조세심판원 심판청구 취득세

주택건설사업자가 쟁점주택을 멸실시킬 목적으로 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않았다고 보아 취득세를 중과할 수 있는지 여부

사건번호 조심 2024지0049 선고일 2024-10-31 조세심판원

[요지] 주택건설사업자인 청구법인은 주택건설사업을 위하여 쟁점주택을 취득하여 취득 당시 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호의 취득세 중과세 제외 요건을 충족하였고, 쟁점주택의 취득일부터 3년 이내 해당 주택의 소유자로서 이를 직접 멸실하였으므로, 문언상 취득세 중과 제외 배제 사유가 발생하지 않은 것으로 볼 수 있는 점 등을 고려할 때, 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[참조결정] 조심2017지1014 / 조심2023지3627 / 조심2017지0845

[주 문] 서울특별시 동대문구청장이 2023.9.20. 청구인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2010.2.3. 주택법제4조에 따른 주택건설사업자 등록을 마친 법인으로, 2022.1.27. 청구 외 AAA으로부터 서울특별시 동대문구 OOO 대 286㎡ 및 그 지상의 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 유상취득 하고, 다음 날 처분청에 해당 주택이 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로서 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령(2022.2.28. 대통령령 제32511호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법 시행령”이라 한다) 제28조의2 제8호 본문 나목 4)에 따른 취득세 중과 배제 대상에 해당한다고 보아 일반 유상취득 세율을 적용한 취득세 등을 신고·납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2022.12.19. 청구 외 OOO위탁관리부동산투자회사(이하 “BBB”라 한다)에 쟁점주택의 부속토지를 매각하는 계약을 체결하였고, BBB는 2023.1.19. 쟁점토지의 부속토지에 관하여 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.
  • 다. 처분청은 청구법인이 BBB에게 쟁점주택의 부속토지를 매각함으로써 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 단서에서 규정하고 있는 “정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우”에 해당하게 된 것으로 보고, 청구법인에게 쟁점주택의 취득에 대해 중과세율을 적용한 취득세 등을 신고·납부하도록 안내하였고, 이에 청구법인이 2023.3.7. 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 라. 청구법인은 2023.7.31. 처분청에 위와 같이 쟁점주택의 취득에 중과세율을 적용하여 신고·납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.9.20. 이를 거부하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택의 취득은 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 본문 나목 4)에 따른 취득세 중과 배제 대상에 해당한다. 청구법인은 주택법제4조에 따라 등록한 주택건설사업자로, 서울특별시 동대문구 OOO 일대에서 시행되는 공공지원민간임대주택(역세권 청년주택) 조성사업을 위해 멸실시킬 목적으로 쟁점주택을 취득하여 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 본문 나목 4)에 따른 취득세 중과 배제의 요건을 모두 갖추었다. 청구법인은 위 사업을 보다 원활히 수행하기 위해 도관 성격의 명목회사인 BBB를 100% 출자하여 설립한 후 해당 법인에게 관련 부동산의 소유권을 모두 이전한 바, 쟁점주택의 부속토지 또한 그 과정에서 BBB에게 매각된 것이다. 청구법인과 BBB는 쟁점주택의 부속토지에 관한 매매계약 체결 시 청구법인의 위 사업 관련 인허가상 지위 및 제3자와 체결한 계약상 지위를 BBB에게 모두 이전하는 한편, 쟁점주택을 청구법인의 명의로 철거·멸실시키기로 약정하였고, 청구법인은 그 약정에 따라 쟁점주택의 취득일(2022.1.27.)부터 3년이 경과하기 전인 2023.4.7. 해당 주택을 직접 멸실시켰다. 이처럼 청구법인이 쟁점주택을 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 단서의 기간 내 직접 멸실시킨 이상 해당 규정에 따른 취득세 중과사유가 발생했다고 볼 수 없으므로, 이와 달리 판단한 처분청의 취득세 등 경정청구 거부처분은 위법하다.

(2) 쟁점주택의 취득에 대하여 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 단서에서 취득세 중과사유로 규정하고 있지 아니한 ‘매각’을 이유로 취득세 중과세율을 적용할 수 없다. 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 단서는 주택건설사업자가 법정기한 내 주택을 멸실시키지 않는 경우 취득세가 중과된다고 규정하고 있을 뿐, ‘매각’을 취득세 중과사유로 규정하고 있지 않다. 대법원은 조세법률주의의 원칙에 따라 국민의 납세의무에 관한 사항을 법률로써 규정해야 하고 그 법률의 집행 시에도 행정편의적인 확장해석이나 유추적용이 허용되지 않으며(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결 참조), 감면세액을 사후적으로 추징하는 것은 별개의 부과처분으로서 새로운 납세의무를 부과하는 것이므로 법률에 별도로 그 근거를 명확히 두어야 한다고 판시한 바(대법원 2020.10.15.자 2020두41405 판결 참조), 처분청이 쟁점주택의 취득에 대해 법령상 규정되지 않은 ‘매각’을 이유로 취득세를 중과한 것은 위법한 처분이다. 구지방세법 시행령제28조의2는 제2호, 제3호, 제5호, 제6호, 제12호에서 “매각·증여”를 취득세 중과사유로 명시하고 있는 것과 달리 제8호의 문언상 ‘매각’을 중과사유로 두고 있지 아니한 바, 조세심판원은 “매각·증여”가 추징사유로 명시된 규정의 적용여부를 판단하는 경우에도 그 법적 성격이 다른 합병과 분할은 매각·증여에 해당하지 않는다고 해석하고 있으므로(조심 2017지1014, 2017.12.19., 조심 2017지845, 2017.11.7. 참조), 쟁점주택에 대한 취득세 중과세 판단 시에도 그와 같은 엄격해석의 원칙이 적용되어야 할 것이다.

(3) 쟁점주택 취득에 대해 취득세 중과세를 배제하는 것은 구지방세법 시행령제28조의2 제8호의 입법취지에도 부합한다. 행정안전부는 최근 질의회신(부동산세제과-2094, 2023.6.5.)에서 ‘재개발조합과 건설회사 간 체결된 임대주택 포괄양수인 지위를 이전받은 부동산투자회사(리츠)를 2020.7.10. 이전에 체결된 매매계약의 당사자로 보아 주택 취득세에 대한 중과 경과조치를 적용할 수 있는지 여부’에 대해 판단하며, “그 제3자가 양수인인 법인이 설립한 자회사(리츠)와 같이 계약의 목적상 양수인과 동일시 할 수 있는 자이며, 그렇게 해석하더라도 법인의 주택 취득에 대한 중과 규정을 잠탈하는 등 조세회피를 용이하게 할 우려가 없는 경우에는, 계약을 체결한 당사자의 범위에 주택 매매계약의 매수인 지위를 포괄적으로 양수한 제3자(리츠)도 포함된다”고 해석하였다. 즉, 법인 취득 주택의 취득세 중과배제 여부 판단 시 중과 배제의 입법취지, 중과 배제가 인정될 경우 조세회피를 용이하게 할 우려가 있는지 여부 등이 종합적으로 고려되어야 한다고 본 것이다. 청구법인은 주택건설사업의 원할한 진행을 위해 BBB를 설립하였고, 해당 법인에 쟁점주택의 부속토지를 포함한 주택건설사업 관련 부동산을 매각하고 인허가상 지위 및 제3자와 체결한 계약상의 지위를 양도한 바, 이러한 일련의 절차들은 구지방세법 시행령제28조의2 제8호에서 취득세 중과 배제 대상 사업으로 규정하고 있는 주택건설사업의 진행 과정 중 일부로서 동 규정의 입법취지에 반한다고 볼 수 없다. BBB는 부동산투자회사법제11조의2에 따른 위탁관리 부동산투자회사로 설립된 법인으로서, 본점 외의 지점을 설치할 수 없고 직원을 고용하거나 상근 임원을 둘 수도 없는 도관 성격의 명목회사이므로, 청구법인은 여전히 위 명목회사를 통해 쟁점주택의 멸실 목적이 된 주택건설사업을 실질적으로 수행하고 있다. 결국 청구법인이 도관인 BBB를 활용하여 주택건설사업을 시행하고, 해당 사업을 위해 멸실시킬 목적으로 쟁점주택을 취득하여 그 취득일부터 3년이 경과하기 전 이를 멸실시킨 것은 구지방세법 시행령제28조의2 제8호의 입법취지에도 부합하는 것이므로, 이와 달리 판단하여 취득세가 중과된다고 본 처분청의 경정청구 거부처분은 위법하다. 한편 위 규정은 2023.12.29. 대통령령 제34080호로 개정되면서 “주택의 취득일부터 7년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우”를 취득세 중과사유로 추가하고, 그 부칙 제5조에서 “제28조의2 제8호 각 목 외의 부분 단서의 개정규정[같은 호 나목6] 외의 개정사항만 해당한다]은 이 영 시행 이후 멸실시킬 목적으로 주택을 취득하는 경우부터 적용한다”고 규정한 바, 이는 개정 전 규정으로는 주택건설사업자가 취득한 주택을 멸실한 후 새로운 주택을 건축하지 않았다고 하더라도 취득세를 중과할 수 없음을 반증하는 것이므로, 처분청의 경정거부처분은 이 점에서도 위법하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택의 취득은 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 나목에 따른 취득세 중과 배제 요건을 갖추지 못하였다. 지방세법제13조의2 제1항 제1호는 법인이 유상거래를 원인으로 주택을 취득하는 경우 취득세 중과세율을 적용한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제28조의2 제8호 나목은 주택법제4조에 따라 등록한 주택건설사업자 등이 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택을 취득세 중과 배제 대상으로 규정하면서, 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않는 경우 취득세 중과 배제 대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 이와 같은 주택에 대한 취득세 중과제도는 주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 억제하기 위해 시행되었고, 주택건설사업자가 새로운 주택을 짓기 위해 멸실 목적의 주택을 취득하는 것은 주택 실수요자 보호 취지에 반하지 않고 투기 목적의 주택 취득으로도 볼 수 없어 중과세에서 제외하고 있는 것이므로, 주택을 멸실하기만 하고 새로운 주택을 준공하기 이전에 해당 부동산을 처분한다면 이러한 취지에 부합하지 않는다고 보아야 한다(행정안전부 부동산세제과-4052, 2022.12.12.). 나아가 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 나목 및 동법 시행규칙 제7조의2는 정비사업시행자, 주택건설사업자 등 사업주체별로 주택건설 여부에 따라 멸실 목적으로 취득하는 주택에 대한 중과비율을 달리 정하고 있는데, 이는 위 시행령 규정의 취득세 중과 배제가 기존 주택 멸실 이후 주택의 신축을 전제로 한 것임을 보여주는 것인 바, 청구법인의 주장과 같이 기존 주택의 멸실만으로 중과 배제 요건이 충족된다고 볼 경우 위 각 규정은 사실상 유명무실한 규정이 될 것이다. 청구법인은 자회사인 BBB를 설립한 후 쟁점주택의 부속토지를 매각하여 관련 인허가상 지위를 이전하였고, 이러한 일련의 절차들은 취득세 중과 배제 사업으로 규정된 주택건설사업 진행 과정의 일부라고 주장하나, 과세관청이 부동산의 소유권 이전 이후에도 해당 부동산이 그 용도대로 사용되고 있는지 혹은 출자자가 부동산의 사용과 관련하여 제3자에 대한 관리·통제에 관여하고 있는지 여부를 일일이 심사할 수 없는 것이고, 설사 심사가 가능하다 하여도 그러한 심사에 부가적인 행정인력이 소요되어 과세당국에 과도한 부담을 줄 뿐만 아니라 오히려 법집행의 자의가 개입될 여지가 있다(2015헌바277, 2018.1.25.). 따라서 주택건설사업자가 새로운 주택을 짓기 위해 멸실 목적으로 취득한 주택을 멸실만 하고 처분하는 경우 취득세 중과세 대상에 해당한다 할 것인바(행정안전부 부동산세제과-4052, 2022.12.12. 참조), 결과적으로 쟁점주택이 취득일로부터 3년 내 멸실되었다고 하더라도 청구법인이 새로운 주택을 건축하지 않고 쟁점주택의 부속토지를 BBB에 처분한 사실이 부동산등기부등본에서 확인되므로, 처분청이 구지방세법 시행령제28조의2 제8호에 따라 쟁점주택의 취득이 취득세 중과 배제 대상에 해당하지 않는다고 본 처분은 적법하다.

(2) 취득세 중과 배제 요건의 구비여부는 납세의무자 별로 개별적으로 판단되어야 한다. 지방세법제13조의2 제1항에 따라 법인이 주택을 취득하는 경우 취득세가 중과되어야 함에도 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 나목에서 일정한 요건 충족 시 그 중과를 배제하여 주는 것은 명백한 특혜규정에 해당한다. 대법원은 조세법률주의의 원칙상 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2002.10.11. 선고 2000두2785 판결 외 다수 참조), 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다고 일관되게 판시하고 있다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결 참조). 청구법인은 쟁점주택을 취득한 이후 3년이 경과하기 전 이를 멸실하지 않은 채 그 부속토지를 BBB에게 매각하였으므로 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 나목에 따른 취득세 중과 배제 요건을 갖추지 못하였고, 청구법인이 쟁점주택 소유자로서의 지위를 상실한 이후 이루어진 멸실이나, 청구법인과 엄연히 다른 법인격의 또다른 납세의무자인 BBB의 주택건설사업 시행 등은 청구법인의 취득세 중과 배제 요건 충족여부 판단에 영향을 미칠 수 없다. 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 취득세 중과 배제 요건이 갖추어지지 않았다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 주택건설사업자가 쟁점주택을 멸실시킬 목적으로 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않았다고 보아 취득세를 중과할 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2010.2.3. 주택법제4조에 따른 주택건설사업자 등록을 마치고, 서울특별시장이 2022.6.23. 공공지원민간임대주택(역세권 청년주택) 공급촉진지구로 지정한 서울특별시 동대문구 OOO 일대에 공공지원민간임대주택(역세권 청년주택)을 조성 및 건설하는 사업시행자로 고시되었다. (나) 청구법인은 2022.1.27. 청구 외 AAA으로부터 쟁점주택과 그 부속토지를 유상취득 하였고, 다음 날 처분청에 해당 주택이 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로서 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 본문 나목 4)에 따른 취득세 중과 배제 대상에 해당한다고 보아 일반 유상취득 세율을 적용한 취득세 등을 신고·납부하였다. (다) 청구법인은 2022.8.30. 청구법인이 100% 출자한 자회사 BBB를 설립하고, 2022.12.19. BBB에게 쟁점주택의 부속토지를 포함한 위 주택건설사업 관련 부동산을 전부 매각하는 계약을 체결한 바, 그 주요내용은 다음과 같다. <표1> 청구법인-BBB 쟁점주택 매매계약 주요내역 ◯◯◯ (라) 청구법인은 2023.4.7. 처분청으로부터 쟁점주택의 해체공사 완료(멸실) 신고확인증을 교부받은 것으로 나타난다. (마) 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 등기사항전부증명서(말소사항 포함)에서 확인되는 소유권 이전내역은 아래와 같다. <표2> 쟁점주택의 등기사항전부증명서(말소사항 포함, 2024.7.1. 발행) ◯◯◯ <표3> 쟁점주택 부지의 등기사항전부증명서(말소사항 포함, 2023.1.25. 발행) ◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호 나목 4)는 주택법제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택의 취득세 중과 배제 제외 사유를 “정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실하지 않는 경우”로 규정하고 있을 뿐, 그 부지를 소유하거나 관련 사업상의 인허가 등 권리를 보유한 상태에서 주택의 멸실을 완료하여야 한다고 규정하고 있지 않다. 조세법규 엄격해석의 원칙상 조세법규는 과세요건은 물론 비과세 요건이나 감면요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고, 법률 및 시행령에서 취득세 중과 제외 배제 사유로 규정하고 있지 아니한 경우까지 그 입법취지 등을 감안하여 취득세를 중과세하는 것은 납세자의 조세법령에 대한 법적안정성 및 예측가능성을 저해하는 것으로 볼 수 있는 점(조심 2023지3627, 2023.10.16. 같은 뜻임), 주택건설사업자인 청구법인은 2022.1.27. 주택건설사업을 위하여 쟁점주택을 취득하여 취득 당시 지방세법제13조의2 제1항 및 구지방세법 시행령제28조의2 제8호의 취득세 중과세 제외 요건을 충족하였고, 쟁점주택의 취득일부터 3년 이내인 2023.4.7. 해당 주택의 소유자로서 이를 직접 멸실하였으므로, 문언상 취득세 중과 제외 배제 사유가 발생하지 않은 것으로 볼 수 있는 점 등을 고려할 때, 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(국세기본법 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 부동산등기법 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

(2) 구 지방세법 시행령 제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 "주택"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

  • 나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

4. 주택법 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

원본 출처 (국세법령정보시스템)