쟁점소득은 청구법인이 창고업 운영 방식을 냉동창고를 소유하여 운영하는 방식에서 이를 임차하여 운영하는 방식으로 변경하는 과정에서 냉동창고의 매각대금이 건설 등에 소요된 비용을 초과함에 따라 발생한 소득으로서, 청구법인의 창고업 영업활동(냉동창고의 임대관리 등)과 직접 관련하여 발생된 소득으로 보기 어렵고, 창고업을 영위함에 있어서 필수적으로 발생하는 소득으로 보기도 어려우므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
쟁점소득은 청구법인이 창고업 운영 방식을 냉동창고를 소유하여 운영하는 방식에서 이를 임차하여 운영하는 방식으로 변경하는 과정에서 냉동창고의 매각대금이 건설 등에 소요된 비용을 초과함에 따라 발생한 소득으로서, 청구법인의 창고업 영업활동(냉동창고의 임대관리 등)과 직접 관련하여 발생된 소득으로 보기 어렵고, 창고업을 영위함에 있어서 필수적으로 발생하는 소득으로 보기도 어려우므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 육류도매업체인 ㈜B(이하 “B”라 한다)의 사업상 필요에 의해 설립된 법인으로 설립 시부터 창고업을 정관상 목적사업으로 정하고 계속하여 창고업을 영위해 온 법인이다. (가) 청구법인은 주요주주인 냉장․냉동육 수입유통업체 B 주도로 경기도 용인시에 설립된 법인으로, 당시 인근의 제3자 임차창고는 대규모 공간 확보가 불가능하고, 이미 시설이 낙후되었기에 물류효율화를 고려하여 지리적으로 연접한 곳에 급속 냉동시설을 갖춘 최신식 전용 물류창고를 갖추고자 하는 B의 사업적 필요에 따라 물류창고를 신축하게 되었다. (나) 청구법인은 2019.3.15. 설립 당시부터 제정된 정관 제2조에 창고업, 물류센터 운영업 등을 사업목적으로 정하고 있었고, 등기사항전부증명서상 목적에도 창고업, 물류센터 운영업, 농․축산물 식품의 냉동, 냉장, 저온 보관업을 명시하였다. (다) 청구법인은 설립 당시부터 B와 쟁점부동산 임대차계약을 체결하였으나(임대차기간: 2021.1.1.〜2027.12.31.), 이후 쟁점부동산을 매수법인에게 매각한 후 임차하는 방식으로 운영방식을 변경함에 따라 2021.11.16. 임대차계약을 전대차계약으로 전환하는 합의서를 작성하여 2022년 이후 현재까지 계약을 유지하고 있다. (라) 처분청은 청구법인의 사업자등록증상 주업종이 2022.5.12. 부동산업에서 창고업으로 변경된 점을 들어 청구법인이 부동산업을 영위하였다는 의견이나, 창고업을 영위하기 위해서는 물류창고업 등록제에 따라 창고 임대차계약 또는 직접 소유권을 증명하여야 등록이 가능하여 신축 창고의 준공 전에는 등록이 불가능한바, 청구법인이 약 2년에 걸친 물류창고 신축공사 이후 2022년 1월경 건축물 사용승인을 득하고, 2022년 2월경 물류창고를 국토교통부에 등록, 2022년 4월경 최초 매출이 발생한 후 사업자등록상 창고업을 부업종에서 주업종으로 변경한 것은 지극히 당연한 절차이다. (마) 청구법인은 2019년 쟁점부동산 신축사업의 사업성 검토 시, 입지 경쟁력뿐만 아니라, 창고업 운영을 위한 관리인력 및 시설관리자 인건비, 창고 설비투자 규모, 창고 운영방식(임차창고 및 수탁창고)을 계획하고 검토해왔으며, 물류창고 준공에 앞서 창고업 운영에 필요한 인력을 2021년경부터 지속적으로 채용하여 2021년말 기준 경영지원팀, 영업관리팀, 시설관리팀 등 총 14명의 담당자를 채용하였는바, 이를 부동산업을 영위하는 법인의 구조로 보기는 어렵다.
(2) 청구법인은 재무구조 개선을 위해 쟁점부동산을 매각한 후 임차하는 방식으로 운영방식을 변경하였으나, 이는 창고업을 지속하기 위해 이루어진 경영상 판단이었고, 현재까지 창고업을 안정적으로 운영하고 있다. (가) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제21조의2에 따르면, 창고업 등록 및 인허가를 위해서는 물류창고를 소유 또는 임차하여 경영하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 당초 물류창고를 소유하여 창고업을 운영하고자 하였으나, 2021년 8월경 이후 시작된 지속적인 기준금리 인상에 따라 청구법인의 건축비 차입금 OOO원에 대한 대출금리 부담이 증대되었고, 사업성 악화가 불가피한 상황에서 유동성 확보를 위해 물류창고를 매각하는 동시에 책임임대차계약을 통해 물류창고 토지 및 건축물 전체를 임차하여 운영하는 것으로 방식을 변경하게 되었다. (다) 실제로 2022년경 물류창고 운영방식 변경 이후, 청구법인의 부채비율은 2023년 기준 5.2%까지 낮아지고, 유동비율은 2,496.4%까지 높아져 재무구조의 안정성이 상당히 개선되었다. <표1> 청구법인의 재무현황 (단위: 백만원, %) OOO (라) 사업용자산의 단순한 매각이나 폐기 처분은 해당 자산의 처분 행위로 인해 해당 자산이 더 이상 사업에 사용되지 않으므로 해당 자산으로부터의 사업 활동이 중단됨을 의미하지만, 사업성이 악화된 상황에서 사업의 현금흐름 또는 운영구조 개선을 위해 책임임대차계약을 수반하여 자산을 유동화하는 것은 해당 자산을 매도함과 동시에 사업에 계속하여 사용할 수 있는 권리를 획득하는 것인바, 이는 자산의 소유방식의 변동만이 발생하는 것으로 창고업을 지속적으로 운영하기 위한 행위에 해당한다.
(3) 조세특례제한법상 창업중소기업에 대한 세액감면은 “해당 사업에서 발생한 소득”에 대하여 적용되므로, 쟁점소득은 감면대상 소득에 해당된다. (가) 조세특례제한법제6조의 문언상 감면대상 소득은 “해당 사업에서 발생한 소득”으로 규정하고 있는바, 이는 해당 영업활동과 어느 정도 연관을 갖고 정상적인 업무에서 발생한 소득을 의미한다. 조세특례제한법 기본통칙6-0…2는 이자수익, 유가증권처분이익, 유가증권처분손실을 감면배제대상 소득으로 규정하고 있으므로, 이처럼 열거되지 않은 유형자산 관련 손익은 사업활동에 직접 사용되었는지 등을 고려하여 감면대상 소득 해당 여부를 판단하여야 한다. (나) 국세청은 감면대상 사업에 사용하던 기계장치를 매각하여 고정자산처분손익이 발생한 경우, 고정자산처분손익이 감면대상이 되는 인가사업과 연관을 갖고 정상적인 업무수행과정에서 발생하였거나, 당초 인가사업의 원활한 추진을 위하여 매각함에 따른 것임이 인정되는 경우에는 감면대상 소득에 해당한다고 해석한바 있다(서이OOO, 2003.4.7., 재국조 OOO, 2003.3.31.). 또한, 국세청은 게임소프트웨어 제작업을 영위하는 법인이 상용화 전 단계에서 자체 개발 중에 있던 게임소프트웨어 및 지적재산권 전부를 판매하면서 발생한 무형자산처분이익은 감면소득에 해당하는 것이라고 해석하였고(서면인터넷방문상담2팀-OOO, 2007.12.11.), 해운기업이 외항해상운송활동에 사용하는 컨테이너를 판매후리스 계약을 체결하여 금융리스로 회계처리함에 따라 발생한 컨테이너 매각이익은 조세특례제한법 시행령제104조의7 제2항에 따른 외항해상운송활동과 관련된 수입에 해당하여 해운소득으로 보는 것으로 해석하였다(서면법규과-OOO, 2014.4.18.). (다) 창고업은 초기 창고 확보에 따른 부지매입 및 창고 건물 신축에 상당한 선투자가 필요한 장치산업으로서 창업 초기 투자비용이 크다는 점에서, 창고매각 운영방식 변경으로 인한 매각손익은 창고업과 밀접한 관련이 있다고 볼 수 있고, 중소기업의 창업기반 조성을 위해 창업초기 단계의 세부담을 획기적으로 경감하기 위해 도입된 쟁점감면 제도의 취지를 고려하더라도 쟁점소득은 감면대상소득으로 보아야 한다.
(4) 청구법인은 쟁점부동산 매각대금을 창고업과 관련하여 지출하였는바, 쟁점소득은 감면대상 사업과 직접적인 연관성이 있다. 청구법인은 창고매각 후 임차방식으로 전환하여 안정적인 창고업을 유지하기 위해 창고 매각자금으로 창고의 취득 관련 기존 차입금 상환, 세금납부, 공사비 미지급금 지급, 임차보증금 지급, 설비재투자 등 사업운영자금으로 활용하였으며, 이는 매각대금의 약 78.7%에 달하므로 감면사업과 직접적인 연관성이 있다고 보아야 한다. <표2> 쟁점부동산 매각자금 활용내역 (단위: 백만원) OOO
(1) 유형자산처분이익은 원칙적으로 감면사업 고유의 영업에서 직접 발생한 소득으로 볼 수 없고, 다수의 판례에서도 유형자산처분이익은 이자수익 등과 동일하게 영업활동과 독립된 별도의 요소소득으로 보아 감면대상 소득에 해당하지 않는 것으로 판시하고 있다(광주지방법원 2020.10.22. 선고 2020구합12148 판결 외 다수, 같은 뜻임). 국세청 역시 제조업을 영위하던 중 공장을 이전하며 처분한 토지와 건물에 대한 고정자산처분이익은 감면대상 소득에 해당하지 않는다거나(법인세과-OOO, 2010.1.27.), 공장용 토지의 일부를 매각하여 고정자산처분이익이 발생한 경우 이는 감면대상 소득에 해당하지 않는다고 해석하고 있다(법규국조 OOO, 2011.6.22.).
(2) 청구법인은 쟁점부동산 매각자금을 은행대출금 및 차입금 상환, 공사대금 지급 등 대부분 부동산 관련 지출액으로 사용하였고, 전동지게차 및 파레트 구입 등 감면사업인 창고업과 직접적인 연관성이 있는 지출에는 매각대금의 1.4%(매각대금 OOO원 중 감면사업 관련 자산취득액 OOO원)만이 사용된 것으로 보아 쟁점소득은 감면대상 사업과 직접적인 연관성이 없다고 보는 것이 합리적이다.
(3) 청구법인은 설립일부터 쟁점부동산 매각일인 2022년 1월경까지 감면대상 사업인 창고업과 관련된 매출이 전혀 발생하지 않았으며, 쟁점부동산의 양도일(2022.1.27.) 이후인 2022.5.12. 주업종이 부동산업에서 창고업으로 변경된 것을 보더라도, 쟁점소득이 감면대상 업종인 창고업의 정상적인 업무수행 과정에서 발생하였다고 보기는 어렵다. <표3> 청구법인의 세금계산서 발급 내역(개업일〜2022년 4월) (단위: 백만원) OOO 또한, 청구법인의 등기사항전부증명서 목적에는 부동산 분양, 임대 및 관리업, 부동산 컨설팅업, 부동산 개발 및 공급업 등이 기재되어 있으므로, 청구법인이 쟁점부동산을 매각할 당시 업종은 부동산 공급업으로 보는 것이 타당하다.
(1) 청구법인은 쟁점소득이 쟁점감면 적용 대상 소득에 해당한다고 보아 아래 <표4> 내지 <표6>과 같이 감면세액을 산정하여 법인세 경정청구를 제기하였다. <표4> 청구법인의 경정청구 내역 (단위: 원) OOO 1 쟁점감면 적용에 따라 세액감면액 OOO원이 발생했지만, 최저한세 한도까지 공제 적용 2 조세특례제한법제127조 제4항에 따라 기신청한 중소기업 사회보험료 세액공제 취소 *3 조세특례제한법제127조 제4항에 따라 기신청한 고용증대세액공제 취소 <표5> 창업중소기업 등에 대한 세액감면 내역 (단위: 원) OOO <표6> 감면비율 산정 내역 (단위: 원) OOO
(2) 청구법인의 등기사항전부증명서상 목적은 아래 <표7>과 같고, 정관에도 이와 동일한 사업이 목적사업으로 열거되어 있다. <표7> 청구법인의 등기부상 목적
1. 인터넷 컨텐츠 개발, 공급 및 자문업
1. 부동산 분양, 임대 및 관리업
1. 화물알선, 주선 및 대행업
1. 수하물, 소화물운송업
1. 물류와 도매를 복합수행하는 도매배송업
1. 물류장비 임대업, 물류정보 처리업
1. 물류컨설팅사업 및 자문, 지원업
1. 지게차 등 하역운반기기 및 그 외 물류기기 대여에 관한 사업
1. 지게차 등 하역운반기기 및 그 외 물류기기 종합정비서비스업
1. 기타 물류사업 및 물류관련 부대사업
1. 농․축산물 식품의 냉동, 냉장, 저온 보관업
1. 농․축산물 가공 및 판매업 (이하 생략)
(3) 청구법인과 매수법인 간의 부동산매매계약서(2021.11.16.) 및 책임임대차계약서(2021.11.16.)의 주요내용은 아래 <표8> 및 <표9>와 같다. <표8> 부동산매매계약서 주요내용 OOO <표9> 책임임대차계약서 주요내용 OOO
(4) 청구법인이 B와 체결한 임대차계약서(2019.3.13.) 및 전대차 전환 합의서(2021.11.16.)의 주요내용은 아래 <표10> 및 <표11>과 같다. <표10> B 임대차계약서 주요내용 OOO <표11> B 전대차 전환 합의서 주요내용 OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점소득이 창고업을 지속적으로 운영하기 위한 과정에서 발생된 소득으로서 쟁점감면의 적용대상에 해당한다고 주장한다. (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평주의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 등, 같은 뜻임). (다) 이 건의 경우, 조세특례제한법제6조 및 같은 법 시행령 제5조는 보관 및 창고업을 영위하기 위해 창업한 중소기업에 대하여 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세에 일정 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 이 때 “해당 사업에서 발생한 소득”이란 보관 및 창고업의 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하며, 그 소득을 금융기관에 예치하여 얻은 이자수익이나 해당 사업을 타에 양도함으로써 얻게 된 특별이익 등은 여기에 포함되지 않는 것이 원칙이라 할 것인바(대법원 2004.12.23. 선고 2004두4154 판결, 대법원 2006.2.10. 선고 2005두12824 판결 등, 같은 뜻임), 쟁점소득은 청구법인이 창고업 운영 방식을 냉동창고를 소유하여 운영하는 방식에서 이를 임차하여 운영하는 방식으로 변경하는 과정에서 냉동창고의 매각대금이 건설 등에 소요된 비용을 초과함에 따라 발생한 소득으로서, 청구법인의 창고업 영업활동(냉동창고의 임대․관리 등)과 직접 관련하여 발생된 소득으로 보기 어렵고, 창고업을 영위함에 있어서 필수적으로 발생하는 소득으로 보기도 어려우므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
6. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다)
⑤ 제1항, 제2항 및 제4항에도 불구하고 2024년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업 및 2024년 12월 31일까지 에너지신기술중소기업에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 최초로 세액을 감면받는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
⑦ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 감면을 적용받는 업종별로 대통령령으로 정하는 상시근로자 수(이하 이 조에서 “업종별최소고용인원”이라 한다) 이상을 고용하는 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 창업보육센터사업자, 창업벤처중소기업 및 에너지신기술중소기업의 같은 항에 따른 감면기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수(직전 과세연도의 상시근로자 수가 업종별최소고용인원에 미달하는 경우에는 업종별최소고용인원을 말한다)보다 큰 경우에는 제1호의 세액에 제2호의 율을 곱하여 산출한 금액을 같은 항에 따른 감면세액에 더하여 감면한다. 다만, 제6항에 따라 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도에는 이 항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.
1. 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세
2. 다음의 계산식에 따라 계산한 율. 다만, 100분의 50(제5항에 따라 100분의 75에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우에는 100분의 25)을 한도로 하고, 100분의 1 미만인 부분은 없는 것으로 본다. (해당 과세연도의 상시근로자 수 – 직전 과세연도의 상시근로자 수) × 50 직전 과세연도의 상시근로자 수 100 (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 “물류산업” 이라 한다)을 말한다.
1. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송업
4. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송지원 서비스업
5. 화물운송 중개ㆍ대리 및 관련 서비스업
6. 화물포장ㆍ검수 및 계량 서비스업
7. 선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률에 따른 예선업
8. 도선법에 따른 도선업
9. 기타 산업용 기계ㆍ장비 임대업 중 파렛트 임대업
⑫ 법 제6조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조에서 “신성장서비스업종”이라 한다)을 주된 사업으로 영위하는 중소기업을 말한다. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
5. 제7항에 따른 물류산업
(3) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제21조의2(물류창고업의 등록) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물류창고를 소유 또는 임차하여 물류창고업을 경영하려는 자는 국토교통부와 해양수산부의 공동부령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관(항만법제2조 제4호에 따른 항만구역은 제외한다. 이하 같다), 해양수산부장관(항만법제2조 제4호에 따른 항만구역 중 같은 법 제3조 제2항 제1호에 따른 국가관리무역항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 국가관리연안항 구역만 해당한다. 이하 같다) 또는 시ㆍ도지사(항만법제2조 제4호에 따른 항만구역 중 같은 법 제3조 제2항제2호에 따른 지방관리무역항 및 같은 조 제3항 제2호에 따른 지방관리연안항 구역만 해당한다. 이하 이 장 및 제61조 제2항에서 같다)에게 등록하여야 한다.
1. 전체 바닥면적의 합계가 1천제곱미터 이상인 보관시설(하나의 필지를 기준으로 해당 물류창고업을 등록하고자 하는 자가 직접 사용하는 바닥면적만을 산정하되, 필지가 서로 연접한 경우에는 연접한 필지를 합산하여 산정한다). 다만, 제2조 제5호의2에 따른 주문배송시설로서 건축법제2조 제2항 제4호에 따른 제2종 근린생활시설을 설치하는 경우에는 본문의 바닥면적 기준을 적용하지 아니한다.
2. 전체면적의 합계가 4천500제곱미터 이상인 보관장소(보관시설이 차지하는 토지면적을 포함하고 하나의 필지를 기준으로 물류창고업을 등록하고자 하는 자가 직접 사용하는 면적만을 산정하되, 필지가 서로 연접한 경우에는 연접한 필지를 합산하여 산정한다)
심판청구를 기각한다.