3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점손해배상금은 주식매매계약서상의 진술 및 보장조항 위반에 따라 지급한 것이므로 매매대금의 조정으로 보아 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.
③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.
1. 법인세법 제2조 제12호 에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가
2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법 제35조 에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
(1) 청구인과 처분청이 제출한 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구인은 2021.12.10. 쟁점주식을 양수법인에게 OOO원에 양도하였고, 2022.3.25. 2021년 귀속 양도소득세를, 2022.2.28. 2021년 12월분 증권거래세를 각 신고·납부하였으며, 2023.11.30.과 2023.12.6. 쟁점손해배상금을 쟁점주식의 양도가액에서 차감한다는 내용의 경정청구를 처분청에게 각 제기하였다(<표1> 참조). <표1> 청구인의 양도소득세·증권거래세 신고 및 경정청구 내역 <양도소득세> (단위: 원) <증권거래세> (단위: 원) (나) 양수법인은 2022.12.6. 법무법인을 통하여 “청구인은 2021.10.29. 체결한 주식매매계약서 제6조 진술 및 보장 조항을 위반하였으므로 동 계약서 제9조에 근거(<표2> 참조)하여 청구인에게 손해배상을 청구한다”는 내용의 내용증명을 발송(<표3> 참조)하였고, 청구인과 양수법인은 2023.11.15. 쟁점손해배상금을 지급하는 것에 합의한 것으로 나타난다. <표2> 주식매매계약서의 일부(2021.10.29.) <표3> 양수법인이 청구인 외 2인에게 발송한 내용증명 중 일부 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인이 양수법인과 작성한 주식매매계약서 제4조(거래종결)에는 ‘제5조에서 정한 거래종결의 선행조건이 모두 충족된 것’을 전제로 실제 거래종결이 이루어지고, 제5조(거래종결의 선행조건)에서는 ‘본 계약상 매도인들의 각 진술 및 보장이 진실하고 정확할 것’이라고 기재되어 있으며, 제9조(손해배상)에서는 매도인이 손해배상의무를 부담하는 경우, 매도인에게 지급하여야 하는 매매대금에서 해당 매도인의 손해배상금액을 차감한다고 되어 있는바, 양수법인은 2022.12.6. 청구인을 포함한 주식 매도인들에게 주식매매계약상 진술 및 보장 위반에 따른 손해배상 청구에 대한 내용증명을 발송하였고, 그 내용에는 청구인의 진술 및 보장사항 위반에 따른 손해액에 대하여 산정되어 있는 점, 청구인은 위 진술 및 보장사항 위반에 대하여 이를 인정하였고, 이와 같은 사실이 2023.11.15. 청구인과 양수법인이 작성한 쟁점손해배상금에 대한 합의서에서 확인되는 점 등에 비추어, 청구인이 주식매매계약서상의 진술 및 보장조항 위반에 따라 양수법인에게 지급한 쟁점손해배상금은 별개의 채무이행 이라기보다는 매매대금의 조정으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인이 쟁점손해배상금을 양도가액에서 차감하여야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.