[요지] 청구법인은 화물의 운송사실을 입증할 만한 증빙(배차일지 등)을 제출하지 못한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 화물운송계약서, 월별 마감자료 등을 제출하였으나 화주나 원청 등과의 화물운송계약서 등을 제출하지는 아니한 점 등에 비추어 청구법인은 실제 운송용역 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 판단됨
[요지] 청구법인은 화물의 운송사실을 입증할 만한 증빙(배차일지 등)을 제출하지 못한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 화물운송계약서, 월별 마감자료 등을 제출하였으나 화주나 원청 등과의 화물운송계약서 등을 제출하지는 아니한 점 등에 비추어 청구법인은 실제 운송용역 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2018중4702 / 국심2005중3330
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 대표이사 A은 과거 약 15년 이상 중고차 매매업 분야에서 직장생활을 하였고, 청구법인이 설립되기 전 약 3년간 ㈜B에서 재직한 사실이 있어 ㈜B에서 물류와 연계하여 중고 1톤 차를 매각하는 프로젝트를 추진하면서 C를 만나게 되었고, 관련 프로젝트를 본격적으로 진행하기 위해 청구법인을 설립하게 되었다. ㈜D와 최초로 거래를 하게 된 경위는 청구법인이 거래하는 E에서 ㈜D를 경쟁업체로 생각하며 계약을 기피하는 부분이 있었고, 일반적으로 운송업의 대금 결제는 화주 → 물류 총괄업체(청구법인) → 하도급 운송업체 → 기사의 순으로 진행하게 되는데, 화주에게까지 대금결제가 이루어지는 기간이 약 한 달 후로 원활한 운송업을 영위하기 위해서는 배송 후 즉시결제 또는 선결제가 필요한 것이 현실이었다. 이에 앞서 C(주식회사 F의 대표)가 ㈜D의 관계자를 알고 있었고, ㈜D에서 청구법인의 상황을 인지한 후 화물운송이 이루어지게 되면 물류 총괄업체를 대신하여 자금을 지급하고 차후에 원금과 1%의 수수료를 지급하는 방식으로 도움을 줄 수 있다고 하여 거래를 하게 되었다. 때마침 2019년말 주식회사 F이 G(주)의 배차사업을 맡게 되었는데, 3개월 결제가 지연되면서 약OOO원의 자금을 지급하지 못하는 사태가 발생하여 자금의 운용에 어려움이 있는 등 일시적 자금경색이 발생하였다. 처음에는 C가 물류업무 분야를 잘 알고 있어 주로 ㈜D와의 계약은 C가 했고 청구법인의 대표이사인 A은 차량관련 전문으로 주로 차량계약 및 수리 등의 업무를 맡아서 진행하였다. ㈜F은 대형 화물차를 이미 보유하고 있었고, 1톤 차량을 청구법인의 사업에 활용하기 위해서 청구법인을 설립하게 되었다. 청구법인의 사업을 운용하기 위해서는 1톤 차량 20대가 필요했기 때문에 청구법인의 대표이사인 A이 자금을 마련하여 차량을 구매하고 법인을 설립하였다. 이때 ㈜H(I 대표)는 다른 업체와 동업을 진행하려다 그 동업 계약이 성사되지 않아 청구법인과 함께 사업을 하게 되어 C는 물류(대형차), A은 차량관리 및 수리(1톤 전기차), I은 사무 및 배차업무를 담당함으로써 상호 간의 협업 관계로 사업을 하게 되었다. 청구법인은 주로 J, K, L 운송업을 진행하였고, 전체적인 매출 중 운송업무가 약 80%를 차지하고, 나머지는 주로 배차업무를 진행하였다. 배차업무는 물류회사와 계약을 하면 회사마다 배차 건이 발생하고 이에 따라 청구법인이 용차를 찾아 연결시켜 주는 업무를 하였는데, 이때 용차는 청구법인의 차량 또는 개인 외부차량을 사용하였다. 계약은 각각 M, N, J와 물류 계약을 체결하고 여기 물류를 배달하는 일을 청구법인과 쟁점법인들 가운데 (주)H, ㈜F이 같이 진행하였다. 물류 계약관계는 화주나 원청에 따라 조금씩 차이가 있지만 주로 화주 → 원청 → 주식회사 F → 청구법인 → 주식회사 H의 순서로 이루어졌다. 청구법인이 쟁점법인들과 거래한 사실이 금융거래내역, 매입매출장, 배송일지 등에 의하여 확인됨에도 불구하고 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과하였다.
(2) 쟁점세금계산서와 관련하여 설사 청구법인의 매입처가 자료상이라 하더라도 쟁점세금계산서를 교부받은 청구법인이 실제 해당 용역을 공급받았고, 청구법인이 그 매입처가 자료상임을 알지 못한데 과실이 없다면 그 사업자를 선의의 거래당사자로 보아야 한다. 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 ‘각 거래별’로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하여야 한다(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결 참조). 따라서, 과세관청이 해당 거래의 매입세액공제를 거부하기 위해서는, 해당 매입처가 자료상임을 과세관청이 직접 주장·입증해야만 하고, 실물의 거래 없이 자료상으로부터 매입세금계산서만을 받은 경우라면 해당 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이나, 비록 해당 매입처가 자료상이라고 하더라도 매입세금계산서를 교부받은 자가 실제 해당 용역을 공급받았고 해당 매입처가 자료상임을 알지 못한데 과실이 없다면 과세관청은 그와 같은 매입세금계산서에 따른 매입세액 공제를 거부할 수 없다. 대법원도 “사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우에 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자 등으로 판명되었더라도 그 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 부가가치세를 산정함에 있어서 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.”고 판시한 바 있다(대법원 1989.7.25. 선고 98누749 판결 참조). 청구법인은 첨부된 “화물운송계약서”상의 계약조항과 같이 쟁점법인들 가운데 매출법인(주식회사 D)에게 운송용역을 제공하고 세금계산서를 발행하였고, 쟁점법인들 중 매입법인들에게는 관련 운송용역을 제공받고 매입세금계산서를 수취하였다.
(3) 쟁점법인들과의 거래는 모두 계약상 원인에 따라 실물 용역거래를 동반하여 이루어진 것으로서 용역의 공급사실이 청구법인과 ㈜D 뿐만 아니라 O(주), ㈜P 등 제3자와의 관련 거래내역, 세금계산서, 거래명세서, 금융거래내역 등에 의하여 확인되고, ㈜D와 최초의 거래시점에 기본계약서를 체결하고 90일간의 대금결제 기한을 설정하는 등 거래 정황이 통상적인 상거래관행에 비추어 어긋나지 아니하는 등 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 청구법인의 대표자는 문답서 및 심문조서를 통해 청구법인과 쟁점 법인들 간의 거래는 정상적인 거래이고 해당 거래처들(쟁점법인들)은 현재까지 탈세 등의 혐의로 형사 입건된 사실이 없음을 알 수 있다. 청구법인의 실물거래 사실은 운송기사 배차내역, 거래대금 송금내역 등 각 거래에 대응하는 객관적인 증빙자료를 통해 확인할 수 있는 차량운행일지, 주유비 지출내역, 고속도로 통행료 지출내역, 금융거래내역 등의 입증자료를 제출하였다.
(4) 쟁점법인들이 그 실체가 없는 페이퍼컴퍼니(자료상)라 하더라도 당사는 최초 거래당시 ㈜D의 사업장에 직접 방문하여 대표자 및 회사 임직원을 직접 만나 사업자등록증 및 명함을 교부하였고, 운송용역을 공급하면서도 화주 등이 지정한 물류창고(제3자)에 직접 입고를 하면서 인수증을 받았으며, 강제적인 조사권이 없는 민간사업자로서 최초 거래시점에 사업장 방문 및 대표 및 임직원 확인, 상거래 관행에 따라 최초 거래시점에 기본계약을 체결하는 등의 제반조치를 다하였다. 설령 거래상대방이 관할세무서 조사결과 자료상(페이퍼컴퍼니)이었다고 하더라도 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우로서 당사는 선의의 거래당사자에 해당한다. 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2는 ‘세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’라고 규정하고 있는데, 여기서의 ‘사실과 다르다’는 의미는 세금계산서에 기재된 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 의미한다(대법원 1996. 12.10. 선고 96누617 판결 등 참조). 그리고, 실제의 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는, 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한, 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두 2277 판결 등 참조). 그러나, 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래 적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 한다(대법 원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결 참조). 만일 청구법인은 쟁점법인들이 자료상이라는 점을 알면서도 용역을 공급하거나 공급받고 매출(매입)에 따른 부가가치세 및 법인세를 신고 및 납부하였다면 이는 용역대금 자체를 회수하기 힘들 뿐만 아니라 및 매출(매입)에 따른 세금까지 이중으로 부담할 위험을 떠안는 것으로서 사회 통념상 이례적이라고 할 것으로, 설령 쟁점법인들이 가공사업자라 하더라도 청구법인은 최초 거래당시 직접 사업장을 방문하여 대표자 및 임직원을 만나보았고, 사업자등록증, 명함 등을 확인한 점 등을 고려하면 청구법인은 선의의 거래당사자로 인정되어야 한다.
(5) 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세권자에게 있는 것으로서 쟁점법인들과의 거래에 대하여 청구법인은 세무조사 당시에 가공매출 및 가공매입 혐의에 대한 소명 당시 충분한 증거자료를 제시하였고, 명확한 증거를 제시하였음에도 불구하고 처분청은 청구법인이 자료상에 불과한 쟁점법인들에게 사실과 다른 세금계산서를 교부하였다는 의견이다. 그러나, 과세관청의 조사과정에서 작성된 납세의무자 아닌 자의 진술이 기재된 전말서 등은 그 진술내용에 부합하는 증빙자료가 있거나 납세의무자에 대한 사실확인 등의 보완조사가 이루어지지 않았다면 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을 기재한 것에 불과하여 다른 특별한 사정이 없는 한 이를 납세의무자에 대한 과세자료로 삼을 수는 없다. 특히, 처분청은 청구법인이 언제, 누구에게 어떤 용역을 제공하였는지를 특정하지 않고 불상의 제3자에게 용역을 공급하고 대금을 불상의 방법으로 회수하였고, 쟁점법인들로 가공의 매출세금계산서를 교부하고 가공의 채권을 계상하였다고 하나, 이를 구체적으로 입증할 수 있는 어떠한 자료도 제시하지 못하고 있으므로 이는 국세기본법에 따른 근거과세 원칙에도 위배된다.
(6) (처분청 답변서에 대한 항변) 처분청은 청구법인의 화물운송용역의 거래없이 거짓으로 수수한 세금계산서이며, 해당 거래는 가공거래이므로 선의의 거래당사자를 적용할 수 없다는 의견이다. 그러나, 청구법인은 (주)D뿐만 아니라 O(주) 등 다른 업체와의 거래와 관련하여 거래내역, 세금계산서, 금융거래내역 등에 의하여 계약상 원인에 따라 실물 용역거래를 동반한 거래를 하였다. 처분청은 쟁점법인들이 세무조사의 결과 자료상으로 확정되어 고발되었다는 사실만으로 청구법인이 쟁점법인들 간에 수수한 쟁점세금계산서도 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 처분청 스스로도 청구법인의 용역이 공급된 사실을 인정하면서도 어떠한 구체적인 입증자료도 없이 사실과 다른 세금계산서로 단정짓는 것인바, 이는 근거과세 원칙에 위배된다. 그리고, 거래상대방인 (주)D에 대한 세무조사에서는 청구법인과의 거래는 정상거래로 확정되어 조사가 종결되었다. (주)D는 세무조사 당시(2024년 4월 조사착수, 청구법인과의 거래 건에 대하여 무혐의로 조사종결) 청구법인과의 거래와 관련하여 용역의 실제 거래없이 단순히 청구법인의 용역대금의 1%의 수수료를 수취하면서 (주)D가 청구법인에 자금을 대여할 이유는 없다. (주)D는 해당 법인의 업무가 화주사와 화물운송에 관한 직접 계약을 체결하여 운송회사를 선정하고, 화물운송 전반을 관리하거나 또는 화주사와 직접 계약을 체결하기 어려운 경우에는 주식회사 X와 같이 화주사와 직접적으로 계약할 영업력이 있는 업체로부터 물류 용역에 대해 위수탁을 의뢰받아 전반적인 화물운송을 관리하는 회사임을 주장하여 청구법인과의 용역거래를 실거래로 인정받았다. 그러므로, 청구법인이 (주)D에게 발급한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 한 이 건 부과처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
(1) 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2022년 제1기부터 2022년 제2기 기간 동안 ㈜F, ㈜H와 세금계산서 발행 IP 주소, 랜카드 고유번호(Mac Address) 등이 동일하고, 2023년 제1기 기간 동안 ㈜Q, ㈜F과 세금계산서 발행 IP 주소, 랜카드 고유번호(Mac Address) 등이 동일하였으며, 청구법인과 ㈜F, ㈜H는 하나의 회사업무를 협업하는 관계이고, 위의 3사의 배차업무 및 세금계산서 발행업무와 ㈜Q의 세금계산서 발행업무를 ㈜H 대표자 I이 맡아서 수행하여 동일한 IP 주소 등을 사용한 것으로 확인되었다. ㈜D와의 세금계산서 수수에 대하여 살펴보면, ① 청구법인은 사업 초기에 운영자금 조달과 ㈜F의 주식회사 G과 관련한 채무 OOO원을 해결할 목적으로 ㈜F에 부가가치세를 환급해주기 위해 세금계산서를 순환적으로 발행하였다. 화물운송업체의 일반적인 대금 결제는 화주(또는 총괄업체) → 화물운송업체 → 화물운송 기사 순으로 이루어지게 되고, 화주 등이 청구법인인 화물 운송업체에게 운송대금을 지급하는 기간이 1∼2개월 이상 걸리는데 반해 청구법인은 운송기사에게 운임을 바로 지급하여야 하는 등 초기자금 운영에 어려움이 있어 거래처 ㈜D와 선결제를 받은 것으로 확인되었다. 이는 청구법인이 제출한 심판청구 이유서상 최초의 거래경위에서도 나타나는 바와 같이 청구법인도 ㈜D로부터 받은 대금이 선결제임을 인정하였다. * 선결제: 화주 또는 총괄업체가 화물운송업체에 거래대금을 지급하기 전에 화물운송이 이루어지면 청구법인은 화주 또는 물류 총괄업체를 대신하여 ㈜D로부터 대금을 받고 차후에 원금과 1%의 수수료를 ㈜D에게 지급함 청구법인은 J, R 등에 화물 운송용역을 제공하면 해당 화물운송 화주 또는 원청에 화물운송 용역대금을 청구하는 대신 ㈜D에 세금계산서를 발행하고 ㈜D로부터 대금을 지급받았으며, J, R 등 화물운송 용역에 대한 화주 또는 원청으로부터 용역대금은 ㈜H나 ㈜F이 지급받고, 청구법인이 ㈜D로부터 받은 대금을 ㈜H에서 수수료(1%)와 원금을 ㈜D에 송금하였다. 청구법인은 주업종으로 운송물류컨설팅을, 부업종으로 일반 화물 자동차 운송업을 영위하는데, 청구법인이 ㈜D에 화물운송용역을 제공하고 세금계산서를 발행해야 하나 초기자금 운영의 어려움 등의 이유로 용역제공 없이 세금계산서를 발행하고 선결제 형식으로 ㈜D로부터 대금을 받은 것이다.
② 청구법인은 ㈜D와 작성한 ‘화물운송계약서’ 외에 제품 운송료 합의단가표, 배차일지 등 화물운송 관련 자료가 없어 해당 거래를 확인하기 위해 처분청은 청구법인에게 ㈜D와의 거래가 화물운송에 대한 정상적인 거래임을 입증할 장부·서류 등 자료 제출을 두 차례 (2023.5.16. 및 2023.6.5.) 요구였으나, ㈜D와의 화물운송 용역에 대한 구체적인 자료를 제출받지 못하였다. 문답서(2023.8.24.)와 심문조서(2023.9.18.) 작성 시 ㈜D에게 발급한 세금계산서가 정상적인 거래에 대한 발급분임을 입증할 수 있는 증빙서류를 요구받아 청구법인은 실질적으로 ㈜D와의 거래가 아니고 화주 또는 원청 등과의 실제 거래이며 증빙서류를 준비하여 제출하기로 하였지만 세무조사 종결시까지 관련 증빙서류를 제출하지 못하였다.
③ 금융거래 확인을 통해 확인한 청구법인의 금융거래 흐름에서도 ㈜D → 청구법인 → A(청구법인 대표) → C(㈜F 대표) → ㈜F → ㈜H → ㈜D 순으로 이체가 되었고, 청구법인과 ㈜D와 정상적인 화물운송 거래이면 청구법인의 금융계좌에서 고액 매출에 상응하는 화물운송기사에게 지급된 내역이 있어야 하나 확인되지 않았으며, 2022년 제1기부터 2022년 제2기까지 ㈜D로부터 입금되면 87% 이상 청구법인 대표를 거쳐 C 등으로 이체가 되어 금융거래흐름이 비정상적이며 이는 ㈜F의 채무와 초기 자금 어려움을 해결하기 위해 화물운송용역 제공없이 단순히 ㈜D로부터 대금을 받았음을 알 수 있다. 2023년 제1기 금융거래 흐름도 2022년도와 동일하게 고액 매출에 상응하는 화물운송기사에게 지급된 내역은 극히 적은 것으로 확인되었다(OOO원 이상 화물운송기사로 추정되는 자에게 지급한 금액이 OOO원에 불과함).
④ 또한 청구법인과 ㈜D 등 거래처와의 세금계산서 흐름대로면 ㈜F → ㈜H → ㈜D → 청구법인 순으로 하청이 이루어지는 것으로 청구법인과 ㈜F, ㈜H는 하나의 회사업무를 협업하는 관계이므로 청구법인이 ㈜D를 통해 하청을 받을 이유가 전혀 없다. ㈜Q와의 세금계산서 수수에 대하여 살펴보면, ① ㈜Q는 2022년 12월에 개업한 화물자동차 운수업체로 청구법인에게 OOO원의 세금계산서를 발급하였는데, 이는 ㈜Q의 전체 매출액에 해당된다. ㈜Q의 대표자 S는 ㈜F 대표자의 배우자이고, 국세청 전산상 S는 법인을 설립하기 전까지 화물운송업 이력이 없으며, ㈜Q의 주식 49%를 청구법인의 대표자 A의 배우자가 보유하고 있다.
② 청구법인은 심문조서(1차), 심문조서(2차)를 작성하는 시점까지 해당 거래가 화물운송 주선업무(또는 화물 운송 주선업무와 운송업무)와 관련한 세금계산서 수취분으로 진술하였으나, 이후 청구법인은 2023.10.19. 소명자료 제출 시 해당 거래는 화물운송 용역을 제공받고 세금계산서를 수취한 것으로 소명하였다. 이처럼 청구법인의 2023년 제1기 매입액 중 ㈜Q와 거래가 가장 많은 매입액임에도 해당 거래가 어떤 용역인지 잘 모르고 진술이 번복되었다.
③ 청구법인의 주장대로 ㈜Q로부터 화물운송 용역을 제공받았다면 청구법인이 화주나 원청 등으로부터 운송용역을 계약 하고 ㈜Q에게 하청을 주는 구조이나 청구법인은 해당 화물운송에 대한 원청 등에 대해 조사종결 시까지 소명하지 못하였으며, 청구법인과 ㈜Q와의 화물운송계약서만 소명자료로 제출했을 뿐 화주나 원청 등과의 운송용역 계약서 등 원청 등과의 계약내용을 확인할 수 있는 증빙으로 제출하지 못하였다.
④ 청구법인은 구체적인 용역내용이나 수수료 산정 근거에 대한 증빙서류로 화물운송계약서, 월별 마감자료(LOOO마감, R 1톤마감, 용차사용분 마감, TOOO U마감 등)를 제출하였으나, 화주나 원청 등과의 화물운송 계약서가 없고, 청구법인이 제출한 LOOO마감 자료에는 청구법인이 아닌 V(㈜F의 前 상호)이 표기가 되어 있는 등 증빙자료의 신빙성이 의심스러우며 월별 마감자료(매입)와 금융계좌상 대금 지급내역, 세금계산서 발행내역을 월별로 비교한 결과 경제적 합리성이 결여되는 등 해당 거래가 정상 매입거래임을 입증하지 못하였다.
⑤ 청구법인, ㈜Q, ㈜F은 세금계산서 발급 IP 주소 등이 동일하고 세금계산서 발급 업무도 ㈜H의 대표자 I이 수행하였다. 또한, 청구법인의 금융거래 현장확인 결과 거래 대금 OOO원 중 OOO원이 청구법인 → ㈜Q → ㈜W → ㈜F로 이체가 되는 등 거래대금흐름이 비정상적으로 입출금되었다. ㈜F과의 세금계산서 수수에 대하여 살펴보면, ① 청구법인은 ㈜W(원청)로부터 하청을 받아 ㈜F에 하도급 형식으로 계약을 맺고 ㈜F에 하청을 주어 화물운송 용역을 제공받은 것이라고 소명하였으나, 청구법인이 ㈜W에 발급한 세금계산서는 OOO원으로 ㈜F과의 세금계산서 수수 금액과 차이가 크며 조사종결 시까지 ㈜W와의 하청과 관련된 서류, ㈜F과의 하도급 관련 서류 등 해당 거래가 정상적인 거래임을 입증할 증명서류를 제출하지 못하였다.
② 청구법인의 주장대로 해당 거래가 정상적인 거래이면 청구법인은 원청 ㈜W에 해당 거래보다 더 많은 세금계산서를 발급하여야 하나 청구법인은 2023년 제1기에 OOO원의 세금계산서만 발행하였으며 해당 기간에 입금된 금액은 OOO원으로 ㈜W로부터 하청을 받아 ㈜F에 하청을 주었다는 청구주장은 맞지 않는다. 오히려 청구법인이 ㈜F에 이체한 금액은 ㈜D로부터 받은 선결제 금액을 이체한 것이다. 청구법인의 심문조서에 의하면 청구법인은 ㈜F의 선결제 금액까지 포함하여 ㈜D에 대금을 청구하였고, 청구법인이 ㈜F에 이체한 ㈜D로부터 받은 선결제 금액을 정상적인 거래로 꾸미기 위해 ㈜F로부터 세금계산서를 거짓으로 수취하였다. ㈜H와의 세금계산서 수수에 대하여 보면, ① 청구법인은 ㈜H로부터 운송물류컨설팅 명목으로 세금계산서를 수취한 것으로 주장하여 조사관서는 운송물류컨설팅에 대한 설명과 용역보고서, 계약서, 가액산정 근거 등 해당 거래에 대한 증빙서류를 요청하였으나 해당 거래에 대해 정확하게 소명하지 못하였고, 1차 심문조서 작성 시까지 증빙서류도 제출하지 못하였다. ② 심문조서(1차) 이후 청구법인은 설립될 당시 영업용 화물 전기차량 20대 이상의 규모 세팅비용 명목으로 세금계산서를 수취한 것으로 소명(2023.9.25.)하였으나 유형자산의 형태가 아니어서 품목당 단가나 자료가 존재하지 않는다고 소명하는 등 이를 뒷받침할 증빙서류를 조사 종결 시까지 제출하지 못하였다.
③ ㈜H는 청구법인 외에 다른 업체에 ‘운송물류컨설팅’ 비용을 청구한 사실이 없고, 청구법인은 해당 거래에 대한 용역대금 공급대가 OOO원을 지급한 사실이 없으며, 청구법인과 ㈜H와의 세금계산서 발급 업무는 ㈜H 대표자 I이 수행하였다.
(2) 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다. 선결정례(조심 2018중4702, 2019.3.18.)에 따르면, “선의의 거래당사자인지 여부는 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 사실과 다른 경우(위장거래)를 전제로 하는 것으로 쟁점거래와 같이 실물거래가 없는 가공거래의 경우에는 적용할 수 없는 점(이하 생략)”에서 판단한 것처럼 선의의 거래당사자인 여부는 위장거래를 전제를 하며 이 건 거래는 위장거래가 아닌 실물거래가 없는 가공거래의 경우에 해당하므로 선의의 거래당사자 여부를 적용할 수 없다. 또한, 청구법인은 설령 쟁점법인들이 가공의 사업자라 하더라도 청구법인은 최초 거래당시 직접 쟁점법인들의 사업장을 방문하여 대표자 및 임직원을 만나본 점 등 통상적인 상관행에서의 선량한 주의 의무를 다한 선의의 거래당사자로 주장하나, 청구법인과 ㈜F, ㈜H는 하나의 회사업무를 협업하는 관계이고, ㈜Q는 ㈜F의 대표자의 배우자가 대표자이기에 청구법인의 주장대로 쟁점거래의 거래처들이 가공사업자라면 사업장 확인에 대한 주의의무, 거래사실 확인에 대한 주의의무, 결제대금 수수에 대한 주의의무를 충분히 기울일 수 있어 거래처가 가공사업자임을 쉽게 확인할 수 있으며, 세금계산서를 수취하지 않는 것이 정상임에도 세금계산서를 수취한 것이기에 선의의 거래당사자 여부를 논할 수 없다. ㈜D와 거래 역시 화물운송 계약서, 단가 산정 계약서 등이 없는 등 정상적인 거래계약서 및 거래처 선정과정에 대한 객관적인 근거 유무 등 사업장 확인에 대한 주의의무를 다하지 않았고 해당 거래는 가공거래이므로 선의의 거래당사자 여부를 적용할 수 없다. 과세관청의 입증책임과 관련하여 처분청은 청구법인과 ㈜F, ㈜H, ㈜Q가 세금계산서 발급 IP 주소, 랜카드 고유번가 동일한 것을 확인하였고, 금융거래 현장확인을 통해 2022년 제1기부터 2022년 제2기까지 ㈜D → 청구법인 → A(청구법인 대표자) → C(㈜F 대표자) → ㈜F → ㈜H → ㈜D로 비정상적인 금융거래흐름을 확인하였다. 또한, 2023년 제1기에 거래대금 중 대부분이 청구법인 → ㈜Q → ㈜W → ㈜F로 이체가 되는 비정상적인 금융거래흐름을 확인한 반면, 청구법인은 운송내역 등 단순 엑셀파일을 제출하였을 뿐이고, 화주나 원청 등과의 화물운송 계약서, 운송료 산출근거, 운송일지 등 청구법인의 화물 운송 용역거래를 입증할 수 있는 객관적인 입증 증빙서류를 제출하지 못하였고 오히려 입증책임을 처분청에 전가하였다. 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 하나, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고, 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있는 것인바, 처분청이 확인한 내용을 토대로 실물거래가 동반하지 아니한 것이라는 허위성을 입증하였기에 청구법인은 이 건 거래가 정상거래임을 입증할 책임이 있다. 또한, 선결정례(국심 2005중3330, 2006.5.9.)에 의하면, “(생략) 쟁점매입처는 실물거래없이 세금계산서를 발행한 사업자로 처분청으로부터 고발된 사업자로서 견인차가 쟁점매입처에서 주유한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류나 청구법인이 견인차 기사들에게 유류대를 지급한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류를 청구법인이 제시하지 못하고 있으므로 쟁점매입액을 실물거래없는 가공매입액으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다”고 되어 있는바, 청구법인은 쟁점법인들과의 거래를 실거래임을 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있어 쟁점세금계산서를 실거래에 따른 것이라 보기는 어렵다.
(3) 앞서 언급한 바와 같이 쟁점법인들과의 거래는 선결제와 관련된 세금계산서 수수 등으로 화물운송 용역의 거래 없이 거짓으로 수수한 세금계산서이고, 이러한 거래는 가공거래이므로 선의의 거래당사자를 적용할 수 없으며, 처분청은 해당 거래가 실물거래 없이 수수된 세금계산서임을 제시하였지만, 청구법인은 이와 같은 거래가 정상 거래임을 입증할 책임이 있음에도 이를 입증할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하였기에 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부
② 청구법인은 선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부
③ 이 건 부과처분이 근거과세의 원칙에 위배되는지 여부
(1) 청구법인이 2022년 제1기부터 2023년 제1기까지 ＜표1＞과 같이 세금계산서를 수수한 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 이 건 관련하여 처분청 조사종결보고서(보충조서)의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 청구법인의 대표이사 A 관련
2. ㈜F 및 ㈜X에 대한 조사
3. 매출처 ㈜D에 대한 조사
4. 매출처에 대한 가공확정 관련
5. 가공 매입처 관련
(2) 청구법인의 대표이사 A에 대한 심문조서의 주요 내용은 아래와 같다.
1. ㈜F 및 ㈜X 역할 관련
2. 선결제(거래대금의 1%) 관련
3. 세금계산서의 순환 관련
4. 주식회사 D와의 거래 관련
5. 화물운송 단가표 및 증빙 관련
6. 주식회사 Q 관련
7. ㈜Y 및 ㈜F 거래 관련 (다) 처분청의 심리자료 등에 따르면 청구법인 → ㈜Q → ㈜W → ㈜F로 이체가 이루어지는 등 거래대금흐름은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인 등 예금계좌 거래내역 (라) 주식회사 D의 사업자등록증(2021.4.19. 발급)에 따르면 주식회사 D는 2016.2.4. 경기도 평택시 OOO에서 설립되어 정보통신업, 운수 및 창고업(화물자동차 운송사업, 화물자동차 운송주선사업) 등을 영위하는 법인으로 나타난다(이후 본점 소재지 변동없음). 화물운송계약서 ㈜D(이하 “회사”라 칭함)와 ㈜Z(이하 “파트너”라 칭함) 간에 “회사”가 “파트너”에게 운송 위탁하는 화물의 운송에 관하여 다음과 같이 운송대행계약(이하 “본 계약”)을 체결한다. 제1조(계약의 목적) 본 계약은 “회사”가 “파트너”에게 화물의 운송을 위탁하고 “파트너”는 “회사”로부터 운송 위탁 받은 화물을 “회사”가 지정한 장소에서 인수하여 “회사”가 지정하는 장소까지 지정된 시간 내에 운송하기로 하며, “회사”는 운송 위탁한 화물에 대하여 “회사”와 “파트너” 간에 합의된 운송비를 지불하기로 하고 “파트너”는 신속, 정확, 안전하게 운송하기 위한 제반 협의사항을 약정함을 목적으로 한다. (중략) 제6조(운송료 및 운송료 지급방법) ① “회사”가 “파트너”에게 운송 위탁한 제품의 운송료는 합의한 단가표에 의하며, 표시되지 않은 구간에 대한 단가는 “회사”가 “파트너”가 협의하여 책정한다.
② “파트너”는 별첨 계약단가에 따라 당월 운송료를 익월 최초영업일로부터 3일이 경과하기 전까지 일 정산하여 “회사”에게 청구하고, “회사”는 익월 10일까지 “파트너”에게 현금으로 지급하기로 한다. 본 조 소정의 지급기일이 은행휴무일인 경우에는 직후 은행영업일에 지급하기로 하며, 만일 지급이 지체되면 연 6%의 지연이자를 가산하여 지급한다. 단, 운송료산정내역에 이견이 있을 경우 양 당사자는 상호협의를 통하여 익월 운송료에 반영하여 지급하기로 한다. (후략) (마) 청구법인과 ㈜D 간의 화물운송계약서(2022.2.1.)의 주요 내용은 아래와 같다. (바) 청구법인이 제출한 거래처 원장(2022년)을 살펴보면, 청구법인은 ㈜D를 거래처로 하여 2022년 말 외상매출금 OOO원을 계상한 것으로 되어 있다. (사) 청구법인과 ㈜Q 간의 화물운송계약서의 주요 내용은 아래와 같다. 화물운송계약서 ㈜Z(청구법인, 이하 “갑”이라 한다)와 ㈜Q(이하 “을”이라 한다)는 상호 신뢰와 성실을 바탕으로 다음과 같이 운송(차량) 계약을 체결한다. 제1조(목적) 본 계약은 “을”이 “갑”의 요청에 따라 화물의 운송을 수행하고 그 대가를 정산하는 거래에 “갑”과 “을”간의 권리의무를 명확히 하는 것에 그 목적이 있다.(중략) 제5조(을의 준수사항) 1. “을”은 지속적으로 “갑”의 화물을 높은 수준의 운송 및 배송서비스를 제공함으로써 상호수익 창출에 기여하며 “갑”이 제시하는 지침 및 가이드라인 등을 성실히 준수하여야 한다.
2. “을”은 법령에서 정한 바에 의거 화물자동차보험 및 적재물배상보험에 가입한 후 해당 보험증권 사본과 제반 서류를 “갑”에게 제출하여야 한다.
3. “을”은 자신의 과실로 발생한 직, 간접손해, 피해, 벌금 등에 대하여 합당한 변호사 비용을 포함한 모든 비용으로부터 “갑”의 책임을 면제하고 보호하기로 동의한다.
4. “을”은 “갑”이 제공한 시스템을 이용하여 차량을 출, 도착 및 이동현황을 보고한다. (중략) 제7조(운임)
1. 운송단가는 “갑”이 정한 “을”의 차량에 대한 단가 요율표에 준한다(별첨).
2. 계약기간 중 상당한 사유 발생시 “갑”과 “을”이 협의하여 단가 요율을 조정할 수 있다.(후략) (아) 청구법인은 고정차량 차량별 정산내역(2023년 1월), R 청계, 김포 1월 마감자료, a 1월 지입운송료, b 차량별 지급내역, 용차 사용분, OOO은행 입출금 거래내역(OOO은행 012-504023--*, 예금주 청구법인, 계좌입금자 주식회사 D) 야간배차 등 카카오톡 대화내용, 운전기사들 배차내역, 운송료 공제내역서, 용차비를 포함한 급여명세서 등을 제출하였다. (차) 주식회사 D에 대한 조사종결복명서(보충조서)의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 조사 선정 사유 관련
2. 과세자료에 대한 주식회사 D의 소명 내용
3. 조사법인 [㈜D] 소명내용 검토
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 참조)인바, 청구법인은 쟁점세금계산서가 실제 운송용역 거래를 하고 수수한 정상적인 세금계산서라 주장하나, 청구법인은 쟁점법인들 가운데 매출법인인 ㈜D와의 고액거래와 관련하여 화물운송계약서 이외에 화물의 운송사실을 입증할 만한 증빙(배차일지 등)을 제출하지 못한 것으로 나타나는 점, 금융거래내역을 살펴보면 자금이 ㈜D ⇨ 청구법인 ⇨ A(청구법인 대표) ⇨ C[㈜F 대표] ⇨ ㈜F ⇨ ㈜X ⇨ ㈜D 순으로 이체되는 등 순환거래의 형태를 띠고 있는데 이는 ㈜F의 사업 초기의 자금상의 어려움을 해결하기 위해 화물운송 용역의 제공 없이 ㈜D로부터 대금을 지급받은 것으로 보이는 점, 청구법인과 ㈜D 등 거래처와의 세금계산서 흐름내역을 살펴보면 ㈜F ⇨ ㈜X ⇨ ㈜D ⇨ 청구법인 순으로 하청이 이루어지는 것으로 나타나는바 청구법인과 ㈜F, ㈜H는 세금계산서 발행 IP 주소 등이 동일할 정도로 회사업무를 협력하는 관계이므로 운송 용역의 하청을 받을 이유는 없어 보이는 점, 또한 청구주장과 같이 청구법인이 ㈜Q로부터 운송용역을 제공받았다면 청구법인이 화주나 원청 등으로부터의 운송용역 계약을 체결하고 ㈜Q에게 하청을 주는 구조가 되나 청구법인은 이와 관련하여 화주나 원청 등과의 운송용역 계약서 등의 증빙을 제출하지 못한 점, 청구법인은 화물운송계약서, 월별 마감자료 등을 제출하였으나 화주나 원청 등과의 화물운송계약서 등을 제출하지는 아니한 점, 청구법인은 ㈜D가 청구법인에게 용역대금의 선지급 등 명목으로 1%의 수수료를 포함하여 운송용역 거래대금을 지급한 것이라 하였으나, 이미 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인과 ㈜D 간에 실제 운송용역이 발생한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 실제 운송용역 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 실제 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 명의 위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제받을 수 없으며, 과실이 없다는 점의 입증책임은 매입세액의 공제를 주장하는 자가 입증하여야 하는 것(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 참조)인바, 청구법인은 스스로 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부는 재화나 용역의 거래가 있으나 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 사실과 다른 경우(위장거래)를 전제로 하는 것이므로, 이 건과 같이 재화나 용역의 거래가 없는 가공거래의 경우에는 선의의 거래당사자 여부를 다투는 것은 어렵고, 이미 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인과 ㈜F, ㈜H가 동일한 컴퓨터 랜카드, 세금계산서 발급 IP 주소를 같이 사용하는 등 회사의 업무를 상호 협업하는 관계라면 청구법인이 위와 같은 거래처들이 가공사업자인지 여부를 인지하기는 어렵지 않았을 것이므로 이러한 경우에까지 선의의 거래당사자인지 여부를 논하기는 어렵다 할 것이며, 쟁점법인들 가운데 ㈜D의 경우에는 청구법인이 ㈜D에게 실제로 운송 용역을 제공한 것이 아닌 ㈜D가 청구법인에게 선결제에 따른 금융용역을 제공한 것으로 보이는 등 해당 거래의 성격을 고려한다면 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기는 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분이 근거과세의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이미 앞서 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점법인들 가운데 매입법인들은 청구법인과 컴퓨터 랜카드, 세금계산서 발급 IP 주소가 동일한 것으로 나타나고, 관련 거래대금이 ㈜D에서 여러 거래 단계를 거쳐 다시 ㈜D에게 순환되는 등 비정상적인 금융거래의 형태를 보이며, 청구법인은 실제 운송사실을 입증할 만한 증빙을 제출하지 못하였고, 쟁점법인들 가운데 ㈜D는 청구법인에게 선결제에 따른 금융용역을 제공한 것으로 보이는 등 쟁점세금계산서는 실제 운송용역 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서로 보이는데 반해, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 청구법인이 실제 운송용역을 제공받거나 제공하고 쟁점세금계산서를 수수하였다는 청구주장은 입증되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분이 근거과세의 원칙에 위배된다는 청구주장도 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (중략)
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제71조【장부의 작성·보관】① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부에 기록하여 사업장에 갖추어 두어야 한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제117조【장부의 작성·보관】① 법 제71조 제1항 및 제2항에 따라 장부에 기록하여야 할 거래사실은 다음 각 호의 것으로 한다.
1. 공급한 자와 공급받은 자
2. 공급한 품목과 공급받은 품목
3. 공급가액과 공급받은 가액
4. 매출세액과 매입세액
5. 공급한 시기와 공급받은 시기
6. 그 밖의 참고 사항