2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 별지 제10호의8 서식 “고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서”의 작성방법에서도 2차년도 및 3차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로, 이 건 처분 중 처분청이 개정된 법률에 따라 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2020사업연도 이후 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] OO세무서장이 2024.5.24. 청구법인에게 한 2018〜2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 2018·2019사업연도의 상시근로자의 증가 인원 수를 산정함에 있어 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법 제29조의7 제1항 의 증가한 상시근로자 인원 수 한도의 적용을 배제하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점규정에서 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”라는 규정은 2019.12.31. 개정 전에는 규정되어 있지 않았고, 2019.12.31. 법률 제16835호 개정되면서 신설되었으며, 법률 제16835호 부칙에 따라 개정된 쟁점규정은 2020.1.1 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 이 건 경정청구 대상 과세기간인 2018, 2019사업연도 발생분에 대해서는 적용되지 않는다. (가) 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전 쟁점규정에서는 세액공제 가능한 상시근로자의 수를 계산할 때 청년등 상시근로자의 증가인원과, 청년등외 상시근로자의 그 증가인원을 각각 구분계산하여 어느 한쪽의 인원이 감소하였더라도 다른 한쪽의 증가인원과 통산하지 아니하고 별도로 계산하게 되어 있었는데, 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정에서는 어느 한쪽의 증가한 상시근로자 수에서 다른 한쪽의 감소한 상시근로자 수를 차감하여 이를 한도로 하여 쟁점세액공제의 금액을 산정하도록 개정되었다. 또한, 개정 후 쟁점규정의 개정 법률 부칙 제1조(시행일)에서 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 정하고 있고, 제2조(일반적 적용례) 제1항에서는 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있으며, 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례)에서는 “제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다”고 정하고 있는바, 개정 후 쟁점규정은 부칙 제1조 및 제2조 제1항에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되어야 하는 것이다(조심 2023부443, 2023.5.17., 조심 2023부6839, 2023.7.21. 같은 뜻임). (나) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조). 이에 조세심판원(조심 2019부1051, 2020.5.21., 조심 2017서82, 2017.4.12.)에서는 법령 개정시, 개정된 법령의 적용 시점에 대하여 엄격하게 해석하여, 법령 개정 취지가 법문언이 정한 명시적 의미에 앞선다고 할 수 없는바 부칙에 따라 엄격하게 그 시행일을 결정하고, 소급하여 적용할 수 없는 것으로 결정한바 있다.
(2) 납세의무 성립일 이후 납세자에게 불리하게 개정된 개정 후 규정을 이미 성립한 납세의무에 대해 소급적용 하도록 한 처분청의 근거 예규는 소급과세금지 원칙에 위배되는 부당한 해석이다. (가) 국세청은 쟁점규정관련 질의에 대해 2019.12.31. 법률 제16835호 부칙 제1조와 제2조에 따라 개정후 규정을 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 해석(서면-법인-2020-1503, 2020.11.19.)하였다가, 이후 2022년 1월경 한국세무사회가 기획재정부에 개정 후 규정 적용시 공제 가능한 상시근로자의 수에 대한 질의를 하자, 기획재정부는 전체 증가한 상시근로자 수를 한도로 하여야 한다고 회신(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)하였으며, 이에 국세청은 2022.7.11. 위 예규를 삭제하였다. 현재 처분청이 이 건 처분의 근거로 삼고 있는 2024년 생성 예규(조세특례제도과-199, 2024.3.8.)에서도 기존예규와 동일한 입장을 취하고 있다는 점에는 변함이 없다. 기획재정부의 예규는 2018 및 2019사업연도의 납세의무 성립 당시 정하고 있는 법률에 따른 해석과 적용을 하지 아니하고, 납세의무 성립 이후에 개정된 법률을 소급하여 적용하도록 조세법률주의 원칙에 위반되게 해석하였으므로 이에 근거한 처분은 위법한 것으로 판단된다. (나) 과세관청이 세법해석을 적용함에 있어, 종전의 세법해석이 명백히 관련 법령을 위반한 경우가 아닌 이상 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 더구나 기존예규가 명백히 법령을 위반한 경우가 아님에도 불구하고 기획재정부가 반대로 해석하면서, 납세의무 성립일 이후 납세자에게 불리하게 개정된 개정 후 규정을 이미 성립한 납세의무에 대해 소급적용하도록 한 것은 국세기본법 제18조 의 소급과세금지 원칙에도 위배될 뿐만 아니라 법적 안정성을 해치는 부당한 해석이라 할 것이다(조심 2023부443, 2023.5.17. 같은 뜻임). (다) 또한, 감사원에서 2023년 9월 발간한 납세자 권익보호실태 감사보고서에서는 조세심판원의 반복인용 사건에 대하여, 과세관청이 관련 세법해석을 정비하지 않고 조세심판원 결정과 상충되는 해석을 유지함에 따라 납세자의 불편이 초래되고 있는 것에 대하여, 불필요한 과세 및 불복제기 반복으로 세무행정에 혼선을 초래하고 납세자의 권익을 침해하는 일이 없도록 기획재정부에 관련 세법해석을 변경하는 방안을 권고하고 있다. 이 건과 유사한 선결정례가 이미 다수 존재하며, 납세자에게 불리하게 개정된 규정을 소급적용할 수 없는 것으로 반복적으로 판단하고 있음에도, 2024년 생성된 기획재정부의 예규는 납세자의 권익을 침해하는 부당한 해석인 것으로 판단된다.
(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 청년 상시근로자 고용 증가에 대해 한도 없이 공제할 경우 전체 신규 고용을 더 많이 창출한 사업자에 대해 세액공제액을 차별하게 된다는 의견이나, 쟁점규정은 신설(2017.12.19.) 당시부터 청년 상시근로자에 대해서는 청년 외 상시근로자 대비 상향된 공제액을 적용하게끔 되어 있어, 입법취지상 세액공제액이 단순히 전체 상시근로자 증가인원에 비례해야 한다거나 기업 간 고용형태에 따른 차등을 당초부터 배제하고 있다고 보기 어렵다. 구체적으로 청구법인과 동일한 중소기업인 법인 A, B가 쟁점규정 신설 당시 아래 <표3>과 같이 신규 고용을 창출한 경우를 가정해 보면, <표3> 고용증대세액공제 관련 예시 (단위: 명, 원) 처분청의 의견과 같이 2019.12.31. 개정 전 사업연도에 대하여 법인 A와B 모두 청년 및 청년 외 상시근로자수 증가 인원에 대해 한도를 적용하는 경우에도, 전체 신규 상시근로자를 더 많이 창출한 법인 B가 법인 A에 비하여 적은 세액공제액을 적용받는 것으로 비추어 볼 때, 쟁점규정의 입법 취지는 각 유형의 고용증가 인원에 비례한 혜택을 주고 있을 뿐, 처분청의 의견과 같이 전체 상시근로자 고용에 대해 무조건적인 비례 혜택을 주고자 함은 아니다. (나) 처분청은 청년고용증대세액공제 및 중소기업 사회보험료 세액공제에도 쟁점규정과 유사한 한도 규정이 이미 존재하였음을 근거로 쟁점규정 또한 2019.12.31. 개정 전 문언화되어 있지 않은 한도 규정의 존재를 자발적으로 유추 해석할 수 있다는 의견이나, 이는 대법원이 금지하는 유추해석에 의한 과세에 해당한다. 대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건 사실 혹은 비과세요건 사실을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다고 판단하였다(대법원 1983.12.27 선고 83누213 판결 등 다수). 또한 2018년 개정세법해설 기재 내용에 따르면 쟁점규정은 ‘고용창출투자세액공제․청년고용증대세제를 통합․재설계’한 것으로 보이며, 청구법인의 입장에서 이러한 사실만으로 신설 입법시 존재하지 않은 한도 규정이 ‘기존 제도 재설계’의 일환인지 혹은 단순한 입법 미비에 해당하는지 유추하는 것은 현실적으로 불가능한 것으로 판단된다. (다) 처분청은 최근 기획재정부의 유권해석(조세특례제도과-199, 2024.3.8. 등)을 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법해석과 관행’으로 제시하며 청구법인이 법인세 신고 당시 이미 한도를 적용하였으므로 당시에 이미 일반적으로 적용되는 세법해석에 따른 것이라는 의견이나, 위 유권해석은 모두 2024년도에 나온 것으로 개정 전 세법이 적용되던 2018∼2019사업연도에 존재하던 일반적인 해석과 관행으로 볼 수 없다. 오히려, 기획재정부는 더 앞선 시기인 2022년 유권해석(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)을 통하여, 한도 규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것이라고 판단한바 있다. 위 유권해석이 현재는 삭제되었다고 하더라도, 기획재정부에서 현재의 입장과 상반된 해석을 내렸던 사실 자체가 소급하여 사라질 수는 없다. 나. 처분청 의견
(1) 쟁점규정은 양질의 일자리를 창출하는 기업에 대한 세제지원을 강화하기 위하여 기존의 고용창출투자세액공제와 청년고용증대세제를 통합·재설계하여 고용증가 인원에 비례하여 세액공제를 적용하기 위해 신설되었다. 청구법인의 주장대로 청년 외 상시근로자가 감소하였는데 청년 상시근로자가 증가하여 한도 없이 쟁점규정을 적용하게 된다면 실제로 일자리 창출을 더 많이 한 사업자가 세액공제 혜택을 적게 받게되는 불합리한 결과가 발생한다. 청구법인의 2019사업연도 경정청구 내용을 예시로 보면, 청구법인의 청년 상시근로자는 11.26명이 증가하였으나, 청년 외 상시근로자는 8.01명이 감소하여 전체적으로 3.25명의 고용이 증가했으며 그에 비해 청년 외 상시근로자의 고용은 유지하고 청년 등 상시근로자가 5명이 증가하여 전체적으로 5명의 고용이 증가한 사업자가 있다고 가정할 경우, 청구법인은 OOO원(11.26명 × OOO원 × 3년)의 세액공제를 받게 되고, 비교대상 사업자는 OOO원(5명 × OOO원 × 3명)의 세액공제를 받게 되는데 이는 더 많은 신규 고용을 창출한 기업에 대해 절반이 넘는 세액공제액을 차별하는 상황이 되는 불합리한 결과가 일어난다. 세법의 해석·적용은 과세의 형평이 유지되도록 하여야 함에도 이는 조세형평의 이념에도 반하고 당초 입법취지와도 맞지 않는 결과를 초래한다.
(2) 개정 후 쟁점규정의 개정이유를 보면 제27조의7 제2항 사후관리에 대해서만 적용시기와 일반적 적용례를 적용하고 있으며 쟁점이 되는 “증가한 상시근로자의 인원수를 한도로 한다”는 문구의 개정취지는 세액공제 금액을 명확히 규정하기 위한 것이라고 명시하고 있어 이는 종전의 내용을 변경하는 의미가 아닌 그 내용을 보다 명확하고 확실하게 해석될 수 있도록 개정한 것이고, 종전부터 해석해오던 사항을 법문상으로 명시한 것에 불과하다. 쟁점규정은 종전의 고용창출투자세액공제와 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 통합한 것으로, 이전의 규정에 한도로 한다는 규정이 있었고, 쟁점규정과 비슷한 입법 취지로 2012년 신설된 조세특례제한법 제30조의4 중소기업 사회보험료 세액공제에서도 같은 법 시행령 제27조의4 제3항에서 “해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 한다”고 규정한바 있어, 청구법인의 2018∼2019사업연도 법인세 신고서상 중소기업 사회보험료 세액공제 계산서를 보았을 때 전체 상시근로자 증가 인원수를 한도로 이미 적용된 사실이 있는 점을 감안하면, 쟁점규정의 해석이 청구법인에게 예측하기 어려운 부담을 지워 법적 안정성을 해친다고 보기 어렵다. 또한, 기획재정부의 유권해석은 그동안 일반적으로 적용되어 오던 해석을 명확히 하여 쟁점규정에 대한 해석을 정비한 것이며, 국세기본법 제18조 제3항 에서 세법의 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보는 것이고, 청구법인의 2018∼2019사업연도 법인세 신고서상 고용증대 기업에 대한 공제세액계산서에서 한도규정을 적용하여 전체 상시근로자 증가 인원 수(2.33명)에 대해 신고한 사실이 있으므로, 이는 새로운 해석이나 관행이 아니므로 소급과세금지의 원칙에 반한다고 할 수 없다.
① 청년 등 상시근로자의 고용증대세액공제액 계산시 조세특례제한법 제29조의7 제1항 제1호 에 규정된 쟁점한도규정(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산)은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
② 2018·2019사업연도에 성립된 고용증대세액공제액을 2020사업연도 이후에 추가로 공제(2차, 3차 공제)하는 경우에 쟁점한도규정이 적용되는지 여부
(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.
2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제 받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정되기 전의 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액
2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견 기 업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금 액)
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30285호로 일부개정된 것) 제26조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ⑤ 법 제29조의7 제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 제1호의 금액(해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)에서 제2호의 금액을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 본다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 과세연도(2개 과세연도 이상 연속으로 공제받은 경우에는 공제받은 마지막 과세연도로 하며, 이하 이 조에서 "공제받은 과세연도"라 한다) 대비 해당 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액
2. 공제받은 과세연도 대비 직전 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액(공제받은 과세연도가 직전 과세연도인 경우에는 영으로 본다)
(1) 청구법인은 2024.2.19. 2018∼2021사업연도 법인세에 관한 경정청구시 전체 상시근로자의 증가인원 수 한도를 적용하지 않는 것으로 계산하였고, 당초 신고한 상시근로자 수 산정에도 오류가 있어 법인세액을 과다 신고·납부한 것으로 보아 환급을 구하였는데, 처분청은 전체 상시근로자의 증가인원 수를 한도로 계산하는 것은 적정한 것으로 보아 거부처분 하였고, 상시근로자 수 산정에 오류가 있다는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 보아, 일부세액만 환급한 것으로 나타난다.
(2) 청구법인이 제시한 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용은 아래 <표4>와 같은바, 동 예규는 기획재정부의 해석 변경으로 삭제된 것으로 나타난다. <표4> 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용 [제목] 고용증대세액공제의 증가한 상시근로자의 인원수 한도 규정 적용시기 [요지] ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 (법률 제16835호, 2019.12.31.) 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 제1항은 부칙 제1조와 제2조에 따라 이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것임. [회신] ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 (법률 제16835호, 2019.12.31.) 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 제1항은 부칙 제1조와 제2조에 따라 이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것입니다. [관련법령] 조세특례제한법 제29조의7 (고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)
○ △△회계법인(이하 ‘질의법인’이라 함)은 2019년 과세연도의 상시근로자 증가인원에 대해 고용증대세액공제를 적용받고자 함
○ 질의법인이 조세특례제한법 제29조 7(법률 제16835호, 2019.12.31.) 제1항에 개정 반영된 ‘증가한 상시근로자의 인원수 한도’ 규정의 적용시기 질의 (이하 생략)
(3) 쟁점규정에 관한 기획재정부의 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4. 등)는 아래 <표5>와 같다. <표5> 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)의 내용 [제목] 고용증대세액공제액 산정시 한도규정 적용시기 [요지] 고용증대세액공제액 산정시 한도규정은 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용되는 것임 [질의] ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 (2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)제1항에 따른 “증가한 상시근로자의 인원수 한도” 규정이 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용되는지 여부 1안) 한도규정 적용 2안) 한도규정 적용되지 않음 [회신] 귀 질의의 경우 1안이 타당함 [관련법령] 조세특례제한법 제29조의7 (4) 2019년 세법 개정시 쟁점규정의 개정은 기존에도 적용되던 사항의 명확화를 위한 개정임을 명시하고 있다. <표6> 쟁점규정 관련 개정세법 해설
- 가. 개정취지
○ 고용증대세제의 합리적 운용
- 나. 개정내용 종 전 개 정
□ 고용증대세제
○ (공제액) 전년보다 고용증가시 1인당 연간 일정금액 공제 (단위: 만원) 구 분 중소기업 중견 기업 대기업 수도권 지방 청년 * 상시 1,100 1,200 800 400 청년 외 상시 700 770 450
• * 15세 이상 29세 이하인 사람
□ 세액공제 금액 명확화 및 사후관리 기준 변경
○ 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 함을 명시 (이하 생략)
- 다. 적용시기 및 적용례
○ (사후관리) 2020.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용 (추징세액) 2020.2.11. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①, ②에 대하여 살피건대, 처분청은 청년 등 상시근로자의 고용증대세액공제 계산에 있어 청년 등 상시근로자의 증감 인원 수와 청년 등 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산하여야 한다는 의견이나, 2018·2019사업연도 당시 조세특례제한법 제29조의7 제1항 은 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 내용을 규정하고 있지 아니하고, 개정된 법률 부칙 제1조(시행일)는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였으며, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정된 법률은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018·2019사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018·2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (조심 2023부443, 2023.5.17., 조심 2023부6839, 2023.7.21. 같은 뜻임). 다만, 개정된 법률 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분에 대하여는 개정된법률이 적용되는 것이고, 2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 별지 제10호의8 서식 “고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서”의 작성방법에서도 2차년도 및 3차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로, 이 건 처분 중 처분청이 개정된 법률에 따라 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2020·2021사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024중4737, 2024.11.21. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.