조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지를 착공 전에 양도된 토지로서 「법인세법」 제55조의2에 따른 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-중-3796 선고일 2024.12.06

착공으로 볼 수 있는 터파기 공사 등이 이루어졌다는 사실을 입증할 만한 현장사진, 계약서, 세부내역서 등을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2011.12.15. 설립되어 부동산개발업 등을 영위해 오고 있는 법인으로, 의료시설(요양병원) 설립을 위해 2014.10.2.부터 2017.10.23.까지 아래 <표1>과 같이 경기도 OOO 답 58㎡ 외 9필지의 임야 등 총 10필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 각각 취득하였고, 2020.1.22. A 주식회사(이하 “A”이라 한다)에게 OOO원에 양도하였다. <표1> 쟁점토지 취득 및 양도 현황 (단위: ㎡) 소재지 종류 면적 취득일자 양도일자 OOO 답 58 2014.10.2. 2020.1.22. OOO 임야 146 2014.10.30. 2020.1.22. OOO 임야 111.5 2015.1.2. 2020.1.22. OOO 답 7,610 2015.1.2. 2020.1.22. OOO 임야 14,083 2015.1.2. 2020.1.22. OOO 임야 1,040 2017.10.23. 2020.1.22. OOO 임야 1,250 2017.4.7. 2020.1.22. OOO 임야 210 2017.10.23. 2020.1.22. OOO 임야 8,717 2017.10.23. 2020.1.22. OOO 임야 8,717 2017.4.7. 2020.1.22.
  • 나. 처분청은 청구법인이 양도한 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 및 같은 법 시행령 제92조의3에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아, 2024.4.5. 청구법인에게 2020사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점토지들을 매입한 이후로 목적사업에 사용하기 위하여 관련 법규에 따라 허가관청과 지속적으로 협의를 통해 개발행위 및 건축 허가를 득하고 착공신고를 한 후에 건설공사를 진행한 사실이 명백함에도 처분청에서는 쟁점토지를 일체 사업에 사용하지 아니한 토지로 보고, 각 토지의 취득일부터 양도일까지의 기간을 기준으로 비사업용 일수를 산정한 다음 양도차익에 대한 법인세를 경정·고지한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 자연녹지 산림지역인 쟁점토지에 청구법인의 목적사업인 요양병원을 신축하여 고령화 시대에 적합한 의료사업을 영위하고자 필요한 부지의 구입 및 인허가 업무 추진에 거액의 사업비를 투입하면서 노력하여 최종 부지조성 및 건축허가를 득하고, 토지매입이 사실상 마무리 된 시점인 2017년 7월경부터 건축허가 및 시공을 위한 준비로 건축부지의 경계를 확정하고 인접 농지에 토사가 흘러내리는 등의 피해를 방지하기 위하여 보강토(콘크리트 블록 쌓기) 공사와 진입도로 포장공사를 실시하였으며, 2018.6.5. 건축허가가 승인됨에 따라 2018.6.11. 화성시청에 착공계를 제출하였고, 이후 쟁점토지의 양도일인 2020.1.22.까지 요양병원 건축부지 조성을 위하여 터파기(경사면 절토, 토사운반, 평탄 및 우수관로 설치 등) 공사를 계속하여 진행하였다. (나) 한편, 화성시에서는 2018.6.26. 쟁점토지를 포함한 A 일원에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조 에 따라 개발행위 제한구역으로 지정 고시를 하였는데, 고시의 주요 내용은 2035년 화성도시기본계획의 수립을 위해 향후 개발행위 제한구역 내의 개발행위허가 기준이 크게 달라질 것을 예상하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제51조 제2항 으로 정하는 토지의 형질변경(경작을 위한 형질변경)을 제외한 건축물의 건축 등 일체의 행위를 제한한다는 것이었다. 청구법인으로서는 개발행위 제한구역 고시일 이전에 허가를 득하여 이미 착공신고를 한 건설공사가 제한되는 것은 아니었으므로 건설공사를 계속 진행하던 중, 향후 화성시 A 일원 약 1,530,000㎡(463,000평)가 공동주택 등의 도시개발구역이 될 것으로 예상한 대형시행사 및 건설사들이 “OOO지구 도시개발사업 추진사업단”을 구성하여 고시지구 내 지주들과 청구법인 등을 상대로 간담회를 개최하고 토지 매각을 권유하는 상황이 전개됨에 따라, 청구법인으로서도 고시지구 중심에 위치한 쟁점토지의 자연 녹지 등 주변의 환경 요건이 미래에는 주거지와 상가 등으로 크게 달라질 것으로 예상하여 당초의 목적사업인 요양병원 운영에 대한 사업 전망을 재검토하게 되었으며, 결국 청구법인은 사업부지의 건축 토목공사를 진행하던 중 2020.1.22. 쟁점토지와 개발행위 허가권 일체를 A에게 양도하기에 이르렀던 것이다. (다) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 허가관청으로부터 개발행위와 건축허가를 득하였고, 2018.6.11.자로 착공신고서를 제출한 후 건설공사를 시행하였으므로, 이 경우의 비사업용 토지의 기간 기준을 적용함에 있어서는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에 따라 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지의 경우에는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 법인세법 제55조의2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하는 것임에도, 이와 달리 처분청에서 착공사실 자체를 인정하지 아니하고 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 판단한 것은 부당하다. 법인세법 제55조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제92조의3의 규정에 따라 착공신고서 제출일(신고필증 교부일)을 기준으로 쟁점토지들에 대하여 비사업용토지 해당 여부를 판단해 본 내역은 아래 <표2>와 같으며, 모든 토지들이 비사업용토지에 해당하지 않는다. <표2> 착공신고필증 교부일 기준 비사업용 토지 해당여부 검토 (단위: ㎡) 지번 지목 면적 취득일자 착공일자 고시일자 보유기간 기준 검토 내역 판정 OOO 답 58.0 ’14.10.2. ’18.6.14. ’18.6.26. 5년 이상, 전체보유기간 중 40%(775일) 미달 비해당 OOO 임야 146.0 ’14.10.30. ’18.6.14. ’18.6.26. 5년 이상, 전체보유기간 중 40%(764일) 미달 비해당 OOO 임야 111.5 ’15.1.2. ’18.6.14. ’18.6.26. 5년 이상, 전체보유기간 중 40%(738일) 미달 비해당 OOO 답 7,610.0 ’15.1.2. ’18.6.14. ’18.6.26. 5년 이상, 전체보유기간 중 40%(738일) 미달 비해당 OOO 임야 14,083.0 ’15.1.2. ’18.6.14. ’18.6.26. 5년 이상, 전체보유기간 중 40%(738일) 미달 비해당 OOO 임야 1,040.0 ’17.10.23. ’18.6.14. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(328일) 미달 비해당 OOO 임야 1,250.0 ’17.4.7. ’18.6.14. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(408일) 미달 비해당 OOO 임야 210.0 ’17.10.23. ’18.6.14. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(328일) 미달 비해당 OOO 임야 3,785.0 ’17.10.23. ’18.6.14. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(328일) 미달 비해당 OOO 임야 4,932.0 ’17.10.23. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(328일) 미달 비해당 OOO 임야 1,072.0 ’17.4.7. ’18.6.14. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%(408일) 미달 비해당 OOO 임야 7,645.0 ’17.4.7. ’18.6.26. 3년 미만, 3년 중 2년(445일) 미달 비해당

(2) 설령, 청구법인이 실제로 건축 허가를 득하고 공사에 착공한 날을 대금 지급 증빙 등에 의하여 객관적으로 확인되는 2019.7.1.로 보더라도 모든 토지를 비사업용으로 판정한 것은 부당하다. (가) 청구법인은 쟁점토지를 순차적으로 매입하면서 개발행위에 필요한 각종 인허가를 득하고 지속적인 노력으로 여러 해 동안 어렵게 자금을 조달하여 투입하면서 각종 개발행위에 필요한 인허가와 공사를 시행하였고, 어렵게 요양병원의 건축허가를 득하여 건설공사에 착수한 이후에 예상치 못한 개발행위제한구역 고시라는 상황 변경에 처하게 되면서 장래에 불투명해진 사업전망을 고려하지 않을 수 없었고, 토지의 수용 등에 따른 추가적인 손실을 방지하지 않으면 안 될 절박한 상태에서 쟁점토지를 건축허가권과 함께 양도할 수밖에 없었다. (나) 처분청에서는 이러한 제반 사실관계와 건축허가 및 공사착공 등의 사실관계를 전혀 인정하지 아니하여 마치 청구법인이 쟁점토지를 매입하여 일체의 개발행위를 하지도 아니하고, 방치했다가 지가 상승에 따른 이익만을 향유 할 목적으로 양도한 사례보다 더 가혹하게 취급하여, 쟁점토지 전체를 비사업용토지로 판단한 것은 비사업용토지에 대하여 법인세를 추가납부하도록 규정한 법인세법 제55조의2 의 본래의 입법취지에도 부합하지 않는다. (다) 비록, 청구법인이 착공신고를 한 후에 자금 사정상 자체의 인력과 장비로 조금씩 공사를 시행하다 보니 그 당시에 실제로 건설공사를 착공하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하는 안타까운 상황에서, 처분청의 의견과 같이 객관적인 자료에 의하여 착공한 사실이 반드시 입증되어야만 한다면 이 건의 착공일은 실제로 건축을 위한 토목공사를 실시하고 그 대금을 지급한 사실이 금융증빙 등에 의하여 확인되는 2019.7.1.로 인정함이 타당한바, 이 경우 비사업용 토지 해당여부를 검토한 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 착공일자 2019.7.1. 기준 비사업용 토지 해당여부 검토 (단위: ㎡) 지번 지목 면적 취득일자 착공일자 고시일자 보유기간 기준 검토 내역 판정 OOO 답 58.0 ’14.10.2. ’19.7.1. ’18.6.26. 5년 이상 전체보유기간 중 40% 등 모두 초과 해당 OOO 임야 146.0 ’14.10.30. ’19.7.1. ’18.6.26. 5년 이상 전체보유기간 중 40% 등 모두 초과 해당 OOO 임야 111.5 ’15.1.2. ’19.7.1. ’18.6.26. 5년 이상 전체보유기간 중 40% 등 모두 초과 해당 OOO 답 7,610.0 ’15.1.2. ’19.7.1. ’18.6.26. 5년 이상 전체보유기간 중 40% 등 모두 초과 해당 OOO 임야 14,083.0 ’15.1.2. ’19.7.1. ’18.6.26. 5년 이상 전체보유기간 중 40% 등 모두 초과 해당 OOO 임야 1,040.0 ’17.10.23. ’19.7.1. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 1,250.0 ’17.4.7. ’19.7.1. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 210.0 ’17.10.23. ’19.7.1. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 3,785.0 ’17.10.23. ’19.7.1. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 4,932.0 ’17.10.23. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 1,072.0 ’17.4.7. ’19.7.1. ’18.6.26. 3년 미만, 전체보유기간 중 40%등 모두 미달 비해당 OOO 임야 7,645.0 ’17.4.7. ’18.6.26. 3년 미만, 3년 중 2년 미달 비해당

(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청에서 근거로 제시하는 대법원 판례로 이 건을 판단하기에는 추가적인 사실관계 등을 고려하여야 하며, 청구법인은 토목공사를 담당하였던 B에게 견적서상 총금액인 약 OOO원 중 75%에 해당하는 약 OOO원을 실제 지급하여 토목공사를 위한 대부분의 의무를 성실히 이행하였고, 전체적인 공사 과정 중 B과 다툼이 발생하여 공사가 중단된 것일 뿐 이러한 일련의 과정들을 청구법인의 귀책사유로 볼 수 없다. (나) 청구법인은 착공을 위한 의무는 다하였으나, 진행과 중단을 반복한 이상 해당 토목공사는 착공일이 불분명한 경우로 볼 수 있고, 이러한 경우, 특별한 사정이 없는 한 법문을 문리해석하여 보면 조문상 “착공신고서 제출일”을 기준으로 비사업용 토지 여부를 판단하여야 한다. 즉, 처분청에서는 대금지급 여부와 공사의 실행 과정이나 매각하게 된 사유 등의 청구법인의 사실관계를 종합적으로 고려하는 것이 아닌 단순히 굴착기나 터파기 공사의 흔적만을 언급하여 청구법인의 전체적인 사업과정에 대한 실질은 무시하고, 시세차익을 위한 목적으로 쟁점토지를 보유한 것으로 간주하는 것은 청구법인으로서 억울한 처사가 아닐 수 없다. 나. 처분청 의견

(1) 법인세법 제55조의2 는 내국법인이 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산 증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하고자 하는 목적으로 입법되었다. 다만, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에서 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지의 경우에는 예외적으로 토지를 생산적 용도로 사용하고 재산증식 수단으로 이용하지 않은 것으로 법인에 대해 중과를 하지 않는다. (가) “착공”이란, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 “착공”하였다고 인정하기 위해서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고, 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 “착공”하였다고 볼 수 있는 것인바(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결 참조), 건물의 신축 공사에 착수하였다고 보려면 특별한 사정이 없는 한 신축하려는 건물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사를 개시하여야 하므로, 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 식재, 신축 건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물 신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사 착수가 있었다고 할 수 없다(대법원 1994. 12. 2. 선고 94누7058 판결 등 참조). (나) 그리고 부지정리 공사만 하고 나서 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우나 건축물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 경계복원측량이나 지반조사, 건물신축도급계약이나 기술지도계약의 체결, 기존 건물을 철거하거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 구 건축법 제14조 제3항 에 따른 공사에 착수하였다고 인정하기에 부족하고, 건축공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물의 신축을 위한 굴착공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착수하였다고 볼 것이다(대법원 2015.2.12. 선고 2013두10533 판결 등 참조). 여기서 굴착공사 내지 터파기는 최소한 당해 건물의 건축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 축조할 건축물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 것을 의미한다. (다) 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).

(2) 쟁점토지는 과거 OOO종중이 사용하던 종중의 분묘 등이 있던 임야 및 답으로 전경사진(사진①, 사진②)과 위성사진(사진③), 3D사진(사진④)에서 전반적인 쟁점토지의 형태를 확인할 수 있다. (가) 실제 쟁점토지는 상당히 가파른 경사가 있는 임야가 대부분이었으며, 청구법인은 쟁점토지를 개발하기 위해서는 계단식으로 공사를 진행 할 수밖에 없었던 것으로 보인다. 위성사진(사진③)에서 답으로 보이는 곳들은 평탄하게 개발된 곳이고, 구거(파란색)로 보이는 곳은 가파른 경사가 있는 비탈면인 것으로 확인하였다. 즉, 청구법인은 비탈진 임야가 대부분이었던 쟁점토지를 토목공사를 통해 일부 평지를 만드는 평탄화 작업을 하였다. 2017년 7월 청구법인은 보강토공사를 진행하였는데, 이는 청구법인 토지의 지대가 높아 평탄화 작업을 통해 비탈진 토지에서 지대가 낮은 타인 소유 논밭에 청구법인의 토사가 흘러내리는 것을 방지하기 위한 것으로 부지조성공사에 해당하는 것이다. 또한, 진입도로 포장공사의 경우에도 과거 사진(사진④)에서 보듯이 법인세법 시행규칙 제46조의2 에 해당하는 쟁점토지의 진입도로로 보이며 이는 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로에는 해당하지 않는 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점토지에 2018.6.5. 건축허가가 승인됨에 따라 2018.6.11. 화성시청에 착공계를 제출하고, 2018.6.26. 개발행위 제한구역으로 지정된 후, 2019.4.10. 쟁점토지의 EGI펜스 설치공사와 관련하여 과거사진(사진⑤)과 같이 실제로 펜스 설치공사를 한 것으로 확인된다. 그러나 대법원에서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 “착공”하였다고 하였다. 과거사진(사진⑤-1, ⑤-2)에서 확인되는 것을 보면 경사로가 낮은 인근 주민과의 민원 발생 방지를 위해 쟁점토지의 시작지점부터 끝나는 지점까지를 EGI펜스로 가려놓은 것으로 판단되며, 요양병원 신축을 위한 굴착공사의 사전단계로는 판단되지 않는다. (다) 또한, 청구법인은 요양병원 신축을 위해 건설부지 터파기공사를 ㈜B을 시공사로 하여 절토공사, 평탄공사, 우수관로공사를 진행하였다고 하나, 쟁점토지는 본래부터 경사진 임야였던 곳으로 토지 사용을 위해서는 절토, 평탄, 우수관로공사를 하여야 하는 것이며 이는 본래 토지와 관련된 공사인 것으로 확인할 수 있다. 쟁점토지는 현재까지도 나대지 상태로 방치되어 있는바, 과거사진(사진③-1, 사진④) 및 청구법인이 제출한 토지이용계획도를 확인한바, A동 건물과 B동 건물은 쟁점토지 중 A 산90, A 516 및 516-4에서 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사 흔적을 확인할 수 있어야 하지만, 실제 현장상황은 현장사진(사진②-1 및 사진⑦)에서 보는 바와 같이 그 어떠한 곳에서도 의료시설(요양병원) 건물의 건축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 축조할 건축물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 굴착공사 내지 터파기공사의 공사흔적을 찾을 수 없었다.

(3) 청구법인은 객관적 대금증빙을 확인할 수 있는 2019.7.1.이 착공일이 될 수 있음을 주장하고 있으나, 앞서 이야기 한 바와 같이 ㈜B의 절토, 평탄, 우수관로 공사의 경우에는 단순히 토지 사용을 위한 공사인 것이고 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 최소한 정도로 부지를 파내는 굴착공사 내지 터파기공사가 아닌 것으로 확인된다. (가) 법인세법 상 토지등 양도소득에 대한 과세특례는 내국법인이 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산 증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하고 부동산시장을 안정화 할 목적으로 입법된 조항으로 극히 예외적인 “착공”의 경우에는 적용하지 않는 것이다. 이 건 과세는 청구법인이 얻은 양도차익[대부분 임야였던 토지를 2014년 OOO원(취득가액과 부대비용을 포함)에 취득하여 절토 및 평탄화 공사를 통해 2020년 OOO원에 양도를 하였고, 그 양도차익으로 OOO원의 수익을 얻음]이 쟁점토지의 형질변경 및 지목변경에 따른 토지의 가치 상승으로 발생한 것으로 확인되며, 청구법인이 토지를 생산적 용도로 사용[의료시설(요양병원)신축]하기 위함을 확인할 수 있는 실질적인 “착공”의 행위는 없었던 것으로 확인한 것이다. (나) 청구법인은 애초부터 요양병원 신축부지 터파기공사[㈜B)]를 토목공사로 보아 장부상 토지의 원가로 계상하였고, 회사에서 건설중인자산으로 계상하지 않았던 것은 ㈜B의 용역제공이 절토공사, 평탄공사, 우수관로공사라는 쟁점토지의 부지조성공사로 보았기 때문일 것이다. 또한, 공사대금을 지급하였음에도 분쟁 때문에 세금계산서를 수취하지 않은 이유 중 하나에는 「부가가치세법상 매입세액을 공제 대상이 아니었던 이유도 있었을 것으로 판단된다. 따라서 2020년 청구법인의 회계상 장부를 봐도 건축을 위한 실질적인 공사의 실행인 “착공”은 없었다.

(4) 청구인이 제출한 항변에 대한 처분청의 추가 답변은 다음과 같다. (가) 이 건 과세시 임야였던 쟁점토지에 대해 토목공사를 한 사실을 고려하여 보강토공사, 진입도로 공사 등 공사를 한 사실과 그 대금을 지급한 사실에 대한 공사대금은 토지등 양도소득금액을 계산한 취득가액 및 필요경비에 산입되어 있고, 청구법인은 착공일이 불분명한 것이 아니라, 착공을 하지 않은 쟁점토지에 대해 착공을 하였음을 주장을 하고 있다. 착공일이 불분명하다는 것은 착공을 하였으나 그 날짜가 불분명한 것을 말하며, 청구법인이 착공으로 인정받기 위해서는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 설질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하여야 한다. 따라서, 처분청에서 이미 제시한 과거사진 및 현장사진만 확인을 하더라도 관련규정 및 구체적 해석사례 등에 따라 쟁점토지에는 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수한 착공 사실이 확인되지 않는다. (나) 법인이 토지를 취득하고 양도를 하는 것은 개인이 토지를 취득하고 양도하는 것에 비하여 유리한 것이 사실이며, 특히 법인세법 제55조의2 는 내국법인이 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하고자 하는 목적으로 입법되었기 때문에 엄격하게 해석하여야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지를 착공 전에 양도된 토지로서 법인세법 제55조의2 에 따른 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세 법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

  • 가. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 산림보호법 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것
  • 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
  • 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 (2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것) 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 의한다. (3) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 일부개정된 것) 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점토지의 양도소득 및 산출세액의 내역은 아래와 같다. <표4> 양도소득 및 산출세액 내역 (나) 청구법인이 제출한 쟁점토지에 대한 개발행위 신청 및 공사 진행상황은 아래 <표5>와 같다. <표5> 개발행위 허가 및 건축허가 신청 및 공사 진행사항 (다) 청구법인은 터파기 등 토목공사는 ㈜B을 시공사로 선정하여 공사를 진행하였고, 공사 진척에 따라 아래 <표6>과 같이 공사대금으로 총 OOO원을 지급하였으나, 양도일까지 공사 진행에 따른 공사대금 추가 지급 등의 문제로 당사자 간 분쟁이 발생하여 세금계산서를 수취하지 못하였다고 주장하며, 관련자료를 제출하였다. <표6> 착공관련 ㈜B과의 거래내역

(2) 처분청이 이 건 쟁점관련으로 제출한 사진자료는 다음과 같다. (가) 답으로 보이는 곳들은 평탄화 작업을 진행한 것으로 보이고, 구거(파란색)로 보이는 곳은 가파른 경사가 있는 비탈면으로 확인된다는 의견이다. (나) 펜스공사를 한 사실은 확인되나, 이 또한 실질적인 공사의 실행으로 볼 수 있는 행위에는 해당하지 않는다는 의견이다. (다) 쟁점토지의 현장 사진을 확인하면 현재까지도 나대지 상태로 터파기 공사 등의 흔적을 확인할 수 없다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 터파기 공사나 규준틀 설치 등과 같이 건축물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우를 착공으로 볼 수 있다 할 것이며, 가설시설물(현장사무소, 울타리, 표지판 등)의 설치, 사업부지 정리 등과 같은 준비 작업은 여기에 포함되지 않는다 할 것인바(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결 참조), 청구법인은 쟁점토지를 매입하여 목적사업에 사용하기 위해 관련 법규에 따라 허가관청과 지속적으로 협의를 진행하여 개발행위 및 건축 허가를 득하였고, 착공신고를 한 후에 건설공사를 진행한 사실이 명백하므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 처분청이 제출한 현장사진 등에 따르면 쟁점토지는 나대지 상태로, 청구법인의 목적사업인 요양병원 신축 등을 위한 터파기나 축조 등의 공사 흔적이 나타나지 않아, 청구법인이 실시하였다고 주장하는 경사면 절토, 토사운반, 평탄 및 우수관로 설치 등의 공사만으로는 쟁점토지에 건물신축(요양병원)을 위한 실질적인 공사행위인 착공 등이 진행되었다고 보기는 어려운 점, 청구법인 또한 쟁점토지와 관련하여 진행한 공사 경비를 장부상 토지의 원가로 계상하여 건물신축과 관련된 공사가 아닌 부지조성 공사에 관한 경비로 처리하였고, 착공으로 볼 수 있는 터파기 공사 등이 이루어졌다는 사실을 입증할 만한 현장사진, 계약서, 세부내역서 등을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)