 청구법인의 주소를 변경하면서 일부공간을 청구법인이 사용하였다. 청구법인의 최근 인원은 5명으로 지속되고 있는데 A 대표이사와 대주주 B 이사는 부부로서 두 사람이 총괄적인 의사결정을 하고 있고, 2022년 11월에 입사한 C 이사가 전반적인 회사운영과 회계관리까지 실무를 담당하고 있으며. 경리를 담당했던 직원은 2021년 2월과 2022년 12월에 퇴사하여 현재는 없고, 그 외에 경비 1명(D), 청소 1명(E)의 직원이 있다. 청구법인의 임대관리 요원을 제외하면 최대 3명이 이 건 건축물의 3층과 6층 275.07㎡와 4층 145.96㎡라는 넓은 공간을 사용할 필요도 이유도 없다. 더욱이 A 대표이사는 OOO의 대표이사를 겸하고 있으므로 주로 2층에서 업무를 보았고, B 이사는 OOO의 대표이사를 겸하고 있어 주로 밖에서 업무처리를 하게 되어 청구법인의 사무공간에서는 C 이사 혼자서 근무하고 있다. 쟁점부동산 3층의 입구에는 ㈜A 간판이 부착되어 있고 4층의 입구에는 ㈜B 간판이 부착되어 있으며, ㈜A의 직원들이 4층에도 근무하고 있음에도 굳이 간판을 부착하지 않은 것은 사업부는 3층에 있고, 개발자가 4층에서 근무하고 있기 때문에 굳이 부착하지 않은 것이며, 청구법인의 회사명이 층별 안내도에만 표시되어 있고 4층 입구에는 없는 이유도 마찬가지이다. 쟁점부동산의 임차인 중에서 청구법인과 주주, 임원 등 특수관계인 회사는 ㈜A(대표이사 B, 청구법인 대표이사 A의 배우자)이나, 특수관계가 있다고 해서 시세와 다르게 임대료를 받거나 부정하게 거짓으로 계약하거나 하지 않고 특수관계 없는 법인들과 동일하게 임대차 계약을 맺고 보증금과 월세를 받고 있다. 청구법인이 2021.12.29. 본점 주소를 변경할 당시 이미 쟁점부동산의 3층과 6층을 ㈜A에게 임대하였기 때문에 전체를 직접 사용이 불가능한 상황이었고, 2022.11.18. 본점 주소를 다시 변경할 당시 4층을 ㈜A와 ㈜C에게 임대 및 전대하고 있었기 때문에 4층 전체를 직접 사용하는 것은 불가능하였다. 지방세법제13조 제2항에서 말하는 본점이라 함은 법인이 인적ㆍ물적 설비를 갖추어 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 뜻한다. 인적(고용된 임직원)ㆍ물적(사무실과 집기비품) 설비의 대부분은 임차인인 ㈜A, ㈜C, ㈜D의 것이고, 청구법인은 3∼4명 정도의 인원과 3∼4평 정도의 공간이 필요한 회사이며 그에 해당하는 면적만을 직접 사용하였음이 명백하다. 따라서, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산 전체를 청구법인의 본점으로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세를 부과하였으나 이는 부당하고, 쟁점부동산 중 청구법인이 본점으로 직접 사용한 4층의 일부 면적(14.7427㎡, 공용면적 포함)에 대하여만 중과세율을 적용하여 취득세를 부과하여야 한다. 나.처분청 의견 청구법인은지방세법제13조 제2항과 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라 대도시에서 부동산 취득 후 5년 이내에 법인이 전입하여 사용하는 부분은 중과세됨을 인정하나, 직접 사용이 아닌 임대용은 제외되어야 하고, 실질적으로 본점의 역할을 수행하고 있는 공간에 대해서만 과세가 되어야 한다고 주장하면서 1차 본점 이전(2021.12.20.)이 형식적인 본점 등기에 해당하는 그 근거로 임차인[(주)A]과 2021.12.6. 체결한 임대차계약을 제시하였다. 그러나, 청구법인과 임대차계약을 체결한 임차인의 대표자 B은 청구법인 및 임차인의 최대주주(각각 96%, 66.72% 소유)로 법인의 자산을 임의로 관리운용할 수 있는 지위에 있고, 실질적으로 본점과 관련하여 체결된 임대차계약을 살펴보면, 청구법인은 이 건 건축물의 3층과 4층에 대해서 ㈜A와 전체를 임대물건으로 계약한 이후 ㈜B 및 ㈜C과 3층과 4층의 일부 면적을 임대목적물로 중복계약이 이루어진 것을 볼 때, 그 임대차계약을 신뢰하기 어렵다. 청구법인의 법인등기부 및 사업자등록증상 본점의 소재지는 쟁점부동산으로 되어 있는바 통상적으로 법인등기부 및 사업자등록증상 본점의 소재지에서 법인의 사업 활동이 이루어진다고 보는 것이 경험칙에 부합하고, 청구법인은 법인 사업장 소재지에서 납부하여야 하는 법인지방소득세 및 지방소득세(특별징수) 등의 지방세를 이 건 건축물의 소재지를 관할하는 처분청에 납부하였다. 반면에, 쟁점부동산의 임차인인 ㈜A는 임차인의 본점 소재지(OOO)에서 법인지방소득세 및 지방소득세(특별징수)를 납부하였고, 그 밖에 청구주장을 인정할 만한 별다른 증거가 없다는 점 등을 종합하여 볼 때 1차 본점 이전은 형식적인 본점 등기에 해당하여 중과대상이 아니라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. 청구법인은 쟁점부동산 중 4층 일부만을 청구법인의 본점 사업용 부동산으로 사용하고 있다고 주장하나, 처분청 담당자가 현지출장하여 조사한 결과에 의하면, 쟁점부동산의 4층 사무실입구에는 임차인과 사용면적을 6.3㎡로 하여 전대차계약을 체결한 ㈜B의 상호만이 걸려있고, ㈜B는 2022년 원천징수이행상황신고의 대상이 되는 근로소득자가 없는 것으로 확인된다. ㈜B의 최대주주(95.46%) 또한 임차인의 대표자 B인데, 청구법인은 4층 일부(11.17㎡)만을 본점 사업용으로 사용하고 있다는 주장을 입증할 수 있는 계약사항이 없을 뿐만 아니라 4층 공간이 청구법인과 임차인의 사업장으로 명확히 구분되어 있지 않으므로 쟁점부동산 중 4층 일부(14.7427㎡, 공용면적 포함)만을 본점으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점부동산 전체를 본점으로 사용한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2제1항제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙 제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 법인세법 제111조·부가가치세법 제8조 또는 소득세법 제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법 에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 업는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2000.7.6. 과밀억제권역에서 제외되는 OOO에 본점 소재지를 두고, 게임소프트웨어 개발 및 서비스업, 부동산 매매업 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인은 2018.12.28. 이 건 부동산을 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(4%)을 적용하여 산출하여 이 건 취득세를 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구법인은 2019.5.1. 본점을 OOO에서 OOO로 변경하였다가, 2020.9.25. 다시 OOO으로 변경하였다. (라) ㈜A는 2020.9.28. OOO을 본점 소재지로 하고, 응용소프트웨어 개발 및 공급 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이고, 2021.10.18. 본점 소재지를 OOO으로 이전하였으며, 2022.4.14. 서울지점을 이 건 부동산의 3층에 설치하였다가 2022.7.5. 폐지 등기를 하였다. (마) 청구법인이 2021.12.29. 쟁점①부동산으로 본점 변경등기를 하기 전인 2021.12.6. ㈜A와 체결한 임대차계약서에 의하면, 임대목적물을 쟁점부동산의 3층과 6층으로 하고, 임차기간을 2021.12.6.〜2023.12.5., 보증금 OOO원 및 월 임대료 OOO원으로 기재되어 있다. (바) 청구법인은 2021.12.29. 본점을 OOO에서 쟁점부동산의 3층과 6층으로 변경 등기하였고, 2022.11.8. 다시 쟁점부동산의 4층으로 본점을 변경 등기하였다. (사) 청구법인이 2022.3.28. ㈜C과 체결한 임대차계약서에 의하면, 임대목적물을 쟁점부동산의 3층 일부 면적(33㎡)으로 하고, 임차기간을 2022.3.28.〜2024.3.27., 보증금은 없으며, 월 임대료는 OOO원으로 기재되어 있다. (아) 청구법인이 2022.3.29. ㈜E과 체결한 임대차계약서에 의하면, 임대목적물을 쟁점부동산의 4층 일부 면적(56.1㎡)으로 하고, 임차기간을 2022.4.1.〜2024.3.30., 보증금은 없으며 월 임대료는 OOO원으로 기재되어 있다. (자) 청구법인이 2022.4.1. ㈜A와 체결한 임대차계약서에 의하면, 임대목적물을 쟁점부동산의 3층과 6층에서 3층과 4층으로 변경하였고, 임차기간은 당초 임차기간의 잔여기간(2022.4.1.〜2023.12.5.)으로 기재되어 있으며, 그 일부 발췌내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 ㈜A와의 임대차계약을 입증하는 자료로 계정별원장, 지급한 금융거래내역 등을 아래와 같이 제출하였다. 임차기간 층 보증금 월 임대료 2021.12 6〜2022.3.31. 3층, 6층 OOO원 OOO원 2022.4.1.〜2023.12.5. 3층, 4층 OOO원 (카) ㈜A가 2022.4.1. ㈜E[현재 (주)F]과 체결한 전대차계약서에 의하면, 전대할 부분은 쟁점부동산의 4층 일부 면적(6.3㎥)으로 하고, 전대차기간은 2022.4.1.〜2023.12.5., 보증금과 임대료는 없는 것으로 기재되어 있다. (타) ㈜A가 2022.4.1. ㈜C과 체결한 전대차계약서에 의하면, 전대할 부분을 쟁점부동산의 4층 일부(27㎥)로 하고, 전대차 기간은 2022.4.1.〜2023.12.5., 보증금과 임대료는 없는 것으로 기재되어 있다. (파) 청구법인은 2022.7.21.과 2023.1.19. 쟁점부동산을 사업장 주소로 하여 각각 부가가치세신고서를 아래와 같이 반포세무서에 제출하였다. ＜부가가치세 신고내역＞ ㅇㅇㅇ (하) 청구법인이 제출한 2021년 원천징수이행상황신고서상에서 확인되는 근로자 현황은 아래와 같다. ＜원천징수이행상황신고서상 근로자 현황＞ (단위: 명) 월 법인명 청구법인 ㈜A ㈜B ㈜C 12

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• - 1 9 22

• - 2021년 4 12 (거) 처분청이 2023.5.4. 쟁점부동산에 대하여 현장조사를 실시하고 작성한 출장결과보고서에는 아래와 같은 내용이 나타난다. ＜출장결과보고서 일부내용＞

① 층별 안내도 4층 부분에 청구법인((주)G) 표기가 확인되나 4층 사무실 외부 현판 및 입구에는 ㈜B 상호만 기재 ② 청구법인이 사용하는 공간으로 들어가기 위해서는 반드시 ㈜B 사무실을 거쳐야 하는 구조이며, 해당 부분에는 책상이 1개 배치되어 있음(C 이사 근무) ③ 청구법인은 ㈜B 사무실 내부에 유리벽으로 구획된 일부 공간만 사용중이나, 해당 부분에 별도로 청구법인이 소재한다고 볼만한 표기는 확인되지 않음

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 대도시에 있는 쟁점부동산 전체를 본점으로 사용하였다는 의견이나,지방세법제13조 제2항에서 말하는 본점이라 함은 법인이 인적․물적 설비를 갖추어 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 뜻하는 것이고, 대도시에 본점을 설치한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 일반적으로 세금부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적·물적설비를 갖춘 본점을 대도시에 설치하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 청구법인의 법인등기부등본상에 나타나는 주소를 청구법인의 본점으로 사용한 것으로 보았을 뿐 쟁점부동산 전체에 청구법인의 인적ㆍ물적설비가 있었는지에 대하여 명확한 근거자료를 제시하지 아니한 점, 쟁점부동산의 인적(고용된 임직원)ㆍ물적(사무실과 집기비품) 설비의 대부분은 쟁점부동산의 임차인인 ㈜A, ㈜B 등의 것이고, 청구법인은 대표이사를 포함하여 3∼4명 정도의 인원으로 구성되어 3∼4평 정도의 공간이 필요한 회사이며, 청구법인의 목적사업을 고려할 때, 청구법인이 쟁점부동산 전체를 인적ㆍ물적설비를 갖추고 사용할 이유가 없는 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 쟁점부동산에 대한 임대차계약서와 이와 관련한 임대보증금, 임대료 관련 금융증빙자료 등에 의하면 쟁점부동산을 본점으로 사용한 것이 아니라 임대용으로 사용하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 처분청이 2023.5.4. 쟁점부동산에 대하여 현장조사를 실시하고 작성한 출장결과보고서에 의하면, 청구법인의 본점은 쟁점부동산의 4층에 있고 해당 부분에는 책상이 1개 배치되어 있으며 4층 임차인인 ㈜B 사무실 내부에 유리벽으로 구획된 일부 공간만을 사용중인 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산 중 4층의 일부 면적(14.7427㎡, 공용면적 포함)만을 본점으로 사용하는 것으로 보이므로 이에 해당하는 면적에 대하여만 중과세율을 적용하여 취득세를 부과하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.