쟁점불량품 매입은 수익이 없는 자산을 매입한 것으로 볼 수 있어법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 법인세법상 부당행위계산 부인 대상으로 보아 쟁점불량품 매입금액을 손금불산입하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
쟁점불량품 매입은 수익이 없는 자산을 매입한 것으로 볼 수 있어법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 법인세법상 부당행위계산 부인 대상으로 보아 쟁점불량품 매입금액을 손금불산입하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 2018년 제1기 부가가치세 부과제척기간 만료일 직전에 이 건 부과처분을 함으로써 청구법인이 과세전적부심사 제도를 활용할 수 있는 권리가 박탈되었고, 이는 중대한 절차적 하자에 해당되므로, 처분청의 2018년 제1기 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다. (가)국세기본법제81조의15 제3항 제3호에서는 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있다. (나) 동 세법규정은 세무조사가 정상적으로 종료된 이후 조사청의 부과처분이 있고 동 부과처분에 대한 납세자의 과세전적부심사청구가 있을 경우 과세관청이 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 부과제척기간 내에 과세관청의 부과권을 행사할 수 없기 때문에 불가피하게 과세전적부심 절차를 생략하고 부과고지 할 수 있다는 취지이다. (다) 하지만 이 건과 같이 과세관청이 세무조사가 종료된 이후 조사결과와 동일한 건으로 조사대상기간 이외의 사업년도에 대해 장기간 과세권을 행사하지 아니하고 있다가 부과제척기간 만료일이 임박하여 납세자의 부과처분에 대한 과세전적부심사청구의 기회를 배제하고 과세권을 행사하는 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아닌 것으로 보인다. 이러한 경우에도국세기본법제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니한다 할 것이다. (라) 2019.6.7.에 이미 동수원세무서장은 중부지방국세청장의 청구법인에 대한 정기 세무조사 결과로 2014년 제2기부터 2017년 제2기까지 청구법인이 수입하여 폐기한 OOO에 대한 매입세액을 불공제하는 처분을 하였는데, 청구법인은 동 건에 대해 현재 행정법원 1심에서 소송을 진행 중에 있다. (마) 청구법인은 2018.7.25. 2018년 제1기 부가가치세를 신고하면서 수입하여 폐기한 OOO 매입세액을 공제하였는데, 이러한 사실은 2019년 세무조사 시점에서도 이미 발생한 사건이었고, 2019년 세무조사가 종료된 이후에도 청구법인에 대한 과세자료와 관련한 소명요구나 조사를 하지 않다가 국세 부과제척기간 만료일(2023.7.25.)이 4일 남은 2023.7.21.에 2018년 제1기에 수입하여 폐기한 OOO에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하였다. (바)국세기본법제81조의15에서 규정하고 있는 과세전적부심사 제도는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자에게 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취 절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 제도이다. (사)국세기본법에서는 과세처분을 하기 전에 과세전적부심사를 할 수 있도록 과세예고통지를 하도록 하고 있고, 예외적인 경우를 제외하고는 이러한 절차를 진행해야 한다. 처분청은 2019년에 청구법인이 2018년 제1기 부가가치세와 관련하여 쟁점불량품에 대한 매입세액을 공제한 사실을 파악하고 있었음에도 부과제척기간이 임박할 때까지 별도의 절차를 취하지 않았다. 처분청이 이미 알고 있었던 과세사실에 대해서 장기간 과세권을 행사하지 않다가 부과제척기간이 임박한 시점에 과세하는 경우까지 예외를 허용하는 것은 납세자의 권리구제를 심대하게 침해하여 합리적이지 않다.
(2) 처분청의 과세처분에 중대한 절차적 하자가 없더라도 청구법인이 수입하여 폐기한 쟁점불량품은 사업과 관련하여 이루어진 것이므로 매입세액은 공제되어야 한다. (가) 쟁점거래는 무수익자산의 매입에 해당하지 않는다.
1. 처분청은 쟁점거래가국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다) 시행령 제3조의2 및 법인세법 시행령제88조 제1항에 해당하는 무수익자산 거래이므로법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상이라는 의견이다.
2. 하지만 쟁점거래가법인세법상 무수익자산 거래에 해당되기 위해서는 쟁점불량품이 청구법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산의 매입이어야 한다(대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 판결).
3. 하지만 쟁점거래는 다음과 같이 청구법인의 수익창출활동을 위해 불가피하고, 쟁점거래를 통해 청구법인의 국내 과세소득을 최대화할 수 있으므로, 쟁점거래가 무수익자산의 매입에 해당한다는 처분청의 의견은 부당하다.
4. a이 임가공하여 전량 청구법인에 공급하는 OOO는 청구법인이 개발한 제품으로 제품의 특성상 고도의 미세공정을 적용하여 제품을 생산하여야 하는바, OOO 생산 과정에서 확인된 수율이 청구법인의 다른 제품군과 비교하여 현저히 낮은 제품으로서 제조과정에서 평균적으로 20% 내외의 불량품 발생은 불가피한 상황이다.
5. 청구법인이 생산과정을 설계하고 a이 이에 따라 생산하는 거래구조인데, 설계단계에서 이미 높은 불량률을 보이는 상태에서 임가공업체가 불량품에 대해서는 대가를 전혀 받지 못하는 것이 제3자 간에도 불합리한 상태이다. 불량의 원인은 제품 생산계획부터 예정된 것으로 단순히 생산만 하는 임가공업체가 불량으로 인한 손해를 부담하는 것은 합리적이지 않다. 이에 따라 청구법인은 불량으로 인한 손실을 부담하고 쟁점불량품도 매입하였다. 따라서 청구법인이 수입한 쟁점불량품은 사업과 관련이 없는 자산이 아니고, 경제적인 합리성이 없이 특수관계인에게 이익을 분여한 거래에 해당되지 않는다. 따라서 부당행위계산 부인 대상인 무수익자산의 매입에 해당되지 않는다.
6. 쟁점거래는 이전가격 측면에서도 합리적인 거래에 해당된다. 청구법인의 이전가격 정책을 살펴보면, 청구법인은 a과의 특수관계인간 쟁점거래에 대하여 거래순이익률법(TNMM)을 정상가격산정방법으로 그리고 총원가가산율(FCMU)을 이익평가지표로 사용하고 있다. 즉 쟁점거래와 관련하여 청구법인은 a의 제조활동과 관련된 모든 제조원가와 판매 및 일반관리비의 합계인 총원가에 적정이익률을 가산하여 총구매가격을 결정하는 이전가격 정책을 적용하고 있다. 상기 사실을 고려할 때, 쟁점거래는 a의 제조비용을 최소화하여 청구법인의 국내 과세소득을 극대화하기 위한 불가피한 조치 이다. 이에 따라 제조과정에서 불가피하게 발생할 수밖에 없는 쟁점불량품을 청구법인이 재매입하는 것을 전제로 이전가격이 결정되었다.
7. 따라서 쟁점거래는 청구법인의 수익파생에 직접적으로 공헌한 거래에 해당하므로 쟁점불량품을법인세법상 무수익자산으로 간주한 처분청의 의견은 부당하다. (나) 청구법인은 쟁점거래를 통해 조세를 부당하게 감소시킨 사실이 없다.
1. 설령 쟁점불량품이 무수익자산으로 간주된다 하더라도 청구법인의 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 한하여법인세법제52조 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 것이고, 경제적 합리성이 있는 경우 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상이 될 수 없다(대법원 2004.10.28. 선고 2004두6280 판결).
2. 청구법인이 쟁점불량품을 유상으로 매입하는 경우 a이 중국의 증치세 및 관세의 불필요한 사외유출을 피할 수 있고, 이는 결국 정상제품의 매입단가를 낮추기 때문에 청구법인의 매입비용이 최소화될 수 있다.
3. 청구법인은 유상사급 방식으로 원재료를 공급하고, a은 원재료 수입 시 중국 현지에서 가공 후 재수출되는 것을 전제로 관세와 증치세를 면제받는다. 다만 중국의 수책(통관) 관리규정상 a은 생산된 제품을 100% 수출해야 원부자재 및 부품 수입 당시 적용받은 관세, 증치세에 대한 면세 효과를 유지할 수 있다. 가공 시 발생한 쟁점불량품을 재수출하지 않는다면 내수판매로 간주되어 당초 면제받았던 원부자재 및 부품의 수입 관세와 증치세를 추가로 부담해야 한다.
4. OOO는 청구법인이 개발한 제품이고 제품특성상 약 20%의 불량품 발생은 불가피하다. 따라서 청구법인이 a으로부터 쟁점불량품을 재매입하지 않는 경우 발생되는 추가 세부담은 a과의 제품거래가격 결정을 위한 이전가격 정책에 따라 청구법인이 부담하여야 한다.
5. 청구법인의 쟁점불량품 재매입비용에 상응하는 매출원가의 추가상승을 고려할 때 쟁점거래는 이전가격 정책상 거래비용 최소화를 위한 합리적인 경제적 의사결정에 해당한다. 따라서 청구법인이 쟁점거래를 통해 국내 과세소득을 부당하게 감소시켰다는 처분청의 의견은 부당하다.
(1) 처분 청이 청구법인에게 2018년 제1기 부가가치세를 부과하면서 과세전적부심사의 기회를 제공하지 않은 것은 정당한 사유가 있으므로 해당 처분은 적법하다. (가) 청구법인은 직전 세무조사가 종료된 이후 조사결과와 동일한 건으로 조사대상 이외의 사업연도에 대해 장기간 과세권을 행사하지 아니하고 있다가 국세부과제척기간의 만료일이 임박하여 경정·고지함으로써 청구법인의 과세전적부심사 청구의 기회를 배제하고 과세권을 행사하는 것은 위법한 처분이라고 주장하고 있다. (나) 과세전적부심사는 사전적 구제제도이기는 하나, 조세부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니고(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결 참조), 2018년 제1기 부가가치세의 제척기간은 2023.7.25.인데 세무조사 결과 통지일인 2023.7.21. 기준으로 제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하이므로국세기본법제81조의15 제3항 제3호가 규정하고 있는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하는 등 처분청의 과세처분은 적법하다(대법원 2022.4.28. 선고 2022두31785 판결 참조). (다) 과세전적부심사 제도는 불복청구 이전 절차의 단계로 다툼소지가 있는 과세의 경우 국고주의적인 과세를 피해 세금을 고지하기 전에 납세자의 권익이 부당하게 침해되지 않도록 하는 한편, 민원을 축소하고 국세행정을 질적으로 향상시켜 세정에 대한 국민의 신뢰성을 높이고자 하는 취지에서 도입한 것이다. (라) 청구법인이 제시한 판례 등은 과세예고통지 자체를 생략하였거나, 장기간 과세자료를 미처리하는 등 과세관청의 귀책이 있는 판례이다. 하지만 이 사건은 세무조사 착수일 기준으로 19일 뒤 국세 부과제척기간이 만료되어국세기본법에 따라 국세를 부과한 건으로서 과세관청의 귀책사유에 해당 하지 않는다. (마) 조사청은 청구법인의 수정(OOO) 사업 부문이 2019년 상반기까지 진행된 것을 확인하였고, a으로부터 쟁점불량품을 매입한 행위가 2019년 상반기에도 이루어진 것을 확인하였다. 직전 세무조사 내역 및 2019년 상반기 내역으로 보았을 때 2018사업연도에도 동일한 거래가 있을 개연성이 충분하여 2018사업연도에 대한 조사범위 확대를 실시한 것이다. (바) 조사범위 확대를 실시하고 2018년 제1기 부가가치세에 대한 제척기간이 임박하여 바로 세무조사 결과를 부분 통지한 것으로서 과세관청에 귀책사유는 없다. (2) 쟁점불량품은 청구법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 없는 무수익자산에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점거래는 무수익자산의 매입거래에 해당하지 않고, 대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 판결을 참조하여 무수익자산 거래에 해당되기 위해서는 불량재고자산 매입이 청구법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산의 매입이어야 한다고 주장하고 있다. 1) 하지만 청구법인이 제시한 대법원 판례에 의하더라도 쟁점거래가 무수익자산의 매입거래에 해당된다는 사실은 명확하다. 쟁점불량품이 무수익자산이 아니라면 현재의 수익파생에 공헌하거나 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 있어야 한다. 2) 청구법인이 매입한 쟁점불량품은 거래처에 납품도 불가능하고, 수입하자마자 청구법인이 별도로 관리하다 폐기하였다. 이러한 점을 볼 때 현재의 수익은 폐기하면서 발생한 스크랩 수익이고, 해당 수익은 매입가액보다 현저히 낮으며, 폐기하였으므로 장래에 수익을 얻을 가망성이 전혀 없다. (나) 청구법인은 쟁점불량품 발생의 원인제공자이고, 청구법인이 OOO의 개발을 담당하였으며, a은 OOO를 단순 임가공한 점, 생산 시 원재료의 하자로 인하여 불량이 발생할 수 있는데 원재료를 청구법인이 a에게 제공한 점, OOO를 생산하는 기계설비 역시 청구법인이 설치한 점 등 세 가지 이유로 청구법인이 쟁점불량품을 매입하여 폐기할 의무가 있다고 주장하고 있다. 1) 청구법인이 제출한 2018사업연도의 개별기업보고서에서는 명확하게 수정(OOO), 관통콘덴서, 광마우스는 a으로부터 매입하는 품목으로 기재되어 있고, 이러한 사실로 보아 a이 OOO를 생산한 것은 청구법인과의 단순 임가공거래가 아닌 제조거래에 해당한다. 2) 청구법인이 주장하는 원재료 및 기계설비의 하자는 청구법인의 일방적인 주장이고, 설령 그러하더라도 그러한 하자가 생산된 쟁점불량품을 매입할 이유가 되지는 않는다. (다) 청구법인은 쟁점거래를 통해 조세를 부당하게 감소시킨 사실이 없고, 경제적 합리성이 있는 거래로 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상이 될 수 없다고 주장하고 있다. 이러한 이유로는 매입비용 최소화 및 이윤극대화 달성을 위해 쟁점불량품을 매입한 것이고, 실질은 임가공거래로 쟁점불량품은 청구법인의 것이며, 이러한 원가를 청구법인이 부담하는 것은 당연하며 경제적으로 합리적인 의사 결정이라는 이유를 들고 있다. 1) 매입비용 최소화 및 이윤극대화를 위해 쟁점불량품을 매입하였다는 주장은 사실과 다르고, a에서 해외의 거래처로 직접 납품되는 상품에 대해 국내로 수입할 이유가 전혀 없으며, 수입하게 되는 경우 운반비용, 관세 등 부대비용 등이 추가로 발생하게 되는 등 매입비용은 오히려 늘어나게 되어 이윤은 감소하게 된다. 2) 청구법인은 유상사급 거래 품목인 관통 콘덴서, 광마우스에 대한 불량품은 a이 자신의 책임하에 폐기하였고, a의 손실로 계상하였다. 이러한 사실은 청구법인의 내부 품의서에서 확인할 수 있다. 3) 유상사급 거래 품목 중 유일하게 쟁점불량품만을 국내로 수입하여 폐기한 행위는 청구법인이 지급할 필요가 없는 비용을 a의 이익 보전을 위해 지급하고 이를 청구법인의 매출원가로 계상함으로써 조세를 탈루한 것이다. (라) 청구법인은 이전가격 측면에서 쟁점거래가 적정하다고 주장하나, 쟁점거래는 국조법을 적용받지 않고,법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 거래이다. 국조법 제3조 및 같은 법 시행령 제3조에 따르면 수익이 없는 자산을 매입하는 경우에는 국제거래에 관해서도법인세법제52조 부당행위계산 부인 규정을 적용하는 것이 타당하다. 따라서 청구법인이 이전가격 측면에서 쟁점거래가 정당하다는 주장은 법률을 잘못 적용한 결과에 불과하다.
① 부과제척기간이 임박하여 한 2018년 제1기 부가가치세 부과처분이 납세자의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자있는 처분에 해당하는지 여부
② 해외특수관계법인이 유상사급 방식으로 생산한 쟁점불량품을 매입하여 폐기한 것이 무수익자산 매입에 해당하여법인세법상 부당행위계산의 부인 대상인지 여부
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용 을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
(2) 국세조세조정에 관한 법률 제3조(다른 법률과의 관계) ① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.
② 국제거래에 대해서는소득세법제41조와법인세법제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.
(3) 국세조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2(부당행위계산 부인의 적용 범위) 법 제3조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산의 증여 등”이란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우
2. 수익이 없는 자산을 매입하였거나 현물출자를 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
법인세법 시행령제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우
(4) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
(6) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 부가가치세법 시행령 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.
(1) 쟁점①과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 중부지방국세청장은 2019.2.25.부터 2019.5.23.까지 청구법인에 대하여 2014～2017사업연도 법인통합조사를 실시하여 쟁점②를 포함한 탈루·오류가 있다고 판단한 항목에 대한 과세자료를 동수원세무서장에게 통보하였고, 동수원세무서장 은 이에 따라 2019.6.7. 청구법인에게 2014～2017사업연도 법인세 합계 OOO원(이의신청 결과 OOO원이 감액경정되었음) 및 2014년 제1기～2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다. (나) 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.30., 2020.9.11. 각각 이의신청과 심판청구(조심 2020중8188, 2021.12.28.)를 거쳐 현재 행정법원에서 1심이 진행 중이다. (다) 조사청은 2023.7.6. 청구법인의 2019∼2021사업연도에 대한 법인통합조사에 착수(조사기간: 2023.7.6. ∼ 2023.10.13.)하였다가, 조사도중 청구법인의 세금탈루 혐의가 2018사업연도까지 있는 것을 확인하고 조사범위를 2018사업연도까지 확대하였다. (라) 조사청은 전체 조사가 종결되기 전에 2018년 1월∼6월까지 청구법인이 a으로부터 매입한 OOO원의 쟁점불량품이 무수익자산으로 매입세액 불공제대상에 해당한다고 보아 부가가치세 OOO원과 가산세 OOO원을 가산한 OOO원을 경정·고지한다는 내용의 세무조사 결과통지서와 납세고지서를 2023.7.21. 청구법인에게 전자송달하였다.
(2) 쟁점②와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 2018사업연도 개별기업보고서에 나타난 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인의 국외특수관계인의 법적 소유구조는 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 국외특수관계인의 법적 소유구조
2. 중요한 특수관계거래에 대한 설명과 거래발생 배경은 다음과 같다.
3. 청구법인은 개별기업보고서에 ‘수정’으로 표기한 OOO를 재고매입으로 보아 ‘상품’으로 표기하고 있고, 재고자산명세서에도 제품과 상품으로 구분하면서 OOO를 ‘상품’으로 분류하고 있다.
4. 청구법인은 OOO, 관통 콘덴서, 광마우스 등을 계약서 없이 유상사급거래로 a을 통하여 생산하고 있다.
5. 임가공거래 및 재매입거래(유상사급)의 기능분석 내용은 다음과 같다.
6. 임가공거래 및 재매입거래(유상사급)의 위험분석 내용은 다음과 같다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 부과제척기간이 임박하여 한 2018년 제1기 부가가치세 부과처분은 청구법인의 과세전적부심사청구권을 사실상 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있는 것이라고 주장하나, 국세기본법제81조의15 제3항 제3호는 세무조사 결과 통지를 하는 날부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사청구를 할 수 없는 것으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 처분청이 과세자료를 수보한 후 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않은 경우가 아니고, 조사청의 세무조사 결과통지일(2023.7.21.)부터 국세 부과제척기간의 만료일(2023.7.25.)까지의 기간이 3개월 이하에 해당하여 위 규정에 따라 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니하였을 뿐, 처분청의 경정·결정이 지연되었다고 하여 절차상 중대한 하자가 존재한다고 보기는 어려운 점, 중부지방국세청장이 실시한 2014∼2017사업연도 법인통합조사 및 이후 제기한 심판청구(조심 2020중8188, 2021.12.28.) 결과 등을 감안하면 청구법인은 2018년 제1기 부가가치세가 부과될 수 있음을 어느 정도 예상할 수 있었을 것으로 보임에도 이 건 처분 전까지 수정신고를 한 사실이 없는 점, 그 밖에 처분청이 부과제척기간이 3개월 이내로 임박하였다는 이유로 청구법인에게 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않았다고 하더라도 사후적 구제절차로서 법령에서 규정한 이의신청·심사청구·심판청구·행정소송 등의 절차를 통하여 과세의 적부에 대하여 불복할 수 있는 절차가 존재하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점불량품은 사업과 관련하여 수입하여 폐기한 것으로 이를 무수익자산으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 부당하다고 주장하나, 국조법 제3조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제3조의2 제2호에 따라 수익이 없는 자산을 매입하는 경우에는법인세법제52조에 따른 부당행위계산 부인 규정의 적용대상인바, 쟁점불량품의 폐기 시 발생하는 수익이 구입 시 발생하는 비용보다 적은 것으로 나타나는 점, 따라서 쟁점불량품의 매입은 수익이 없는 자산을 매입한 것으로 볼 수 있어법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상으로 보이는 점, 법인세법 시행령제88조 제1항은 부당행위계산 부인에 대한 예시규정이고, 같은 조 제2항에 따른 ‘무수익자산’에 대하여 별도로 그 종류를 제한하고 있지 아니한 점, OOO는 유상사급거래(재매입거래)의 대상으로 원칙적으로 생산자인 a이 불량품에 대하여 법적 책임이 있는 것으로 보이고, 개별기업보고서 등에서도 무상사급과 달리 유상사급의 경우에는 청구법인의 재고위험이 제한적이라고 적시하고 있는 점, 청구법인이 유상사급으로 공급받는 관통콘덴서 및 광마우스의 불량품에 대해서는 해외현지법인의 영업외비용으로 계상하면서도 OOO에 대해서만 청구법인의 손금으로 계상하는 것에 대한 합리적인 이유를 찾기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래를법인세법상 부당행위계산 부인 대상으로 보아 쟁점불량품의 매입금액을 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구법인에 대한 경정·고지 내역 (단위: 원)
심판청구를 기각한다.