청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2022.11.1. 설립되어 응용 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위하는 법인으로, 청구인은 쟁점법인의 발행주식 10,000주(지분율 100%)를 보유하고 있다.
• 나. 쟁점법인은 2022년 제1기부터 2023년 제1기까지의 법인세 및 부가가치세 등 총합계 OOO원(7건)을 납부하지 아니하였고, 이에 따라 처분청은 2023.10.10.과 2023.10.11. 쟁점법인이 납부하지 아니한 법인세 및 부가가치세 등에 대하여 청구인을 <표1>과 같이 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지하였다. <표1> 처분청의 제2차 납세의무자 지정 및 고지내역(지분율 100%) (단위: 원)
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.8. 이의신청을 거쳐 2024.6.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인과 b, c, d, e(이하 “쟁점공동사업자들”이라 한다)은 주식회사 f(이하 “기존법인”이라 한다)의 중단된 사업 활성화를 위해 유상증자를 하고자 투자금을 입금하였으나, 기존법인의 불확실성 등으로 사업을 계속 진행할 수 없다는 판단하에 투자금을 반환받아 청구인과 쟁점공동사업자들이 각 20%의 지분으로 하는 공동투자계약서를 작성하여 쟁점법인을 설립하기로 하였다. 그러나 투자금의 반환, 신설법인의 설립, 설립자금의 납입 등의 문제로 인하여 청구인과 쟁점공동사업자들의 기존법인 투자금을 청구인 명의계좌로 반환받아 쟁점법인을 설립한 후에 계약서에 근거하여 각 지분을 분할하기로 하였다. (가) 쟁점법인은 2022.11.1. 경기도 OO시 소재 사무실에서 자본금 OOO원으로 설립되었고, 주식회사 g(이하 “g”이라 한다)이 2022.11.11. 선입금한 증자 대금과 기존법인의 반환금으로 2023.2.19. 유상증자를 실시하였다. 이후 쟁점법인은 2022사업연도 법인세 신고 시 청구인과 쟁점공동사업자들을 쟁점법인의 주주로 신고하였어야 하나, 담당자의 실수로 청구인을 단독 주주로 신고하였고, 이를 바로잡고자 쟁점법인의 공동투자계약서에 근거하여 2023.1.2. 주식매매계약의 형식으로 주주를 변동시켰다. (나) 쟁점법인은 서버 구축·운용·임대 등을 목적으로 기존에 운영되던 사업장을 인수하여 운영하고자 설립한 것으로, 사업 초에 많은 자금이 필요하였고, 투자자금 조달을 위해 2023년 상반기까지는 적극적인 영업활동을 하였으나, 내부 상황 등이 복잡하여 지속적인 영업 진행이 어려워 체납이 발생하였다. (다) 쟁점법인의 업종은 서버 구축 및 임대 등으로 많은 자금을 필요로 하는데, 자본력이 미미한 청구인이 단독으로 사업을 진행할 수 없고, 쟁점법인의 설립 과정에서 주주 등 합의, 설립 절차, 타사업장 인수, 고객과의 소통 등 많은 일을 일시에 소화해야 하는 상황이라 우선 청구인 명의로 쟁점법인을 설립한 것이고, 이후 청구인과 쟁점공동사업자들로 주주변동을 했어야 하나, 늦어진 것이며, 실제는 청구인과 쟁점공동사업자들이 공동으로 설립한 것이다.

(2) 처분청 의견에 대한 청구인의 항변내용은 아래와 같다. 쟁점법인의 자본금은 청구인과 쟁점공동사업자들이 2022.5.11.부터 2022.5.27.까지 기존법인에 입금 했던 자금을 청구인 계좌로 반환받아 2022.11.11. 쟁점법인의 계좌로 이체한 것이고, 청구인은 공동투자계약서를 근거로 하여 2023년 1월 주식변동(양도) 신고를 한 것이며, 쟁점공동사업자들 중 d은 주주명부 등록에 대한 의견이 없어 d의 지분은 청구인의 지분으로 되어 있는 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점법인의 주주가 청구인과 쟁점공동사업자들이고, 처분청에 신고한 주주명부(2022.11.1.)와 실제 주주명부는 다르다고 주장하면서, 공동투자계약서, 금융거래내역 등(이하 “쟁점서류”라 한다)을 제출하였으나, 이를 신뢰하기 어렵고, 청구인과 쟁점공동사업자들이 기존법인에 입금한 투자금이 쟁점법인의 자본금이 되었는지 여부가 확인되지 아니한다. (가) 청구인은 쟁점법인 유상증자(2023.2.19.)와 관련하여 이사회 의사록, 증자대금 입금내역서, 주주명부(2023.2.20.)를 제출하였으나, 해당 서류들의 내용은 청구인의 주장과 일치하지 아니한다. 유상증자 금액은 OOO원이나 증자대금은 OOO원이 입금되어 있고, 총 50명의 주주 중 대부분의 출자금 납입이 확인되지 아니하며, 출자금의 납입이 있더라도 주식 수와 일치하지 아니한다. (나) 청구인이 제출한 쟁점서류는 청구인이 쟁점법인의 과점주주가 아니라고 볼 만한 구체적인 증빙이 될 수 없다.

(2) 청구인의 항변에 대한 처분청의 답변은 아래와 같다. 청구인이 추가로 제출한 확인서 등의 서류만으로는 기존법인으로부터 쟁점공동사업자들의 투자금의 반환 여부가 확인되지 아니하여 투자금을 반환받아 쟁점법인의 주주로 참여하였다는 청구인의 주장을 신뢰하기 어렵고, 쟁점법인의 최초 자본금 전부를 청구인 명의로 입금한 내역과 청구인이 주주명부등을 단독으로 신고한 내역이 확인되므로 청구인에게 한 제2차 납세의무자지정 및 납부고지한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

4. 수시부과(隨時賦課)하여 징수하는 국세: 수시부과할 사유가 발생한 때 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

• 가. 합명회사의 사원
• 나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

• 가. 합자회사의 유한책임사원
• 나. 유한책임회사의 사원
• 다. 유한회사의 사원 (2) 국세기본법 시행령 제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ① 법 제39조 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 증권시장”이란 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의9 제1항 에 따른 유가증권시장 및 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장을 말한다.

② 법 제39조 제2호에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다. (가) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점법인·기존법인의 사업자등록 기본사항 등의 주요 내용은 <표2>와 같고, 청구인이 쟁점법인의 사업자등록신청 시 제출한 주주명부에는 청구인이 단독(지분율 100%)으로 쟁점법인의 주식을 보유한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점법인과 기존법인의 사업자등록 기본사항 (나) 쟁점법인의 등기사항일부증명서는 <표3>과 같다. <표3> 쟁점법인의 등기사항일부증명서

1. 쟁점법인의 설립일은 2022.11.1.이고, 최초 주식수는 10,000주(자본금 OOO원)이며, 2023.2.20. 유상증자를 하여 총 주식수는 17,697주(자본금 OOO원)인 것으로 확인된다.

2. 청구인과 쟁점공동사업자들(b, c, d, e)은 쟁점법인의 사내이사로 기재되어 있다. (다) 청구인은 쟁점법인의 설립 당시 주주는 청구인과 쟁점공동사업자들이고, 처분청에 신고한 주주명부와 실제 청구인이 가지고 있는 주주명부는 다르다며 제출한 주주명부는 <표4>와 같다. <표4> 청구인이 신고한 주주명부와 실제 주주명부 (라) 처분청은 기존법인, 청구인, 쟁점법인의 거래내역을 종합하여 작성한 쟁점법인의 자본금 관련 금융거래내역은 <표5>와 같다. <표5> 금융거래내역

1. 청구인은 2022.11.11. 쟁점법인의 설립일에 청구인이 자본금(순번3)을 납입한 것과 관련하여, 기존법인 투자금(순번1)을 청구인 계좌로 반환(순번2)받아 납입한 것이므로 실제 주주는 청구인과 쟁점공동사업자들이 되어야 한다고 주장하고, 처분청은 기존법인의 투자금으로 사용되었는지, 반환되었는지 여부가 확인되지 아니한 반면, 청구인이 자본금을 단독으로 납입한 것은 확인이 되므로 실제 주주는 청구인 단독주주라는 의견이다.

2. 청구인은 2023.2.19. 쟁점법인의 유상증자(주식수 7,697주·자본금 OOO원 증가)와 관련하여, 청구인은 증자 대금을 선입금(순번4∼10)하고 유상증자를 하였다고 주장하고, 처분청은 청구인이 주장하는 증자대금으로 OOO원이 입금된 것이 확인되는바, 이 금액들의 차이가 상당하여 해당 유상증자를 신뢰할 수 없다는 의견이다. (마) 청구인이 제출한 쟁점법인에 대한 공동투자계약서(2022.10.20.)에는 청구인과 쟁점공동사업자들의 지분은 각 20%이고, 쟁점법인의 자본금은 OOO원인데, 쟁점법인 설립을 위하여 우선 공동 투자자 대표인 청구인에게 보통주 10,000주를 배정하기로 하고, 쟁점법인 설립 후 빠른 시일내에 청구인은 쟁점공동사업자들에게 각 2,000주씩 배정된 주식을 이전하기로 한다는 내용이 기재되어 있다. (바) 쟁점공동사업자들이 제출한 확인서(2024.1.22.)에는 ‘신규법인의 설립 등 일체 업무는 청구인에게 위임하였고, 설립자금은 기존법인에 입금하였던 청구인 외 4인을 청구인 명의 계좌를 이용하여 반환받아 설립을 진행하기로 합의하였다’는 내용이 기재되어 있는데, 쟁점공동사업자들 중 ‘d’은 서명을 하지 아니한 것으로 나타난다. (사) 2023.1.2. 청구인과 쟁점공동사업자들(이 중 d 제외)간 주식양도계약에 대한 청구인의 증권거래세 기한후신고서가 2023.12.26. 접수된 사실이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 실제 쟁점법인의 지분을 20%만 소유하였으므로 처분청이 청구인을 단독 주주로 보아 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 청구인이 2022.11.7. 사업자등록 신청 시 제출한 주주명부에는 단독 주주로 되어 있고, 법인세 신고 시 제출한 주식변동상황명세서에도 단독 주주로 되어 있는 점, 청구인은 쟁점법인의 설립 시 쟁점공동사업자들과 함께 기존법인의 자본금을 회수하여 쟁점법인에 자본금을 납입하였다고 주장하나, 청구인은 쟁점법인의 계좌에 단독으로 자본금을 납입한 것으로 나타나고, 기존법인의 자본금이 쟁점공동사업자들의 자금인지 여부도 확인되지 아니한 점, 청구인은 2023.12.26. 청구인과 쟁점공동사업자들 간의 주식양도계약(2023.2.19.)과 관련한 증권거래세 신고서를 기한후신고 하였는데, 이는 처분청이 청구인에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 후 이루어진 것이어서 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.