쟁점시제품 제작에 소요된 쟁점비용을 신성장동력 • 원천기술 연구개발비 세액공제대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 반도체 및 디스플레이 장비 제조업을 영위하면서，시제품（이하 “쟁점시제품”이라 한다）제작을 위한 비용（24,838,866,491원，이 중 재료비 14,121,042,793원을 “쟁점비용”이라 한다)을 지출하였는데， 쟁점시제품 중 일부는 연구 개발이 완료된 다음 고객사(삼성 전자주식회사 등）에 유상으로 공급되었다.
• 나. 청구법인은 2023.2.1과 2023.3.31. 위 비용이 조세특례제한법제10조 제1항 제1호에 따른 세액공제（이하 “신성장동력•원천기술 연구개발비 세액공제”라 한다） 적용대상인 신성장 동력•원천기술 연구개발비에 해당한다고 보아 법인세 합계 5,372,812,3기원（2018사업 연도분 2,029,886,566원, 2019사업 연도분 659,849,898원, 2020사업연도분 2,683,075,907원）의 감액을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과 쟁점비용은 판매용 자산 의 제조원가에 해당하므로 신성장동력•원천기술연구개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 2023.12.29. 법인세 합계 3,573,916,579원（2018사업연도분 1,885,033,375원，2019사업연도분 125,108,181 원，2020사업연도분 1,563,775,023원）에 대한 경정청구를 거부하였다［법인세 합계 1,798,895,780원 （2018사업연도분 144,853,190원, 2019사업연도분 534,741,710원, 2020사업연도분 1,119,300,880원） 은 환급］.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 （1） 조세특례제한법 시행령제9조 제1항 제1호 나목 및 별표6에 서 '연구용으로 사용하는 견본품• 부품 • 원재료와 시약류구입비（시범 제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다）’가 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 포함된다고 규정되어 있다. （2） 쟁점시제품은 연구개발용으로 사용된 견본품이므로 신성장동력•원천기술 연구개발비 세액공제 대상이다. （가） 관련 법령에서는 연구개발을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동’（조세특례제한법제2조 제1항 제11호），‘새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계，제작 및 시험，새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’（ 기초연구진흥 및 기술개발지원 에 관한 법률 시행령 제2조 제5호） 등으로 규정하고 있다. 한편， 국세청이 발간한' 연구•인력개발비 사전심사가이드라인’ 에서도 연구개발활동은' 제품제조 이전의 시제품을 제작하는 일련의 과정’이라고 기재되어 있다. （나） 반도체 설비 공급은 고객사의 제조 공정에 적합한 설비를 주문 받아 생산하는 방식으로 이루어지는데， 기술개발을 통하여 고객이 요구하는 제품의 특성에 맞는 설비를 개발하는 과정에서 실질적으로 납품이 가능한 설비의 형태로 생산이 이루어질 수 있도록 완성된 설비 단위로 개발되므로， 시제품 제작으로 시각화•구체화되는 과정을 반드시 거치게 된다. （다） 반도체 설비는 상대적으로 고가이고，개발 기간이 장기간 소요되기 때문에 연구 부서의 전반적인 통제 및 관리하에 시제품 형태로 제작된 다음， 기술 수준이 실제로 구현되는지 여부에 대한 테스트를 거치고， 설계 변경 및 재작업 과정을 통하여 개발 완료가 이루어졌음이 확인된 후에야 양산을 통하여 해당 설비를 납품하게 된다. （3） 처분청 의견과 달리，연구개발과 양산은 구분되는 것이고，시제품의 판매는 양산에 해당하는 것으로 볼 수 없다. （가） 쟁점시제품은 청구법인의 비용과 책임하에 연구개발활동을 수행함에 따라 부수적으로 생산된 것으로， 청구법인이 이를 고객사에 매각하였다고 하더라도 이는 시제품을 처분하는 방식 중 하나에 불과하므로，쟁점시제품을 양산품이라고 단정할 수는 없다.

1. 고객사의 공동개발 및 평가제안에 따라 핵심 기능만을 장착하여 쟁점시제품이 1차제작된 후，고객사와 추가 연구개발과정에서 사용되는 것이므로， 추가연구개발과정없이 쟁점시제품자체만으로는 판매될 수 없고，양산 라인에 투입될 수도 없다.

2. 쟁점시제품이 고객사에 판매되기는 하나，연구개발과정에서 부수적으로 생산된 결과물을 판매한것 일 뿐이고， 처음부터 판매용으로 제작된 것이 아니며，판매 여부도 고객사의 의사결정에 달려 있어 매출 예측 또한 실제 결과와 상당한 차이가 있으므로， 시제품 제작 당시 쟁점시제품에 경제적 효익이 있는지 여부는 불확실하였다.

3. 판매 가능 여부만으로 세액공제를 상이하게 적용하는 것은 연구개발활동과 판매활동을 구분하지 않는 것으로 타당하지 않고， 이와 관련된 유권해석 (기획재정부 조세특례제도과-177,2017.29. 등) 에도 반한다. (나) 청구법인은 쟁점시제품과 양산품을 구분하여 관리하고 있다.

1. 청구법인 시스템상 시제품과 양산품은 프로젝트 종류와 프로젝트명에 의하여 명확히 구분되고， 코드명이 유사한 것은 청구법인의 코드부여정책에 따른 결과일 뿐이며， 시제품 개발에 발생하는 비용과 양산용 제품을 제작하는데 발생하는 비용은 명확하게 구분되어 관리된다.

2. 시제품은 공동개발자의 기여도를 평가하여 최혜 조건으로 공급하도록 계약하고 있으므로, 양산품보다 낮은 단가에 거래되는 것이 일반적이다. (다) 청구법인이 공동개발(평가) 투자심의단계에서 시장규모, 예상매출 및 이익률 등을 검토하여 경제적 효익을 예측한 다음， 공동개발•평가계약을 체결하는 것은 당연하고， 예측여부나 계약체결시점이 연구개발 활동 해당 여부를 결정하는 요소는 아니다.

1. 반도체 장비는 제조업체의 칩 종류 및 생산라인 특성에 따라 기술 수준이나 형태가 상이하 므로， 동일한 종류의 장비라 하더라도 범용성이 없고， 제조업체의 주문 없이 회사가 단독으 로 완성품 형태의 장비를 선행 개발할 수는 없다.

2. 청구법인은 범용성 없는 완성품 형태의 장비개발은 고객사가 요구하는 스펙에 맞추어 연구 개발할수 밖에 없고， 이에 따라 시장규모나 예상매출액 등을 심사하여 연구개발 여부를 결정 하게 된다. 즉，투자심의단계에서 개발가능성과 예상매출 및 이익률 등을 검토하고, 계약형태를 판단한 다음 계약을 체결하는 것이 당연하고, 심의 이후 계약이 체결되었다 하더라도 쟁점시제품의 제조가 제조 및 판매활동에 해당한다고 볼 수는 없다.

3. 공동개발 및 평가 이전에 1차시제품을 제작하는 것은 업계의 관행이고， 계약체결 이후에 시제품을 제작하여야만 연구개발활동에 해당하는 것은 아니며, 연구개발용에 해당하는지 여부는 실제 연구개발활동에 사용되었는지 여부를 기준으로 한다.

• 나. 처분청 의견 （1） 쟁점비용은 연구개발 비용이 아니라, 영리목적으로 생산•판매된 제품의 제조원가이다. （가） 조세특례제한법제10조에 규정된 ‘연구•인력개발비 세액공제’는 연구개발비용이 지출과 동시에 사외로 유출되므로 연구개발이 위축되지 않도록 하는 취지이므로, 경제적 효익이 예상되는 자산에 대한 세액공제는 허용될 수 없다. （나） 청구법인의 투자심의서에서는 연구개발 예상 일정，투자비용，쟁점시제품의 판매가격 등이 기재되어 있어 청구법인이 쟁점시제품을 제작하여 판매할 것을 예정하고 있었던 것을 알 수 있다. （2） 쟁점시제품은 연구개발 과정에서 부수적으로 제작된 견본품이 아니고，양산품과 명확히 구분된다고 할 수 없다. （가）시제품은 최초로 제작한 제품을 의미하는 것이 아니라，상품화에 앞서 성능을 검증•개 선하기 위해 핵심기능만을 구비하여 제작한 기본모델을 의미하는 것으로， 양산과정에서 발생 할 수 있는 위험을 줄이기 위한 시험용 제품을 뜻한다. （나）청구법인의 주장과 달리，쟁점시제품은 고객사와의 공동연구 개발 계약 전부터 제작이 진행되었고，양산설비 판매 프로젝트와 동일한 코드(PE)를 사용하며，판매 양식 및 내용이 동일하므로 통상적인 양산품 판매와 차이가 없다. (다) 쟁점시제품은 고객사의 생산라인에 설치되어 장기간 평가기간을 거치고， 연구개발이 완료되면 연구개발보고서가 작성되며, 이를 기점으로 일반적인 구매•발주에 의하여 판매된다. 즉， 쟁점시제품은 양산품과 동일한 라인에 설치되어 반도체 등 생산에 사용되었는데， 쟁점시제품은 생산 라인에 설치된 후 판매되어 이동되지 않았고， 실제제품의 제조에 사용되었으므로， 연구개발용으로 사용되었다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점시제품 제작에 소요된 쟁점비용을 신성장동력 • 원천기술 연구개발비 세액공제대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제9조【연구 * 인력개발준비금의 손금산입】 제10조【 연구•인력개발비에 대한 세액공제】 （2） 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ）

• 다. 판단 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제9조 제1항에서는‘ 신성장동력•원 천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품，부품，원재료의 구입비’를 신성장동력•원천기술 연구개발비 세액공제의 적용 대상으로 규정하고 있다. 처분청은 쟁점시제품이 판매 목적으로 제작되어 실제 판매되었으므로，쟁점시제품에 소요된 재료비는 신성장동력•원천기술 연구개발비 세액공제의 적용 대상이 아니라는 의견이다. 그러나, 청구법인은 고객사와의 공동개발계약•공동평가계약에 따라 쟁점시제품을 생산하여 고객사의 연구•제조시설에 설치하고, 고객사가 요구하는 SPEC 등에 부합하도록 쟁점시제품을 수차례 개량하는 등의 연구개발활동을 수행하면서 쟁점비용을 지출한 것으로 보이는 점， 청구법인은 쟁점시제품의 판매로 인한 매출액을 예측하여 연구개발프로젝트를 수행하였으나， 쟁점시제품의 판매여부는 양산적용대상선정 등에 따른 고객사의 선택 사항인 것으로 보이고, 실제 쟁점시제품 중 일부는 연구개발 실패 등의 사유로 판매되지 아니한 것으로 나타나는 점， 청구법인은 시제품과 양산품을 구분하여 관리하였고， 쟁점시제품의 판매단가는 양산품에 비하여 저렴한 것으로 나타나는 점，신성장동력•원천기술 심의위원회에서 쟁점시제품과 관련된 연구과제 대다수가 신성장동력•원천기술에 해당하는 것으로 결정한 점 등에 비추어， 연 구개발용인 쟁점시제품에 소요된 쟁점비용은 신성장동력•원천기술연구개발비 세액공제대상인 견본품의 구입비 등에 해당한다고 봄이 합리적이라고 할 것이다(다만，신성장동력•원천기술 심의위원회에서 신성장동력•원천기술에 해당하지 않는 것으로 결정된 과제코드 ‘SE20PE200’ 과 관련된 시제품의 재료비는 신성장동력•원천기술 연구개발비 세액공제의 적용대상이 아니라 하겠다). 따라서 처분청은 과제코드 ‘SE20PE200’를 제외한 나머지 신성장동력•원천기술에 해당하는 과제와 관련하여 제조한 시제품에 소요된 재료비를 신성장동력•원천기술연구개발비 세액공제 대상인 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다