조세심판원 심판청구 양도소득세

부과제척기간이 임박하여 양도소득세를 과세한 처분이 과세전적부심사 청구권을 침해한 중대한 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2024-중-3340 선고일 2025.04.10

처분청이 청구인의 사전권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되고, 쟁점경비가 쟁점부동산 양도와 관련한 필요경비에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려우며, 청구인이 주장하는 사유가 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어려움

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2016.12.30. 서울특별시 도봉구 OOO 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 A에 양도하였으나, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
  • 나. 이에 따라 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2024.4.2. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원(무신고 가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산 지상에 건물을 신축하던 중 자금이 부족하여 부도가 났고, 이에 따라 2016.12.30. 쟁점부동산이 주식회사 A에게 소유권이 이전되었는데, 그 당시 경황이 없어 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득세를 신고하지 못하였다. 청구인은 쟁점부동산의 지상에 ‘B’ 주상복합 신축공사를 하기 위하여 주식회사 C에 OOO원의 대출을 실행하였고, D 주식회사에게 공사도급계약을 체결한 후, 부지를 조성하기 위하여 옹벽을 축조하는 등 토목공사를 진행하였다. 주상복합 신축 중에 자금이 부족하여 공사를 더 이상 진행할 수 없어 E 주식회사(이하 “신탁회사”라 한다)에 쟁점부동산을 신탁하여 관리하다가 청구인의 의사와 관계없이 쟁점부동산의 소유권이 이전되었다.

(2) 처분청은 청구인에게 양도소득세 부과와 관련하여 아무런 안내 없이 쟁점부동산의 양도일로부터 약 8년이 지난 2024.2.8. 과세예고통지와 함께 양도소득세를 부과하여 청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해한 중대한 절차적 하자가 있다. (가) 과세전적부심사제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고, 납세자도 과세처분 이전에 자신의 의견을 주장할 수 있도록 하는 사전적 규제제도의 성격을 가진다. (나) 대법원 판례(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)에 따르면, 과세관청이 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로 그 과세처분은 위법하다고 판시하였다.

(3) 쟁점부동산과 관련한 OOO원(이하 “쟁점경비”라 한다)을 이 건 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다. 쟁점부동산의 경우 신탁회사가 관리하고 있어, 쟁점경비를 청구인 계좌에서 지급하지 아니하고, 양수자 주식회사 A과 신탁회사가 관련 회사의 계좌에 직접 지급하였으며, 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 수령한 금액도 없다. 쟁점경비 지급내역은 주식회사 A과 신탁회사의 계좌내역에서 확인되고, 계약서 등의 서류는 주식회사 A과 신탁회사가 관리하였으므로 청구인이 가지고 있는 증빙이 없다.

(4) 처분청의 양도소득세 부과처분 지연으로 인해 청구인은 과중한 가산세 부담을 안게 되었으므로 납부지연가산세의 부과는 취소되어야 한다. 과세자료를 부과제척기간에 임박하여 처리하는 것은 담당공무원의 업무해태로밖에 볼 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 중대한 절차적 하자에 의해 과세전적부심사 청구권을 침해당하였다고 주장하나, 아래와 같은 사유로 청구주장을 받아들이기 어렵다. (가) 처분청은 2024.2.8. 과세예고통지서를 작성하여 2024.2.9. 청구인의 주소지로 등기우편을 발송하였으나, ‘수취인 불명’의 사유로 2024.2.15. 반송되었고, 처분청 담당자가 청구인과 유선으로 통화(2024.2.20., OOO)하여 해당 고지내역을 설명하면서 청구인에게 송달가능 주소지를 확인한 후, 2024.2.21. 해당 주소지로 등기우편을 발송하였고, 청구인은 2024.2.22. 직접 과세예고통지서를 수령하였다. (나) 이 건 양도소득세 부과제척기간 만료일은 2024.5.31.이고, 청구인은 과세예고통지서를 수령(2024.2.22.)한 후 30일 이상이 지난 2024.4.2. 이 건 양도소득세의 부과처분이 이루어졌으므로 과세전적부심사를 청구할 수 있는 권리가 박탈되었다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 또한 청구인은 과세예고통지서를 수령한 후부터 양도소득세 고지서 수령일까지 처분청에 쟁점경비에 대한 소명이나 문의를 한 바가 전혀 없다.

(2) 청구인은 00세무서장이 실시한 상속세 조사에서 인정된 쟁점경비를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 00세무서장의 조사내용에 따르면, 상속세 조사 시 인정된 것은 상속세 및 증여세법 제13조 에 따라 상속개시전 10년(5년)이내 증여재산가산액을 확인하면서 지급된 채무를 확인하고 사전증여가 아니라는 것을 확인한 것이지 쟁점부동산의 양도와 관련된 필요경비로 인정한 것이 아니며, 이에 대한 계약서 및 공사내역 등의 객관적·구체적 증빙은 확인되지 아니한다. (가) 청구인은 위 상속세 조사 시에도 쟁점경비와 관련한 계약서 등의 객관적·구체적 증빙을 제시하지 아니하여 해당 지출내역이 쟁점부동산의 양도와 관련된 것인지가 불분명하고, 제출한 지급내역의 일부는 양도일 이후에 이루어졌다. (나) 설령, 대금의 지출이 있었다 하더라도 필요경비에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적·행태·액수·효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하나, 지출 사실만으로는 필요경비에 해당 한다고 볼 수 없다(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 참조). (다) 양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할 것인바(대법원 2009.3.26. 선고 2007두22955 판결 참조), 청구인은 쟁점경비를 지급하였다고 주장만 할 뿐, 이에 대한 계약서 등의 구체적·객관적 증빙을 제출하지 아니하여 이를 필요경비를 인정하기 어렵다.

(3) 납부지연가산세는 납부기한 내 납부한 자와의 형평성을 고려하여 미납세액에 대한 지연이자적인 성격을 가지고 있으므로 청구인에게 납부지연가산세를 부과한 처분은 적법하다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이 하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우, 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행 정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2010.1.28. 선고 2008두8505 판결 등 다수 같은 뜻임). (나) 국세기본법 제47조 및 제47조의4에서는 납세의무자가 법정납부기한까지 납부를 하지 아니한 경우 납부지연가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 소득세법 제105조 및 제106조에서 부동산을 양도한 거주자는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고·납부하도록 규정하고 있으므로 법정납부기한은 예정신고기한의 마지막날이다. (다) 양도소득세는 신고·납부 세목이므로 신고·납부의 의무는 청구인에게 있는바, 처분청의 결정이 지연되었다는 이유만으로 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 부과제척기간이 임박하여 양도소득세를 과세한 처분이 과세전적부심사 청구권을 침해한 중대한 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

② 쟁점비용을 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 납부지연가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

  • 가. 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우
  • 나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령 으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 소득세법 시행령 제118조의5 제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다) 제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사 청구를 할 때 해당 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 국세청장을 말한다)에게 다음 각 호의 사항을 적은 과세전적부심사청구서를 제출하여야 한다. 이 경우 증거서류나 증거물이 있으면 첨부하여야 한다.

1. 청구인의 주소 또는 거소와 성명

2. 세무조사 결과 통지 또는 법 제81조의15 제1항 각 호의 통지를 받은 날짜

4. 청구 내용 및 이유

⑥ 과세전적부심사청구서가 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장 외의 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출된 경우에는 해당 과세전적부심사청구서를 소관 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 해당 청구인에게 통지하여야 한다.

⑦ 제1항 및 제3항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 과세전적부심사청구의 결정 통지 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다

(3) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
  • 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산의 등기사항증명서에는 <표1>과 같이, 소유권이전내역 등이 확인된다. <표 삽입을 위한 여백> <표1> 쟁점부동산의 소유 및 이전내역 OOO (나) 청구인은 2016.12.30. 쟁점부동산을 주식회사 A에 양도하였으나, 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2024.2.8. 청구인에게 과세예고통지를 하였으며, 청구인은 2024.2.22. 이를 수령하고, 과세전적부심사청구는 하지 아니한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 과세예고통지서 수령일로부터 30일 이상이 경과한 2024.4.2. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원(무신고 가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다. (라) 청구인은 쟁점경비를 쟁점부동산의 지상에 주상복합 신축을 하기 위해 지급하였고, 이는 양도소득세 필요경비에 해당한다며 <표2>와 같이 쟁점경비 내역을 제출하였고, 이에 대한 계약서 등의 구체적인 증빙은 제시되지 아니하였다. <표 삽입을 위한 여백> <표2> 쟁점경비 내역 (단위: 원) OOO * 쟁점부동산을 포함한 총4필지의 토지, 쟁점경비의 지급은 E 주식회사 및 양수인이 지급한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제81조의15 제1항 에서는 ‘세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과세예고통지를 하여야 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하고 있는바, 청구인은 2024.2.21. 이 건 양도소득세에 대한 과세예고통지서를 직접 수령하였고, 과세예고통지를 받은 날부터 30일(2024.3.22.) 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있었으나, 이를 청구하지 아니한 것으로 나타나므로 처분청이 청구인의 사전권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할 것(대법원 2009.3.26. 선고 2007두22955 판결 참조)인바, 청구인은 쟁점부동산의 토목공사 비용 등이라며 쟁점비용 내역을 제출하였으나, 이에 대한 증빙으로 신탁회사와 양수자의 계좌에서 이체된 내역만 제출하였을 뿐, 계약서 등의 구체적인 증빙이 제시되지 아니한바, 해당 지출내역이 쟁점부동산의 양도와 관련이 있 는지 여부가 불분명(토목공사비용인지 건축비용인지, 다른 비용인지 등)하여 쟁점부동산의 양도와 관련한 필요경비로 보기 어려운 점, 실제 쟁점경비 중 일부의 지출시기는 쟁점부동산 양도 이후에 발생한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점경비가 쟁점부동산 양도와 관련한 필요경비에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이 하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우, 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행 정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2010.1.28. 선고 2008두8505 판결 등 다수 같은 뜻임). 청구인은 처분청의 양도소득세 부과처분 지연으로 인해 발생한 납부지연가산세는 부당하다고 주장하나, 납부지연가산세에는 그 미납부기간에 대하여 일정 이율을 적용하여 산출한 금액으로 하도록 함으로써 납부의무의 성실한 이행을 확보하려는 본래 의미의 가산세적 성질과 함께 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 대한 지연이자적 성질의 금액이 포함되어 있는 점, 국세부과제척기간 내에 이루어진 처분청의 부과결정 지연 행위가 납부지연가산세 면제의 정당한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 납부지연가산세를 가산하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)