[요지] 쟁점업체들이 청구법인에게 ㅁㅁ의 처리를 부탁하면서 이를 재화로 소비할 때의 가치를 감안하여 온전한 수준의 처리용역의 대가보다 적은 금액을 대가로 산정ㆍ지급하였다고도 볼 수 있는 점, 청구법인은 본인에게 필요한 물품이어서 ㅁㅁ를 공급받았다고 설명하면서도 오히려 대금을 수취하여야 하는 공급자처럼 단가의 인상을 요구한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어려움
[요지] 쟁점업체들이 청구법인에게 ㅁㅁ의 처리를 부탁하면서 이를 재화로 소비할 때의 가치를 감안하여 온전한 수준의 처리용역의 대가보다 적은 금액을 대가로 산정ㆍ지급하였다고도 볼 수 있는 점, 청구법인은 본인에게 필요한 물품이어서 ㅁㅁ를 공급받았다고 설명하면서도 오히려 대금을 수취하여야 하는 공급자처럼 단가의 인상을 요구한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2019중1382
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 관련 현황을 설명하면, 다음과 같다. (가) 주정을 생산하는 과정에서 발생되는 폐수에는 고형물과 고농도 유기물 등이 포함되어 있고, 주정 제조자는 물환경보전법상 배출기준을 충족할 수 있는 수질오염방지시설을 갖추어 해당 폐수를 처리해야 한다. 이에 청구법인은 생물학·화학적 공정을 통해 일일 최대 1,353.8톤의 주정 폐수를 처리할 수 있는 수질오염방지시설을 구축하여 운영하고 있을 뿐만 아니라, 환경당국의 승인을 받아 해당 수질오염방지시설에 유기탄소원 균등투입설비를 설치하였고, 2019년경부터 쟁점업체들로부터 폐기물관리법상 유기탄소원인 R-4-9를 무상으로 공급받아 수질개선용품으로 사용하는 한편, 쟁점업체들로부터 이에 대한 장려금조로 쟁점금액을 수취하여 영업외수익 계정으로 회계처리하고 있다. (나) 환경부는 런던의정서에 따라 2013년부터 음식물 폐수의 해양배출이 전면금지되자, 음식물 폐수 해양 투기 금지에 따른 대책 추진 경과를 발표하는 등 폐기물 재활용 관리제도의 선진화를 추진하였는데, 청구법인은 이에 따라 허가받은 폐기물재활용업자와 계약하여 폐기물관리법 시행규칙에 규정된 재활용품인 폐기물관리법상의 유기탄소원 R-4-9를 공급받아 이를 사용할 수 있도록 승인받고, 균등투입설비를 갖춘 수질오염방지시설에서 수질처리개선용품으로 사용하고 있는 것이다. (다) 즉, 청구법인은 쟁점업체들로부터 재활용품인 R-4-9를 무상으로 공급받으면서 장려금을 지급받은 것일 뿐, 쟁점업체들에게 폐기물 처리용역을 제공한 것이 아니고, 이와 관련하여 폐기물관리법을 위반한 사실도 없는데, 조사청은 청구법인이 쟁점업체들로부터 “사실상 폐기물”을 반입하여 처리함으로써 쟁점업체들에게 폐수처리용역을 제공하였다고 보아, 세금계산서 미발급에 대한 부가가치세를 부과하였는바, 이는 사실관계를 왜곡한 위법한 처분이다. (라) 이에 대하여 보다 자세히 살펴보려면 청구법인이 무상공급받은 R-4-9가 폐기물(폐수)에 해당하는지 및 청구법인이 R-4-9를 가지고 한 행위가 폐기물 처리행위인지 여부를 살펴보아야 하는데, 그 내용은 이하와 같다.
(2) R-4-9는 폐기물이 아니라, 음식물 폐수를 재활용하여 만들어진 것으로서 폐기물관리법으로부터 인정받은 재활용품에 해당한다. (가) 폐기물관리법상 폐기물과 재활용은 당연히 구분되는 개념인데, 폐기물은 사업활동에 필요하지 않게 된 물질인 반면, 재활용이란 폐기물을 재사용ㆍ재생이용하거나 재사용ㆍ재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동을 말하는바, 폐기물을 재활용했다면 당해 재활용품은 폐기물이 아니다. 대법원도 ‘폐기물관리법 제2조 제1호는 “폐기물”이란 쓰레기․연소재․오니․폐유․폐산․폐알카리․동물의 사체 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 않게 된 물질을 말한다고 규정하고 있어, 당해 사업장의 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질은 비록 그 물질이 재활용의 원료로 공급된다는 사정만으로는 폐기물로서의 성질을 상실하지는 않는다고 할 것이나(대법원 2001.6.1. 선고 2001도70 판결), 그 물질을 공급받은 자가 이를 파쇄ㆍ선별ㆍ풍화ㆍ혼합ㆍ숙성의 방법으로 가공한 후 완제품을 생산하는 경우에 있어서는 그 물질을 공급받는 자의 의사, 그 물질의 성상 등에 비추어 아직 완제품에 이르지 않았다고 하더라도 위와 같은 가공과정을 거쳐 객관적으로 사람의 생활이나 사업활동에 필요하다고 사회통념상 승인될 정도에 이르렀다면 그 물질은 그때부터는 폐기물로서의 속성을 잃고 완제품 생산을 위한 원료물질로 바뀌었다고 할 것이어서 그 물질을 가리켜 사업활동에 필요하지 않게 된 폐기된 물질, 즉 폐기물에 해당한다고 볼 수는 없다고 할 것이다(대법원 2002.12.26. 선고 2002도3116 판결)’고 판단하였다. (나) 폐기물관리법 시행규칙 별표4의2는 R-4-9를 수처리제나 유기탄소원, 응집제 등 수질개선을 목적으로 하는 제품을 제조하는 재활용 유형으로 명시하고 있는바, R-4-9는 법령상 재활용품에 해당하는 것으로서, 폐기물이 아니다. 특히, R-4-9는 포괄적 허가가 아니라 구체적인 시설과 기준을 갖추어 개별적으로 허가받은 재활용업자가 음폐수를 사업활동에 사용할 수 있도록 ‘발효’라는 재활용 공정을 거쳐 생산하는 것이므로 폐기물에 해당할 수 없다. (다) 또한, 쟁점업체들 중 ㈜A은 2016.7.21. 재활용 관리제도 선전화 이후 분리ㆍ발효 등의 과정을 거치도록 하는 관련 규정에 근거하여 원심분리기, 산 발효탱크 등의 재활용시설과 부대시설을 추가로 설치하고, 공정도를 첨부하여 2018.5.14. 자체 발생 액상 폐기물로 유기탄소원을 제조할 수 있는 R-4-9 유형에 대한 재활용 허가를 받아 R-4-9를 제조하고 있으므로, R-4-9는 적법하게 허가받은 재활용업자가 만든 재활용품일 뿐, 폐기물이 아니다. (라) 청구법인이 공급받아 사용하는 R-4-9와 폐기물처리업자가 반입하여 수탁처리하는 음식물류 폐기물(음폐수)을 비교하면, 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ R-4-9과 음식물류 폐기물의 비교 구분 R-4-9 음식물류 폐기물(음폐수) 거래형식 제품의 공급 용역의 제공 반입목적 유기물/미생물 균형유지 폐기물 수탁처리 특성 분리, 혼합, 발효 등 과정을 거쳐 탁도 및 점도가 월등히 개선 고형물만 제거된 상태이므로 탁도 및 점도가 매우 높음 성분 분석 (mg/L) COD 40,000 82,500 T-N 1,344 1,697 T-P 306 245 SS 353 42,866 n-H 151 N. A. 비고 R-4-9 유형의 재활용 기준충족 음폐수(음식물류 폐기물) 사진 (마) 청구법인은 이 건 세무조사 기간 중 환경부와 경기도 안산시(산단환경과)에 청구법인의 이 건 거래와 R-4-9 사용에 대한 적법성에 대하여 질의하였는데, 양 기관 모두 청구법인이 별도의 폐기물처리업 허가를 득하지 않아도 R-4-9를 사용할 수 있다고 회신하였고, 청구법인이 경기도 안산시 산단환경과의 요청에 따라 2021.10.8. 유기탄소원 사용에 대한 자료를 제출하고 지도․점검을 받은 결과에서도 위법사항은 지적되지 않았다(경기도 안산시 산단환경과의 지도․점검표에는 신고필증상 기재된 폐기물배출공정에 특이사항이 발견되지 않았다고 기술되어 있다). 참고로, 경기도지사의 2018.10.15.자 폐수 배출시설 변경신고 수리 공문에 포함된 폐수처리계통도에는 유기탄소원 정량투입시설 및 투입공정이 명시되어 있는바, 이는 청구법인이 R-4-9를 사용함에 있어 위법이 없음을 방증한다.
(3) R-4-9는 청구법인이 주정 폐수의 질소 제거 공정에서 수질개선을 위한 제품으로 사용한 것인바, 주정 폐수 처리 과정상 꼭 필요한 것으로서 폐기물이 아니다. (가) 청구법인의 주정 폐수 처리 공정은 크게 생물학적 공정과 물리화학적 공정으로 구분되는데, 생물학적 처리공정(혐기성 소화조, 폭기/탈질조)은 원폐수(주정 폐수)의 유기물 분해 및 질소 처리를 말하고, 물리화학적 처리공정(가압부상조, 침전조 및 화학처리조)은 생물학적 처리 공정 이후의 원폐수(주정 폐수)와 세척수 등 공정 폐수에 포함되어 있는 콜로이드성, 난분해성 물질 등을 물리화학적으로 처리(고형물 및 현탁물질 침강, 응집 등)하는 것을 말한다. 이 때, 안정적인 질소화합물 처리를 하려면 생물학적 처리 즉, 미생물을 활성화시켜 호기성(생물이 공기ㆍ산소가 존재하는 조건에서 자라거나 살 수 있는 성질)ㆍ혐기성(공기 중의 산소를 필요로 하지 않는 성질) 분해 등을 통해 질산화 및 탈질화 공정으로 질소화합물을 제거하고, 최적의 C/N ratio(탄소원과 질소이온의 비율로서 그 수치가 2∼3일 때 탈질 반응이 잘 반응한다)를 달성하기 위해서는 탄소원이 필수적으로 요구된다. (나) 청구법인이 R-4-9가 아닌 광의의 유기탄소원으로서 폐기물 처리의 대상인 음폐수를 반입받아 처리하였다면, 폐수처리공정 내 유기물 부하 등으로 T-N 처리(총 질소처리) 효율이 저하되었을 것이나, T-N 처리 효율은 쟁점업체들과의 R-4-9 공급계약 체결일(2019년) 이후 상승되었는바, 이는 R-4-9가 폐기물이 아니고, 청구법인의 주정 폐수 처리에 꼭 필요한 물질에 해당한다는 사실을 방증한다.
(4) R-4-9는 범용제품이 아니라 정해진 시설에서만 사용할 수 있어 그 수요처가 한정된 제품으로, 청구법인은 이를 적법하게 사용하고 있다. R-4-9 유형의 재활용 기준으로는 물질함량기준, 오염물질 배출기준, 설비기준이 있는데, 발효란 액상폐기물에 있는 유기물질이 탄소원으로 사용되기 위해 분해되는 과정으로, 적정량을 초과하여 공급되는 발효된 액상폐기물은 오히려 수질오염을 유발할 수 있으므로 균등하게 투입할 수 있는 설비를 통해 적정량이 수질오염방지시설에 투입될 수 있도록 별도의 설비기준이 존재한다(환경부의 “재활용 관리제도 종합해설서”, 2016년 8월). 즉, R-4-9가 과다투입되는 경우에는 수질오염방지시설에서조차 오염을 유발할 수 있으므로, 환경부는 R-4-9의 과다투입을 방지하기 위하여 균등투입설비를 설치하도록 규제하고 있는 것이다. 이에 따라 청구법인은 균등투입설비를 설치하였고, 2018년 10월 환경당국으로부터 R-4-9 사용시설에 대한 승인을 받아 이를 적법하게 사용하고 있다.
(5) 쟁점금액은 청구법인이 쟁점업체들로부터 장려금 성격으로 받은 금원이다. (가) 조사청은 법원의 판결(광주지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합10875)을 근거로, 특정 금원이 보상의 실시ㆍ내용이 임의적이고, 매출액ㆍ거래수량의 많고 적음에 따라 적용 내용ㆍ대상에 제한 또는 차등이 있으며, 해당 금원의 지급으로 인하여 판매물품의 가격에 미치는 영향이 간접적인 경우에는 장려금에 해당하나, 쟁점금액은 이와 같은 기준에 부합하지 않으므로, 장려금이 아니라는 의견이다. 그러나 해당 기준은 법원이 장려금 중에서도 상품 유통과 관련한 판매장려금에 관하여 설시한 것이고, 해당 판결은 과세당국이 특정 금원을 장려금이 아닌 용역의 대가라고 보아 부가가치를 부과한 처분에 대하여 용역의 대가가 아닌 매출에누리로 보아 과세처분을 취소한 사안이므로, 이 건에 직접 원용할 수 없다. 이 건에서의 쟁점금액은 음폐수의 재활용품으로서 수질오염방지시설에 한하여 사용할 수 있는 R-4-9에 대한 장려금조로 지급된 것이므로, 기존의 전통적인 상품 유통에서의 판매장려금 판단기준을 적용할 수는 없는 것이다. (나) 국무총리실 산하 정부출연 연구기관인 한국환경연구원의 2022년 연구결과(음식물쓰레기 자원화 현한 및 정책과제, 한국환경연구원 KEI 정책보고서 OOO, OOO·OOO·OOO·OOO)의 내용에 의하면, 음식물 쓰레기의 자원화 산물의 질이 높지 않아 퇴비나 사료로의 수요처 확보에 어려움이 있고, 자원화 과정에서 발생하는 음폐수에는 고농도의 유기물이 포함되어 있어 시설운영에 부담으로 작용하므로, 쟁점업체들이 청구법인에게 음폐수의 재활용품인 R-4-9의 장기적ㆍ안정적인 사용촉진을 목적으로 이를 무상공급하는 동시에 장려금까지 지급하는 것이 전혀 이상한 것이 아님을 알 수 있다. 참고로, 과세당국은 ‘부동산임대사업자가 임대차계약을 체결하면서 임대료를 임차인의 해당 월 총수입에서 운영비용을 차감하여 다음 달의 월확정임대료로 산정하여 지급받고, 임차인의 특정 월 운영비용이 총수입을 초과하는 때에는 그 초과금액(손실보전금)을 임대인이 임차인에게 보전하기로 약정한 경우, 해당 손실보전금은 부가가치세법 제29조 제6항에 따른 장려금이나 이와 유사한 금액으로서 과세표준에서 공제하지 아니하는 것이므로, 같은 법 시행령 제70조에 따른 수정세금계산서 발급대상에 해당하지 아니하는 것’에 해당한다고 보아, 장려금 및 그 유사금액의 범위를 매우 폭넓게 해석하고 있다(국세청 부가, 서면-2015-법령해석부가-22426, 2015.5.28.). 이와 같이 부가가치세법상 장려금은 재화ㆍ용역의 대가가 아닌 약정 등에 의하여 대가와 별개로 지급되는 금품으로, 재화ㆍ용역을 공급하는 거래 일방이 당해 거래에서 부수적ㆍ추가적으로 기대하는 목적을 달성하기 위하여 재화나 용역을 공급받는 다른 일방에게 지급되는 유인책으로 보아야 하고, 이 때 쟁점금액은 장려금의 성격을 갖는다. (다) 한편, 조세심판원은 과세당국이 음식물류 폐기물 재활용업자가 재활용한 제품을 무상으로 공급받아 사용하면서 장려금을 지급받은 거래를 무허가 용역 공급거래 후 그 대가를 수수한 거래로 보아 부가가치세를 부과한 사안에서, 해당 음식물류 폐기물은 재활용 공정을 거친 것이어서 폐기물로 보기 어렵고, 해당 업체는 재활용 공정을 거친 제품을 단순히 다른 사료와 섞어 사용하였을 뿐이며, 수수한 금원은 재활용품의 사용이 기피되자 수요를 진작시킬 목적으로 지급된 장려금에 해당한다고 보아, 청구주장을 인용하였는데(조심 2019중1382, 2019.11.19.), 해당 사례의 사실관계는 이 건과 정확히 동일하다.
1. 앞서 계속 설명한 바와 같이, 유기탄소원인 R-4-9는 음식물류 폐기물을 재활용하는 과정에서 발생된 음폐수를 발효하는 등의 재활용 공정을 거친 결과 생성된 물질로, 산업 폐수에 대한 생물학적 질소 제거 공정에 사용되는바, 폐기물이 아닌 재활용품에 해당한다. 더욱이 이 건과 같이 수질오염방지시설에서 사용하는 경우에는 폐기물이 아닌데, 실제로 청구법인은 수질오염방지시설에서 주정 폐수 속 질소를 제거할 목적으로 R-4-9를 투입하였다. 또한, R-4-9는 수질오염방지시설에서만 사용할 수 있어 그 수요처가 한정적이므로, 재활용업자인 쟁점업체들은 R-4-9의 사용을 촉진할 목적으로 청구법인에게 장려금조인 쟁점금액을 지급하였는바, 이 건 거래와 조세심판원의 위 결정례는 사실상 사실관계가 동일하다.
2. 다만, 조세심판원 결정례의 경우 음식물류 폐기물에서 건더기를 사료화한 재활용품으로, 눈에 보이는 직관적인 재활용일 뿐만 아니라 상대적으로 재활용 제도의 역사가 오래되어 익숙한 반면, 이 건은 2013년 음폐수의 해양투기금지 이후 마련된 새로운 재활용 제도에 따라 운영되고 있는 다소 생소한 방식의 재활용이라는 점에서 차이가 있을 뿐이다. 그러나 이 건 역시 음식물류 폐기물에서 고형물을 우선적으로 퇴비ㆍ사료화한 이후 잔재물인 음폐수를 발효시켜 R-4-9 유형으로 재활용함으로써 수질개선처리공정에 사용하고 있는 것인바 사실상 사실관계가 동일하다고 볼 수 있다.
3. 한편, 조세심판원 결정례의 재활용품인 습식사료도 적시에 축산농가에서 사용하지 아니하면 폐기물로 처리하였어야 하는 것인데, 이에 대하여 조세심판원은 실제 발생하지 않은 가정된 상황을 기준으로 판단하지 않고, 폐기물관리법과 해당 기업의 실제 행위를 기준으로 판단하였는바, 이러한 기준이 이 건에도 동일하게 적용되어야 한다.
(6) 그 밖에 처분청의 의견 및 사실관계의 오해에 대하여 설명하면 다음과 같다. (가) 조사청은 쟁점업체들에게 자체 폐수처리시설이 없다면 음식물 폐수 처리에 대한 대가를 지급하여 매립지에 반입함으로써 처리하여야 한다는 의견이나, 2013년경 음폐수의 해양배출이 금지되기 이전인 2005년경부터 음식물 쓰레기의 매립이 금지되었는바, 조사청의 의견은 타당하지 않을 뿐만 아니라, R-4-9 유형의 유기탄소원은 음폐수에서 단순히 “추출”되는 것이 아니라, 관계 법령의 기준에 맞추어 미생물에 의한 질소 제거 공정이 가능한 수질오염방지시설에서 사용될 수 있도록 음폐수를 분리(선별)ㆍ발효시키는 제조과정을 거쳐 생산되는 것인바, 조사청의 의견은 폐기물 재활용 제도를 이해하지 않은 지극히 주관적인 주장에 불과하다. (나) 조사청은 주정을 생산하는 과정에서 발생하는 폐주정 또한 유기탄소원으로 사용될 수 있으므로, 청구법인이 쟁점업체들로부터 R-4-9를 공급받는 것이 불가피한 것은 아니라는 의견이나, 폐주정을 유기탄소원으로 활용할 수 있다는 연구사례가 있다는 사실이 곧바로 청구법인이 R-4-9가 아닌 폐주정을 사용하여야 함을 의미하지는 않는다. 오염물질을 처리해야 하는 사업자는 각자의 산업환경, 입지, 관련 규정 등을 종합적으로 고려하여 자신에게 가장 유리한 방식을 선택할 수 있고, 설령 그것이 일시적으로 유리한 선택이 아니더라도 다양한 시행착오를 통해 최적의 처리방법을 찾아갈 수 있을 뿐만 아니라, 이미 선택된 처리방법이 있더라도 새로운 기술과 제도가 도입되면 새로운 시행착오를 통해 새로운 방법을 선택할 수도 있는 것이다. 그러므로, R-4-9가 청구법인이 가진 유일한 대안인 경우에만 이를 사용할 수 있는 것도 아니고, 더욱이 과세당국에게 사업자에게 무엇이 최적의 선택인지를 판단할 권한이 있는 것도 아니다. 한편, G 등은 외부탄소원으로 메탄올을 구입하여 투입하고 있고, 관련 특허 출원문이나 언론보도 등에 의하면 G 이외에도 메탄올을 외부탄소원으로 투입하고 있는 업체들이 있는데, 청구법인도 2020∼2021년 기간에는 외부탄소원으로서 메탄올을 구입한 바 있다. 다만, 조사청의 의견과 같이 청구법인이 R-4-9를 필수적으로 사용해야 할 이유가 없다면, 그와 같은 기능을 하는 메탄올도 구입할 이유가 없다. (다) 조사청은 청구법인이 주정 폐수(원폐수)가 배출되지 않은 기간에도 유기탄소원을 처리하기 위하여 약품을 투입하였고 이러한 사실이 청구법인이 폐기물 처리용역을 공급하였음을 방증하는 것이라는 의견이나, 이미 앞서 설명한 바와 같이, 청구법인의 폐수 처리 공정은 생물학적 공정과 화학적 공정으로 구분되고, R-4-9는 질소 제거를 위한 생물학적 공정에 메탄올 대신 투입되는 것인 반면, 약품 투입은 화학적 처리를 위한 것인바, 양자는 전혀 상관관계가 없다. 약품 사용량은 주정 폐수 및 유기탄소원의 유무와 상관없이 방류량 즉, 화학적으로 처리되는 공정 폐수의 발생량에 따라 결정되는바, 조사청의 의견과 같이 유기탄소원 처리와는 아무런 관련이 없다. 실제로 기간별 약품 사용량을 비교하면, 아래 ＜그림＞과 같이 조사청이 언급한 주정 폐수(원폐수)의 배출 없이 R-4-9만 투입된 2019.4.20.∼2019.4.26. 기간 동안의 약품 사용량은 주정 폐수(원폐수)의 배출이 있었던 2019.4.1.∼2019.4.19. 기간 동안의 약품 사용량과 같다. ＜그림＞ 기간별 약품 사용량의 비교 OOO (라) 조사청은 청구법인이 ㈜A과 작성한 최초의 계약에서 쟁점금액의 성격을 유기탄소원의 처리대금이라고 표현했으므로 청구법인이 처음부터 폐기물 처리용역을 공급한다는 사실을 인지하였다는 의견이나, 유기탄소원에 대하여 ‘처리’라는 표현을 사용하는 것은 일반적이다. 환경부도 2013년 “음폐수의 육상처리에 대한 경과보고서”를 통해 음폐수를 폐수처리장 유기탄소원으로 “처리”하겠다고 밝힌 바 있고, 환경부와 국립환경과학원이 2022년 9월경 공동으로 발간한 “폐기물처리업의 환경오염방지 및 통합관리를 위한 최적가용기법 기준서”에도, 2015년 폐수처리시설에서 음폐수를 유기탄소원으로 “활용”한 사례가 유망기법으로 소개되었다. 특히, 조사청이 과세의 근거로 인용한 논문(유기탄소원으로 폐주정을 활용한 오수처리시설 질소 제거 및 비용저감 효과 분석, 2020년 2월, 서울과학기술대학교 에너지환경대학원)에서도 ‘소규모 도시 하수처리장에서 유기물 부족 시 인근 산업체에서 발생되는 폐주정 등 유기성 폐기물을 탈질 시 필요한 유기탄소원으로 “사용”할 수 있다고 판단되고, 폐주정은 폐기물로 분류되어 이를 재활용하기 위해서는 폐기물관리법상 폐기물의 재활용 “처리” 절차를 따라야 하는 문제점이 존재하므로 향후 법적인 개선이 검토되어야 한다’고 기술되는 등 학계ㆍ업계는 물론, 정부 부처조차 폐기물인 음폐수를 유기탄소원으로 표현하면서, 유기탄소원이 폐기물에 해당하는지 여부와 관계없이 ‘처리ㆍ사용ㆍ활용’ 등의 다양한 표현을 사용하고 있는바, 민간사들이 관행에 따라 일시적으로 사용한 일부 문구를 근거로 청구법인이 처음부터 폐기물 처리용역을 공급한다는 사실을 인지하였다고 추론하는 것은 과도하고 청구법인과 ㈜A 간 당초 계약서에서 “유기탄소원 공급”과 “유기탄소원 처리”라는 표현이 모두 사용되었다는 점은 용어의 혼용이 일반적인 것임을 입증한다(청구법인은 ㈜A과의 당초 계약서에 현업부서가 오해할 수 있는 표현이 사용된 것을 발견하여 이를 단순 수정하여 계약서를 다시 작성하였다). 참고로, 법원은 앞서 언급한 판례에서, 계약서에 ‘용역의 대가’라고 기재되어 있다는 사정만으로 특정 금원이 용역의 대가라고 단정할 수 없다고 판단하였는바, 금원의 성격은 계약서 상의 명칭이 아닌 사실관계에 따라 판단되어야 한다. (마) 조사청은 유기탄소원 공급계약에서 재위탁처리 금지를 명시한 것 또한 청구법인이 이 건 거래가 폐기물 처리 용역의 공급거래임을 알고 있었음을 방증한다는 의견이나, 이는 승인받은 수질오염방지시설을 갖춘 자만이 R-4-9를 사용할 수 있고, 공급자로서는 청구법인의 불법행위로 본인 또한 불법행위에 연루될 가능성을 차단하고 싶어하여 마련된 규정이다. 즉, 이는 청구법인이 R-4-9를 수질오염방지시설에서 사용하지 아니하거나 다른 사업자에게 위탁하는 위법사항이 발생하여 쟁점업체들의 사업에 차질이 생기지 않도록 상호간의 의무를 규정한 것에 불과한데, 단순히 재위탁처리할 수 없다는 문구가 기재되어 있다는 사정만으로 청구법인이 이 건 거래를 폐기물 처리용역의 공급거래로 알고 있었다고 보는 것은 사실관계의 본질은 외면하고 일부 표현을 자의적으로 해석하는 논리적 비약에 해당한다. (바) 조사청은 ㈜A이 다른 법인에게 유기탄소원을 반출하고 매입세금계산서를 수취하였으므로, 청구법인이 ㈜A으로부터 R-4-9를 공급받은 이 건 거래도 세금계산서 발행 대상 거래에 해당한다는 의견이나, 이는 타당하지 않다.
1. 청구법인에 대한 과세처분은 청구법인이 직접 수행한 거래와 그 거래와 관련된 사실들을 기준으로 판단되어야 하고, 청구법인과 제3자의 거래를 구체적으로 비교ㆍ분석하여 그 거래의 동일성에 대한 확신이 생긴 경우가 아니라면, 제3자의 거래에 대한 과세판단이 청구법인의 거래에 대한 과세판단에 영향을 미쳐서는 안 된다. 그런데, 조사청이 제시한 유사사례에서 세금계산서 상 품목이 유기탄소원으로 기재되어 있다는 사정만으로는 ㈜A이 다른 법인에게 공급한 것이 폐기물일 수 있는 광의의 유기탄소원인지 아니면, 청구법인에게 공급한 재활용품인 R-4-9인지 여부를 확인할 수 없다. 청구법인으로서는 청구법인의 거래 관련 내용만을 밝힐 수 있을 뿐인데, 이 건에서 R-4-9를 공급한 쟁점업체들은 구체적인 설비와 공정을 갖추어 환경당국으로부터 음폐수를 R-4-9로 재활용할 수 있는 허가를 득하였고, 청구법인은 자체 수질오염방지시설에 R-4-9를 사용할 수 있는 균등투입시설을 갖추어 환경당국의 승인을 받았다.
2. 또한, 청구법인은 동종 사업자와 수행하는 공정 및 입지에서 차이가 있을 수 있으므로, 동종 사업자의 상황을 그대로 적용할 수 없다. 청구법인은 수도권에 사업장을 가지고 있는 주정 제조업자로, 지방에 위치한 주정 제조업자보다 엄격한 환경규제를 받고 있어 폐기물처리업을 영위할 수 없다. 이에 청구법인은 음폐수를 재활용(추출하는 것이 아닌 발효ㆍ후숙시키는 것임)하여 탈질공정 등에 투입될 수 있도록 허용된 R-4-9를 공급받아 사용하고 있다. 또한 청구법인은 주정박을 분리하여 부산물로 매각하지 않고 직접 처리하고 있어 주정박을 분리하여 부산물로 매각하는 동종 사업자의 주정 폐수 공정과 그 질적 특성을 달리하고 있다. 나아가 청구법인이 거래하는 재활용업자인 쟁점업체들과, 동종 사업자들이 거래하는 재활용업자의 면허가 다를 수 있음에도 불구하고, 구체적ㆍ개별적 사실관계의 비교ㆍ확인 없이 세금계산서 상 기재사항만으로 청구법인의 공급거래에 대한 과세여부를 결정하는 것은 타당하지 않다. (사) 조사청은 조세형평성 등을 언급하면서 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이나, 폐기물관리법에 따른 일부 폐기물 처리용역은 부가가치세 면제대상이고, 이 건 거래를 폐기물 처리용역의 공급거래로 본다 하더라도 결과적으로 폐기물의 불법처리가 이루어진 것이 아니므로 청구법인이 부가가치세를 부담하지 않는다고 하여 조세형평성이 침해되는 것도 아니다. (아) 처분청은 ‘2013년 이후 음식물 폐수에 대한 해양 방류가 전면 금지되면서 대가를 지급하고 시·도 매립지에 음폐수를 매립하거나 소각하는 방식으로 처리하게 되었다’라고 단정하여 음폐수는 재활용이 불가능한 것처럼 사실을 왜곡하고 있으나, 환경부는 음폐수의 재활용을 유도하기 위한 정책을 발표하였고, 현재 폐기물 재활용 관리제도를 운영하고 있다.
1. 환경부(폐자원관리과)가 2013.11.1. 게시한 정책실명제 중점관리 대상사업 내역서에는 ‘해양 투기 금지에 따른 대책 추진’이라는 내용과 함께 아래와 같이 음폐수 배출율이 낮은 업체가 우대받을 수 있도록 평가기준을 마련하여 음폐수의 재활용을 유도하겠다고 밝히고 있다. 환경부는 2013.11.2. 정책실명제 사업관리 이력서를 게시하면서 2014년에는 음폐수를 유기탄소원으로 처리할 수 있도록 하겠다는 계획도 포함하였다.
2. 이와 같이 환경부는 폐기물인 음폐수를 재활용(발효)하여 수질오염방지시설에서 사용할 수 있도록 유기탄소원을 제조할 수 있도록 객관적인 기준을 마련함으로써 음폐수로 배출되는 폐기물의 양을 줄이기 위하여 R-4-9를 도입하였고, 현행 폐기물 재활용 제도 하에서 R-4-9는 음폐수에 포함되어 있는 유기물질을 재활용(발효ㆍ후숙)하여 (산업) 폐수의 탈질공정 등에 유효하게 기능하는 제품을 만드는 폐기물관리법상의 재활용 유형으로, 청구법인은 음폐수의 재활용을 허가받은 재활용업자로부터 법령상 품질기준을 갖춘 재활용품을 공급받아 환경당국으로부터 승인받은 시설에서 사용했을 뿐, 폐기물인 음폐수를 허가 없이 처리한 바 없다. (자) 조사청은 청구법인이 폐기물을 정화하여 해양 방류하고 있다는 의견이나, 청구법인은 주정 폐수를 물환경보전법에 따라 수질개선을 한 후 이를 경기도 안산시 폐수종말처리장에 배출하고 있다. (차) 조사청은 과세처분의 근거 중 하나로, 이행보증보험증권의 내용을 제시하나, 보증보험이란 채무자인 보험계약자가 채권자인 피보험자에게 계약상 채무불이행으로 손해를 발생시킬 경우 보험회사가 보험계약자와 사전에 약정한 계약에 의거하여 발생된 손해를 대신 보상하는 제도로, 유기탄소원 공급계약에 따라 장려금을 수취하여야 하는 청구법인이 R-4-9의 공급자가 보험계약자로서 청구법인을 피보험자로 하여 보증보험에 가입하도록 요구하는 것은 지극히 당연한 일이다. 청구법인이 공급계약에 따라 유기탄소원을 공급받는다면, 청구인에게는 그 물량에 비례하여 장려금이라는 금전 청구권이 발생하고 공급자는 그에 상응하는 채무가 발생되는바, 보증보험 또한 상관행상 전혀 문제가 될 것이 없다. (카) 마지막으로 조사청은 청구법인이 유기탄소원 반입대장을 기록 유지하면서 목표설정과 집행실적을 관리하고 있으므로, 폐기물 처리 용역을 공급하였다고 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 (사용촉진) 장려금을 수취하면서 그 대장을 관리하고 목표를 설정하고 실적을 관리하는 것은 당연하다. 청구법인은 수도권에 위치하여 폐기물처리업 허가를 받을 수 없는데, 조사청의 의견과 같이 폐기물처리용역을 공급하고 그 대가를 수수하였다면, 오히려 공식적으로 유기탄소원 반입대장을 기록하고 목표를 설정하며 실적을 관리할 수 없다.
(7) 폐기물관리법은 발생한 폐기물을 친환경적으로 처리함으로써 환경보전과 국민생활의 질적 향상에 이바지하는 것을 목적으로 하는 법률로, R-4-9의 원료물질, 제품용도, 제조공정, 물질함량기준, 사용시설에 대해서까지 매우 구체적으로 규정하여, 이를 제조하는 자(재활용업자)와 소비자(사용시설) 모두 환경당국의 통제를 받도록 하고 있는데, 이러한 재활용 관리제도에도 불구하고 청구법인이 사실상 불법적인 폐수처리용역을 제공하였다고 주장하는 것은 환경당국의 폐기물 재활용 관리제도를 무력화시키는 것일 뿐만 아니라, 앞서 살펴본 ‘가공과정을 거쳐 사업활동에 필요하다고 승인될 정도에 이르렀다면 폐기물이 아니다’는 내용의 대법원과 조세심판원의 판단과도 배치되는 부당한 의견이다. 조사청이 이러한 오해를 한 것은 폐기물관리법상 재활용제품인 R-4-9 유형의 유기탄소원과 일반적으로 표현되는 광의의 유기탄소원을 명확하게 구분하지 아니하고, 청구법인이 폐기물일 수 있는 광의의 유기탄소원을 사용하는 것으로 보았기 때문으로 추측된다. 만약 발효된 액상폐기물, 즉 음폐수의 재활용품인 R-4-9가 수질오염방지시설에서 사용되지 않는다거나 R-4-9를 수질오염방지시설에서 사용할 수 없는 경우라면, 해당 R-4-9를 폐기물로 볼 수도 있겠으나, 청구법인은 폐기물관리법에 따라 R-4-9를 적법하게 사용하고 있는바, 단순히 청구법인이 아닌 자가 위법하게 R-4-9를 사용․처리할 가능성, 쟁점업체들이 청구법인과 같은 적법한 수요자를 찾지 못해 어쩔 수 없이 폐기물처리업자 등에게 R-4-9를 폐기물로 위탁처리할 가능성 등 가정된 상황에서 R-4-9이 재활용품이 아니라 폐기물로 처리될 가능성을 전제로 한 유추해석에 근거하여, 청구법인이 쟁점업체들에게 사실상 (불법) 폐수처리용역을 공급하였다고 보는 것은 국세기본법상 근거과세의 원칙에도 위배된다.
(1) R-4-9는 쟁점업체들이 판매하는 재화가 아니고, 쟁점금액도 재화의 공급에 따른 장려금에 해당한다고 볼 수 없다. (가) 쟁점업체들은 지방자치단체의 위탁을 받거나 음식물 폐기물이 발생하는 업체들과 계약을 맺어 음식물 폐기물을 수거ㆍ처리한 후 그 대가를 수취하는 “폐기물 처리업체”이다. (나) 쟁점업체들이 음식물 폐기물을 처리하는 과정에서 부산물 또는 재활용품들이 생산되는 경우, 이에 재산적 가치가 있어 매입하려는 자가 있다면, 쟁점업체들이 대가를 지급받고 이를 판매할 수 있겠으나, 만약 이를 매입하고자 하는 자가 없다면 쟁점업체들로서는 반대로 대가를 주고 이를 처리하여야 한다. 즉, 쟁점업체들이 음식물 폐기물 처리 과정에서 생산된 부산물을 대가를 지급받아 판매하였다면 해당 거래를 ‘재화의 공급’으로 볼 수 있겠으나, 반대로 대가를 지급하고 반출하였다면 해당 거래는 ‘재화의 공급’이 아닌 ‘처리 용역을 공급받은 것’에 해당하는 것이고, 용역을 제공하는 자에게 반사적 이익이 발생한다고 하여 그 성격이 달라지는 것은 아니다. (다) 쟁점업체들은 2013년경 이후 음식물 폐수의 해양 방류가 전면 금지되자 음식물 폐수 처리방안을 모색하였는데, 그 중 하나가 음식물 폐수를 R-4-9 형태로 가공한 후, 청구법인과 같이 혐기성 소화조 시설을 갖추고 폐수를 처리하는 시설을 갖춘 업체에 반출하여 처리하는 것이다. 이 때, 쟁점업체들은 음식물 폐기물에서 생산한 R-4-9를 대가를 지급받고 판매할 수 없었기 때문에 반대로 1톤당 일정한 대가를 지급하고 청구법인의 사업장에 반입시켰는데, 이러한 사실은 쟁점업체들이 R-4-9를 청구법인의 사업장에 반입시킨 것이 대가를 지급받고 판매하기 위한 재화의 공급이 아니라, ‘처리 용역을 공급받기 위한 것’임을 방증한다. 위와 같은 사실은 이 건 세무조사 당시 청구법인이 진술한 내용을 통해서도 확인되는데, 청구법인은 R-4-9를 ‘받아도 그만, 받지 않아도 그만’이었던 입장인 반면, 쟁점업체들은 본인들이 반드시 처리해야하는 음식물 폐수를 R-4-9 형태로 변형하여 청구법인의 사업장에 반입시킨 것이다. (라) 청구주장과 같이 R-4-9가 청구법인의 사업을 위해 공급받은 재화에 해당한다면, 청구법인은 이에 대한 회계관리(자산이나 원재료 매입 등)를 하였어야 하나, 청구법인은 저장탱크에 투입할 수 있을만큼의 양만을 반입시키고, 그 반입량에 따라 수취해야하는 금액만을 ‘유기탄소원(매출)입금’ 내역으로 관리하였는바, 이를 통해 청구법인 또한 R-4-9의 반입을 재산적 가치가 있는 재화의 공급으로 인식하지 않고 있음을 알 수 있다. (마) 참고로, 충청남도 당진시는 특정 업체와 “유기탄소원(음폐수) 위탁 처리 용역”을 체결하기도 하였는데, 이 때 유기탄소원은 “음폐수”로 취급되고 계약유형은 “폐기물”로 기재되어 있다. (바) 이에 대하여 청구법인은 쟁점금액의 경우 재화의 공급에 따른 장려금에 해당한다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.
1. 부가가치세법상 재화는 ‘재산 가치가 있는 모든 물건 및 권리’를 말하므로, 특정 재화가 부가가치세법상 재화에 해당하려면 재산적 가치가 있어 환가성이 전제되어야 하고, 이 때 재산적 가치의 유무는 그 재화의 경제적 효용가치에 의하여 객관적으로 결정되므로, 특정 거래가 재화의 공급에 해당하기 위해서는 그 재화가 현실적으로 이용될 수 있고 경제적 교환가치를 가지는 등 객관적인 재산적 가치가 인정되어야 하는 것(대법원 2015.12.10. 선고 2015두2284 판결)인데, 앞서 살펴본 바와 같이, R-4-9는 쟁점업체들이 판매할 목적으로 생산한 것이 아니라, 음식물 폐수의 효율적 처리를 위하여 가공하는 과정에서 생성된 것으로, 설령 R-4-9가 폐기물관리법에 따른 음식물 폐기물의 재활용품에 해당한다 하더라도 판매할 수 없는 R-4-9는 쟁점업체들에게 재산가치가 없는 것으로서 재화가 아니라, 그저 반드시 처리해야 하는 대상에 불과할 뿐이므로, 쟁점금액은 재화의 공급과 관련된 것일 수가 없다.
2. 나아가 쟁점금액을 장려금 성격으로 볼 만한 근거도 없다.
(2) 오히려 쟁점금액은 청구법인이 쟁점업체들에게 R-4-9 처리용역을 제공하고 수취한 대금으로 봄이 타당하다. (가) 음식물 폐기물의 자원화 과정에서 발생하는 사료ㆍ비료 등의 고형물을 제외한 음식물 폐수는 그 상태로 해양 방류가 불가하기 때문에 자체 폐수처리시설이 없다면, 대가를 지급하고서 매립지에 반입시켜 매립하거나 소각하는 방식으로 처리하여야 하므로, 필연적으로 처리비용이 발생하게 된다. 그런데 쟁점업체들로서는 음폐수 중 일부를 유기탄소원으로 추출하여 청구법인의 사업장에 반입하여 처리하면 음폐수 형태로 매립지에 반입하여 처리하는 것보다 적은 비용이 소요되기 때문에, R-4-9를 청구법인에게 공급한 것이다. 즉, R-4-9는 쟁점업체들이 음식물 폐수를 효율적으로 처리하기 위해 추출한 것으로, 쟁점업체들은 음식물 폐수를 처리하기 위해 그 중 일부를 유기탄소원 형태로 추출ㆍ가공한 것으로 볼 수 있고, 실제로 음식물 폐기물에서 추출된 유기탄소원은 양의 대가를 받고 판매할 수 있는 것이 아닌바(이 건과 같은 R-4-9의 시가는 0원이다), 음식물 폐기물을 처리해야 하는 쟁점업체들에게 R-4-9는 대가를 지급하고 폐기해야 하는 폐수와 다름없다. 반면, 청구법인은 주정 제조과정에서 발생하는 폐주정을 유기탄소원으로 사용할 수 있어 쟁점업체들로부터 R-4-9를 필수적ㆍ의무적으로 제공받을 필요가 없는바, 청구법인이 쟁점업체들로부터 R-4-9를 공급받으면서 장려금조라는 금원을 수취한 것의 실질은 쟁점업체들이 본인이 폐기해야하는 음식물 폐수에서 추출한 액상 유기탄소원 R-4-9를 폐수처리시설이 있는 청구법인의 사업장에 반입시키고, 청구법인은 이를 본인 사업장에 있는 정화시설을 통해 처리하면서 그 용역의 대가를 수취한 것이다. 즉, 쟁점금액의 경우, 계약서 상 ‘장려금’이라고 명명되어 있기는 하나, 사실상 이는 쟁점업체들이 음식물 폐기물 처리과정에서 발생하는 음식물 폐수를 처리해야 하자, 폐수처리시설을 갖추고 있는 청구법인의 사업장 시설에 유기탄소원인 R-4-9 형태의 음식물 폐수를 반입시키고 그에 따른 대가로서 쟁점업체들이 청구법인에게 지급한 것이고, 청구법인으로서도 본인의 사업에 미치는 효과가 미미하여 R-4-9를 쟁점업체들로부터 ‘받아도 그만 받지 않아도 그만’임에도 음식물 폐수 처리를 필요로 하는 쟁점업체들로부터 이를 처리하여 방류한 후 그 대가를 받은 것인바, 반입 물량에 약정한 단가를 적용하여 계속적ㆍ반복적으로 수취한 쟁점금액은 재산적 가치가 없는 R-4-9의 판매를 위한 것이 아니라 쟁점업체들이 필요로 하는 ‘R-4-9 처리를 위한 용역’을 제공받기 위한 대가에 해당한다고 봄이 타당하다. (나) 이에 대하여 청구법인은 자체적으로 보유하고 있는 혐기성 소화조에서의 미생물 활성화를 위하여 쟁점업체들로부터 R-4-9를 공급받았다고 주장하나, 청구주장과 같이 R-4-9가 청구법인의 소화조 내 미생물 활성화에 도움이 된다 하더라도, 이는 청구법인이 음폐수 처리용역을 공급하면서 얻는 반사적인 효익에 불과하다. (다) 특히, 쟁점금액의 경우 청구법인이 반입한 R-4-9의 물량에 일정 단가를 적용하여 산정되었고, 쟁점업체들은 청구법인이 단가 인상을 요구하자 이를 수용하였는바, 쟁점금액은 청구법인이 쟁점업체들로부터 R-4-9를 공급받아 처리한 대가로 수취한 금원으로 봄이 타당하다. (라) 청구법인은 쟁점업체들과 외형상 재화의 무상공급에 따른 장려금 지급거래로 계약하기는 하였으나, 계약서의 내용을 보면 청구법인 스스로도 재화를 공급받은 게 아니라, 본인이 ‘처리용역을 공급하는 것’임을 인지하고 있었다고 볼 수 있다.
1. 청구법인이 소화조에 주정 폐수와 R-4-9를 투입하면, 소화조에서 주정폐수와 R-4-9가 정화되어 안산시 하수종말처리장으로 방류되는데, 청구법인은 주정 폐수 없이 R-4-9만 배출하는 경우에도 다량의 약품 처리를 하는 것으로 확인되는바, 결국 청구법인은 R-4-9를 재화로 공급받은 것이 아니라, R-4-9를 정화 처리한 후 배출하는 ‘R-4-9 처리 용역’을 수행한다고 볼 수 있다.
2. 또한, 청구법인이 쟁점업체들과 작성한 최초의 R-4-9에 대한 공급ㆍ사용 계약서에 쟁점금액이 ‘유기탄소원의 처리 대금’으로 표기되어 있고, 해당 계약서와 이후 변경 계약서에 R-4-9의 재위탁 금지조항도 있는바, 이는 청구법인이 쟁점업체들로부터 R-4-9를 무상으로 공급받은 것이 아니라 청구법인이 쟁점업체들에게 R-4-9 처리 용역을 제공하고 있다는 점을 방증하는 것이다.
3. 청구법인은 연간 유기탄소원 반입 목표를 수립하여 집행 실적 및 유기탄소원 반입에 따른 단가 인상 여부 등을 관리하고 있고, 회계처리 또한 회기 중에 잡이익 계정으로 인식하고 있는 점 등이 확인되는바, 청구법인 스스로도 R-4-9 처리 용역을 제공한다고 인식하고 있음이 분명하다.
(3) 음식물 폐수에서 추출한 유기탄소원 R-4-9를 주고받으면서 대가를 수수하는 다른 업체들은 해당 거래를 부가가치세 과세거래로 보아 세금계산서 수수 및 부가가치세 신고ㆍ납부 등 세법상 의무를 수행하고 있다. (가) ㈜A으로부터 유기탄소원을 반입하고 있는 다른 업체는 ㈜A에게 세금계산서를 발급하고 있다. ㈜A은 청구법인 이외에 다른 업체에게도 유기탄소원을 반출하고 1톤당 단가 OOO원(청구법인에게 적용한 단가와 동일함)을 적용하여 대가를 지급하고 있는데, ㈜A은 해당업체로부터 매입세금계산서를 수취하고 있다. 이와 같이 ㈜A이 유기탄소원을 반출한 후 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취하고, 거래처는 부가가치세 매출거래로 인식하고 있는 점을 보면, ㈜A이 유기탄소원을 반입받는 거래처에게 지급하는 금액은 유기탄소원 처리용역의 대가로 봄이 타당하다. (나) 청구법인과 동종 업체인 “E”, “F”은 폐수처리비 등으로 매출세금계산서를 발행하면서 부가가치세 신고를 이행하고 있다.
1. E과 F은 청구법인과 동종업체로, 청구법인과 동일하게 대량의 주정 폐수를 처리하기 위해 자체 혐기성소화조와 바이오가스시설을 설치하고 주정폐수를 정화하여 처리하고 있는데, E은 음식물 폐수를 반입받아 처리하는 거래의 매출을 기타 매출로 처리하고 있고, 음식물 폐수를 처리한 후 이에 대하여 OOO∼OOO만원의 단가를 적용하여 매출세금계산서를 발행하고 있다. 한편, F은 거래와 관련한 내용이 사업보고서 등에 기재되어 있지는 않으나 음식물 폐수를 반입받아 처리한 후, OOO만원∼OOO만원의 단가를 적용하여 대가를 수취하고 세금계산서를 발행하고 있는 것으로 확인된다.
2. E과 F이 처리하는 음식물 폐수가 R-4-9과 동일한 것은 아니나, 반입하여 처리하고 대가를 받는 구조는 청구법인과 크게 다르지 않다. 유사한 거래 구조에서 동종업체는 음식물 폐수를 반입받고 수취하는 대가에 대하여 매출로 인식하고 부가가치세를 신고하고 있음에도, 반입받는 음폐수의 형태가 다르다는 이유로 수취한 대금을 용역에 대한 대가가 아니라는 청구주장은 논리적으로 받아들이기 어렵다. (다) 음식물 폐수로부터 유기탄소원을 추출ㆍ공급하는 다른 업체들 또한 매입세금계산서를 수취하고 있다. 한국폐기물협회 홈페이지에 공시되어 있는 폐기물처리업체 중 음식물 폐기물을 이용하여 유기탄소원을 추출하는 다른 사업자는 유기탄소원을 반입받는 자로부터 단가 4만원을 적용하여 세금계산서를 수취하고 있고, 해당 거래처는 유기탄소원 거래를 부가가치세 매출거래로 보아 그에 대한 신고의무를 이행하고 있다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인 및 쟁점업체들과 관련한 주요내용은 다음과 같다.
1. 청구법인은 주정을 제조하여 판매하는 업체로, 경기도 안산시에 소재하고 있다. 청구법인은 쌀ㆍ보리ㆍ타피오카 등의 곡물을 원료로 하여 주정을 생산하는데, 주정 생산과정에서 많은 양의 곡물찌꺼기와 주정폐수가 발생하나 해당 곡물찌꺼기와 주정 폐수를 그대로 방출할 수 없어, 매일 발생하는 많은 양의 주정 폐수 처리를 위하여 자체 폐수처리시설(혐기성 소화조)과 바이오가스화시설을 갖추고 수처리 공정을 통해 주정폐수를 정화한 후 하수종말처리장으로 방류하고 있다.
2. 한편, 청구법인은 2019년 4월경부터 쟁점업체들로부터 음식물 폐기물 처리과정에서 추출된 액상의 유기탄소원인 R-4-9를 반입받아 주정 폐수와 함께 본인들의 자체 환경처리시설에 투입하고 있다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 자체 주정 폐수를 처리한 후 남은 폐수처리 가능 용량의 범위 내에서 R-4-9를 반입받아 처리하고, 반입 물량에 단가를 적용하여 쟁점금액을 수취하였으며, 매년 “유기탄소원(R-4-9) 반입대장”에 R-4-9의 반입량과 지급받아야 할 금액(단가)을 기록하고, 연간 목표금액을 설정하여 집행실적을 관리하고 있다는 의견이다.
3. 쟁점업체들은 지방자치단체로부터 위탁을 받아 가정집 및 음식점 등에서 발생한 음식물 폐기물을 수거ㆍ처리한 후 그 대가를 수취하는 음식물 폐기물 처리업체들로, 수거한 음식물 폐기물은 자체적으로 처리하거나 위탁처리하고 있다. 음식물 폐기물은 아래와 같이 고형물ㆍR-4-9ㆍ폐수ㆍ기름층으로 구성되는데, 통상적으로 고형물의 경우에는 건조 등의 과정을 거쳐 사료ㆍ퇴비로 사용되는 것으로 나타난다. 음식물 폐기물 구성 음식물 폐기물 처리 도식 OOO (나) 청구법인은 폐기물관리법 상 유기탄소원의 도입과정 및 이 건 관련 사항을 아래와 같이 정리하여 제출하였다. 일자 주요내용 2013.1.1. 런던의정서(우리나라, 2009년 가입)에 의해 음식물 폐수의 해양배출 전면금지 2013.11.1. 환경부, 음식물 폐수 해양 투기금지에 따른 대책 추진 경과 발표 2014.12.30. 폐기물의 재활용 용도 및 방법에 관한 규정 개정[시행 2014.12.30. 환경부고시 제2014-232호] → 음식물 폐수의 유기탄소원 재활용기준 도입 2016.7.21. 폐기물관리법 전면 개정ㆍ시행 → 재활용 관리제도 선진화: 네거티브 방식으로 재활용 극대화 → 앞선 환경부고시는 폐기물관리법 시행규칙으로 이관 2018.5.14. ㈜A, 경기도 이천시장으로부터 재활용품 R-4-9 제조에 대한 변경 허가를 취득함 2018.10.15. 청구법인, 유기탄소원 균등투입설비 및 사용에 대한 변경승인 [경기도(폐수), 안산시(악취)] 2018.12.7. 청구법인, 균등투입설비 공사 2019.2.24. 청구법인과 ㈜A 간 유기탄소원 공급계약 체결 2019.7.4. ㈜B(구 C)의 R-4-9 변경허가 취득 2019.7.22. 청구법인과 ㈜B, 유기탄소원 공급계약 체결 (다) 청구법인과 쟁점업체들 간 이 건 R-4-9 관련 거래의 주요내용은 다음과 같다.
1. 쟁점업체들은 청구법인과 유기탄소원(R-4-9) 공급계약을 체결하였는데, 청구법인과 ㈜A이 2019.2.14. 작성한 “유기탄소원(공급, 사용)계약서”의 주요내용은 아래와 같고, 이에 의하면, 청구법인은 ㈜A으로부터 “유기탄소원의 처리 대금”이라는 명목으로 1톤당 OOO원을 현금으로 지급받기로 되어 있다. 처분청은 이후 몇 차례에 걸쳐 단가 인상이 이루어져 2022년경에는 청구법인이 R-4-9 1톤당 OOO원을 지급받고 있는데, 이는 동종의 주정 제조ㆍ판매업체의 음식물 폐기물 폐수 처리단가(OOO원/톤)와 동일하고, 동종의 주정 제조ㆍ판매업체는 수취한 폐수 처리비에 대하여 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세 매출신고를 하고 있다는 의견이다. 제2조 [계약 품목 및 단가] (단위: VAT 별도, 원) 구 분 종 류 성 상 단 위 월 공급 예상량(톤) 단 가 처리 방법 취급시 주의사항 운 반 (갑) 유기 탄소원 (R-4-9) 액 상 TON 운 반 외부유출이 없을 것. 사 용 (을) 유기 탄소원 (R-4-9) 액 상 TON OOO 사 용 합 계 제6조 [대금의 결제] 유기탄소원의 처리 대금은 매월 말일 마감하여 갑이 을에게 각각 일월 15일까지 현금으로 지급한다. ※ 대금의 지급보증을 위한 보험증권 2개월분을 계약서와 같이 첨부한다. 제7조 [재위탁 금지] 을은 계약기간 중 공급받은 유기탄소원을 정당한 사유 없이 위탁받은 성상 그대로 재 위탁 처리 할 수 없다.
2. 청구법인과 ㈜A은 위 2019.2.14.자 계약서를 아래와 같은 내용의 “유기탄소원(R-4-9) 공급계약서”로 재작성하였는데, 재작성된 계약서에는 청구법인이 ㈜A으로부터 쟁점금액을 장려금 명목으로 수취한다는 내용이 기재되어 있고, 이를 소급적용하는 것으로 되어 있다. 제3조 [공급의 조건] 유기탄소원(R-4-9)의 공급조건은 다음과 같다. 구 분 종 류 성 상 단 위 금 액(원) 비 고 공급 및 운송 유기탄소원(R-4-9) 액 상 ㎏ OOO 장려금 유기탄소원(R-4-9) 액 상 ㎏ OOO
3. 쟁점금액의 세부내역은 아래 ＜표2＞와 같은데, 청구법인은 쟁점업체들로부터 받은 2020년 2월분을 잡이익 계정으로 인식한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 쟁점금액 내역 (단위: 백만원) OOO (라) 이 건 부가가치세 부과내역은 ＜별지2＞와 같다. 이와 관련하여, 청구법인은 쟁점금액을 본인의 소득에 반영하여 법인세를 신고ㆍ납부하였으나, 부가가치세는 별도로 신고ㆍ납부하지 않았고, 조사청이 확인한 바에 의하면, 쟁점업체들도 쟁점금액에 대한 부가가치세 신고를 이행하지 않은 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 주정 폐수 처리를 위하여 약품을 투입하고 있는데, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 주정 폐수 없이 R-4-9만을 배출하여야 하는 경우에도 다량의 약품처리 후 배출을 하고 있으므로, 이와 관련해서는 청구법인이 쟁점업체들에게 폐수처리 용역을 공급하는 것이라고 봄이 타당하다는 의견인 반면, 청구법인은 그보다 앞서 R-4-9를 투입하지 않은 기간에도 동일한 양의 약품처리가 이루어졌다고 주장하고 있다. (바) 청구법인과 ㈜A 간 R-4-9 관련 이행(지급)보증보험증권의 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ R-4-9 관련 이행(지급)보증보험증권의 주요내용 보험계약자 ㈜A 피보험자 청구법인 보증내용 유기탄소원(공급, 사용) 계약에 따른 유기탄소원 처리대금 지급보증 (사) 조사청이 청구법인의 소속 직원과 2023.5.31. 문답을 진행한 후 작성한 문답서의 주요내용은 아래와 같다.
1. ㈜A의 “폐기물 종합재활용업 허가증”의 주요내용은 아래와 같다. 전문 처리분야
(2005) 재활용[농업생산활동에 사용(위탁): 사료생산(R-5-2)]
(1004) 재활용[직접 제품제조(자가): 유기탄소원 제조(R-4-9)] 영업대상 폐기물 음식물류 폐기물(51-38-01, 91-02-00), 중간가공 음식물류 폐기물(51-38-02), 그 밖의 식물성 잔재물(51-17-29), 그 밖의 동ㆍ식물성잔재물(51-17-99) 재활용 시설 사료화시설(세부내역은 2페이지 참조) 【(변경)허가 조건】
5. 유기탄소원은 귀사의 재활용과정에서 발생된 액상 폐기물(음폐수, 건조기 응축수)만을 사용하여 제조해야 합니다. 재활용시설등 현황 구분 재활용시설 … 유기탄소원 제조 재활용시설 부대시설 산발효탱크 … … … 세척수저장탱크 … 【재활용 공정도】
4. 유기탄소원: 자체 발생 음폐수 → 산 발효(200㎥) → 산 발효 저장(10㎥) → 유수분리(0.43㎥) → 미생물 배양탱크(10㎥) → 정제(여과) (1.5㎥) → 증산제 농축탱크(10㎥) → 유기탄소원 출하: 건조기 응축수 → 저장 → 유수분리(0.43㎥) → 저장 → 정제(여과)(1.5㎥) → 유기탄소원 출하
2. ㈜B의 “폐기물 종합재활용업 허가증”의 주요내용은 아래와 같다. 전문 처리분야 종합재활용업 영업대상 폐기물 그 밖의 식물성잔재물, 음식물류 폐기물(총 허용처리능력 160톤/일), 중간가공 음식물류 폐기물 시설ㆍ장비 사료화ㆍ퇴비화ㆍ소멸화ㆍ부숙토생산시설, 암롤트럭 ＜변경사항＞ 일자 내용 2019.7.4.
○ 음폐수를 이용한 유기탄소원 제조(R-4-9)를 위한 1차 산발효조(70㎥), 2차 산발효조(40㎥), 정제시설(0.12㎥*2) 증설 2020.8.27.
○ 재활용 유형 변경
→ 단미사료(고상) 22톤/일, 유기탄소 20톤/일
3. 경기도지사가 2018.10.15. 청구법인에게 시행한 공문 “폐수배출시설 변경신고 수리”OOO에는 “귀 사에서 제출하신 폐수배출시설 변경신고 신청서에 대하여 물환경보전법 제33조 제2항 규정에 따라 붙임과 같이 수리하오니, 배출시설 및 방지시설 운영관리에 만전을 기하여 주시기 바랍니다”라는 문구가 기재되어 있고, 해당 공문에 첨부된 폐수배출시설설치 신고서의 주요내용은 아래와 같다. ※ 변경신고 사유
3. 사업장 개요 본 사업장은 … 1994.8.7. 최초 허가를 득한 주정제조업(11121) 업체로서, 금회 폐수처리시설에 음식물류 폐기물 재활용 과정에서 발생하는 액상의 폐기물을 발효 등의 분해과정을 거쳐 제조한 “유기탄소원”을 공급하여 처리하고자 근거자료를 갖추어 폐수배출시설 변경신고서를 제출하오니 검토하시어 처리하여 주시기 바랍니다.
4. 변경사항: 폐수처리시설 일부 증설 시설명 용량(㎥) 수량 유기탄소원 정량투입시설 50 1
4. 청구법인은 2023.7.20. 국민신문고를 통해 환경부에 ‘폐기물관리법에 따라 재활용업을 허가받은 재활용업자(쟁점업체들)가 음식물류 폐기물에서 관련 법령에 따라 허가받은 재활용 공정(R-4-9)을 거쳐 유기탄소원을 생산하고 있는 상황에서, 청구법인은 부족한 미생물 활성도를 증가시켜 수질을 개선하고자 위 재활용업자(쟁점업체들)로부터 유기탄소원을 공급받아 본인의 수질오염방지시설에 투입하고 있는데, 이 경우 유기탄소원의 투입을 수질오염방지시설에 수질개선용품을 사용하는 것으로 보아야 하는지 아니면 유기탄소원을 사실상의 폐수로 보아 본인이 재활용업자(쟁점업체들)의 폐수를 처리하는 것으로 보아야 하는지’에 대하여 질의하였고, 이에 대하여 환경부(폐자원에너지과)는 “폐기물관리법 시행규칙 별표 5의3에 따라 R-4-9의 유형에 맞게 폐기물 재활용업 허가를 득하여 음식물류 폐기물 및 잔재물을 유기탄소원 제조기준에 맞게 유기탄소원으로 제조한 경우, 이는 폐기물이 아니라 제품으로 볼 수 있으며, 이는 수질오염방지시설에서 제품으로 사용이 가능합니다”라는 내용의 답변을 하였다.
5. 청구법인에 대한 경기도 안산시 산단환경과 담당자들의 2021.10.13. 폐기물 배출사업장 지도ㆍ점검표에는 폐기물의 배출자 신고 등에 관한 사항(발생되는 폐기물의 종류 구분 정확여부, 배출자 신고서 또는 처리계획 확인서 상의 폐기물 처리계획대로 처리하는 여부 등)을 포함한 모든 점검사항에 대한 점검결과 항목에 “특이사항 미발견”이라고 기재되어 있다.
6. 경기도 안산시장의 2023.8.14.자 공문 “청구법인 유기탄소원 사용에 대한 적법성 검토 회신”OOO에는 ‘폐기물관리법상 종합ㆍ최종재활용업 허가를 받은 자가 음식물(류) 폐기물 및 그 재활용 과정에서 발생하는 액상 폐기물을 폐기물관리법 시행규칙 별표 5의3 제2호 나목 2) 마) (4)에 따른 재활용 기준을 준수한 방법으로 생산한 유기탄소원은 R-4-9에 따라 생산한 재활용 제품으로, 이를 물환경보전법 제2조 제12호에 따른 수질오염방지시설에 수처리 목적으로 사용하는 경우 폐기물처리업 허가를 받지 않고 사용할 수 있다’는 내용이 기재되어 있다.
7. 청구법인은 2019년경 쟁점업체들과의 R-4-9 공급계약 체결을 기점으로 T-N처리(총 질소처리)가 상승하였고 이는 R-4-9가 폐기물이 아님을 방증한다고 주장하면서, 주식회사 H(국립환경과학원 공인인증기관임)에 분석을 의뢰하여 확보하였다는 연도별 T-N(총 질소) 농도 제거율 그래프 자료를 제출하였다.
8. 청구법인은 R-4-9가 음식물 폐수를 발효시킨 것으로 오직 수질오염방지시설에서만 사용할 수 있도록 허용된 재활용품이라는 근거 중 하나로, 환경부가 2016년 8월경 발간한 “재활용 관리제도 종합해설서” 중 ‘음식물류 폐기물 재활용 과정에서 발생하는 액상폐기물에 있는 유기물질이 탄소원으로 사용되기 위해 분해되는 과정이 발효이다. 적정량을 초과하여 공급되는 발효된 액상폐기물은 오히려 수질오염을 유발할 수 있으므로, 균등하게 투입할 수 있는 설비를 통해 적정량이 수질오염방지시설에 공급되어야 한다’는 내용을 발췌하여 제출하였다.
9. 청구법인은 R-4-9 유형의 유기탄소원은 음폐수에서 단순히 “추출”되는 것이 아니라 관계 법령의 기준에 맞추어 미생물에 의한 질소 제거 공정이 가능한 수질오염방지시설에서 사용할 수 있도록 음폐수를 분리(선별)ㆍ발효시키는 제조과정을 거쳐 생산되는 것이라고 주장하면서, 충청남도 당진시의 “음식물류 폐기물의 음폐수를 이용한 대체탄소원 제조 방법 및 이 방법에 의해 제조된 대체탄소원”의 특허출원서를 제출하였다.
10. 청구법인은 2020∼2021년 기간 동안에는 R-4-9과 동일한 역할을 하는 메탄올을 구입하였고 이는 곧 R-4-9가 청구법인의 주정 폐수 처리 공정에 필요한 물품에 해당함을 방증한다고 주장하면서, 2020∼2023년 메탄올 구입내역을 정리하여 제출하였다.
11. 청구법인은 그 외 환경부의 보도자료(“바다에 버려지던 음폐수, 에너지원으로 활용”, 2008년 2월경), 2013.11.1.자 정책실명제 중점관리 대상사업 내역 “음폐수 해양 투기 금지에 따른 대책 추진”, 2013.11.2.자 정책실명제 사업관리 이력서 “음폐수 해양 투기 금지에 따른 대책 추진”을 각 제출하였다. (자) 처분청이 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.
1. 처분청은 청구법인과 쟁점업체들 간 R-4-9 거래와 동일한 거래에 대하여 다른 업체들은 세금계산서 수수 및 부가가치세 신고의무를 다하고 있다고 설명하면서 각 유형별로 아래와 같은 자료를 제출하였다.
• 주정은 구매요청에 의해 일부는 직접 판매하고 있으며 대부분의 주정을 대한주정판매에 판매하고 … 건조박은 구매요청에 의하여 D에 전량 판매하고 월말기준 25일후 현금으로 수령하고 있으며 음폐수 처리는 월말기준 30일후 현금을 수령하고 있습니다.
2. 처분청은 충청남도 당진시가 특정업체와 “유기(음폐수) 위탁 처리 용역”을 체결하기도 하였는데, 이 때 유기탄소원은 “음폐수”로 취급되고 계약유형은 “폐기물”로 기재되어 있다면서, 아래 ＜표4＞와 같은 계약내용을 제출하였다. ＜표4＞ 충청남도 당진시의 계약체결 내용 계약명 음식물류 폐기물 유기탄소원(음폐수) 위탁처리 용역 계약구분 용역 계약금액 OOO원 계약유형 폐기물
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 재활용품으로서의 기능을 금방 잃어 폐기물이 되는 R-4-9를 짧은 유통기한 내에 수요자에게 공급할 필요성이 있는 쟁점업체들과 주정 폐수의 처리 속도 향상을 위해 R-4-9가 필요한 청구법인 간 이해관계가 합치되어 R-4-9의 공급거래가 발생하였고, 그 과정에서 쟁점업체들은 한정적인 수요자들에게 R-4-9를 빠르게 공급하고자 이를 무상으로 지급하는 동시에, 본인이 유통기한을 경과하여 이를 보유하게 될 경우 부담하여야 할 처리비용을 고려하여 장려금조로 쟁점금액을 지급하였다고 주장하나, 부가가치세법상 장려금이란, 사업자가 자기재화의 판매촉진을 위하여 재화를 공급받는 자에게 판매실적에 따라 지급하는 금품을 말한다 할 것인바, 통상적으로 재화를 양(+)의 가격에 판매하면서 그 수익을 극대화하기 위하여 지급되는 것이라 볼 수 있는 점, 물론 청구주장과 같이, 쟁점업체들로서는 R-4-9를 양(+)의 가격으로 구입할 수요처가 없는 상황에서, 보관 중 R-4-9가 다시 폐기물로 변질될 경우 그 처리비용만 부담하게 될 가능성을 회피하고자 R-4-9를 무상으로 공급하는 것에서 그치지 않고 한 발 더 나아가 폐기물 처리비용의 범위 내에서 장려금을 지급하였을 가능성을 완전히 배제할 수는 없겠으나, 반대로 쟁점업체들이 청구법인에게 R-4-9의 처리를 부탁하면서 이를 재화로 소비할 때의 가치를 감안하여 온전한 수준의 처리용역의 대가보다 적은 금액을 대가로 산정ㆍ지급하였다고도 볼 수 있는 점, 그런데, 이 건 R-4-9의 경우, 쟁점업체들이 폐기물관리법령상 기준에 맞추어 생산한 직후에는 재활용품에 해당한다 할 수 있겠으나, 액상 형태로서 변질가능성이 매우 높아 시간이 경과함에 따라 재화와 폐기물의 경계에 있거나 다시 폐기물로 변화할 가능성이 있고, 실제로 청구법인의 소속 직원이 조사청과의 문답과정에서 ‘R-4-9 상태의 폐수’라는 표현을 사용하거나 ‘쟁점업체들로부터 1일 폐수처리 한도에 맞추어 음식물 폐수를 반입받았다’는 취지의 진술을 한 것으로 나타나 청구법인으로서도 R-4-9의 성격을 명확하게 재화로만 인식하고 있었다고 볼 수 없으며, 환경부와 경기도 안산시장은 청구법인의 이 건 관련 질의에 대하여 ‘폐기물관리법 시행규칙에 따른 제조기준에 맞게 유기탄소원으로 제조한 경우에는 폐기물이 아니라 제품으로 볼 수 있고, 수질오염방지시설에서 이를 사용할 수 있다’는 취지의 답변을 하였는바, 그렇다면 매일 청구법인의 사업장에 반입되는 상당량의 물질이 폐기물관리법 시행규칙 별표 5의3에 따른 엄격한 재활용 기준을 충족하였는지에 대한 객관적ㆍ구체적인 증빙자료가 확인되지 않는 이상, 단순히 관할 지방자치단체장의 수시ㆍ불시 검사에서 위법사실이 적발되지 않았다는 사정만으로 청구법인이 쟁점업체들로부터 반입받은 R-4-9가 재활용품인 재화에 해당하는지 아니면 그 성질이 변질되어 재화의 성격을 잃은 것인지 여부를 알 수 없는 한편, 청구법인은 본인에게 필요한 물품이어서 R-4-9를 공급받았다고 설명하면서도 오히려 대금을 수취하여야 하는 공급자처럼 단가의 인상을 요구한 것으로 나타날 뿐만 아니라, 쟁점업체들 중 하나인 ㈜A과 2019.2.14. 계약서를 작성하면서 쟁점금액의 성격을 “유기탄소원의 처리 대금”으로 기재하였으며, 처분청이 확인한 바에 의하면 ㈜A이 다른 사업자에게 유기탄소원을 반출할 때에는 매입세금계산서를 수취한 것으로 나타나는바, 쟁점금액은 재화의 공급과 관련한 장려금보다는 재화의 처리용역의 대가로 수수되었다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 음식물류 폐기물 재활용업자가 습식사료를 공급하면서 일정 금원을 지급한 사례에 대한 우리 원의 판단(조심 2019중1382, 2019.11.19.)을 청구주장의 논거 중 하나로 제시하나, 해당 사례는 농가에서 습식사료를 단순히 다른 사료와 섞어 가축의 먹이로 사용한 점 등을 고려하여 습식사료를 폐기물로 보기 어렵다고 판단한 사안인 반면, 이 건은 R-4-9가 액상형태로서 유통ㆍ소비기한이 짧아 금세 재활용품의 성격을 잃을 가능성이 높고 쟁점업체들로부터 이를 반입하면서 주정 폐수의 처리과정에 투입하는 일련의 과정에서 온전히 재화로서의 기능을 유지하는지 아니면 다른 폐수와 함께 처리되는 것인지 여부가 명확하게 확인되지 않는다고 할 것인바, 사실관계가 서로 달라 해당 사례에 대한 우리 원의 판단을 이 건에 직접 원용하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 쟁점금액을 장려금이 아닌 용역의 대가로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지1＞ 관련 법령 등
(1) 부가가치세법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻음 다음과 같다.
1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조 [재화 공급의 특례] ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다. ＜이하 각 호 생략＞
⑤ 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다. 다만, 사업자가 사업을 위하여 증여하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 제26조 [재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액
② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 제29조 [과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
⑥ 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조 제1항에 따른 대손금액(貸損金額)은 과세표준에서 공제하지 아니한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제2조 [재화의 범위] ① 부가가치세법(이하 “법”이라 한다) 제2조제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.
1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)
2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력 제35조 [면세하는 의료보건 용역의 범위] 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.
12. 폐기물관리법 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역
(3) 폐기물관리법 제1조 [목적] 이 법은 폐기물의 발생을 최대한 억제하고 발생한 폐기물을 친환경적으로 처리함으로써 환경보전과 국민생활의 질적 향상에 이바지하는 것을 목적으로 한다. 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “폐기물”이란 쓰레기, 연소재(燃燒滓), 오니(汚泥), 폐유(廢油), 폐산(廢酸), 폐알칼리 및 동물의 사체(死體) 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.
2. “생활폐기물”이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.
3. “사업장폐기물”이란 대기환경보전법, 물환경보전법 또는 소음ㆍ진동관리법에 따라 배출시설을 설치ㆍ운영하는 사업장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생하는 폐기물을 말한다. 5의3. “처리”란 폐기물의 수집, 운반, 보관, 재활용, 처분을 말한다.
6. “처분”이란 폐기물의 소각(燒却)ㆍ중화(中和)ㆍ파쇄(破碎)ㆍ고형화(固形化) 등의 중간처분과 매립하거나 해역(海域)으로 배출하는 등의 최종처분을 말한다.
7. “재활용”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동을 말한다.
8. “폐기물처리시설”이란 폐기물의 중간처분시설, 최종처분시설 및 재활용시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다. 제2조의2 [폐기물의 세부분류] 폐기물의 종류 및 재활용 유형에 관한 세부분류는 폐기물의 발생원, 구성성분 및 유해성 등을 고려하여 환경부령으로 정한다. 제13조 [폐기물의 처리 기준 등] ① 누구든지 폐기물을 처리하려는 자는 대통령령으로 정하는 기준과 방법을 따라야 한다. 다만, 제13조의2에 따른 폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항에 따라 재활용을 하기 쉬운 상태로 만든 폐기물(이하 “중간가공 폐기물”이라 한다)에 대하여는 완화된 처리기준과 방법을 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 제13조의2 [폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항] ① 누구든지 다음 각 호를 위반하지 아니하는 경우에는 폐기물을 재활용할 수 있다.
1. 비산먼지, 악취가 발생하거나 휘발성유기화합물, 대기오염물질 등이 배출되어 생활환경에 위해를 미치지 아니할 것
2. 침출수(浸出水)나 중금속 등 유해물질이 유출되어 토양, 수생태계 또는 지하수를 오염시키지 아니할 것
3. 소음 또는 진동이 발생하여 사람에게 피해를 주지 아니할 것
4. 중금속 등 유해물질을 제거하거나 안정화하여 재활용제품이나 원료로 사용하는 과정에서 사람이나 환경에 위해를 미치지 아니하도록 하는 등 대통령령으로 정하는 사항을 준수할 것
5. 그 밖에 환경부령으로 정하는 재활용의 기준을 준수할 것
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 폐기물은 재활용을 금지하거나 제한한다.
1. 폐석면
2. 폴리클로리네이티드비페닐(PCBs)이 환경부령으로 정하는 농도 이상 들어있는 폐기물
3. 의료폐기물(태반은 제외한다)
4. 폐유독물 등 인체나 환경에 미치는 위해가 매우 높을 것으로 우려되는 폐기물 중 대통령령으로 정하는 폐기물
③ 제1항 및 제2항 각 호의 원칙을 지키기 위하여 필요한 오염 예방 및 저감방법의 종류와 정도, 폐기물의 취급 기준과 방법 등의 준수사항은 환경부령으로 정한다. 제15조의2 [음식물류 폐기물 배출자의 의무 등] ① 음식물류 폐기물을 다량으로 배출하는 자로서 대통령령으로 정하는 자는 음식물류 폐기물의 발생 억제 및 적정 처리를 위하여 관할 특별자치시, 특별자치도, 시ㆍ군ㆍ구의 조례로 정하는 사항을 준수하여야 한다.
③ 제1항에 따른 음식물류 폐기물 배출자는 제14조 제1항 또는 제18조 제1항에도 불구하고 발생하는 음식물류 폐기물을 스스로 수집ㆍ운반 또는 재활용하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 환경부령으로 정하는 위탁ㆍ수탁의 기준 및 절차에 따라 위탁하여 수집ㆍ운반 또는 재활용하여야 한다.
1. 제4조나 제5조에 따른 폐기물처리시설을 설치ㆍ운영하는 자
2. 제25조 제5항 제1호에 따른 폐기물 수집ㆍ운반업의 허가를 받은 자
3. 제25조 제5항 제5호부터 제7호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 폐기물 재활용업의 허가를 받은 자
4. 폐기물처리 신고자(음식물류 폐기물을 재활용하기 위하여 신고한 자로 한정한다) 제65조 [벌칙] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역이나 3천만원 이하의 벌금에 처한다. 다만, 제1호, 제6호 및 제11호의 경우 징역형과 벌금형은 병과할 수 있다.
1. 제13조를 위반하여 폐기물을 매립한 자
6. 제15조의2 제3항을 위반하여 사업장폐기물 중 음식물류 폐기물을 수집ㆍ운반 또는 재활용한 자
11. 제18조 제1항을 위반하여 사업장폐기물을 처리한 자 제68조 [과태료] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다. 1의3. 제15조의2 제3항을 위반하여 생활폐기물 중 음식물류 폐기물을 수집ㆍ운반 또는 재활용한 자
(4) 폐기물관리법 시행규칙 제4조의2 [폐기물의 종류 및 재활용 유형] ① 법 제2조의2에 따른 폐기물의 종류별 세부분류는 별표 4와 같다.
② 법 제2조의2에 따른 폐기물의 재활용 유형별 세부분류는 별표 4의2와 같다.
③ 폐기물의 종류별 재활용 가능 유형은 별표 4의3과 같다. [별표4] 폐기물의 종류별 세부분류
2. 사업장일반폐기물의 세부분류 및 분류번호 51-38 음식물류폐기물 및 처리물 51-38-01 음식물류폐기물 51-38-02 중간가공음식물류폐기물 51-38-03 음식물류폐기물처리잔재물(액상의 경우만 해당한다) 51-38-99 그 밖의 음식물류폐기물처리잔재물
3. 생활폐기물의 세부분류 및 분류번호 91-02-00 음식물류 폐기물(분리배출된 음식물류 폐기물을 말한다) [별표 4의2] 폐기물의 재활용 유형별 세부분류(신설 2016.7.21.)
2. 재생이용할 수 있는 상태로 만들거나 재생이용하는 유형(R-3, R-4)
9. R-4-9: 수처리제나 유기탄소원, 응집제 등 수질개선을 목적으로 하는 제품을 제조하는 유형 [별표 4의2] 폐기물의 재활용 유형별 세부분류(개정 2022.1.7.)
2. 고상(固狀)의 자원을 회수하거나 제품의 원료를 제조하는 유형 또는 제품을 제조하는 유형(R-3, R-4)
9. R-4-9: 수처리제나 유기탄소원, 응집제 등 수질개선을 목적으로 하는 제품을 제조하는 유형 [별표 4의3] 폐기물의 종류별 재활용 가능 유형(개정 2018.12.31.)
2. 사업장일반폐기물 분류번호 폐기물의 종류 재활용 유형 사전 분석·확인 필요 여부 51-38 음식물류폐기물 및 처리물 51-38-01 음식물류 폐기물 R-4-5, R-4-9, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-5-4, R-6-1, R-10 해당 51-38-02 중간가공 음식물류 폐기물 R-4-5, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-6-1, R-10 해당 51-38-03 음식물류 폐기물 처리 잔재물(액상의 경우만 해당한다) R-4-5, R-4-9, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-5-4, R-10 해당 51-38-99 그 밖의 음식물류폐기물처리잔재물 R-3-1, R-3-2, R-10 해당 없음 R-8-2, R-9-2, R-10 해당 [별표 4의3] 폐기물의 종류별 재활용 가능 유형(개정 2020.5.27.)
2. 사업장일반폐기물 분류번호 폐기물의 종류 재활용 유형 사전 분석·확인 필요 여부 51-38 음식물류폐기물 및 처리물 51-38-01 음식물류 폐기물 R-4-9, R-5-3, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-5-4, R-6-1, R-10 해당 51-38-02 중간가공 음식물류 폐기물 R-5-3, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-6-1, R-10 해당 51-38-03 음식물류 폐기물 처리 잔재물(액상의 경우만 해당한다) R-4-9, R-9-4, R-10 해당 없음 R-5-1, R-5-2, R-5-4, R-10 해당 51-38-99 그 밖의 음식물류폐기물처리잔재물 R-3-1, R-3-2, R-10 해당 없음 R-8-2, R-9-2, R-10 해당 제14조의3 [폐기물의 재활용 기준 및 준수사항 등] ① 법 제13조의2 제1항 제5호에서 "환경부령으로 정하는 재활용의 기준"이란 별표 5의3에 따른 폐기물의 재활용 기준을 말한다. [별표 5의3] 폐기물의 재활용 기준(개정 2018.12.31.)
2. 유형별 재활용의 세부기준
2. R-4 유형의 재활용 기준
(4) 음식물류폐기물 재활용과정에서 발생하는 액상의 폐기물을 발효 등의 분해과정을 거쳐 침출수처리시설 또는 물환경보전법 제2조 제12호에 따른 수질오염방지시설의 운영에 필요한 유기탄소원을 제조하거나 유기탄소원으로 재활용하는 경우, 그 유기탄소원은 다음의 기준을 충족하여야 한다. (가) 부유물질(SS) 15,000㎎/L 이하 (나) 노르말헥산(N-Hexan) 1,000㎎/L 이하 (다) 총질소(T-N) 3,000㎎/L 이하 (라) 총인 400㎎/L 이하 (마) 총휘발성유기산 40,000㎎/L 이상 (바) 구리·수은·납 및 카드뮴과 그 밖의 오염물질 중 사용하고자 하는 시설에서 처리할 수 없는 오염물질은 물환경보전법 시행규칙 별표 13에 따른 수질오염물질의 배출허용기준 중 나지역의 배출허용기준 이하 (사) 유기탄소원으로 직접 사용하고자 하는 경우에는 침출수처리시설 또는 폐수처리시설에 균등하게 투입할 수 있는 설비를 갖추어야 한다. [별표 5의3] 폐기물의 재활용 기준(개정 2022.1.7.)
2. 유형별 재활용의 세부기준
2. R-4 유형의 재활용 기준
(4) 음식물류폐기물 재활용과정에서 발생하는 액상의 폐기물을 발효 등의 분해과정을 거쳐 침출수처리시설 또는 물환경보전법 제2조 제12호에 따른 수질오염방지시설의 운영에 필요한 유기탄소원을 제조하거나 유기탄소원으로 재활용하는 경우, 그 유기탄소원은 다음의 기준을 충족하여야 한다. (가) 부유물질(SS) 15,000㎎/L 이하 (나) 노르말헥산(N-Hexan) 1,000㎎/L 이하 (다) 총질소(T-N) 3,000㎎/L 이하 (라) 총인 400㎎/L 이하 (마) 총휘발성유기산 40,000㎎/L 이상 (바) 구리·수은·납 및 카드뮴과 그 밖의 오염물질 중 사용하고자 하는 시설에서 처리할 수 없는 오염물질은 물환경보전법 시행규칙 별표 13에 따른 수질오염물질의 배출허용기준 중 나지역의 배출허용기준 이하 (사) 유기탄소원으로 직접 사용하고자 하는 경우에는 침출수처리시설 또는 폐수처리시설에 균등하게 투입할 수 있는 설비를 갖추어야 한다. ＜별지2＞ 이 건 과세처분 내역
□ 2019년 제1기 (단위: 원) OOO
□ 2019년 제2기 (단위: 원) OOO
□ 2020년 제1기 (단위: 원) OOO
□ 2020년 제2기 (단위: 원) OOO
□ 2021년 제1기 (단위: 원) OOO
□ 2021년 제2기 (단위: 원) OOO
□ 2022년 제1기 (단위: 원) OOO
□ 2022년 제2기 (단위: 원) OOO