쟁점건물의 취득가액을 처분청이 계산한 실지거래가액이 아닌 당초 신고한 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부 등

• 가. 청구인은 2003.12.9. 취득한 인천광역시 남동구 OOO 대 2,896.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 2004.6.29. 근린생활시설 건물(4층, 연면적 1,898.16㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 부동산임대업을 영위하다 2023.1.31. OOO원에 양도한 후, 2023.3.31. 이 사건 토지의 취득가액은 실지거래가액 OOO원으로, 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액 OOO원으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 신고내용을 검토한 결과, 쟁점건물 관련 부가가치세 신고서상 고정자산매입 세금계산서를 근거로 계산한 쟁점건물 신축비용OOO에 취득세OOO 및 등록세OOO를 더하고 감가상각비누계액OOO을 차감하여 실지취득가액을 OOO원으로 산정하고, 기타 필요경비 OOO원(양도비 등)을 추가 공제하여 2024.8.12. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) (주위적 청구) 청구인은 쟁점건물의 장부가액에 세금계산서 수취분 외의 금액이 있지만, 이에 대한 증빙이 보관되지 않아 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용한 것인데, 처분청이 단지 세금계산서에 의한 취득비용이 확인된다 하여 이를 실지거래가액으로 보아 과세한 이 사건 처분은 부당하다. (가) 청구인은 쟁점건물 신축 시 부분별 도급을 주면서 직영으로 건축을 하였는데, 당시 세금계산서를 수취하지 못한 것도 많았고, 세금계산서 발급 대상이 아니어서 영수증으로 처리된 것도 많아 장부에 계상하지 못한 공사비가 많았다. 장부에 계상된 건축비용은 OOO원이나, 당시 기장을 담당하던 세무사가 교체되었고, 현재 장부가액의 내용도 확인할 수 없을 뿐만 아니라 쟁점건물의 신축 시기가 2004년이라 기간이 너무 경과하여 증빙도 보관하지 못해 실지취득가액을 확인할 방법이 없다. 따라서 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 취득가액으로 환산가액을 적용하였다. (나) 처분청은 쟁점건물의 양도소득 계산 시 실지거래가액을 적용하였는데, 납세자가 신고한 실지취득가액이 맞는지 확인하여 경정하는 경우는 있어도, 신축비용 불분명을 인정하지 않고 세금계산서만을 근거로 그 외 비용의 입증책임을 청구인에게 지우는 것은 납득하기 어렵다. 청구인이 신축비용을 모두 입증할 수 있었다면, 환산취득가액으로 양도소득세를 신고하지도 않았을 것이다. (다) 쟁점건물을 신축할 당시 사업자등록이 없는 개인업자들에게 공사를 맡기고 지급한 하수도원인자부담금, 하수도 확장공사비, 추가로 지출한 조경공사비, 추가로 공사한 담장설치공사비, 임차예정업체였던 OOO의 요구로 설치한 직원휴게소 공사비 등 세금계산서를 수취할 수 없는 비용이 많았고, 당시에는 세금계산서의 수수 없이 공사를 하는 것이 일반적이었다. (라) 쟁점건물의 장부상 취득가액은 OOO원이고, 처분청이 취‧등록세를 합하여 계산한 실지취득가액은 OOO원인데, 차액 OOO원에 대하여는 처분청이 입증하여야 한다. (2) (예비적 청구) 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 하여야 한다면, 세금계산서를 수수하지 않은 건축비용인 하수도원인자부담금 OOO원 및 주차장공사비 OOO원을 필요경비에 포함하여야 한다.
• 가. 처분청 의견 (1) (주위적 청구 관련) 쟁점건물 신축관련 증빙서류가 대부분 확인되는 등 중요한 부분이 미비된 것으로 볼 수 없어 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하지 않으므로 ｢소득세법｣ 제100조 제1항 에 따라 쟁점건물의 취득시 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세한 이 사건 처분은 정당하다. (마) 청구인이 착공 신고 시 해당 지방자치단체장에게 제출한 설계 및 공사도급계약서의 금액은 실지거래가액이다. 처분청이 쟁점건물 관할 구청에 요청하여 회신받은 쟁점건물 착공신고서는 2004.1.15. 작성‧제출된 서류로, 설계 및 공사감리자는 ㈜a 대표 b, 공사시공자는 ㈜c 대표 d로 기재되어 있고, 건축사 ㈜a와의 건축물의 설계계약서(계약명: OOO점, 총계약금액은 OOO원), ㈜c와의 공사도급계약서(공사명: OOO 점 신축공사, 도급공급가액 OOO원)도 첨부되어 있다. 쟁점건물 공사 도급계약 수급자인 ㈜c는 2004년 제1기 부가가치세 과세기간에 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서 5매를 발급하였고, 이는 쟁점건물 전체 도급 금액(공급가액 OOO원)의 99.35%에 해당하는 금액이며, ㈜a는 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 청구인에게 매출세금계산서 2매(공급가액 합계 OOO원)를 발급하였다. 청구인이 위 관계자로부터 계약서와 일치되는 세금계산서를 수취하고, 부가가치세를 환급신청한 사실로 미루어 공사 표준 도급계약서 금액은 실지거래가액이라 할 것이다. (바) 부가가치세 신고 시 제출된 고정자산 매입관련 세금계산서와 매입비용, 종합소득세 신고 시 제출된 건물의 취득가액과 부대비용이 반영된 표준대차대조표상 장부가액은 쟁점건물의 실지거래가액이다. 청구인은 2004.6.1. 쟁점건물을 소재지로 하여 부동산 임대업을 개업하면서 2003년 제2기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세 신고 시 고정자산 매입금액으로 OOO원을 신고하여 OOO원을 환급받았다. 또한, 청구인이 2004년 종합소득세를 신고하면서 제출한 대차대조표상에는 쟁점건물이 OOO원(건물가액 OOO원 + 감가상각비 OOO원)으로 최초 계상되어 있다(최초 신고된 쟁점건물의 장부가액은 ｢소득세법｣ 제39조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에 따라 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액이 더해져 있다). 적격증빙을 근거로 한 장부 기장금액 즉, 세금계산서상 매입금액 및 취‧등록세 영수증 등에 나타나는 부대비용의 합계액은 쟁점건물 취득 시의 실지거래가액의 대부분을 확인할 수 있는 가액이다. (2) (예비적 청구 관련) 청구인은 세금계산서 수수 없이 실제로 지출한 공사비가 있다고 주장하나, 쟁점건물 신축 관련 공사내용을 확인할 수 있는 영수증이나 금융증빙 등을 제시할 경우 추가로 취득가액을 인정받을 수 있을 것인데, 장부 및 거래증빙의 보관은 납세자에게 부여된 기본적 의무로 청구인은 위 주장에 대한 관련 자료를 제출하지 않고 있어 처분청은 추가 비용이 누락되었음을 확인․인정할 수 없다.

① (주위적 청구) 쟁점건물의 취득가액을 처분청이 계산한 실지거래가액이 아닌 당초 신고한 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점건물 신축과 관련된 추가 비용을 실지취득가액에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

(3) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으 로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우 (1) 하수도법(2006.9.27. 법률 제8014호로 개정되기 전의 것) 제32조(원인자부담금등) ① 공공하수도관리청은 대통령령이 정하는 양이상의 하수를 배제할 수 있는 배수설비를 설치함으로 인하여 공공하수도의 개축이 필요하게 된 때에는 그 비용의 일부를 당해 배수설비를 설치한 자에게 부담시킬 수 있다.

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2003.12.9. 매매를 원인으로 구 한국토지공사로부터 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 완료하고, 이 사건 토지에 쟁점건물을 신축하여 2004.6.29. 소유권보존등기를 한 후, 2023.1.16. 매매를 원인으로 이 사건 토지 및 쟁점건물을 사단법인 OOO에 소유권이전등기를 완료하였다. (나) 청구인은 2004.1.15. 인천광역시 남동구청에 쟁점건물에 대한 착공신고서, ㈜a와의 건축물의 설계계약서[계약명: OOO점, 계약금액 OOO원(공급가액)], ㈜c와의 공사도급계약서[공사명: OOO점 신 축공사, 도급금액 OOO원(공급가액)]를 제출한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점건물에 대하여 2004.6.1. 부동산임대업 사업자등록을 하였고, 쟁점건물 신축에 소요된 매입비용에 대하여 부가가치세 신고 시 고정자산 매입에 관련한 매입세액 2003년 제2기분 OOO원, 2004년 제1기분 OOO원을 환급받았다. (라) 청구인은 2004년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 표준대차대조표상 쟁점건물의 가액을 OOO원(건물가액 OOO원+감가상각비 OOO원)으로 계상하였고, 2004년부터 2022년까지 종합소득세 신고 시 감가상각비 OOO원을 필요경비로 공제하였다. (마) 청구인의 쟁점건물 신축비용과 관련하여 신고한 세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점건물 신축비용 관련 세금계산서 내역 (단위: 원) (가) 청구인은 이 사건 토지 및 쟁점건물을 2023.1.31. 양도한 후 2023.3.31. 아래 <표2>와 같이 양도가액 및 취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. <표2> 양도소득세 신고 양도가액 및 취득가액 (단위: 원) (나) 처분청은 쟁점건물의 실지취득가액을 고정자산매입 세금계산서 등을 근거로 한 신축비용 OOO원에 취득세 OOO원 및 등록세 OOO원을 더하고 감가상각비누계액 OOO원을 차감하여 OOO원으로 경정하고, 그 외 필요경비 OOO원(양도비용 OOO원, 양도중개수수료 OOO원, 부가가치세 OOO원)을 추가 공제하여 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다. (다) 청구인은 쟁점건물의 취득가액으로 실지취득가액을 적용한다 하더라도 하수도원인자부담금 OOO원 및 주차장공사비 OOO원을 추가로 필요경비에 포함하여야 한다고 주장하며 메모내용 및 영수증을 제출하였다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 세금계산서 금액 외에 쟁점건물 신축과 관련한 추가 공사비가 존재하고 이를 확인하기 어려우므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제1호 에서 환산취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 제한적으로 적용하는 것으로 규정하고 있어 납세자 편의에 따라 허용되어서는 안 될 것이고, 같은 법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제76조의2 제1항에 따르면 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비하여 된 경우로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 취득가액을 환산취득가액 등에 따라 추계조사하여 경정할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인은 2004년 쟁점건물을 신축하면서 매입비용에 대하여 부가가치세 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 수취하여 매입세액을 환급받았고, 종합소득세 신고 시 필요경비인 감가상각비를 산정하여 세무처리를 하여 왔으며, 그밖에 쟁점건물의 신축과 관련된 설계계약서, 공사도급계약서 등이 존재하고 있으므로 취득당시의 실지거래가액의 확인이 불가능한 경우에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이이서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 하는 경우 하수도원인자부담금 OOO원 및 주차장공사비 OOO원을 취득가액에 포함하여야 한다고 주장한다. (가) 우선, 하수도원인자부담금 OOO원의 경우 청구인은 이에 대한 증빙으로 영수증을 제출하였는바, 하수도원인자부담금은 쟁점건물 신축 시 필수적으로 지출되었을 것으로 보이고, 영수증에는 2004.6.4.자 OOO은행 남동구청(출)점 출납인이 찍혀있으며, 성명란에는 청구인, 금액란에는 OOO원이 기재되어 있는 등 청구인이 해당 금액을 납부하고 영수증을 수취한 것으로 보이므로, OOO원은 취득가액에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 그러나, 주차장공사비 OOO원의 경우 청구인은 이에 대한 증빙으로 청구인이 직접 작성한 것으로 보이는 건설비용현황 메모장 등을 제출하긴 하였으나, 위 증빙은 금융거래자료, 영수증, 그 밖의 입증자료 등 그 지급 사실을 확인할 수 있는 객관적인 자료에 해당하지 아니하므로, 이 부분에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.