청구법인이 산정한 상시근로자 수에 오류가 있는 것으로 보이므로 처분청은 청구법인이 제출한 근로계약서, 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험 납부확인서 등을 토대로 청구법인의 2018~2021사업연도 상시근로자 수를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2018~2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단됨
청구법인이 산정한 상시근로자 수에 오류가 있는 것으로 보이므로 처분청은 청구법인이 제출한 근로계약서, 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험 납부확인서 등을 토대로 청구법인의 2018~2021사업연도 상시근로자 수를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2018~2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단됨
[사건번호] 조심2024중2327 (2024.12.24) [세 목] 법인 [결정유형] 재조사 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 관련 증빙서류 미제출 등으로 인해조세특례제한법제29조의7(고용증대 세액공제) 및 제30조의4(사회보험료 세액공제)에 따른 세액공제액을 산정하기 어렵다고 보아 2018~2021사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분의 당부 [결정요지] 청구법인이 산정한 상시근로자 수에 오류가 있는 것으로 보이므로 처분청은 청구법인이 제출한 근로계약서, 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험 납부확인서 등을 토대로 청구법인의 2018~2021사업연도 상시근로자 수를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2018~2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단됨 [관련법령] 조특법 제29조의7 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] AAA세무서장이 2023.12.29. 청구법인에게 한 2018~2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 제출한 근로계약서, 연도별 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험 가입자 명부 등을 토대로 청구법인의 2018~2021사업연도 상시근로자 수를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 1차·2차 보완요구 및 심판청구 과정에서 상시근로자와 관련한 근로계약서 등을 모두 제출하였고, 제출된 근로계약서 등 증빙서류를 보면 청구법인의 상시근로자 수를 연도별로 확인할 수 있으므로 이를 근거로 2018~2021사업연도 청구법인의 고용증대 및 사회보험료 세액공제액을 재산정하여 법인세를 경정하여야 한다.
(2) 청구법인은 당초 경정청구 시 포함하였던 상시근로자 중 E, F, 심은영을 단시간 근로자로 재분류하였고, B 등 4명은 상시근로자에서 제외하는 등 처분청의 의견을 수용하여 청구취지를 변경하는 등 오류를 자체 정정하였다.
(4) 또한 처분청은 근로계약서의 양식이 상이한 점을 문제삼고 있으나, 근로계약서는 계약서상에 근로조건이 명시되면 근로계약서로서 효력이 있는 것이며, 그 서식이 상이하다고 하여 그 효력이 부인될 수는 없는 것이다.
(3) 마지막으로 처분청은 청구법인이 1차·2차 보완요구에 따른 자료를 제출한 후 추가 확인 요청에 응하지 않았다는 의견이나, 청구법인 대리인이 건강상의 이유로 대응이 늦어졌던 것이고, 이에 대하여 청구법인도 송구하게 생각하고 있다. 하지만 청구법인은 고의적으로 증빙자료를 제출하지 않은 것이 아니며, 처분청 요청에 성실하게 응하였고 기한 내 정당한 절차를 진행하였다.
(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에도 부합한다 할 것이므로 감면요건에 대한 입증은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다.
(2) 또한 근로기준법제42조는 사용자는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제116조는 이를 위반한 경우 OOO원 이하의 과태료를 부과한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제22조는 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류란 근로계약서, 고용·해고·퇴직에 관한 서류를 말한다고 하면서 보존기간 기산일을 근로계약서는 근로관계가 끝난 날, 고용, 해고 또는 퇴직에 관한 서류는 근로자가 해고되거나 퇴직한 날로 규정하고 있다.
(3) 따라서 청구법인으로서는 고용증대 세액공제 내지 중소기업 사회보험료 세액공제를 적용받기 위해서는 해당 사업연도에 상시근로자 수가 증가하였음을 입증하여야 하고, 그 입증은 근로기준법상 보존의무가 있는 근로계약서 등 증명서류에 의하여야 한다.
(4) 더욱이 청구법인이 1차 보완요구에 따라 제출한 근로계약서를 보면 청구법인의 근로자 중에는 1주 동안의 근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상의 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 단시간 근로자가 상당수 포함되어 있는 것으로 확인된다.
(5) 조특법 시행령 제23조 제11항은 상시근로자 수 계산에 있어 근로기준법제2조 제1항 제9호에 따른 단시간 근로자로서 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 0.5명으로 계산하되, 일정 요건을 모두 충족하는 경우에는 0.75명으로 계산하도록 규정하고 있으므로, 청구법인으로서는 경정청구한 사업연도별로 상시근로자 중에 단시간 근로자가 몇 명인지 또한 단시간 근로자 중 0.5명으로 계산하는 근로자와 0.75명으로 계산하는 근로자는 각각 몇 명인지를 확인할 수 있는 자료를 제출하여야 하나, 이를 제출하지 아니하여 결과적으로 공제세액 산출의 가장 기초가 되는 상시근로자 수 증감 내역의 확인이 불가능하게 되었다.
(6) 더욱이 청구법인이 제출한 일부 근로자의 경우 근무기간이 3개월에 불과하였는데, 청구법인이 제출한 근로계약서의 양식이 다른 근로자와 현저하게 달라 해당 계약서의 진위조차 의심스러운 경우도 존재한다.
(7) 나아가 국세기본법 시행령제25조의3 제1항은 경정의 청구를 하려는 자는 경정 전의 과세표준 및 세액 등을 적은 경정청구서를 제출하여야 하여야 한다고 규정하고 있음에도 청구법인은 법령에서 정한 기재사항을 누락한 채 자신만의 독자적인 방식으로 계산한 공제세액을 아무런 증명자료 내지 법적 근거도 없이 제출하였고, 조특법 시행령 제26조의7 제10조에 따른 세액공제신청서도 누락하여 과세관청이 적법한 세액공제금액을 확인하기 어렵게 하였다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 제출한 청구법인의 상시근로자 현황은 아래 <표3>과 같고, 청구법인은 <표3>에 따른 인원들에 대한 ‘근로계약서’ 31건(1차 보완 시 20건, 2차 보완 시 6건, 심판청구 시 5건)과 ‘건강·장기요양보험료 납부확인서’를 각 제출하였으며, 제출된 근로계약서의 양식이 상이한 것으로 나타난다. <표3> 청구법인 상시근로자 및 단시간 근로자 현황(청구법인 제출) (나) 이 건과 관련한 처분청의 ‘경정청구 검토서(2023년 12월)’를 보면 청구법인은 ⅰ) 근로계약서 등 추가 요청자료를 미제출하였고, ⅱ) 2019사업연도 청년 등 상시근로자 수 감소에 따라 2019사업연도 공제금액을 추징하여야 하나 이를 공제신청서에 반영하지 아니하였으며, ⅲ) 2021사업연도 고용증대세액 OOO원 과다 공제혐의와 관련한 소명 요구에 대한 소명자료를 미제출하여 경정청구와 관련한 적정한 세액공제액을 산출하기 어려우므로 경정청구를 기각하여야 한다는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구법인이 제시한 연도별 증가한 상시근로자 수 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 연도별 상시근로자 수 내역 (라) 처분청이 청구법인에게 보완을 요구를 공문과 보완요구 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 처분청의 보완요구 내역 (마) 청구법인은 처분청의 보완요구에 따라 ⅰ) 근로계약서(A 외 30명), ⅱ) 소득자별 근로소득 원천징수부(A 외 30명), ⅲ) 4대 사회보험 사업장 가입내역 확인서, ⅳ) 4대 사회보험 사업장 가입자 명부(퇴사자 OOO 외 12명 제외), 연도별 건강·장기요양보험료 납부확인서(근로자별 납부내역 포함) 제출하였고, 근로계약서상 근로자와 제출된 근로소득 원천징수부 등의 내역이 일치하는 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 제출한 근로계약서 등 자료만으로는 조특법 제29조의7과 제30조의4에 따른 세액공제액을 산정하기 어려우므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 경정청구 시 미제출하였던 일부 증빙서류를 포함하여 2018사업연도 이후 근로계약서와 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험료 납부확인서 등 처분청이 보완요구 시 요청한 자료를 심판청구 시까지 모두 제출하는 등 세액공제액 산정에 필요한 증빙은 모두 제시하였으므로 증빙부족을 이유로 경정청구를 전부 거부한 처분은 잘못이라고 보인다. 그러나 청구법인이 제출한 근로계약서 형태가 일부 상이하고, 청구법인은 당초 B, C, D 등 4명을 상시근로자에 해당한다고 주장하였으나 심판청구에 이르러 상시근로자에서 제외하였으며, E와 F 등 일부는 상시근로자가 아닌 단시간 근로자에 해당하는 것으로 확인되는 등 청구법인이 산정한 상시근로자 수에 오류가 있는 것으로 보이므로 처분청은 청구법인이 제출한 근로계약서, 근로소득 원천징수부, 4대 사회보험 납부확인서 등을 토대로 청구법인의 2018~2021사업연도 상시근로자 수를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2018~2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.
2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
⑤ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다. 제30조의4(중소기업 사회보험료 세액공제) ① 중소기업이 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 청년 및 경력단절 여성(이하 이 조에서 “청년등”이라 한다) 상시근로자고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 100
2. 청년등 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 외 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 외 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 50(대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 100분의 75)
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
③ 중소기업 중 대통령령으로 정하는 기업이 2020년 1월 1일 현재 고용 중인 대통령령으로 정하는 근로자 중 2020년 12월 31일까지 사회보험에 신규 가입하는 근로자에 대하여 신규 가입을 한 날부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액(대통령령으로 정하는 국가 등의 지원금은 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제23조(고용창출투자세액공제) ⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.
1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)
2. 근로기준법 제2조 제1항 제9호 에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.
3. 법인세법 시행령 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원
4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자
5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 국세기본법 시행령제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 사람
6. 소득세법 시행령 제196조 에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자
③ 법 제29조의7 제1항 제1호에서 “청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자”란 상시근로자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 “청년등 상시근로자”라 한다)을 말한다.
1. 15세 이상 29세 이하인 사람 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 사람. 다만, 해당 근로자가 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.
2. 장애인복지법의 적용을 받는 장애인, 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 따른 상이자, 5ㆍ18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률 제4조 제2호 에 따른 5ㆍ18민주화운동부상자와 고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률 제2조 제3호 에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람
3. 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 사람
⑤ 법 제29조의7 제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 법 제29조의7 제1항에 따라 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액(해당 과세연도의 직전 1년 이내의 과세연도에 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 세액을 한도로 한다)
1. 청년등 상시근로자의 감소한 인원 수가 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(표 생략)
2. 그 밖의 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(표 생략)
2. 제1호에 따른 기간의 다음 날부터 법 제29조의7 제1항에 따라 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액(제1호에 따라 계산한 금액이 있는 경우 그 금액을 제외하며, 해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)
1. 청년등 상시근로자의 감소한 인원 수가 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(표 생략)
2. 그 밖의 경우: 최초로 공제받은 과세연도 대비 청년등 상시근로자 및 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 감소한 인원 수(상시근로자의 감소한 인원 수를 한도로 한다)에 대해 직전 2년 이내의 과세연도에 공제받은 세액의 합계액
⑥ 제5항을 적용할 때 최초로 공제받은 과세연도에 제3항 제1호에 따른 청년등 상시근로자에 해당한 자는 이후 과세연도에도 청년등 상시근로자로 보아 청년등 상시근로자 수를 계산한다.
⑦ 법 제29조의7 제1항 및 제2항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.
1. 상시근로자 수: 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합/해당 과세연도의 개월 수
2. 청년등 상시근로자 수: 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합/해당 과세연도의 개월 수 (3) 근로기준법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. “단시간근로자”란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 근로자를 말한다. 제42조(계약 서류의 보존) 사용자는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.