쟁점주택은 철거 계획이 확정되어 있어 종부세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 경기도 수원시 OOO일대의 부동산을 주택재개발 정비대상 부동산으로 하여 ‘OOO 주택재개발정비사업’ (이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)을 영위하는 주택재개발정비사업조합이다.
• 나. 처분청은 쟁점재개발사업구역 내에 위치하는 청구법인이 소유한 주택 395세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 2019.11.19. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점주택이 종합부동산세법 제7조 와 지방세법 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 재산세 및 종합부동산세 비과세대상이므로 기 납부한 2019년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2023.10.24. 제기하였으나, 처분청은 2024.1.22. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점주택은 구 지방세법 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항에서 규정하는 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택에 해당하여 재산세 비과세 대상이므로 종합부동산세법 제7조 제1항 에 따라 종합부동산세 납세의무를 부담하지 않는다. 도시 및 주거환경정비법(이하 “도시정비법”이라 한다)에 의하여 시행되는 재개발사업에서 조합이 현금청산대상자들이 소유하던 주택을 취득하는 경우 그 주택은 사업의 목적 달성을 위하여 당연히 철거가 예정되어 있는 것이고, 조합이 주택을 취득하기 위하여 지급한 금액에는 철거에 대한 보상의 성격도 포함되어 있다. 2017.8.25. 고시된 관리처분계획에 따르면 기존건축물을 관리처분계획인가 후 이주완료 이후 4개월 이내에 철거하는 것으로 되어 있고, 청구법인은 2017.10.20. 조합원 이주 및 이주비 신청 안내 공고를 통하여 2017.12.7.부터 2018.4.6.까지 4개월 간 이주기간을 부여하였다. 이후 보상협의 등으로 이주가 지연되어 2019년 8월 이주가 완료되었다. 쟁점주택은 청구법인이 2018.2.5.부터 2018.12.31.까지 조합원이 되기를 희망하지 않는 소유주로부터 협의 또는 수용 취득한 것이고, 청구법인은 2019.4.22.부터 2019.9.30.까지 경기도 수원시 OOO에 8차례에 걸쳐 철거 예정 신고를 하고 2019.9.10.부터 2019.12.20.까지 철거완료에 따른 말소신청을 하였다. 청구법인은 2019.12.30. 철거 완료 후 같은 일자에 착공신고를 하였다. 정비구역 내의 토지 전부는 종후자산으로 제공되어야 하므로, 사업시행자로서는 반드시 정비구역 내의 토지 등에 관한 소유권을 확보하여야 하고 현금청산 대상자들이 소유하던 종전 주택 등은 그 사업을 위해 철거가 이루어지게 된다. 종전의 토지 또는 건축물의 소유자 등 권리자는 관리처분계획인가의 공시가 있은 때에는 도시정비법 제86조 에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없고, 사업시행자는 관리처분계획인가를 받은 후 기존의 건축물을 철거하게 된다(구 도시정비법 제81조 제1항 및 제2항). 사업시행자는 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 다음날부터 90일 이내 분양신청을 하지 아니한 자나 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자 등과 토지, 건축물 또는 그 밖의 권리의 손실보상에 관한 협의를 하여야 하고(구 도시정비법 제73조 제1항), 그 협의가 성립되었을 때에는 그 소유자 등과 계약을 체결하여야 하는데[공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라 한다)], 이는 사법상의 매매계약에 해당한다 할 것이다(대법원 2012.2.23. 선고 2010다91206 판결, 참조). 사업시행자는 그와 같은 협의가 성립되지 아니한 경우 공익사업을 위하여 토지 등을 수용함으로써 그 재산권을 강제적으로 취득할 수 있고(구 도시정비법 제63조, 토지보상법 제19조 제1항), 토지소유자나 그 토지에 있는 물건에 관한 권리를 가진 자는 수용의 개시일까지 그 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다(토지보상법 제43조). 나아가 수용되는 건축물 등 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용으로 보상하되, 이전이 어렵거나 이전으로 건축물 등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우 또는 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우 등에는 당해 물건가격으로 보상하여야 하고(토지보상법 제75조 제1항), 이 중 건축물에 대하여는 그 구조ㆍ이용상태ㆍ면적ㆍ내구연한ㆍ유용성 및 이전가능성 그 밖의 가격형성에 관련된 제요인을 종합적으로 고려하여 평가하도록 하면서 그 가격은 원가법으로 평가함을 원칙으로 하며, 물건의 가격으로 보상한 건축물의 철거비용은 사업시행자가 부담하도록 하고 있다(같은 법 시행규칙 제33조 제1항 및 제2항). 대법원은 도시정비법에 의한 조합을 관할 행정청의 감독 아래 도시정비법상의 주택재개발사업을 시행하는 공법인으로서 그 목적 범위 내에서 법령이 정하는 바에 따라 일정한 행정작용을 행하는 행정주체의 지위를 갖는 것으로 하고 있다. 위와 같은 규정을 따르면, 청구법인이 현금청산 대상자들에게 쟁점주택의 소유권을 취득하기 위하여 지급한 금액에는 쟁점주택을 취득한 후 예정된 철거에 대한 보상의 성격도 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서, 쟁점주택은 지방세법 시행령 제108조 제3항 에서 정한 재산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택에 해당한다. 결국 쟁점주택은 재산세 과세기준일 현재 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 철거보상 계약이 체결된 주택에 해당되는 등 재산세가 부과되지 않는 대상에 해당하므로 종합부동산세법 제7조 제1항 에 따라 종합부동산세도 부과대상에 해당하지 않는다. 처분청은 쟁점주택에 대하여 부과된 재산세에 대한 취소가 없었으므로 종합부동산세 부과처분도 적법하다는 의견이나, 재산세는 지방세로서 90일 이내 불복을 제기하여야 하나, 불복기간이 경과하여 심판청구를 제기할 수 없는 상황이다. 종합부동산세 부과처분은 재산세 과세자료를 근거로 이루어지는 것일 뿐이고 근거 법률과 처분권자, 부과절차, 불복절차가 모두 별개인 독립된 과세처분이다. 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있도록 규정하고 있으므로 이 건과 같이 재산세 과세대상이 유지된다 할지라도 종합부동산세 경정청구기간이 경과하지 않았을 경우에는 경정청구를 제기할 수 있다.
• 나. 처분청 의견

(1) 주택재개발정비사업조합이 철거를 위하여 보유한 ‘쟁점주택’이 종합부동산세 과세대상인지 여부에 대하여 살펴본다. 지방세법 제109조 및 같은 법 시행령 제108조에 따르면 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택은 재산세를 부과하지 않도록 규정하고 있으며 종합부동산세는 이를 준용하고 있다. 해당 비과세 규정은 건축물 및 주택을 비과세 대상으로 하고 있고, 해당 규정의 철거명령 및 철거보상계약의 주체가 행정관청일 경우에 한정하여 적용되므로 행정관청으로 의제되지 않는 민간주체인 재개발조합 등이 철거보상계약을 체결한 경우에는 적용되지 않는다(행정안전부 부동산세제과-772, 2023.10.31.). 또한, 조세심판원은 당해 연도 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 소유자에 대한 재산세를 비과세하기 위한 조항으로 당해 건축물의 소유권이 소유자로부터 사업시행자 등으로 이전된 건축물에 대한 재산세를 비과세하기 위한 규정은 아닌 것으로 결정하였다(조심 2018서1071, 2019.4.9.) 따라서, 청구법인은 주택재개발 등을 진행하는 비영리사단법인의 성격으로서 행정관청으로 의제되지 않는 민간주체이므로 아직 멸실되지 않은 쟁점주택(건축물 및 부속토지)에 대해서 철거에 따른 반대급부적 성격이 있는 철거보상계약을 체결하였다는 사실만으로는 비과세 대상으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점주택에 대한 재산세 부과가 취소되지 않으면 종합부동산세의 경청을 청구할 수 없는지에 대하여 살펴본다. 종합부동산세는 부동산 보유자에 대하여 1차로 부동산 소재지 관할 시ㆍ군ㆍ구에서 재산세를 부과하고 2차로 전국에 소재한 각 유형별 과세대상재산을 인별로 세액을 결정하여 고지하도록 하고 있는 바, 종합부동산세의 비과세 및 감면 등에 관하여 직접 규정하고 있지 않고 재산세 감면규정을 통해 종합부동세를 부과함에 있어서도 준용하고 있으므로 재산세 부과처분을 다투지 않고 종합부동산세만을 다툴 수 없다. 쟁점주택에 대하여 재산세 과세권한을 가진 팔달구청장은 쟁점주택을 재산세 과세대상인 주택에 해당하는 것으로 보아 재산세를 부과하였고, 현재까지도 그러한 재산세 부과처분을 취소하거나 변경한 사실이 없는 것으로 나타난다. 쟁점주택이 지방세법에 따른 주택분 재산세 과세대상에 해당하는지 여부에 대해서는 쟁점주택의 재산세 과세주체인 팔달구청장을 상대로 다투어야 할 사항이므로 쟁점주택에 대한 재산세의 취소가 선행되지 않는 이상 처분청이 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 이미 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 행정관청으로 의제될 수 없는 민간법인으로서 청구법인이 멸실이 예정된 쟁점주택을 종합부동산세 과세범위에 포함시켰다 하더라도 그 부과처분을 부적법하다고 볼 수 없고, 재산세 과세주체인 경기도 수원시 팔달구청장이 취소처분을 하지 않았으므로 이 건 종합부동산세 부과처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택은 철거 계획이 확정되어 있어 종합부동산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이 건 과세기준일(2019.6.1.) 현재 쟁점주택을 소유하고 있는 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 쟁점재개발사업의 진행 경과는 아래와 같다.

○ 2010.7.26.: 수원시 고시 OOO호 주택재개발정비구역 지정

○ 2010.12.7.: 조합설립인가

○ 2016.6.29.: 수원시 고시 OOO호 사업시행인가

○ 2017.8.25.: 관리처분계획인가

○ 2017.10.20.: 조합원 이주 및 이주비 신청 안내 공고

○ 2018.4.2.: OOO 재개발정비사업 구역 이주기간 완료 공고

○ 2019.4.22.부터 2019.9.30.까지: 철거신고

○ 2019.9.10.∼2019.12.30.: 철거완료로 인한 말소신청

○ 2019.12.30.: 2019.12.30. 착공예정으로 착공신고필증 교부

○ 2022.7.27.: 공동주택 준공인가

○ 2023.4.12.: 공사완료고시(전체 준공) (나) 처분청은 쟁점규정이 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택에 한정하여 적용하는 규정인데 2019년 귀속 재산세 부과취소 내역이 확인되지 않아 종합부동산세 부과처분이 적법한 것으로 보아 2024.1.18. 경정청구를 거부하였다. (다) 경기도 수원시장은 수원시 고시 OOO로 사업시행계획인가 및 관리처분계획인가가 고시된 ‘수원시 팔달구 OOO 구역 주택재개발정비사업’에 대하여 도시정비법 제74조 에 따라 관리처분계획변경인가(정비계획 및 사업시행계획인가 변경에 따른 사업면적 및 건축계획, 토지이용계획 변경, 정비사업비 및 일반분양가 변동에 따른 비례율 변경 등임)하고, 같은 법 제78조 제4항에 따라 2023.7.24. 이를 고시하였다. (라) OOO주택재개발정비사업구역 이주기간 완료공고(2018.4.2.)에 따르면, OOO주택재개발정비사업구역 자진이주기간은 2017.12.7.부터 2018.4.6.까지이고, 이주대상은 OOO주택재개발정비사업 구역 내 거주하는 모든 거주자인 것으로 나타난다. (마) 경기도 수원시 팔달구청장이 청구법인에 대한 건축물 철거ㆍ멸실 신고서 수리알림내역은 아래 <표>와 같다. <표> 건축물 철거ㆍ멸실 신고서 수리알림내역 (바) 청구법인은 2019.11.7. 경기도 수원시 팔달구청 건축과에 OOO 구역 철거 완료로 인한 1차 말소구역 287개동 말소 신청한 것으로 나타난다(말소완료 5동, 1차 말소 287동, 존치 2동). (사) 경기도 수원시장은 2019.12.30. 청구법인에게 경기도 수원시 OOO 일대의 대지 164,447㎡에 공동주택의 착공예정일을 2019.12.30.자로 하는 착공신고필증을 교부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택이 재산세를 부과하는 해당 연도인 2019년에 철거 계획이 이미 확정되어 있어 관련 지방세법령에 따라 재산세를 비과세 하여야 하므로 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제109조 제3항 제5호 와 같은 법 시행령 제108조 제3항에 따르면, 당해 연도 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 소유자에 대한 재산세를 비과세하기 위한 조항으로 당해 건축물의 소유권이 소유자로부터 사업시행자 등으로 이전된 건축물에 대한 재산세를 비과세하기 위한 규정으로 보기는 어렵다 할 것이고, 2019년 과세기준일(2019.6.1.) 현재 당초 주택소유자로부터 청구법인에게로 이미 소유권이 이전되었으므로 청구법인과 쟁점주택 종전의 소유자가 철거보상계약을 체결하였더라도 쟁점주택들이 재산세 비과세 적용대상에 해당한다고 보기 어려운 점(조심 2022서5120, 2022.6.7. 같은 뜻임), 이 건 건축물 철거․멸실 신고서 수리알림내역 등을 살펴보면, 쟁점주택 가운데 일부 구역은 과세기준일(2019.6.1.) 이후에 철거․멸실 신고서가 수리결정된 것으로 나타나는 점, 종합부동산세법 제7조 에 따르면 종합부동산세는 지방세인 재산세를 기초로 과세되는 후행 세목으로 재산세와 동일하게 과세대상 주택을 분류하고 있는데, 처분청 심리자료 등에 따르면 관할 지방자치단체장인 경기도 수원시 팔달구청장이 쟁점주택을 과세대상인 주택으로 분류하여 재산세를 부과하였고 이에 대하여 청구법인이 불복을 제기하거나 해당 구청장(경기도 수원시 팔달구청장)이 해당 재산세를 취소 또는 경정한 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】⑥ 종합부동산세법 제7조 및 제12조에 따른 납세의무자로서 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자" 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자"는 "과세기준일이 속한 연도에 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자"로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "종합부동산세의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "납부고지서에 기재된 과세표준 및 세액"으로 본다. <신설 2022.12.31> 부칙 <제19189호, 2022.12.31> 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제35조의 개정규정은 2023년 4월 1일부터 시행하고, 제47조의5 제6항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다.(중략) 제5조(경정 등의 청구에 관한 적용례) ① 제45조의2 제2항 제1호의 개정규정(같은 조 제5항의 규정 및 제6항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이 확정되는 경우부터 적용한다. (2) 종합부동산세법 제7조【납세의무자】① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제17조【결정과 경정】① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

② 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제16조 제3항에 따른 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 지방세법 제115조 제2항 에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다. (3) 종합부동산세법 시행령 제9조【결정ㆍ경정】① 법 제17조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다.

② 법 제17조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 제8조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 현황 등에 대한 실지조사에 의한다.

③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징을 함에 있어서 행정안전부장관에게 의견조회를 할 수 있다.

(4) 지방세법 제109조【비과세】① 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

1. 대한민국 정부기관의 재산에 대하여 과세하는 외국정부의 재산

2. 제107조 제2항 제4호에 따라 매수계약자에게 납세의무가 있는 재산

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용(1년 이상 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함한다)하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재산세를 부과한다.

2. 소유권의 유상이전을 약정한 경우로서 그 재산을 취득하기 전에 미리 사용하는 경우

③ 다음 각 호에 따른 재산(제13조 제5항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산(제3호 및 제5호의 재산은 제외한다) 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

1. 대통령령으로 정하는 도로·하천·제방·구거·유지 및 묘지

2. 산림보호법 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 재산세를 부과하지 아니할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 임시로 사용하기 위하여 건축된 건축물로서 재산세 과세기준일 현재 1년 미만의 것

4. 비상재해구조용, 무료도선용, 선교(船橋) 구성용 및 본선에 속하는 전마용(傳馬用) 등으로 사용하는 선박

5. 행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택(건축법 제2조 제1항제2호 에 따른 건축물 부분으로 한정한다)으로서 대통령령으로 정하는 것 (5) 지방세법 시행령 제108조【비과세】③ 법 제109조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)을 말한다. 이 경우 건축물 또는 주택의 일부분을 철거하는 때에는 그 철거하는 부분으로 한정한다.