양도소득세는 자산별로 구분하여 양도소득을 산정하여야 하고 쟁점토지지분의 취득일은 쟁점건물의 취득일과 다른 **인바, 청구인이 주장하는 재취득지분의 양도계약일은 쟁점토지 취득일로부터 3개월이 도과하였으므로 이를 매매사례가액으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
양도소득세는 자산별로 구분하여 양도소득을 산정하여야 하고 쟁점토지지분의 취득일은 쟁점건물의 취득일과 다른 **인바, 청구인이 주장하는 재취득지분의 양도계약일은 쟁점토지 취득일로부터 3개월이 도과하였으므로 이를 매매사례가액으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
(1) 쟁점부동산 취득 및 양도, 재취득지분의 취득경위 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 2008년 1월에 배우자의 요양을 위하여 해외로 출국하여 사실상 해외이주한 상태로 실지거래가액 계산을 위한 각종 서류를 책장에 보관하던 중 이삿짐을 포장하던 종사원들이 봉투를 파기하여 해당 증빙자료가 소실되었고, 1989년 부가가치세 신고서와 세금계산서 등 자료를 국세청에 확인요청하였으나 보관되어 있는 것이 없어 쟁점토지의 실지 취득가액을 입증할 증빙자료를 제출하지 못하였다. (나) 재취득지분은 실제 매매계약서에 의한 실거래가액이므로 이를 취득가액을 신고하였고, 나머지 쟁점부동산의 지분 2/3는 재취득지분의 양도가액이 쟁점부동산 취득일 3개월내 매매사례가액인 것으로 판단하여 매매사례가액으로 신고하였는데, 청구인은 쟁점부동산 건축대금을 변제하기 위하여 쟁점부동산의 1/3을 1990.3.26. 제3자인 A에게 OOO원에 양도하고, 공동사업자로 등록한 후 국세 등을 납부하였으며, 1996.6.3. 이를 OOO원에재취득하였는바, 이 거래에 대해서는 처분청도 실거래로 인정하였다.
(2) 쟁점토지지분도 쟁점부동산의 일부이므로 건물과 토지에 대하여 동일한 취득일을 적용하여 재취득지분의 양도가액을 쟁점토지지분의 취득가액으로 보아야 한다. (가) 매매사례가액은 가능한한 거래가액을 실지거래가액과 근접하게 파악하여 과세하자는 의도로 실지거래가액을 확인할 수 없을 때 적용하도록소득세법에 규정하고 있고, 재취득지분 양도가액은 당해 부동산의 양도가액이므로 매매사례가액의 요건을 충족하였음에도 이를 쟁점토지지분에 대해서 매매사례가액으로 적용할 수 없다고 본 처분청의 의견은 논리상 타당하지 않다. (나) 국세청 예규(부동산거래관리과-252, 2012.5.7., 부동산거래관리과-572, 2011.7.7. 등)은 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우 그 취득가액은 매매사례가액, 감정가액, 환산가액의 순서에 의할 수 있고, 유사하거나 동일한 토지의 매매사례가액이 확인될 경우 취득가액으로 적용할 수 있으며, 조세심판원의 결정(조심 2008서2592, 2008.10.27., 조심 2012서2628, 2013.6.1.)을 보면 지분매매가액도 매매사례가액으로 볼 수 있다고 판단한바 있다. (다) 그러나 처분청은 쟁점토지지분의 취득가액으로 재취득지분의 양도가액을 매매사례가액으로 볼 수 없다고 보아 과세하면서 아래 <표1>을 제시하고 있으나, 이는 쟁점부동산의 취득일을 토지와 건물로 구분하여 쟁점부동산의 취득시기를 쟁점토지의 취득일로 오인하도록 작성되어 있어 <표1>은 아래 <표2>와 같이 토지와 건물에 대하여 동일한 매매사례가액을 적용하는 것으로 수정되어야 하고, <표1> 쟁점부동산의 취득가액에 대한 처분청 의견 구분 취득시기 취득가액 매매사례가액 매매계약일 3개월 이내여부 쟁점토지지분 1989.7.15. 매매사례가액 1990.3.3. 부 재취득지분 (토지분) 1996.6.3. 실지거래가액 쟁점건물지분 2/3 1989.12.10. 매매사례가액 1990.3.3. 여 재취득지분 (건물분) 1996.6.3. 실지거래가액 증축한 6층 2004.8.27. 환산취득가액 <표2> 쟁점부동산의 취득가액에 대한 청구인의 주장 취득시기 취득가액 매매사례가액 매매계약일 3개월 이내여부 쟁점토지지분 1989.7.15. 매매사례가액 1990.3.3. 쟁점부동산 1/3의 매매사례가액 쟁점건물지분 2/3 1989.12.10. 매매사례가액 1990.3.3. 재취득지분 (토지분) 1989.7.15. 실지거래가액 1990.3.3. 쟁점부동산 1/3의 실지거래가액 재취득지분 (건물분) 1989.12.10. 실지거래가액 1990.3.3. 증축한 6층 2004.8.27. 환산취득가액 처분청은 재취득지분의 거래가 정당하다고 판단한 이상 재취득지분의 양도가액(OOO원×2 =OOO원)은 쟁점부동산 취득일로부터 3개월 이내의 매매사례가액이므로 재취득지분의 양도가액을 쟁점부동산의 나머지 2/3지분의 취득가액으로 보는 것이 타당하고, 쟁점토지 전체의 취득시기가 1989.7.15.이지만 이는 전체 면적의 취득시기일 뿐이고 청구인은 쟁점부동산을 1989.12.10. 취득하였으므로 쟁점부동산의 지분매매가액인 재취득지분의 양도가액은 당연히 매매사례가액이 되어야 하는 것임에도 처분청은 양도물건에 대응되지도 않는 토지 전체면적의 취득일을 기준삼아 재취득지분의 양도가액은 3개월이 경과된 매매사례가액이라고 판단하고 있는데 이는 세법을 자의적으로 확장해석하는 것이다. (라) 국세기본법은 공무원의 자의적인 세법해석과 적용의 범위를 엄격하게 제한하여 최대한 납세의무자의 권리를 보호하도록 규정하고 있고, 쟁점토지지분의 취득가액으로 적법하게 적용해야 할 매매사례가액이 있음에도 후순위로 적용하는 환산취득가액을 취득가액으로 적용하여 양도소득세를 부과하였으므로 이 건 처분은 타당하지 아니하다.
(2) 취득시기가 다른 토지와 건물을 함께 양도하는 경우 각각 자산별로 양도차익을 산정하여야 하고, 청구인이 쟁점부동산 지분 2/3의 취득가액으로 적용한 재취득지분의 양도가액은 쟁점건물의 경우에는 취득일 전후 3개월 이내에 해당하여 매매사례가액으로 적용가능하나, 쟁점토지지분의 취득일은 1989.7.15.이므로 재취득지분의 양도가액은쟁점토지지분의 취득일 전후 3개월을 도과하여 매매사례가액으로 적용할 수 없고, 청구인은 쟁점토지의 실지취득가액을 확인할 수 있는 서류를 제출하지 못하고 있으므로 쟁점토지지분의 취득가액을 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다.
(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다. 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제9 8조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적 으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점부동산의 취득 및 양도 과정은 아래 <표3>과 같고, 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 쟁점토지 369.5㎡를 1986.7.15. 매매를 원인으로 취득한 후 1990.3.26. 지분 1/3을 A에게 소유권 일부 이전하였다가 1996.6.3. A의 지분 전부를 재취득한 후 2018.11.20. 매매로 양도한 것으로 나타나며, 쟁점건물 양도당시 건축물대장에 의하면 토지 369.5㎡, 지하1층, 지상 5층까지는 철근콘크리트조, 라멘조(대중음식점, 사무소 등), 6층은 경량철골구조(창고)이고, 연면적 합계 1,708.18㎡ 이며, 허가일은 1989.4.21., 사용승인일은 1989.12.10.로 나타난다. <표3> 쟁점부동산의 취득 및 양도 과정 일자 내용 1989.7.15. 쟁점토지(369.5㎡) 분양취득 소유권 등기 (분양계약일 1986.12.23.) 1989.12.10. 쟁점토지 지상 상가(지하 1층, 지상 5층) 신축 양도인 단독명의 사용승인 1989.12.26. 쟁점부동산 소유권 보존 등기 1990.3.3. 쟁점부동산 지분 1/3을 A에게 OOO원에 양도 (매매계약일 1990.3.3.,등기부등본 소유권 이전일 1990.3.26.) 1996.6.3. A으로부터 쟁점부동산 지분 1/3을 OOO원에 매입함 2004.8.27. 6층 창고시설 증축(경량철골조) 2018.11.20. B외 1에게 쟁점부동산 OOO원에 양도 (나) 청구인은 재취득지분의 양도당시 계약서(1990.3.3.)과 재취득지분의 재취득시 계약서(1996.5.27.)를 제출하였으나, 쟁점토지 취득가액 증빙서류 등은 제출하지 않았고, 처분청은 조사당시 재취득지분 양도계약서와 재취득계약서에 대하여 문서감정을 의뢰하였으나, 감정결과 감정이 불가하다고 회신받은 것으로 나타나며, 금융증빙 등으로 대금 지급내역이 확인되어 재취득지분의 취득가액 OOO원을 실지취득가액으로 인정하였다. (다) 처분청은 쟁점토지지분의 취득가액을 부인하고 기준시가를 기준으로 환산취득가액을 산정하여 아래 <표4>와 같이 양도소득세를 경정·고지하였다. <표4> 양도소득세 신고 및 경정 내역
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 취득일 3개월 이내 제3자에게 쟁점부동산의 지분 1/3을 매매한 매매사례가액이 있음에도 쟁점부동산의 나머지 지분인 2/3에 대하여 토지와 건물의 취득시기를 달리보아 토지에 대해서만 매매사례가액을 부인하였으므로 타당하지 않은 처분이라고 주장하나, 소득세법제97조 제1항 제1호는 취득가액은 같은 법 제94조 제1항 각 호의 자산취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득당시의 실거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제12항 및 제176조의2 제3항은 매매사례가액에 대하여 양도일 또는 취득일 전후 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액으로 규정하고 있다. 양도소득세는 자산별로 구분하여 양도소득을 산정하여야 하고, 쟁점토지지분의 취득일은 쟁점건물의 취득일과 다른 1989.7.15.인바, 청구인이 주장하는 재취득지분의 양도계약일(매매사례가액의 기준일, 1990.3.3.)은 쟁점토지 취득일로부터 3개월이 도과하였으므로 이를 매매사례가액으로 보기는 어려운 점, 청구인은 쟁점토지 취득 당시 토지만 분양을 받았고 이후 쟁점건물을 신축하여 건물과 토지를 함께 쟁점부동산의 지분 1/3을 매매하였으므로 최초 취득한 쟁점토지와 재취득지분의 토지가 유사성이 있다고 보기도 어려워 재취득지분의 양도가액을 쟁점토지지분의 매매사례가액으로 보기도 어려운 점, 쟁점토지지분의 경우 실거래가액이나 매매사례가액이 없어 환산취득가액을 적용하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지지분의 취득일을 쟁점토지 취득일로 보아 환산취득가액을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.