2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 양도차익의 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하고, 납세자가 작성·비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라고 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론, 그 기재금액이 실지취득가액으로 추정된다고 할 수는 없는바, 처분청이 구체적 증빙 없이 쟁점부동산의 장부가액으로 기재된 금액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 경정한 처분은 부당하다. 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목, 제114조 제7항, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호는 장부 기타 증빙 서류에 의하여 당해 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우 취득가액은 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하여 산정하도록 명확히 규정하고 있다. 그런데, 재무상태표상 쟁점토지의 장부가액인 OOO원은 취득 당시(2001년) 쟁점토지의 기준시가(공시지가)인 OOO원보다 낮고(기준시가 대비 87.35%), 쟁점건물의 장부가액인 OOO원은 쟁점건물 신축 당시 국토교통부 표준건축비인 OOO원보다 낮은바(표준건축비 대비 64.45%), 재무상태표에 계상된 쟁점토지와 쟁점건물의 가액은 종합소득세 신고목적으로 임의계상된 것으로 실제 취득가액으로 볼 수 없고, 쟁점부동산의 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 나목, 제114조 제7항, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호 등에 따라 환산가액을 적용하여야 한다.
(2) (쟁점토지의 취득가액에 대하여) 재무상태표상 쟁점토지의 장부가액 OOO원은 소득세법 제97조 제1항 제1호 에 규정된 실지거래가액에 해당하지 아니한다. (가) 처분청은 청구인이 복식부기의무자로 종합소득세 신고 시 제출한 재무상태표상 토지의 장부가액이 양도소득세 계산 시 실지거래가액에 해당한다고 보아 이 건 과세처분을 하였으나, 소득세법상 양도소득세 계산 시 토지의 재무상태표상 장부가액이 실지거래가액으로 규정된 바 없고, 부동산임대업에 대한 소득세 신고 시 제출한 재무상태표상 토지, 건물가액은 실지거래가액으로 기재하도록 되어 있으나, 실지거래가액을 모를 경우 상속세 및 증여세법상 보충적 평가액을 장부가액으로 기재하도록 되어 있는바, 재무상태표상 쟁점토지의 장부가액이 보충적 평가액 또는 임의의 금액으로 기재된 경우 이를 양도소득세 계산 시 실지거래가액으로 볼 수 없다. (나) 재무상태표상 장부가액을 양도소득세 계산 시 실지거래가액으로 하기 위해서는 기재된 금액에 대한 근거가 있어야 비로소 실지거래가액이 될 것임에도 처분청이 청구인의 재무상태표상 쟁점토지 장부가액에 대한 구체적 입증 없이, 단순히 청구인이 부동산임대업에 대한 종합소득세 신고 시 복식부기의무자로서 제출한 재무상태표상 쟁점토지의 장부가액으로 기재하였다는 이유만으로 이를 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 경정한 이 사건 과세처분은 부당하다. (다) 처분청은 소득세법상 필요경비에 대한 입증책임은 납세자에 있으므로 재무상태표상 토지의 장부가액이 실지거래가액이 아님을 청구인이 입증하라고 하는데, 이 건 과세처분의 경우 청구인은 취득가액을 알 수 없어 환산취득가액으로 신고한 것이고, 처분청은 재무상태표상 장부가액이 실지거래가액이라고 하여 경정한 상황인바, 입증책임은 실지거래가액을 주장하는 쪽이 입증해야 하므로 처분청이 재무상태표상 쟁점토지가액이 실지거래가액임을 구체적 증빙에 의해 입증해야 함에도 청구인에게 실지거래가액이 아님을 입증하라는 것은 입증책임을 잘못 전가한 것으로 판단된다. (라) 국토교통부에서 발표한 “부동산 공시가격 현실화 계획”에 의하면 2020년 토지 현실화율이 65.5%임에 비추어 20년 전에 취득한 쟁점토지의 기준시가 현실화율은 2020년 현실화율과 비교해 훨씬 낮을 것임에도 재무상태표상 기재된 쟁점토지의 장부가액(OOO원)은 취득 당시인 2001년 공시지가(OOO원, 전 소유주가 과세관청에 신고가액과 동일) 대비 87.35%에 불과한바 그 신뢰성이 없다. <표1> 국토교통부가 발표한 연도별 유형별 평균 현실화율(%) OOO
(3) (쟁점건물의 취득가액에 대하여) 쟁점건물의 장부가액은 그 증빙이 미비하고 청구인이 직접 도급을 주어 시공한 전기, 수도, 가스, 건축허가·설계 및 감리, 승강기 설치비, 창호 및 도장 등의 공사비용이 누락되어 실지취득가액으로 볼 수 없다. (가) 쟁점건물의 장부가액은 OOO원으로, C(주)로부터 수취한 골조공사비 세금계산서 수취분 OOO원(세금계산서 2장)이 장부가액으로 기재되어 있을 뿐, 건축허가비(2001.6.18.), D건축사사무소의 설계비 및 감리비, 8대 옥외주차장 설치비, 전기, 가스, 수도, 설비, 인테리어 및 조경공사 관련 금액이 누락되어 있을 뿐만 아니라 부패탱크식 200인용 오수정화시설, 승강기 1대 설치비, 취·등록세, 각종 분담금 등 제세공과금, 일용근로자들의 일용임금 등 신축공사비의 주요한 비용이 누락되어 있다. (나) 쟁점건물의 연면적이 495㎡ 이상에 해당하여 C(주)는 골조 공사만 하였을 뿐 전기공사, 설비공사, 인테리어공사, 조경공사 등 나머지 공사는 청구인이 직접 도급을 주어 시공하였으나 영세한 미등록 사업자들로부터 세금계산서 등을 수취하지 못한 것인바, 주요한 비용 등이 누락되어 골조공사에 해당하는 공사금액만으로 기재된 장부가액을 실지취득가액으로 하는 것은 부당하다. (다) 쟁점건물 신축 당시인 2002년 국토교통부가 발표한 과밀부담금 부과를 위한 연도별 표준건축비 OOO원/㎡(건설교통부 고시 제2001-358호: 2001.12.31.)과 공공건설임대주택 표준건축비 OOO원/㎡(건설교통부 고시 제2001-106호, 2001.4.30.)에 따라 쟁점건물의 표준건축비를 산정해 보면 OOO원으로 산정되는바, 쟁점건물의 장부가액 OOO원은 표준건축비의 64.45%에 불과하여 취득가액의 주요 부분이 허위이거나 증빙이 미비하다는 것을 알 수 있다. <표2> 2002년 국토교통부 고시에 의한 쟁점건물의 표준건축비 OOO
(4) 처분청 답변에 대한 항변 (가) (쟁점토지의 취득가액에 대하여) 처분청은 답변서에서 “청구인의 토지 매입 당시 IMF 금융위기 경제상황인 점과 매입부동산이 즉시 사업용으로 사용가능한 물건이 아닌 철거 및 신축 등 추가비용이 필요한 자산인 것을 고려해 볼 때, 충분히 시가보다 낮게 거래된 사정이 인정된다”라고 하였으나, 쟁점토지의 장부가액 OOO원은 종합소득세 신고목적상 임의로 계상된 가액이고, 1998년 IMF금융위기 경제상황과는 그 시기가 3년의 차이가 있어 금융위기와 무관한 가액이며, 장부상의 OOO원은 매도인(전 소유자 변○○)이 신고한 양도가액 OOO원과 일치하지 아니하고, 2020년 국토교통부나 토지가액 현실화율(65.5%)이나 2014〜2019년 경제정의실천연합(경실련)의 토지가액 현실화율(37%)에 비추어 보더라도 실지취득가액으로 볼 수 없다. <표3> 국토부 및 경실련의 토지현실화율과 비교 OOO (나) (쟁점건물의 취득가액에 대하여) 처분청은 답변서에서 “2001년 제2기 C(주)의 세금계산서 매입내역을 확인한 바, 통신공사업, 엘리베이터 제조판매업, 유리제조업, 타일 등 도‧소매업, 석재도매업 등의 업체로부터의 매입이 확인되었다. 따라서 시공자 C(주)가 공사 전반을 수행하였음이 간접적으로 확인된다”라고 하였으나, 위에서 본 바와 같이 쟁 점건물의 장부가액 OOO원은 표준건축비의 64.45%에 불과하여 취득가액의 주요 부분이 허위이거나 증빙이 미비하다는 것을 알 수 있고, 장부가액은 C(주) 발행 세금계산서 수취분(OOO원)만을 장부가액으로 임의 기재한 것일 뿐, 쟁점건물의 건축물대장에 의하여 건축허가비(2001.6.18.), D건축사사무소의 설계비 및 감리비, 8대의 옥외주차장 설치비, 부패탱크식 200인용 오수정화시설, 승강기 1대 설치비, 취·등록세, 각종 분담금 등 제세공과금 등 쟁점건물 신축공사비의 중요한 비용이 누락되어 있음이 확인된다.
(1) 장부가액이 실지취득가액이라고 볼 수 있는 증빙이 부족하므로 과세가 부당하다는 주장에 대하여 (가) 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하고, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자가 장부가액을 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 하여야 한다(서울고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결 외 다수 참조). (나) 청구인은 다수의 판례 및 조세심판결정례 등을 제시하며 장부기재가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 주장하나, 청구인이 제시한 판례 등은 취득 당시에는 장부기장을 하지 않다가 취득 이후 복식부기의무자로 전환이 되어 장부기장을 하는 경우이거나, 감가상각비가 현저하게 과소한 경우이거나, 별도 공사비 등이 입증된 경우 등 장부가액을 부인하려는 납세자가 장부가액을 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명한 경우이다. (다) 또한, 청구인은 장부가액을 취득가액으로 산정하는 것이 부당하다는 주장의 근거로 국세청 예규를 제시하고 있으나, 이는 청구인이 국세청 예규를 오인하고 있는 것으로, 위 판례와 같이 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액으로 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하고, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자가 장부가액을 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 하는 것이다. 즉, 납세자는 그 취득에 대한 실지거래가액을 가장 잘 알 수 있으므로 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 아니하고는 장부가액을 바로 실지거래가액이라고 할 수 없으나, 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 되는 것이다. (라) 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 신축한 거래당사자로, 취득당시부터 복식부기의무자로 장부가액을 계상하였고, 쟁점건물을 신축한 후 계속 사업용으로 사용하였고, 사업소득금액 계산시 계속하여 감가상각비를 계상하고 필요경비로 공제하였으며, 쟁점건물 신축 시공자인 C(주)가 발행한 세금계산서로 장부가액이 확인가능하므로 장부가액이 실지취득가액이라는 충분한 사정이 증명된다. (마) 조사관서가 장부의 기재를 실지취득가액으로 볼 수 있는 상당한 사정을 위와 같이 증명하였음에도 청구인은 조사관서가 요구한 재무제표 상 장부가액의 산정 근거는 제시하지 아니하였고, 실지 취득가액에 대한 자료를 요청하였으나 관련 증명서류 역시 제출하지 못하였다. (바) 납세의무자가 과세자료의 수집에 협조를 하지 않는 상황에서 과세관청으로 하여금 20여년 전의 쟁점부동산의 매입과 신축에 들어간 비용과 관련한 자료 등의 자료를 직접 수집하여 장부가액이 실지취득가액과 일치한다는 점을 증명하도록 요구하는 것은 부당하다. (사) 청구인이 종합소득세 신고시 첨부한 결산서상 취득가액 및 감가상각비는 납세의무자로서 세법상 성실하게 작성하였음을 전제로 하므로 명백한 근거 없이 부인할 수는 없다고 할 것인바(조심 2019중2708, 2020.4.8.), 납세의무자가 종합소득세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 제출한 장부를 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고‧납부체계의 근간을 뒤흔들게 되며, 납세의무자가 증빙서류의 보관기간인 5년이 지난 이후에 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익의 산정이 불리하다고 판단하는 경우 증명서류 미보관을 이유로 환산취득가액을 취사선택할 수 있어 이를 조세회피에 부당하게 사용할 우려가 있다(서울고등법원 2014.8.20. 선고 2014누40038 판결).
(2) 쟁점토지의 장부가액은 소득세법 제97조 제1항 1호 에 규정된 실지거래가액에 해당하지 아니한다는 주장에 대하여 (가) 청구인은 소득세법상 양도소득세 계산 시 토지의 재무상태표상 장부가액이 실지거래가액이라고 규정한 바 없다고 하나, 소득세법 제39조 와 같은 법 시행령 제89조에서 타인으로부터 매입한 자산의 장부가액은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 실지취득가액이 장부가액으로 계상되고 양도소득세 취득가액으로 활용될 수 있는 것이다. 청구인은 실지매입가액을 알지 못해 보충적 평가가액 등 임의의 금액으로 토지의 장부가액을 산정하였다고 주장하나, 청구인은 매입당사자이며 매입 당시부터 복식부기의무자로 쟁점토지의 장부가액을 계상하였다. 그럼에도 불구하고 장부가액을 몰라서 임의 평가액으로 장부를 계상하였다는 것은 이해가 되지 않는다. (나) 청구인은 취득 당시부터 복식부기의무자였으며 쟁점부동산을 매입하여 직접 신축하였고 이를 지속적으로 임대해 온 당사자였으며, 복식부기의무자로서 쟁점부동산에 대해 장부에 기장하여 왔다. 따라서 청구인은 실제 취득가액 및 이와 관련한 일체의 서류 등을 직접 소지하거나, 알고 있거나 쉽게 알 수 있는 상황이므로 실제 취득가액을 쉽게 증명할 수 있을 것이라 기대할 수 있는바, 매입 당시의 금액을 기억하지 못하므로 환산취득가액으로 취득가액을 산정해야 한다는 주장은 타당하지 아니하다.
(3) 쟁점건물의 장부가액에 전기공사비 등이 누락되어 실지취득가액으로 볼 수 없다는 주장에 대하여 (가) 청구인은 일반건축물대장을 제시하며 전기공사비 등 관련 비용이 누락되었다고 주장하나, 청구인은 시공자 C(주)가 골조공사만을 수행하였다는 자료나 시공자 외 다른 사업자가 수행한 공사 관련 증명서류를 제출하지 못하였다. 2001년 제2기 C(주)의 세금계산서 매입내역을 확인한바, 통신공사업, 엘리베이터 제조판매업, 유리 제조업, 타일 등 도‧소매업, 석재도매업 등의 업체로부터의 매입이 확인되었다. 따라서 시공자 C(주)가 공사 전반을 수행하였음이 간접적으로 확인된다. 이와 같이 C(주)가 골조공사만 수행했고 기타 공사를 다른 사업자에게 도급을 주었다는 청구인의 주장은 근거가 없다. (나) 청구인은 쟁점건물이 장부가액이 과소기재되었다는 근거로 과밀부담금 부과를 위한 표준건축비와 공공건설임대주택 표준건축비를 면적별로 구분·계산하여 제시하였으나, 과밀부담금 부과를 위한 표준건축비는 과밀부담금 부과를 위해 서울 시내 일정 규모 이상의 대형건축물(업무용 25,000㎡)을 대상으로 적용하는 것이며, 공공건설임대주택 표준건축비는 정부가 임대아파트를 지을 때 기준으로 삼는 건축원가인바, 대형건축물이나 공공건설임대주택도 아닌 쟁점부동산의 건축비를 산정하기에는 그 적용 대상이 달라 참고자료로 사용할 수 없고, 계산시 상업용과 주거용의 면적으로 구분하여 계산하는 것은 자의적인 계산법이다. 쟁점부동산이 표준건축비의 대상이 된다고 하더라도 표준건축비는 참고자료일 뿐 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하기는 어렵다(조심 2022인22, 2022.4.26.). 청구인의 주장처럼 건물 장부가액에 누락된 공사비용이 존재한다면 누락된 공사에 대한 그 내용을 입증할 수 있는 세금계산서, 금융증빙, 지급명세서 등 객관적인 증빙서류로 그 공사내역 및 가액을 입증하고 장부가액을 허위로 기장한 납득할 만한 사정 등 제시하여야 할 것이다.