2009.3.16.〜2012.12.31. 기간 중 증여를 원인으로 취득한 쟁점주택을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설되어 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 소득세법부칙 제14조에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: <별지> 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 2012.4.19. 청구인의 배우자 A으로부터 쟁점주택을 증여받아 취득하였고, 쟁점주택이 소재한 경기도 성남시 분당구가 2017.8.3. 주택법제63조의2 제1항에 따라 조정대상지역으로 지정된 후 2021.3.8. 쟁점주택을 양도가액 OOO원에 양도하고 조정대상지역 내 1세대 2주택자에 대한 중과세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2023.11.27. 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점부칙에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 기신고․납부한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였다.
(2) 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 기본세율을 적용하되 장기보유특별공제적용은 배제하여 2024.1.23. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하고, 2024.3.29. 나머지 경정청구를 거부하였으며, 이후 동일세대원으로부터 증여에 의해 취득한 주택 양도시에는 쟁점부칙 제1항에 따른 양도소득세의 세율 특례가 적용되지 않는 것으로 보아 2024.5.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
(3) 쟁점부칙의 개정연혁은 아래와 같다. (가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙은 제1항에서 이 법 시행 후 2010.12.31.까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 쟁점부칙 제2호에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다. (나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙은 제1항에서 2009.3.16.부터 2010.12.31.까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다. (다) 2010.12.27. 법률 제10408호(시행 2011.1.1.)로 개정된 쟁점부칙 제1항은 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다. (라) 2012.1.1. 법률 제11146호(시행 2012.7.1.)로 개정된 쟁점부칙에서는 제2항을 삭제하였다. (4) 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 장기보유특별공제가 제외되는 자산에 관한 개정연혁은 아래와 같다. (가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 소득세법 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다. (나) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 소득세법에서는 장기보유특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다. (다) 2012.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 소득세법에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다. (라) 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된 소득세법에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되도록 규정하였다.
(5) 기획재정부의 개정 세법 해설 내용은 다음과 같다. (가) 2008년 개정세법 해설(쟁점부칙 신설 시) Ⅲ. 다주택자 중과제도 개선 및 보완
1. 다주택자 중과 한시적 완화(소득법§104, 부칙§14)
(1) 개정내용 종 전 개 정
□ 다주택자 양도세 중과 ㅇ 1세대 2주택: 50% ㅇ 1세대 3주택 이상: 60% ※ 다주택자는 장기보유특별공제 적용배제
□ 2년간(’09.1.1~’10.12.31) 양도 하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과완화 ㅇ 1세대 2주택: 기본세율 * 기본세율: 6%∼33% ('09: 6%∼35%) ㅇ 1세대 3주택 이상: 45% ※ 장기보유특별공제는 현행과 같이 적용배제 (2) 개정이유 ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2009.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용 (나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시) Ⅱ. 부동산 거래활성화 1. 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용(소득법 §95) (1) 개정내용 종 전 개 정
□ 장기보유특별공제 적용배제 연 3%, 최대 30% ㅇ 1세대2주택 이상 ㅇ 비사업용 토지 ㅇ 미등기 양도자산 <삭 제> (좌동) (좌동) (2) 개정이유 ◦ 주택거래 활성화 지원 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ 2012.1.1. 이후 양도분부터 적용 (다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입 시) 2. 주택시장 안정화대책 관련 양도소득세 중과 신설 등 (소득법 §64, §95, §104, §104의2) (1) 개정내용 종 전 개 정
□ 장기보유특별공제 적용 배제대상 자산 ㅇ 부동산을 취득할 수 있는 권리 (원조합원의 조합원입주권은 제외) ㅇ 미등기양도자산 <추 가>
□ 다주택자 양도소득세 중과
□ 중과대상 주택 양도시 장기보유 특별공제 적용 배제 (좌 동) ㅇ양도소득세 중과 대상 주택 2주택자 혹은 3주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택
□다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과 ㅇ 2주택자 또는 1주택 조합원 입주권 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 10% 가산 ㅇ3주택 이상 보유자 또는 주택과 조합원입주권의 수가 총 3개 이상인 자가 주택 양도시: 제55조 제1항에 따른 세율에 20% 가산 ◦ (중과대상 주택 양도시 장기보유특별공제 배제) 부동산 투기 억제를 위해 양도소득세가 중과되는 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제도 적용을 배제함 ◦ (다주택자의 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과) 부동산투기 억제를 위해 2주택 이상 보유자가 주택법상 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 기본세율(제55조제1항에 따른 세율)에 10%p를 가산함 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ (중과대상 주택양도시 장기보유 특별공제 배제) ‘18.4.1. 후 양도하는 분부터 적용 ◦ (다주택자의 조정대상지역내 주택양도시 양도소득세 중과) ‘18.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점부칙은 그 자체에서 효력이 유지되는 기간 내지 적용기한을 정하고 있지 않고, 위 부칙조항이 신설된 후 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 위 부칙조항을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었으며, 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니라고 할 수 있는바, 현재까지 그대로 존속하고 있다고 보아야 할 것이다. (나) 쟁점부칙 제1항은 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여는 기본세율을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 쟁점부칙의 문언상 취득기간의 제한만이 있을 뿐, 그 취득의 원인에 대한 별도의 제한을 두고 있지 아니하고 있으므로, 이는 그 취득 시기를 기준으로 특정 기간 취득한 자산(주택)에 대한 세율의 특례를 정한 것으로서 위 기간 동안 취득한 자산은 그 양도 시기에 관계없이 특례규정의 적용을 받는다고 해석함이 입법취지에 부합하는 점, ‘증여’를 원인으로 취득한 자산이라고 하여 쟁점부칙 제1항의 적용대상에서 배제할 법령상 근거가 없고, 증여를 원인으로 취득한 주택이라고 위 규정의 적용대상이 아니라고 보는 것은 엄격해석의 원칙을 바탕으로 한 조세법률주의에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 다만, 쟁점부칙 신설 당시 제1항에서는 2009.3.16.∼2012.12.31.에 취득한 주택에 대하여는 다주택인 상태에서 양도하더라도 세율은 기본세율을 적용하면서 제2항에서는 장기보유특별공제에 대하여 본칙 제95조 제2항과 같이 이를 적용하지 않도록 규정한바, 이는 쟁점부칙이 2009.3.16.∼2012.12.31.에 취득하였던 주택에 대하여 양도시 기본세율 적용의 특혜만을 부여하려는 것일 뿐 장기보유특별공제까지 적용하려는 것은 아니었던 점, 이후 2012.1.1. 법률 제11146호로 쟁점부칙 제2항이 삭제된 것은 해당 개정시 본칙 제95조 제2항 본문의 괄호에서 다주택의 양도에도 장기보유특별공제가 적용되는 것으로 개정함에 따라 2009.3.16.∼2012.12.31. 중 취득 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리한 측면을 해소하기 위한 것일 뿐 2009.3.16.∼2012.12.31. 중 취득한 주택이라고 하여 무조건 장기보유특별공제를 적용하려는 취지는 아닌 점, 조세법률주의에 의하여 조세법규를 해석할 때에는 법문대로 하고, 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석함이 조세 공평의 원칙에 부합할 것인바, 소득세법 제95조 제2항 은 괄호의 장기보유특별공제 제외대상으로 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 규정하고 있고, 해당 규정의 문언은 장기보유특별공제 적용 배제 대상자산의 구체적인 요건만을 원용하였을 뿐 실제 중과세율이 적용될 것을 요구하지는 아니하므로 중과세율의 적용 여부와는 무관하게 소득세법 제104조 제7항 각 호에 기재된 요건만을 충족하면 장기보유특별공제 제외 대상이라 할 것인 점, 쟁점주택은 같은 조 제7항에 기재된 조정대상지역내 다주택의 요건을 충족하는 이상, 쟁점부칙 제1항에 따라 소득세법 제104조 제1항 제1호 의 기본세율이 적용된다고 하더라도 쟁점부칙에서 특례규정으로 명시하고 있지 아니한 이상 장기보유특별공제 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2024중2540, 2024.7.2. 같은 뜻임).