조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2024-중-4851 선고일 2024.11.28

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득의 경우에는 당해 토지의 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전이어야 비사업용 토지로 보지 아니하므로 동 규정은 해당 토지가 공익사업의 사업지역으로 인정고시되었음을 전제로 한다고 할 것인 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2023.11.3. 서울특별시 OO구 OOO 임야 632㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 서울특별시 OO구청에 OOO원에 양도한 후 2023.11.30. 쟁점토지를 비사업용 토지로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가 2024.5.31. 쟁점토지는 서울특별시 OO구청에 협의매수된 것으로서 사업용 토지에 해당하므로 과다납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 위 경정청구를 검토한 결과,
쟁점

토지는 사업인정고시 없이 공인중개사를 통하여 사인 간의 매매방식으로 양도된 것으로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정하는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지에 해당하지 아니한다고 보아 2024.6.24. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 서울특별시 OO구청에 양도한 쟁점토지는 공익사업 목적을 위하여 협의매수에 따라 양도가 이루어진 것이다. 서울특별시 OO구청장은 공영주차장을 만들기 위하여 공유재산 및 물품관리법과 서울특별시 OO구 공유재산 및 물품관리 조례에 의하여 서울 특별시 OO구의회의 의결을 거쳐 쟁점토지를 매수하였는바, 쟁점토지 매수계약은 2023.5.4. 체결된 후 2023.5.11. 서울특별시 OO구청의 방침으로 공영주차장 조성 추진계획이 수립되었으며, 사업타당성 조사용역 후 사업계획서, 중기지방재정계획, 공유재산관리계획 의결결과 및 감정평가서 등 관련 서류를 서울특별시 주차계획과에 상신하여 투자심사가 진행되었고, 이후 쟁점토지는 서울특별시 OO구의 ‘주차장 설치 및 관리 조례’에 따라 공영주차장의 일부로 사용될 예정이다. (2) 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 에서 그 밖의 법률에 따라 협의매수되는 토지에 해당하는 범위에는 공유재산 및 물품관리법을 근거로 매매거래된 토지를 포함하고 있는바, 청구인은 서울특별시 OO구청이 계획한 바와 같이 공익사업 목적으로 쟁점토지를 양도하였고, 이 건 매매계약서 제3조 제3항에도 ‘협의매수에 의한 매매계약’이라고 명시하고 있다. 통상적으로 국가기관의 행위는 정책적 목적에 따라 이루어지는 것으로 공익사업 목적의 주차장 건설을 위해서 매수인의 적극적 의사와 관계없이 진행되는 경우를 포함하여야 한다. 위 규정은 국가기관의 행위에 대한 불이익을 방지하고자 거래당사자에게 거래유인을 제공하기 위해서 만들어진 것으로 국가기관과의 거래가 통상적인 거래에 비하여 불이익이 발생한다면 거래당사자는 이를 회피할 수 있는 기회를 잃게 된다. (3) 국세기본법 제14조 실질과세의 원칙에 따라 이 건 매매계약 행위를 공유재산 및 물품관리법에 근거한 공익사업 목적으로 인한 협의매수로 보아야 하고, 세법은 과세표준의 계산에 관한 내용을 그 형식에 관계없이 실질 내용에 따라 적용되어야 하는바, 쟁점토지의 등기부등본상 매매형식이나 그 실질은 공익사업 목적의 주차장 건설을 위한 협의매수에 해당하고, 서울특별시 OO구청도 이와 같은 목적으로 이 건 계약을 체결하였다. 따라서 청구인과 서울특별시 OO구청과의 이 건 계약은 그 형식에 관계없이 공익사업이라는 실질을 신뢰하고 체결된 것이므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 서울특별시 OO구청과의 매매계약은 국세기본법 제14조 실질과세의 원칙에 따라 공유재산 및 물품관리법에 근거한 공익사업 목적으로 인한 협의매수 계약에 해당하므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하나, 서울특별시 OO 구청장이 청구인에게 보낸 공문을 살펴보면, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 기재되어 있는 ‘사업인정고시’가 포함되어 있지 아니하고, 차후 공영주차장 사업 완료 이후 운영에 있어서도 ‘사 업인정고시는 없습니다’라고 명시되어 있을 뿐만 아니라 공인중개사를 통한 일반적인 매매방식으로 협의매수한다고 되어 있다.

(2) 또한, 위 공문 중 ‘목동 일대 지역 공영주차장 조성사업을 지속 추진 중 귀하의 공인중개사로부터 해당 매물을 추천받았다’는 내용이 포함되어 있는 점을 감안하더라도 청구인이 서울특별시 OO구청에 먼저 매도 의사를 타진한 것으로 보이고, 쟁점토지 매매계약서상에도 청구인 및 매수인측 공인중개사가 각각 기재되어 있는바, 이는 공인중 개사를 통한 일반적인 매매계약이라 할 수 있고, 동 매매계약 제6조에서 청구인이 일방적으로 계약해지를 요구한 때는 계약해지를 할 수 있다고 약정하고 있는 등 이 건 계약은 민법상 계약자유의 원칙에 따라 청구인과 매수인의 자유의사에 따라 체결된 일반 사인 간의 매매계약으로 봄이 타당하다.

(3) 한편, 소득세법 시행령 제168조의14 에서 규정하는 “부득이한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 개인이 마음대로 할 수 없는 불가항력적인 사유 등을 의미한다 할 것인바, 쟁점토지의 경우 청구인의 자유의사에 반하여 수용되거나 사업시행 과정에서 양도되었다고 볼 수 없으므로 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 있는 지 여부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후

문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률 또는 자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지
  • 나. 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조의2 제1항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

5. 그 밖에 공익·기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 소득세법 시행규칙 제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(괄호 생략)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4. 건축법에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지: 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지: 취득일부터 2년

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년

10. 거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업·폐업 또는 이전일부터 2년

11. 천재지변 그 밖에 이에 준하는 사유의 발생일부터 소급하여 2년 이상 계속하여 재촌(영 제168조의8 제2항의 규정에 따른 재촌을 말한다)하면서 자경(영 제168조의8 제2항의 규정에 따른 자경을 말한다. 이하 이 호에서 같다)한 자가 소유하는 농지로서 농지의 형질이 변경되어 황지(荒地)가 됨으로써 자경하지 못하는 토지: 당해 사유의 발생일부터 2년

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

④ 영 제168조의14 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 공장의 가동에 따른 소음·분진·악취 등으로 인하여 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지

2. 2006년 12월 31일 이전에 이농한 자가 농지법 제6조 제2항 제5호 에 따라 이농당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

3. 기업구조조정 촉진법에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협 의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(괄호 생략)

4. 채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 채권은행협의회 운영협약에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정 상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지

5. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(괄호 생략)에 양도하는 토지

6. 농촌근대화촉진법(법률 제4118호로 개정되기 전의 것)에 따른 방조제공사로 인한 해당 어민의 피해에 대한 보상대책으로 같은 법에 따라 조성된 농지를 보상한 경우로서 같은 법에 따른 농업진흥공사로부터 해당 농지를 최초로 취득하여 8년 이상 직접 경작한 농지. 이 경우 제3항 제1호에 따른 농지소재지 거주요건은 적용하지 아니한다.

7. 채무자의 회생 및 파산에 관한 법률 제242조에 따른 회생계획인가 결정에 따라 회생계획의 수행을 위하여 양도하는 토지

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2023.11.3. 쟁점토지를 서울특별시 OO구청에 OOO원에 양도한 후 2023년 귀속 양도소득세 신고 시 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 하여 OOO원의 양도소득세를 신고·납부하였다가 2024.5.31. 쟁점토지가 공익사업 목적으로 협의매수된 사업용 토지에 해당한다는 사유로 아래 <표1>과 같이 과다납부한 양도소득세OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지는 사업인정고시 없이 공인중개사를 통한 일반 사인 간의 매매방식을 통하여 양도되었으므로 사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보아 2024.8.21. 청구인의 경정청구를 거부하였다. <표1> 청구인의 경정청구 내용 (

2. 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인과 서울특별시 OO구청이 2023.5.4. 작성한 쟁점토지 매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다. (나) 청구인은 2023.10.23. 서울특별시 OO구청에 내용증명을 발송하여 쟁점토지 관련 주차장 조성 사업의 진행 과정 등에 대하여 질의하였고, 서울특별시 OO구청은 2023.11.1. 이에 대하여 청구인에게 다음과 같이 회신하였다(OOO). <본 사업의 진행과정>

  • 가. 본 사업은 공유재산 및 물품관리법과 ‘서울특별시 OO구 공유재산 및 물품 관리 조례’에 의거 재산 소재지 “목동 일대”, 취득사유 “주택가 소규모 주차장 조성”, 추정가액 “OOO원”으로 2020년 제2차 수시분 공유재산관리계획(안)을 지방자치법에 따라 서울특별시 OO구의회 의결을 받아 시작하게 되었습니다.
  • 나. 이후 이를 기초로 ‘중기지방재정계획’에 주차장특별회계상 “소규모 공동 주차장 조성사업” 명목으로 사업비를 편성하였습니다.
  • 다. OO 일대 지역 공영주차장 조성사업을 지속 추진 중 귀하의 공인중개사로부터 해당 매물을 추천받았으며, 제반사항을 검토한 후 사업 추진이 가능하다고 판단하여 귀하의 공인중개사로부터 매도 희망가를 전달받아 2023년 4월 감정평가를 통해 매입 적정가격을 확인하였습니다. 다만, 감정평가는 관련 규정에 있어 필수적인 절차는 아니나 재산취득가액의 타당성 검증에 있어 필요한 절차로 판단하였습니다.
  • 라. 매매가격과 매매계약서상의 내용에 대하여 귀하측과 조율을 끝내고 합의 함에 따라 2023년 4월 27일 구청장 방침인 ‘OOO 공영주차장 조성부지 매입 계획’을 수립하여 5월 4일 매매계약을 체결하였으며, 5월 11일 구청장 방침인 ‘OOO 공영주차장 조성 추진계획’을 수립하였습니다.
  • 마. 이후 본격적으로 사업타당성 조사 용역을 실시하고 그 결과를 토대로 사업계획서, 중기지방재정계획, 공유재산관리계획 의결결과, 매매계약서, 감정평가서 등 관련 서류를 서울특별시 주차계획과에 상신하여 ‘자치구 공동주차장 보조금 지원사업’에 선정되었으며, 이를 기초로 본 사업에 대한 서울특별시 투자심사를 진행하였습니다.
  • 바. 위에 서술한 바와 같이 일련의 과정에 있어 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 기재되어 있는 “사업인정고시”는 포함되어 있지 않으며, 차후 공영주차장 사업 완료 이후 운영에 있어서도 “사업인정고시”는 없습니다. 다만, ‘서울특별시 OO구 주차장 설치 및 관리 조례’에 의거 공영주차장 운영에 앞서 ‘공영주차장 설치 및 사용개시 고시’ 절차는 남아 있습니다. <구청장 결재 관련>
  • 가. OO구의 모든 문서에 대한 최종 결재자는 ‘서울특별시 OO구 사무전결처리규칙’을 따르고 있으며, “구청장의 결재사항”은 “주요정책 수립 및 결정”사항입니다. 요청하신 내용의 경우 사실관계를 기술하는 것으로 이에 해당되지 않습니다.
  • 나. 이에 따라 본 사업 주관부서, 주차관리과의 해당 국장인 안전교통국장 전결사항으로 발송하게 된 것이며, 본 서류에 담긴 내용은 구청장의 결재와 다름없이 양천구의 정식의견입니다. <매매계약서 제3조 제3항 관련>
  • 가. 본 사업은 공영주차장 조성이라는 공익사업의 추진을 위하여 “서울특별시 OO구 OOO” 소재지의 토지를 공인중개사를 통한 일반적인 매매방식으로 협의매수하는 것입니다.
  • 나. OO구는 본 계약 이행을 위해 귀하가 요청하신 내용에 대하여 최선을 다하 여 답변드렸으며, 부디 원만한 소유권 이전이 이뤄질 수 있기를 바랍니다.
  • 끝. (

3. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 공익사업 목적을 위하여 협의매수되었으므로 이를 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 제104조의3 제2항 은 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제168조의14 제3항은 “법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다”고 규정하면서, 그 제3호에서 “ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 그 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지”를 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도 함으로써 발생하는 소득의 경우에는 2006.12.31. 이전에 사업인정고시가 된 사업지역의 토지이거나 당해 토지의 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전이어야 비사업용 토지로 보지 아니하므로 동 규정은 해당 토지가 공익사업의 사업지역으로 인정고시되었음을 전제로 한다고 할 것인데, 서울특별시 OO구청의 민원회신공문(OOO, 2023.11.1.)에 따르면 쟁점토지의 경우 사업인정고시 자 체가 이루어진 사실이 없었고 향후에도 사업인정고시가 없을 것이라고 답변하고 있는 점, 또한, 공익사업을 목적으로 협의매수된 토지의 경우 비사업용 토지로 보지 않는 취지는 공익사업이 원활하게 수행될 수 있도록 지원함과 아울러 토지 소유자의 입장에서는 협의매수에 응하지 않더라도 결국 에는 자신의 토지가 공익사업용으로 수용되는 불이익을 감수할 수밖에 없다는 점을 감안하여 양도소득세 부담을 완화해 줌으로써 공익 증진과 과세 공평의 조화를 꾀하려는 데 있는데, 청구인은 자유로운 의사에 따라 시가대로 이를 양도한 것으로 보일 뿐 이 건 거래에 강제성이 있었다고 볼 수 없고, 서울특별시 양천구청도 청구인으로부터 쟁점토 지를 매수하는 과정에서 토지조서 및 물건조서의 작성 등 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에서 정한 협의에 의한 취득 절차를 거치지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 사업용 토지로 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)