고용증대세액공제액 계산 시 2019.12.31. 개정된 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항의 전체 상시근로자 수의 한도규정을 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 2005.2.1. 경기도 화성시 OOO에서 설립되어 시스템 반도체 테스트 등을 주된 사업으로 영위하고 있는 중소기업(코스닥 상장)으로 2018 ~ 2022사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) 등의 세액공제를 과소하게 적용한 것으로 보아 2024.1.11. 2018 ~ 2022사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과 경정청구세액 중 일부인 OOO원은 환급대상에 해당하나, 2019.12.31. 개정된 구 조특법 제29조의7 제1항(이하 “쟁점법령”이라 한다)에 따라 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 고용증대세액공제액을 산정하여야 한다고 보아 이를 초과하는 OOO원은 환급대상에서 제외하는 것으로 하여 경정청구 검토자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.3.29. 청구법인에게 경정청구 일부 거부처분을 하였다. <표1> 고용증대세액공제 관련 경정청구 내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 기획재정부 예규(조세특례제도과-199, 2024.3.8.)를 근거로 2018 ~ 2019사업연도 고용증대세액공제액 산정 시 전체 상시근로자의 증가한 인원 수 한도 규정을 적용하였으나, 2019.12.31. 개정된 쟁점법령에 따라 증가한 상시근로자 인원 수 한도 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하여야 하고, 이를 2018 ~ 2019사업연도에 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되는 것이다.
• 나. 처분청 의견 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 규정은 세액공제금액을 명확히 하기 위한 것으로 종전의 내용을 변경한다는 의미가 아니라 그 내용을 보다 명확하고 확실하게 해석 될 수 있도록 개정한 것이라고 보아야 한다. 이에 따라 기획재정부에서도 유권해석(조세특례제도과-199, 2024.3.8.: 조세특례제도과-322, 2022.5.4.)도 2018 ~ 2019년 고용증대세액공제 산정 시 한도규정을 적용하는 것으로 하여 쟁점법령에 대한 해석을 명확히 정비한 것이므로 이는 소급과세금지원칙에 위배되지 않는다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제29조의7에 따라 2018·2019사업연도 고용증대세액공제액 산정 시 개정(2019.12.31.)된 법령에 따라 증가한 상시근로자 수를 한도로 공제액을 산정하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제 받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정되기 전의 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견 기 업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금 액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30285호로 일부개정된 것) 제26조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ⑤ 법 제29조의7 제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 제1호의 금액(해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)에서 제2호의 금액을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 본다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 과세연도(2개 과세연도 이상 연속으로 공제받은 경우에는 공제받은 마지막 과세연도로 하며, 이하 이 조에서 "공제받은 과세연도"라 한다) 대비 해당 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액

2. 공제받은 과세연도 대비 직전 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액(공제받은 과세연도가 직전 과세연도인 경우에는 영으로 본다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점규정과 관련한 2020 개정세법 해설(2020년 3월 국세청 발간)의 주요내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 개정된 쟁점규정과 관련한 2020 개정세법 해설의 내용

• 가. 개정취지

• 고용증대세제의 합리적 운용

• 나. 개정내용 종 전 개 정

□ 고용증대세제 - (공제액) 전년보다 고용증가시 1인당 연간 일정금액 공제 (단위: 만원) 구 분 중소기업 중견 기업 대기업 수도권 지방 청년 상시 1,100 1,200 800 400 청년 외 상시 700 770 450 - 15세 이상 29세 이하인 사람

□ 세액공제 금액 명확화 및 사후관리 기준 변경 - 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 함을 명시 (이하 생략) 다. 적용시기 및 적용례

○ (사후관리) 2020.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용 (추징세액) 2020.2.11. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용 (나) 처분청이 제출한 쟁점규정관련 기획재정부 유권해석은 아래 <표3>과 같다. <표3> 기획재정부 조세특례제도과-199(2024.3.8.) 유권해석 [질의] 조세특례제한법제29조의7(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제1항에 따른 ‘증가한 상시근로자의 인원수 한도’규정이 2020.1.1.전 개시하는 과세연도에도 적용되는지 여부 (1안) 한도규정 적용 (2안) 한도규정 적용되지 않음 [회신] 귀 질의의 경우 1안이 타당함

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청년 등 상시근로자의 고용증대세액공제 계산에 있어 청년 등 상시근로자의 증감 인원 수와 청년 등 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산하여야 한다는 의견이나, 2018·2019사업연도 당시 조세특례제한법 제29조의7 제1항 은 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 내용을 규정하고 있지 아니하고, 개정된 법률 부칙 제1조(시행일)는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였으며, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정된 법률은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018·2019사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018·2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (조심 2023부443, 2023.5.17., 조심 2023부6839, 2023.7.21., 같은 뜻임). 다만, 개정된 법률 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분에 대하여는 개정된 법률이 적용되는 것이고, 2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 별지 제10호의8 서식 “고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서”의 작성방법에서도 2차년도 및 3차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로, 이 건 처분 중 처분청이 개정된 법률에 따라 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2020·2021사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024중4737, 2024.11.21. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 와 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.