매출처에 정보통신공사용역을 제공하였으므로 쟁점세금계산서상 매입금액을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구인은 2021.8.9. 서울특별시 OOO를 소재지로 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 개업하여 컴퓨터시스템 자문 및 구축업을 영위하는 개인사업자로, 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ㈜A으로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 14매, ㈜B로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 3매, ㈜C로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 3매 등 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서 20매(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, ㈜A과 ㈜B 및 ㈜C을 합하여 이하 “쟁점매입처”라 한다)를 수취하고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 신고ㆍ납부하고, 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 성동세무서장은 2023.3.15.부터 2023.6.25.까지 쟁점사업장에 대한 세금계산서 범칙조사를 실시하여 쟁점매입처가 청구인이 운영하는 쟁점사업장에 발행한 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행된 거짓세금계산서라고 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2023.7.3. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 부과하고, 쟁점금액을 필요경비 불산입하여 2024.7.24. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원(부당과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 종합소득세 부과처분에 불복하여 2024.9.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 청구인은 정보통신 용역을 수행하고 프리랜서들에게 일감을 도급주면서 비용을 지급하였으므로 이를 필요경비로 인정하는 것이 타당하다. 청구인은 정보통신 용역을 제공하기 위해 통신 기기들을 매입하여 납품한 사실이 공급받은 업체가 서명한 납품확인서(인수증)를 통해 입증되고, 청구인으로부터 용역을 수급한 프리랜서들은 통상적으로 회사에 재직 중인 자들이어서 겸업금지 등의 제약으로 인해 현금으로 용역대가를 지급받는 것이 업계의 관행인 관계로 구체적인 지급사실을 입증할 자료는 제출이 어려운 상태이다. 한편, 종합소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것인바(대법원 1988.5.24. 선고 86누121 판결 참조), 처분청이 청구인의 2021년 귀속 수입금액을 OOO원으로 인정하면서도 매입금액을 인정하지 아니하고 기준경비율로 추계하여 필요경비 OOO원만 인정한 것은 부당하다.

(2) 청구인이 이 건 과세처분의 위법성에 대하여 심판청구를 제기한 상태에서 이 건 과세처분이 그대로 집행되는 경우 체납으로 인해 청구인은 사업을 영위하지 못함은 물론 아무런 경제활동을 할 수 없게 되는 회복할 수 없는 손해를 입게 되므로 이를 예방하기 위한 긴급한 필요가 있고, 청구인에 대한 이 건 처분의 효력 집행정지로 인해 달리 공공복리에 미치는 영향은 없다고 할 것이므로 이 건 처분의 집행은 정지되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과 자료상으로 확정되어 고발되었고, 청구인은 쟁점매입처와의 거래내역을 입증할 자료를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정하는 한편 쟁점세금계산서와 관련하여 청구인이 공제한 필요경비를 부인하여 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다. 청구인에 대한 심문조사 시 청구인은 가공세금계산서 수취 사실을 인정하였고, 이에 따라 경정고지된 부가가치세 부과처분에 대해 청구인은 불복하지 않았으며, 처분청이 2024.3.11.자로 청구인에게 가공세금계산서 관련 매입금액을 제외하고 추가적인 경비지출 여부 및 관련 증빙 제출을 요청한 이후 과세전적부심사를 거쳐 현재까지 청구인은 경비지출이 있었다고 주장만 할 뿐 아무런 증빙자료를 제출하지 않고 있으므로 청구주장을 인정할 근거가 없다. 따라서 가공거래로 확정된 쟁점금액을 필요경비 부인하고 기준경비율로 사업소득금액을 추계하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 매출처에 정보통신공사용역을 제공하였으므로 쟁점세금계산서상 매입금액을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 체납처분으로 인해 청구인이 회복할 수 없는 손해가 발생할 수 있으므로 심판결정이 있기 전까지 집행을 정지하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 조사청은 2023.3.15.부터 2023.6.25.까지 쟁점사업장에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시하여 청구인이 쟁점매입처로부터 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 실물 거래없이 아래 <표1>과 같이 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 20매를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2023.7.3. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하고, 청구인을 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발하였다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 ㅇㅇㅇ (나) 조사청의 청구인에 대한 조세범칙혐의자 심문조서(2023.5.2.) 주요내용은 아래와 같다. OOO (다) 처분청이 쟁점금액을 필요경비 부인하여 청구인에게 한 2021년 귀속 종합소득세 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인에 대한 2021년 귀속 종합소득세 경정내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구인은 중고물품을 구입하여 이를 ㈜D에 납품하였다고 주장하면서 납품확인서(인수증) 8매를 제출하였고, 납품확인서 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인이 제출한 납품확인서 내역 OOO (나) 청구인은 한국정보통신공사협회가 발급(2021.8.2.)한 초급기술자 자격증, Oracle OCP(2010.7.9., 2010.7.21.), Microsoft MCITP, Linux Professional Institute LPIC(2010.7.30.), Juniper Networks JNCIA(2010.8.4.) 등의 정보통신기술 전문가인증서를 심리자료로 제시하였다. (다) 청구인은 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위해 이 건 심판청구 결정 시까지 종합소득세 부과처분의 집행이 정지되어야 한다고 주장하면서, 2021년 제2기 부가가치세 OOO원 완납증명서(성동세무서장, 2023.8.10.), 수원지방검찰청 성남지청장이 발급한 벌과금납부명령서(OOO원, 납부기한 2024.9.18.), 하나은행 알림 문자메시지(처분청의 계좌압류 등록 통지, 2024.9.24.) 등을 심리자료로 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 매출액은 인정하면서 정보통신시스템 구축 용역을 완료하기 위해 프리랜서 기술자들에게 현금으로 지급한 용역대가를 필요경비로 인정하지 않은 것은 부당하다고 주장하나, 조사청은 쟁점매입처가 2021년 제2기 부가가치세 과세기간에 발급한 세금계산서 매출액 전부를 가공세금계산서로 보아 쟁점매입처를 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발하였고, 조사청의 청구인에 대한 조세범칙혐의 조사 시 청구인은 위 과세기간 동안 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수하였다고 인정한 점, 통상 실물거래 없이 세금계산서가 허위로 작성 되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명된 경우 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는데(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등, 같은 뜻임), 청구인은 이 건 세무조사 당시부터 현재까지 청구인이 용역을 제공하기 위해 필요한 인력을 고용하거나 도급을 주어 이에 대한 인건비 등을 지출하였음을 증명할 수 있는 자료를 제출한 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가공세금계산서를 발급받아 필요경비를 과다신고한 것으로 보이고, 이에 따라 처분청에서 이 건 종합소득세 등을 부과하였으며, 이와 관련하여 청구인은 압류 등의 징수처분의 집행을 정지하여야 한다고 주장하나, 국세기본법 제57조 에서 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 않는다고 규정하고 있는 점, 이 건 청구인이 제시한 자료만으로는 처분청의 징수권 행사 과정에서 청구인에게 발생할 손해를 예방할 필요성이 긴급하다고 인정하기는 어려운 점 등에 비추어, 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제80조【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 (이하 생략)

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 법인세법 제121조 에 따른 계산서

2. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서

3. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다)

③ 제2항을 적용할 때 사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 증명서류의 수취ㆍ보관의무를 이행한 것으로 본다.

1. 제2항 제1호의 계산서를 발급받지 못하여 제163조의3에 따른 매입자발행계산서를 발행하여 보관한 경우

2. 제2항 제2호의 세금계산서를 발급받지 못하여 부가가치세법 제34조의2 제2항 에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관한 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 비용 지출에 대한 증명서류의 수취ㆍ보관에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다. 제143조【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 (4) 국세기본법 제57조【심사청구 등이 집행에 미치는 효력】이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 필요하다고 인정할 때에는 그 처분의 집행을 중지하게 하거나 중지할 수 있다.