청구인은 3주택을 보유하던 중 종전주택을 양도하였고, 남은 2주택이 된 상황에서 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택의 보유기간 기산일은 쟁점규정에 따라 종전주택 양도일이고 2년의 보유기간을 충족하지 아니하였다 할 것이어서 이 건 처분은 잘못이 없음
청구인은 3주택을 보유하던 중 종전주택을 양도하였고, 남은 2주택이 된 상황에서 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택의 보유기간 기산일은 쟁점규정에 따라 종전주택 양도일이고 2년의 보유기간을 충족하지 아니하였다 할 것이어서 이 건 처분은 잘못이 없음
(1) 쟁점주택의 보유기간 계산 시 취득일은 소득세법 시행령(이하 “소득령”이라 한다) 제154조 제5항에 따라 종전주택의 양도일(2021.5.28.)이 아닌 당초 취득일(2018.9.27.)로 보아야 한다. (가) 소득령 제154조 제5항의 단서조항의 의미는 ‘2주택 이상’을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 ‘처분 후 1주택을 보유하게 된 날’부터 보유기간을 기산하지만, ‘일시적 2주택’을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우의 보유기간은 ‘당초 취득일’로 보아야 하는 것이지, 처분 후 ‘1주택을 보유하게 된날’부터 보유기간을 기산하는 것은 아니다. (나) 기획재정부 재산세과-895(2022.8.5.)의 예규에 따르면, ‘특례주택과 일반주택(거주주택)을 보유하다 특례주택을 먼저 양도 시 일반주택의 비과세 보유기간 기산일은 사례별 해석례에 따르며, 조세특례제한법에 따라 비과세 판정 시 거주자의 소유주택으로 보지 않는 주택은 보유기간 재기산 규정에서 다주택 판정 시에도 거주자의 소유주택으로 보지 않음’이라고 해석하고 있다. (다) 기획재정부 재산세과-678(2023.5.10.)의 예규에는 ‘거주(종전)주택, 장기임대주택, 신규주택을 순차적으로 취득하고, 2021년 1월 이후 신규주택을 과세로 양도한 경우(일시적 2주택 허용기간 내), 거주(종전)주택의 보유기간 기산일은 거주·종전주택 취득일임’이라고 해석하고 있다. (라) 위의 기획재정부 해석사례는 장기임대주택 등의 특례주택을 양도한 후 남은 주택의 취득일은 거주·종전주택 취득일로 해석하고 있고, 더 나아가 특례주택이 아닌 신규주택을 양도한 경우에도 비과세 취득일을 종전주택의 취득일로 해석하고 있는바, 이 건 종전주택(특례주택)을 양도하였다고 하여 거주주택의 취득일을 새롭게 재기산을 하게 되면, 역차별이 발생하여 평등원칙에 반하게 되는 문제가 발생하게 된다. (마) 청구인이 소유한 종전주택은 특례주택인 임대주택에 해당하고, 쟁점주택과 대체주택은 소득령 제155조에 따른 일시적 2주택에 해당하므로 쟁점주택의 비과세 보유기간 기산 시 취득일은 소득령 제154조 제5항에 따라 당초 취득일(2018.8.27.)로 보아야 한다.
(2) 청구인은 과세관청의 공적견해표명을 신뢰하였고, 과세관청의 견해표시가 정당하다고 신뢰한 데에 대한 청구인의 귀책사유가 존재하지 아니하므로, 청구인의 정당한 신뢰는 보호되어야 한다. (가) 과세관청은 청구인과 같은 사례인 경우, 지속적으로 1세대1주택 비과세에 해당한다고 하였다[기획재정부 재산세제과-194(2020.2.18.), 서면-2021-부동산-824(2021.3.24.), 사전-2012-법령해석재산- 404(2021.4.12.), 사전-2021-법령해석재산-297(2021.6.30. 외 다수 같은 뜻임). (나) 청구인은 1세대1주택 비과세 적용을 받기 위하여 쟁점주택의 매매계약을 2021.10.6. 체결하였는데, 양도대금을 지급하기 전인 2021.11.2. 기획재정부 재산세제과-953의 예규가 발표되었고, 2021.11.2. 이후 양도분부터 위의 내용에 대하여 비과세를 적용하지 아니한다고 하였다. (다) 청구인은 위의 예규가 생성되기 전인 2021년 7월경 쟁점주택을 양도하기 위하여 공인중개사에게 매물을 의뢰하였고, 2021.10.6. 쟁점주택의 매매계약을 체결하였다. 청구인으로서는 해당 예규가 생성되었다는 것을 실시간으로 알 수 없었고, 설령 알았다고 하더라도 해당 예규가 생성된 2021.11.2. 이미 계약이 체결된 후였기 때문에 거액의 위약금 배상 등의 문제가 발생하여 계약을 철회할 수도 없었다.
(1) 2019.2.12. 개정된 소득령 제154조 제5항에서 제1항에 따른 1세대1주택의 보유기간의 계산은 소득세법 제95조 제4항 에 따르되, 단서에서 2주택 이상 (제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우, 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다) 을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우, 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하면서 부칙에서 그 시행시기를 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다. 청구인은 2021.5.28. 청구인이 소유하고 있었던 3주택 중 1주택(종전주택)을 처분하고 일시적 2주택(대체주택, 쟁점주택)이 된 상황에서 2022.1.3. 쟁점주택을 처분하였으므로 종전주택을 처분하여 1주택을 보유하게 된 날인 2021.5.28.부터 보유기간을 계산하여야 하고, 이 날부터 2년을 경과하지 아니한 상태에서 쟁점주택을 양도하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 보유기간 요건(2년 이상)을 충족하지 아니하였다.
(2) 청구인은 종전주택이 특례주택에 해당한다고 주장하나, 청구인은 2018.7.23. 장기일반민간임대주택등록OOO 후 2021.6.4. 폐업하였고, 2018.7.20. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(부동산업/임대업)을 하였다가 2021.6.4. 폐업한 것으로 확인되는바, 5년 이상 임대하여야 하는 장기임대주택 요건을 갖추지 못하여 특례주택에도 해당되지 아니한다.
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조(1세대1주택의 특례) 제155조(1세대1주택의 특례) ①국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.
⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택[같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다] 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다.
㉓ 제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제1항 제11호 에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)
2. 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우
(3) 부 칙(대통령령 제32654호, 2022.5.31.) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(주택 보유기간 계산에 관한 적용례 등) ① 제154조 제5항의 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다.
② 2022년 5월 10일 전에 주택을 양도한 경우의 보유기간 계산에 관 하여는 제154조 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따른 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인이 소유한 주택들의 취득·양도내역은 <표1>과 같다. <표1> 청구인이 소유한 주택들의 취득·양도내역 (나) 종전주택은 2018.7.23. 화성시청에 장기일반민간임대주택OOO으로 등록하였다가 2021.6.4. 폐업하였고, 2018.7.20. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(부동산업/임대업)을 하였다가, 2021.6.4. 폐업한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 2022.3.30. 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 2022.10.10. 쟁점주택이 1세대1주택 비과세에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였다(<표2> 참조). <표2> 쟁점주택의 양도소득세 신고 및 경정청구 접수내역 (단위: 천원, %) (라) 2019.2.12. 개정된 소득령 제154조 제5항에서는 단서 규정을 신설하면서 1세대1주택 양도소득세 비과세 보유기간 요건을 강화하였는데, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하였고, 시행 시기는 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다. 한편, 2022.5.31. 개정된 소득령 제154조 제5항에서는 위의 단서 규정은 삭제되었고, 2022.5.10.부터 적용하도록 하면서 2022.5.10.전에 양도한 주택의 보유기간 계산은 종전의 규정을 따른다고 하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점주택의 보유기간 기산일이 당초 취득일인 2018.9.27.이 므로 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 2021.2.17. 개정된 소득령 제154조 제5항에 따르면, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 이외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 하였고, 부칙에서 그 시행일을 2021.1.1.이후 양도하는 분부터 적용하도록 한 점, 소득령 제154조 제5항의 단서 조항에서는 ‘일시적으로 2주택에 해당하는 경우, 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다’고 규정하였는데, 종전주택, 쟁점주택, 신규주택을 취득하여 3주택을 보유한 청구인은 위 단서 조항과 같이 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우에 해당하지 아니하는 점, 종전주택은 2018.7.23. 화성시청에 장기일반민간임대주택으로 등록한 후 2021.6.4. 폐업하였고, 2018.7.20. 세무서에 일반주택으로 임대사업자등록을 하였다가 2021.6.4. 폐업한 것으로 나타나, 쟁점주택 양도 당시 종전주택은 특례주택으로서의 요건을 충족하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인은 3주택(종전주택, 쟁점주택, 대체주택)을 보유하던 중 종전주택을 양도하였고, 남은 2주택이 된 상황에서 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택의 보유기간 기산일은 위의 법령에 따라 종전주택의 양도일인 2021.5.28.이고, 2년의 보유기간을 충족하지 아니하였다 할 것이어서, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.