그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보인다.
그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보인다.
OO 세무서장이 2024.5.3. 청구법인에게 한 2019년 제1기〜2023년 제1기 부가가치세 합계 0,000백만원(2019년 제1기분 000백만원, 2020년 제1기분 000백만원， 2021년 제1기분 000백만원， 2022년 제1기분 000백만원 및 2023년 제1기분 000백만원）의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(3) 본건 부과처분은 2017년 2월 조특법상 쟁점규정의 개정 취지에도 정면으로 반한다. （가）쟁점규정은 당초 지방공단에만 적용되다가, 2017년 2월 조특법 시행령 개정을 통해 청구법인과 같은 지방공사도 그 적용을 받게 되었는데, 그 개정 취지는 지방공사가 주차장업 등 （쟁점단서 조항에 열거된 업종）을 대행하고 수령하는 쟁점사업비를 지방공단과의 형평을 고려하여 동일하게 면세로 하기 위함으로, 이는 곧 쟁점단서 조항이 지방공사의 지방자치단체에 대한 대행용역 및 그 대가로서 수령하는 쟁점사업비에는 적용되지 않음이 전제되어야만 가능하다. （나）반면, 처분청 의견에 따르면，동 개정에도 불구하고 주차장운영업 등에 대한 쟁점사업비는 여전히 면세에서 제외되 어， 2017년 2월 개정된 쟁점규정의 경우 그 개정과 동시에 그 입법취지가 몰각되는 상식에 부합하지 않는 결론이 도출되는바, 이점에서도 본 건 부과처분은 위법•부당한 전제에서 이루어진 것임이 명백하다. （4）처분청이 제시한 사례들은 본 사안과는 무관하다. （가）처분청이 제시한 판례들은 2017년 2월 조특법 시행령의 쟁점규정 개정 이전, 즉 지방공단만이 쟁점규정의 적용 대상이어서 지방공사가 수령한 쟁점사업비는 과세였던 시기의 사안에 대한 것이거나, 조특법이 아닌 부가가치세법（이하 "부가세법”이라 한다）상 공익목적단체 등이 공급하는 용역에 대한 면세규정의 적용 여부가 쟁점이 된 사례들로，본 사안에는 적용될 수 없거나 무관하다. （나）특히，처분청이 제시한 대법원 판례（2017.12.21. 선고 2017두 60123 판결）의 하급심 판결（수원지방법원 2016.12.21. 선고 2016구합64471판결）에서 ‘지방공사가 지방자치단체로부터 수령하는 쟁점사업비에 대해서 부가가치세가 과세되는 종전 쟁점규정의 불합리성이 확인되어 이를 개선하고자 2017년 의원입법발의로 쟁점규정이 개정된 것이라고 판시’하였는바，본건 부과처분은 그러한 개정 전•후의 맥락에도 반하는 것이다.
① 지방공사가 시설의 관리 운영에 대한 일체의 책임을 부담하기로 약정
② 지방자치단체로부터 사업비를 총액으로 지급받고（별도의 위탁 수수료 포함）직접 인력을 고용，외주용역비 등에 사용하는 방식으로 시설을 관리 운영해 온 점
③ 쟁점사업비를 독자적으로 회계처리하고 쟁점사업비 전액을 법인세 수입금액으로 하여 신고하여 온 점
④ 하청업체로부터 매입세금계산서를 수취한 점 （나）청구법인과 OO시장이 체결한 공영주차장 위•수탁계약서에 따르면, 청구법인이 주차장 운영업을 대행함에 있어서 모든 부담과 책임하에 운영하였음이 명백히 확인된다. < 청구법인과 평택시청 간 위수탁관리계약서상 세부조건 요약（계약일 ’20.1.31.） > ［제1조 목적］ 본 계약은 평택시가 주차장의 관리업무 일체를 공사에게 위탁시키는 것을 목적으로 한다 ［제10조 책임 및 손해배상］ （1항）대행업무 수행과정에서 발생한 모든 민•형사상의 손해배상에 대해서는 공사의 부담과 책임하에 조치하여야 한다 （2항）공사는 전항의 규정에 의한 불이익 처분에 대하여 평택시청에게 손해 배상청구를 할 수 없다 （다）청구법인이 보고한 공영주차장 관리 관련 ’21년 주요업무계획보고서에 따르면, 청구법인은 단순요금징수업무가 아니라 시설물점검•보수 등 관리, 주차장 무료운영 계획, 청소인력 등 배치 운영계획, 주차요금감면시스템 구축 등 자체 계획을 수립하여 주차장운영업을 수행하였다. < 대행사업 （2021년 주요업무 계획 보고서） - 공영주차장 관리•운영 >
□ 운영실적 O 연간수익금: ’20년 수입금 2,821백만원（‘19년 대비 23.1% 감소） O 코로나19에 따른 지역상권 활성화를 위한 2시간 무료운영（’20.3.〜7.） O 불합리한 주차장 기하구조 개선을 통한 주차장내 교통사고 예방 및 차량흐름 개선 O 새봄맞이 주차장 환경정비（잡초 및 폐기물 수거 등） 실시(’20.4) O 공영주차장 부설화장실 청소인력 상시배치 운영（3명）
□ 추진계획 O 비대면 편의서비스 확대（주차할인권 온라인 구매, 정기권 온라인화） O 평택시와 행안부 시스템연계를 통한 주차요금 자동감면 체계 구축 O 지능형교통시스템（ITS） 연계 공영주차장 통합관리체계 구축 O 평택시 CI연계 공영주차장 디자인 표준화 검토（정체성, 통일성 확보） 또한, 인터넷 등을 통해 청구법인의 기간제 직원 채용공고가 확인되며, 해당 공고에는 청구법인 명의로 주차장운영업과 관련된 기간제 직원을 채용하는 공고를 확인할 수 있다. （라）청구법인은 매년 구분회계 재무제표에 대한 검토보고서를 회계법인에 의뢰하여 작성•보관하고 있으며, 쟁점사업에 대하여 별도로 구분회계하여 보고하고 있다. 구분회계 손익계산서에 따르면, 대행사업 관련 사업비를 매출액으로 계상하고 당기 순이익 등을 계상하여 법인세를 신고하고 있다. 청구법인은 쟁점 사업비의 집행 등이 청구법인 명의와 계산으로 이루어지지 않았다고 주장하면서도 해당 사업비를 청구법인의 매출로 계상하는 모순을 보이고 있다. （마）한편, 청구법인은 부가가치세의 경우 사업비의 5%를 위탁수수료로 신고할 뿐, 나머지는 면세로 보아 신고하지 않았고, 관련 주차장 운영 등에 필요한 외주용역 등에 관한 매입세금계산서 등도 OO시장을 공급 받는 자로 하여 세금계산서를 수수한 것으로 보이는데, OO시장과 청구법인 간의 위수탁관리계약상 쟁점사업 관련 모든 관리용역을 청구법인에게 위탁하였고, 사업비 전체도 일시로 지급하였으며, 실제 외주용역 사업자의 선정 또한 청구법인이 확정하고 대금지급도 청구법인이 사업비 범위내에서 지급하였음에도 세금계산서만 OO시장 명의로 발급 받는 것은 세금계산서의 수수, 전단계세액공제법 등 부가가치세의 근간을 뒤흔드는 잘못된 거래 방법으로 볼 수 있다（실제로 클린아이 등에 공시된 청구법인의 결산서를 보면,손익계산서상 사업대행원가（비용）가 사업비 상당으로 계상되어 있음에도 주차장, 캠핑장 관련 세금계산서는 전혀 수수 이력이 없다（ OO시장이 해당 세금계산서 수수）. 오히려 청구법인이 OO시장에게 매출세금계산서를 발급（평택시는 과세사업의 경우 매입세액 공제를 받음）하고 외주용역사업자에게 제공 받는 용역에 대하여 청구법인이 매입세금계산서를 발급 받고 대금을 지급하여 결과적으로 OO시장에 대한 매출에 대응하는 매입세액공제를 받는 것이 자연스러운 거래행위이다. （3） 지방자치단체의 업무를 대행한다고 하여 민간업체와의 경쟁관계가 해소되는 것이 아니다. （가） 청구법인은 민간업체와의 경쟁이 되는 대상이 주차장운영업 등 그 사업 자체이지 청구 법인의 대행용역은 경쟁 대상이 아니며, 그러한 전제하에 쟁점 단서 조항이 민간업체와의 경쟁을 고려하여 면세를 제외하는 이상 청구법인의 대행용역은 해당 사업을 직접 수행하는 것이 아니므로 면세에 해당한다고 주장하나, 이러한 주장은 앞서（1）에서 밝힌 바와 같이 정부업무대행단체에 대한 과•면세를 규정한 조항을 유추•확대해석한 것으로 이유가 없다. （나） 주차장운영업의 경우, 평택역 주변의 민영 주차장만 수십 곳이 넘게 산재해 있기 때문에 언제나 동업자들 간 경쟁관계에 놓여 있다고 볼 수 있다. 지방자치단체의 주차장운영업은 부가세법 제26조 등에 따라 면세이고 민간업체의 주차장운영업은 당연히 과세로 민간업체가 경쟁에 불리한 상황이다. 따라서 지방자치단체의 주차장 사업을 대행하는 용역에 대하여 부가세를 과세하겠다는 쟁점단서조항의 규정은 당연히 민간부문과의 경쟁 형평성을 고려한 취지에 정확히 부합한다. 또한, 대행만의 관점으로 보았을 때도 동일하다. 민간업체가 주차장운영을 전문관리업체에 위탁하는 경우 부가가치세가 과세되는 것과 동일하게 정부업무대행단체도 주차장 운영에 있어서 동일하게 과세되어야 형평성이 유지된다 할 것이다 (이와 같은 경우 올바르게 세금계산서를 수수하여 매입세액공제 등이 이루어져야 한다). (4) 결론적으로 조특법 시행령 제106조 제8항은 법문 그대로 해석하여 쟁점 단서 조항에서 과세로 규정하는 사업에 대한 대행 업무도 문구 그대로 부가가치세가 과세되어야 한다. 그리고 청구법인의 관리하에 진행되는 하청 업체와의 거래에 대해 청구법인이 대금을 지급하고 세금계산서를 수수하여 올바른 거래질서가 유지되도록 할 필요가 있다. 이와 같은 취지에서 처분청의 당초 처분은 적법하다.
19. 국가，지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 （2） 부가가치세법 시행령 제3조（용역의 범위） ① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무（役務）와 그 밖의 행위로 한다.
7. 전문， 과학 및 기술서비스업과 사업시설 관리， 사업지원 및 임대 서비스업 제4조（사업의 구분） ① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.
② 용역을 공급하는 경우 제3조 제1항에 따른 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류에도 불구하고 같은 항의 사업에 포함되는 것으로 본다. 제45조（종교, 자선，학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위）법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교，자선, 학술，구호（救護），그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체（종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다）로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업 목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비（實費） 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 제46조（국가，지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위） 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가， 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
3. 부동산임대업， 도매및 소매업， 음식점업•숙박업， 골프장 및 스키장 운영업， 기타 스포츠시설 운영업. 다만， 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. （3） 조세특례제한법 제106조（부가가치세의 면제 등） ① 다음 각 호의 어느 하나에 해 당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 （4） 조세특례제한법 시행령 제106조（부가가치세 면제 등） ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체" 란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.〈개정 2017.2.7.>
21. 지방공기업법에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사
22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법 제49조 에 따라 설립된 지방공사
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것" 이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만， 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령제45조 제1호에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업•음식점업•숙박업•욕탕업 및 예식장업
2. 부가가치세법 시행령 제3조 제2항 에 규정된 사업
4. 골프장•스키장 및 기타 운동시설 운영업
6. 유원지•테마파크운영업
(5) 조세특례제한법 시행규칙 제48조 (부가가치세의 면제 등) ② 영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부 업무대행단체의 면세사업을 말한다. [별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제2항 관련) 단체명 면세사업
22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법 제49조 에 다라 설립된 지방공사
(6) 지방공기업법 제2조（적용 범위） ① 이 법은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업（그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다） 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치 • 경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업（이하 “지방직영기업”이라 한다）과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.
9. 주택（대통령령으로 정하는 공공복리시설을 포함한다）• 토지 또는 공용 • 공공용건축물의 관리 등의 수탁 제49조（설립） ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사（이하 “공사”라 한다）를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장，광역시장, 특별자치시장，도지사 및 특별자치도지사（이하 “시 • 도지사”라 한다）는 행정안전부장관과，시장 • 군수 • 구청장（자치구의 구청장을 말한다）은 관할 특별시장 • 광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.
② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립， 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.
③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민 복리 및 지역 경제에 미치는 효과， 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.
④ 제3항에 따른 타당성 검토는 전문인력 및 조사 • 연구능력 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 전문기관으로서 행정안전부장관이 지정 • 고시하는 기관에 의뢰하여 실시하여야 한다. 제71조（대행사업의 비용 부담） ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며， 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지 방자치단체가 부담한다.
② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다. 제76조（설립 • 운영） ① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단（이하 “공단”이라 한다）을 설립할 수 있다.
② 공단의 설립 • 운영에 관하여는 제49조부터 제52조까지，제53조 제1항, 제56조 제1항 및 제3항，제57조，제58조, 제58조의2，제59조부터 제63조까지，제63조의2부터 제63조의8까지, 제64조，제64조의2, 제64조의4부터 제64조의6까지, 제65조，제65조의2，제66조，제66조의2，제68조, 제69조，제71조, 제71조의2부터 제71조의4까지, 제72조 및 제73조， 제75조의 2부터 제75조의 4까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “공사”는 “공단”으로, “사장”은 “이사장”으로，“사채”는 “공단채”로 본다. （7） 지방공기업법 시행령 저12조（사업범위） ② 법 제2조 제1항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 공공복리시설”이란 수탁대상주택의 기능 발휘와 이용을 위하여 필요한 부대시설과 편익시설로서 다음 각 호의 시설을 말한다.
1. 공원 • 녹지 • 주차장 • 어린이놀이터 • 노인정 • 관리시설 • 사회복지시설과 그 부대시설
2. 문화• 체육• 업무 시설 등 거주자의 생활복리를 위하여 필요한 시설 제63조（대행업무의 비용부담등） ① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.
② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야할 경비의 범위는 다음과 같다.
1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립，사전조사，용역 등에 소요되는 경비
2. 사업의 집행에 소요되는 시설비 • 인건비 및 부대경비
3. 사업의 종료 후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비
4. 사업의 대행에 따른 대행수수료
5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비
③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우， 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며，국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되， 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.
④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체 없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다. （8） 경기도 평택시 평택도시공사 설립 및 운영 조례 저11조（목적）이 조례는 지방공기업법 제49조 에 따라 평택도시공사의 설립과 운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제19조（사업）공사는 다음 각 호에 해당하는 사업을 행한다.
8. 국가 또는 시로부터 대행 받거나 또는 위탁받은 업무
9. 시장이 필요하다고 인정하여 대행한 사업의 추진 및 관리 제20조（사업의 대행 등） ① 공사는 국가, 시 또는 그 밖의 위탁자의 사업을 시장의 승인을 받아 대행할 수 있으며，이 경우에는 위•수탁계약을 체결하여야 한다.
② 공사는 제1항에 따른 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 시장의 승인을 받아 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다. 제25조（대행사업의 비용） ① 법 제71조 제2항에 따라 공사가 시의 사업을 대행하는 경우 시에서 부담하여야 하는 비용은 다음 각 호와 같다.
1. 영 제63조 제2항에 따른 비용
2. 시의 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격 이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한， 평균공급가격과 실제 공급가격과의 차액.
② 제1항 제2호의 비용부담에 관하여 공사는 시와 협의하여야 한다. （9）평택시 주차장 설치 및 관리 조례 제3조（주차요금 및 가산금） ① 주차장법（이하 "법" 이라 한다） 제7조 제1항 및 법 제12 조 제1항에 따라 OO시장（이하 "시장"이라 한다）이 설치하는 노상주차장 및 노외주차장（이하 "공영주차장" 이라 한다）의 주차요금을 별표 1과 같이 하고 시장외의 사람 또는 법인 및 단체가 설치한 노외주차장（이하 "민영주차장" 이라 한다）의 주차요금은 해당 주차장 설치자가 정한다. 다만， 공영주차장은 시장이 지역경제의 활성화 또는 주차장관리에 특별히 필요하다고 인정되는 경우에는 규칙이 정하는 바에 따라 위탁료를 경감할 수 있다.
② 도로교통법 제2조 제22호 에 따른 긴급자동차는 주차요금을 면제한다.
③ 공영주차장 이용자가 정해진 주차요금 납부방법에 의하지아니하고 주차장을 이용한 때에는 시장은 법제9조 제3항에 따라 다음과 같이 가산금을 부과한다.
3. 공영주차장의 주차요금 미납자에 대하여는 미납된 주차요금의 100퍼센트에 해당하는 가산금을 징수한다.
④ 시장은 별표1에도 불구하고 별표4에 해당할 경우 주차요금을 감면할 수 있다. 이 경우 감면을 받고자 하는 사람은 관계기관이 발행한 증명서를 제시해야 하고 둘 이상의 감면사유에 해당하는 때에는 감면율이 높은 하나만 적용한다.
⑦ 시장은 제1항에 따른 주차요금과 제3항에 따른 가산금을 납부하지 아니한 자에 대해서는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수하며， 체납한 차량에 대하여는 이동을 명하거나 견인한 후 견인료를 징수할 수 있다. 저16조（공영주차장의 위탁관리） ① 시장은 공영주차장의 관리를 법 제8조 제2항 및 법 제13조 제2항에 따라 제3자에게 위탁하여 관리하는 경우 그 관리를 위탁받을 수 있는 사람 또는 법인 및 단체（이하 “관리수탁자”라 한다）의 자격은 다음 각 호의 어느 하나와 같다.
3. 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제13조 에 따른 경쟁입찰참가자격을 갖춘 자로서 공영주차장의 수탁관리 능력이 있다고 인정하는 법인 또는 개인
4. 시설현대화사업으로 설치한 주차장의 경우 전통시장 및 상점가 육성을 위한 특별법 제65조 에 따른 상인회 또는 같은 법 제67조에 따른 시장관리자
① 국세청 부가가치세과-1674, 2010.12.16. ［사실관계］ 지방공기업법 제7 6조에 의해 설립된 시설관리공단으로서 지방자치단체의 업무를 위탁받아 공영주차장, 견인업무, 체육시설, 관광시설 등 업무를 대행하며, 이 경우 모든 수입금은 익일 지방자치단체에 귀속시키고 공단의 운영비는 전액 지방자치단체에서 지급받고 있음 ［회 신］ 지방공기업법 제76조 규정에 의하여 설립된 지방공단이 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우 그 사업은 국가 또는 지방자치단체가 공급하는 것에 해당하여 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 및 부가가치세법 시행령 제38조 의 규정이 적용되는 것이며， 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호 및 조세특례제한법 시행규칙 별표10（정부업무대행 단체의 면세사업） 제22호의 규정에 의한 부가가치세 면제는 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 한하는 것임
② 국세청 서면一2017—부가—2416, 2017.12.16. ［사실관계］ 우리 지방공사는 지방자치단체에서 100% 출자하여 지방공기업법 제49조 에 따라 설립된 지방공사로 공영주차장 운영사업에 대하여 위 • 수탁계약을 체결하고 매년 대행사업비를 지급받아 운영중임
• 사업내용은 공영주차장 시설물 관리，사용료 징수（주차장 이용 요금 징수 후 전액 지방자치단체 세입계좌 입금），민원사항 처리 등
• 대행사업비（인건비+운영경비）와 대행수수료를 지방자치단체 특별회계에서 지급함
• 상기 위탁사업에 대하여 2년 단위로 위탁계약을 체결하고 매년 단가 계약을 통하여 대행사업비와 대행수수료를 지급받고 있으며 회계연도 종료와 함께 단가계약 정산을 통해 집행잔액을 지방자치단체로 반납하고 있음
• 공영주차장의 소유주는 지방자치단체이며， 공영주차장에서 발생하는 공영주차장 이용요금 또는 전액 지방자치단체로 세입되고 있으며 공영주차장운영업 명의는 지방자치단체임 ［회 신］ 귀 질의의 경우 기존 해석사례（부가-1674, 2010.12.16.；상담3팀-448, 2005.5.31.)를 참고하시기 바람
③ 서면인터넷방문상담3팀-448, 2005.3.31 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방자치단체로부터 거주자우선주차와 공영주차장사업의 운영 • 관리를 위탁받아 당해 지방공단이 자기의 명의와 계산으로 당해 사업을 영위하면서 그 수입금액을 자기의 수입금액으로 계상하는 경우 당해 거주자우선주차와 공영 주차장사업은 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하지 아니하는 것 이나， 당해 지방공단은 단순히 주차요금의 징수업무를 대행하고 거주자우선주차와 공영주차장사업은 지방자치단체의 명의와 계산으로 하는 경우 당해 거주자우선주차와 공영주차장사업은 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것이며， 이 경우 당해 지방공단이 공급하는 대행용역은 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것입니다.
④ 국세청 사전-2017-법령해석부가-776, 2018.1.25. 지방공기업법제49조와 제80조에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 동굴 운영사업 등을 수탁받아 지방자치단체의 책임과 계산 하에 해당 동굴 이용자들로부터 동굴 관람입장료， 코끼리차 이용료，전시관 입장료，광산 문화체험료，동굴 내 예술의 전당 일시 대관료， 투어버스 이용료 등을 받는 경우（이하 “동굴 운영사업 등”） 해당 동굴 운영사업 등은 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세법 제26조 제1항 제19호 에 따라 부가가치세가 면제되는 것임 다만， 해당 동굴운영사업 등을 지방자치단체의 책임과 계산 하에 수행하는 것인지 여부는 위수탁계약내용，실제 운영현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임
⑤ 국세청 기준-2024-법규부가-86, 2024.6.25.
조세특례제한법제106조 및 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호의 2에 따른 지방공사가 그 고유의 목적사업으로서 조세특례제한법 시행규칙 제48조 및 별표10에 해당하는 국가 또는 지방자치단체의 면세사업을 대행하는 용역을 제공하는 경우, 해당 용역의 제공은 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나， 정부업무대행단체의 사업이 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 단서에 따라 부가가치세가 면제되지 않는 경우， 정부업무대행단체에 해당하는 지방공사가 그 사업을 대행하는 용역은 부가가치세가 면제되지 아니하는 것입니다.
O AAA도시공사（이하 “자문대상법인”）는 ’00.0.0.지방공기업법J 제80조 및「AAA도시공사 설치운영조례에 따라 설립되었으며， -「조세특례제한법j 제106조 제7항 제22호의2를 충족하여 정부 업무를 대행하는 단체에 해당함 O 자문대상법인은 AAA시와 AAA시가 운영하는 공영주차장- BBB·CCC산·DDD호수·EEE굴 등에 대한 운영업무（이하 “쟁점용역”）를 위탁받아，
• 매년 AAA시로부터 편성받은 예산을 수령하여 인건비 등 으로 지출하고 연말에 지출한 금액을 정산한 후 남은 잔액에 대해서는 AAA시로 반납하고 있음 O 자문대상법인은 쟁점용역에 대해 사업시설 유지•관리 서비스업에 해 당하는 부가가치세 면제 대상으로 보고, 부가가치세 신고 의무를 이행하였으며，
• AA세무서는 쟁점용역이 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 제6호 및 제7호에서 정하는 부가가치세가 면제되지 않는 유원지운영업，주차장운영업 및 자동차견인업에 해당한다고 보아,
• 해당 위탁사업비에 대하여 부가가치세 과세대상으로 보아 과세하고자 함 （나）현행 기획재정부의 유권해석 및 국세청 집행기준은 아래와 같이 국가 등의 책임과 계산 하에 이루어지는 정부업무대행사업의 사업비에 대해서는 부가가치세 면제대상으로 해석하고 있는 것으로 보인다. <기획재정부의 유권해석 및 국세청 집행기준>
① 기획재정부 부가가치세제과-671，2024.12.9. 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호 의2에 해당하는 지방공사가 지방자치단체와 부동산 임대업, 기타 운동시설 운영업， 주차장운영업 또는 자동차견인업에 관하여 체결한 위 • 수탁계약에 따라 사업대행용역을 제공하고 그 대가로 받은 사업비는 같은 조 제8항과 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제2항 및 별표10 에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.
② 국세청 조특법 집행기준 106-0-6 정부업무대행단체가 공급하는 재화•용역의 부가가치세 면제 정부업무대행단체인 지방공단 및 조특법 시행령 제106조 제7항 제22의2호에 따른 지방공사가 지방자치단체로부터 거주자 우선주차 와 공영주차장의 운영 및 관리를 위탁받아 단순히 징수 업무를 대행하고 지방자치단체의 명의와 계산으로 업무를 수행하고 받는 대행사업비에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (4) 이상의 사실 관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가세법 제26조 제1항 제19호에서 국가 및 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서 면세대상으로 규정하고 있고, 조특법 제106조 제1항 제6호는 정부 업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으며，같은 법 시행령 제106조 제8항은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을， 같은 법 시행규칙 ［별표10］에서는 정부업무대행 단체가 지방공기업법 71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정 에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다. 처분청은 정부업무대행단체가 쟁점단서조항의 사업 (정부업무)을 대행하는 경우에는 부가가치 세가 면제되지 아니하고, 청구법인은 자기의 계산과 책임으로 쟁점사업에 관한 용역을 제공하였으므로 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, 쟁점사업과 관련한 계약 등에 따르면, 청구법인은 지방공기업법 제49조 에 근거하여 설립된 법인으로서 경기도 평택시와 지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조 등에 따라 지방자치단체의 사업인 쟁점 사업을 대행하기 위하여 이 건 위 • 수탁관리 계약 등을 체결한 것으로 나타나는 점, 정부업무대행단체가 쟁점단서 조항의 사업을 직접 영위하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니 하는 것이나, 지방자치단체와 지방공기업법 제71조 제1항 ，제76조 제2항 및 같은 법 시행령 제63조 등의 규정에 의하여 지방자치단체의 시설（자산） 등에 대한 위탁 계약을 체결하고, 국가 • 지방자치단체의 사업을 대행하는 용역（사업지원서비스업 등）을 제공한 경우에는 쟁점단서 조항의 사업에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 2017.2.7. 조특법 시행령 개정시 정부업무대행단체에 지방공사가 추가된 이유는 지방공사에게 지방공단과 동일한 혜택을 부여하기 위한 것으로 나타나는데, 그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면 （청구법인은 그간 지방공단의 정부업무대행사업비의 경우 부가가치세가 면제되어 왔다고 주장하고 있고, 처분청은 이에 대한 반증을 제시한 바 없다), 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업비를 부가가치세 과세 대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업비를 부가가치세 과세 대상으로 보아 이 건 부가가치세 를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되므로 평택세무서장이 청구법인에게 한 부가가치세의 부과처분은 이를 취소한다.