쟁점시설권리금을 쟁점부동산 양도의 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2013.11.27.과 2013.11.29. 서울특별시 광진구 OOO 소재 부동산(이하 “쟁점어린이집”이라 한다)을 a으로부터 시설권리금 OOO원(이하 “쟁점시설권리금”이라 한다)을 포함하여 OOO원에 취득하였다.
• 나. 청구인은 2023.3.31. 매수인 주식회사 b와 쟁점어린이집을 c시설에서 근린생활시설로 용도를 변경(이하 “쟁점부동산”이라 한다)하여 OOO원에 양도하였고, 2023.5.18. 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 다. 이후, 청구인은 2024.7.17. 쟁점시설권리금이 쟁점부동산 양도에 따른 필요경비에 해당한다는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.7.29. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2013.11.27.과 2013.11.29. 쟁점어린이집을 a으로부터 쟁점시설권리금을 포함한 합계 OOO원에 취득하였다.

(2) 청구인이 쟁점어린이집을 양도하려고 한 시점에는 어린이집 운영에 대한 인기가 떨어져서 오랜 기간 동안 쟁점어린이집의 매매가 이루어지지 아니하였고, 2022.7.14. 주식회사 b에 ‘현재 어린이집을 근린생활시설로 용도변경하는 조건의 계약’이라는 특약사항을 조건으로 양도가액 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하였다.

(3) 쟁점어린이집을 취득 시 지출한 쟁점시설권리금은 취득가액에 해당하므로 처분청은 이를 쟁점부동산의 양도에 따른 필요경비로 인정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제94조 및 제97조에 따른 양도차익을 계산할 때 양도가액에 직접 대응하는 비용만을 필요경비로 공제하는 것을 기본으로 하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점어린이집을 근린생활시설로 용도변경한 후 쟁점부동산을 양도한 것으로 쟁점부동산의 양도가액에는 쟁점어린이집의 취득 시 지급한 쟁점시설권리금이 직접 대응되는 필요경비에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점어린이집 취득 시 지급한 쟁점시설권리금을 쟁점부동산 양도에 대한 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
• 나. 이용권ㆍ회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2013.11.27.과 2013.11.29. 쟁점어린이집(c시설)을 취득하였고, 2022.7.14. 매수인 주식회사 b에게 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 체결하였는데, 매매계약서의 특약사항에는 ‘① 현재 어린이집을 근린생활시설로 용도변경하는 조건의 계약으로 용도변경 불가시 계약은 무효로 합니다. ② 용도변경 인허가신고 명의는 매도인 명의로 하고 인허가 기본비용은 매수인이 부담하나 건물에 대한 하자 또는 위반사항 발생으로 인한 추가비용은 매도인이 부담합니다. ③ 매도인은 2023년 2월말까지 어린이집을 운영종료후 용도변경 인허가 신고를 진행하며 인허가 완료와 동시에 매수인은 잔금을 지급합니다. ④ 당사자 일방의 의도적 불이행 또는 이행지체로 잔금시까지 용도변경 불가시 매매대금의 10%를 상대방에 대한 손해배상액으로 약정합니다’라고 기재되어 있고, 2023.3.15. c시설에서 근린생활시설로 용도를 변경되어 2023.3.31. 소유권이전등기가 된 것으로 나타난다. (나) 청구인은 2024.7.17. 쟁점어린이집 취득 시 지급한 쟁점권리금을 필요경비로 인정하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.7.29. 쟁점부동산은 쟁점어린이집에서 근린생활시설로 용도가 변경되었으므로 쟁점시설권리금은 쟁점부동산의 양도에 대응하는 필요경비에 해당되지 아니한다고 보아 이를 거부하였다. (다) 처분청이 제시한 기획재정부 예규는 아래와 같다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 소득세법 제97조 제1항 에서는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 각 호에서 규정하는 것으로 하고 있고, 각 호에서 취득가액, 자본적지출액, 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것이라고 정하고 있다. 청구인은 쟁점어린이집을 취득할 때 지급한 쟁점시설권리금은 쟁점부동산의 양도에 대응하는 필요경비에 해당한다고 주장하나, 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서에는 어린이집에서 근린생활시설로 용도로 변경한다는 조건이 기재되어 있고, 용도변경이 불가 시에는 계약을 무효로 한다고 되어 있는 점, 청구인은 쟁점어린이집 취득 당시 토지‧건물‧시설권리 계약서를 각각 작성한 것으로 나타나고, 쟁점부동산 양도 시 작성한 매매계약서에는 매매목적물인 부동산의 표시에 토지‧건물만 기재되어 있는 점, 청구인은 쟁점어린이집이 아닌 근린생활시설인 쟁점부동산을 양도하였고, 쟁점어린이집 취득 시 지급한 쟁점시설권리금은 쟁점부동산을 양도하면서 대응하는 필요경비에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.