조세심판원 심판청구 종합부동산세

쟁점토지는 관할관청의 귀책사유로 사업계획 승인을 받지 못하였으므로 종부세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2024-중-1842 선고일 2024.06.26

관할관청은 다양한 요인을 고려하여 지구단위계획 수립을 거부한 것으로 귀책사유가 관할관청에 있다고 보기 어렵고, 조특법 제104조의19는 추징의 예외규정을 두고 있지 않은 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 주택신축판매업 등을 영위하기 위하여 2003.2.7. 설립된 회사로, 2021.7.21. 주식회사 A에서 주식회사 B로 상호를 변경하였다.
  • 나. 청구법인은 주택을 건설하기 위하여 2017.11.28. 충청북도 충주시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였는데, 2023년 귀속 종합부동산세를 신고하면서 쟁점토지는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항에 따라 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다는 사유로 종합부동산세 합산배제 신고를 하였다.
  • 다. 처분청은 종합부동산세 과세기준일인 2023.6.1. 현재 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 것을 확인하고 조특법 제104조의19 제3항에 따라 2023년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 2023.11.27. 청구법인에게 결정ㆍ고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

(2) 조특법 제104조의19 제1항은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3∼5년이 걸리는 점을 감안하여, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 토지에 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해주되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 하는 데 그 취지가 있다. (가) 따라서 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 상당하다. (나) 이 때 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 판결 참조).

(3) 청구법인은 청구법인의 귀책사유로 취득일부터 5년 내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 못한 것이 아니므로, 쟁점토지는 종합합산과세대상에서 제외되어야 한다. (가) 쟁점토지는 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받기 전에 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다)상 지구단위계획 수립이 선행되어야 하는바, 청구법인은 2017.6.26. 충주시장에게 국토계획법 제26조 에 따른 충주시 OOO 일원의 지구단위계획구역 지정 및 지구단위계획 수립을 위한 도시관리계획결정(변경) 주민제안서를 제출하였는데, 이에 대해 충주시장은 “현재 충주시 공동주택(아파트) 분양 및 입주 수요가 안정화 될 때까지 용도지역 종 상향을 통한 지구단위계획 수립 불가”라는 충주시 도시계획위원회 자문의견을 반영하여 수용하지 아니하였다. (나) 청구법인은 충주시장이 지구단위계획 수립 불가 결정을 하자, 충청북도 도지사에게 공공지원민간임대주택 공급촉진지구 지정제안을 하기로 하고 2018년 1월경 충청북도 도지사에게 충주시 OOO를 기업형임대주택 공급촉진지구로 지정해달라는 내용의 공급촉진지구 지정제안서를 제출하였으나, 충청북도 도지사 역시 충주시장과의 협의를 거쳐 2018.8.2. “충주시는 미분양 공동주택 현황이 OOO로, 현재 건설(예정)중인 주변 개발사업 등을 고려할 때 지속 증가 상황임. 이에 미분양 상황지속 등 주택시장이 안정화되지 않은 시점에서 공공지원민간임대주택 공급촉진지구 지정제안 수용은 어려움”이라는 이유로 수용불가 결정을 하였다. (다) 할 수 없이 청구법인은 2019.4.24. 충주시장에게 충주시 OOO 옛 C(주) 사택부지 일원에 대하여 국토계획법 제26조 의 규정에 따라 충주 도시관리계획 결정(변경)에 대한 주민제안서를 제출하였는데, 충주시장은 2019.12.31. “현재 충주시는 인구증가 대비 공동주택(아파트) 공급량이 많은 사항으로 용도지역 종 상향을 통한 공동주택 목적 지구단위계획수립 불가OOO”라는 이유로 불수용 결정을 하면서, OOO이라고 밝혔다. (라) 이에 청구법인은 2021.2.22. 충주시장에게 국토계획법 제26조 에 따른 충주시 OOO 일원에 대한 OOO 지구단위계획 주민제안서를 제출하였는데, 충주시장은 2021.5.20. “충주시는 OOO 공동주택 건설을 위한 용도지역 종 상향 지구단위계획수립은 불가”하다는 이유로 불수용 결정을 하였다. (마) 청구법인은 2022.12.16. 충주시장에게 국토계획법 제26조 에 따른 충주시 OOO 일원에 대한 OOO 지구단위계획 주민제안서를 제출하였는데, 충주시장은 역시 2023.3.10. “충주시는 OOO 용도지역 종 상향을 통한 공동주택 목적 지구단위계획수립 불가”라는 이유로 불수용 결정을 하였다.

(4) 위와 같이 청구법인은 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받기 위하여 쟁점토지를 취득한 해부터 무려 5차례나 충주시장에게 국토계획법상 지구단위계획 수립을 위한 주민제안서를 제출하였는데, 충주시장은 그 때마다 청구법인의 신청을 불수용한바, 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 인한 것임이 명백하다 할 것이므로, 쟁점토지는 「종합부동산세법」상 종합합산과세대상에서 제외되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 조특법 제104조의19에 따르면 주택건설사업자가 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에서 제외하도록 되어 있는데, 위 규정은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3∼5년이 걸리는 점을 감안할 때, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해주는데 그 취지가 있고, 이에 따라 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받도록 되어 있는바, 사업계획승인이 지연된다는 사유로 무한정 합산배제기간을 늘리면 이를 악용하는 납세자가 발생할 수 있으며, 이를 허용하는 규정도 없으므로, 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 인하여 사업계획승인을 받지 못하였다 하더라도 종합합산과세대상에서 제외할 수 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지는 관할관청의 귀책사유로 사업계획 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령 으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령 으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

(2) 조세특례제한법 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 주택법 제11조 에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 도시 및 주거환경정비법 제24조 부터 제28조까지 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31 제1항에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

③ 법 제104조의19 제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19조 제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 제11조의2 제9항 제2호에 따른 율

(4) 주택법 제16조(사업계획의 승인) ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가ㆍ대한주택공사 및 한국토지공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토해양부장관을 말하며, 이하 이 조 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 이상인 경우: 시ㆍ도지사 또는 지방자치법 제175조 에 따라 서울특별시와 광역시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장

2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 미만인 경우: 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수

(5) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
  • 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
  • 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

③ 재산세의 과세대상 물건이 토지대장, 건축물대장 등 공부상 등재되지 아니하였거나 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다. 다만, 재산세의 과세대상 물건을 공부상 등재현황과 달리 이용함으로써 재산세 부담이 낮아지는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 공부상 등재현황에 따라 재산세를 부과한다. (6) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다.

7. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 도시 및 주거환경정비법 제24조 부터 제28조까지 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(주택법 제2조 제11호 에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁법에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 취득한 쟁점토지의 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지 현황 등

(2) 충주시장 등이 한 쟁점토지의 지구단위계획 수립 불가 결정의 주요 내용 및 이에 대한 청구법인의 조치계획은 아래 <표2>와 같다. <표2> 지구단위계획 불수용 사유 및 청구법인의 조치계획

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 관할관청의 귀책사유로 사업계획 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 지구단위계획구역 입안제안서 검토결과에 따르면, 청구법인은 당초 정해진 용도지역을 변경하여 종 상향을 통해 공동주택을 건설하고자한 반면, 관할관청은 주변지역의 미분양 증가 및 도심경관 저해 등을 이유로 이를 불허한바, 관할관청으로서는 다양한 요인을 고려하여 지구단위계획 수립을 거부한 것으로 귀책사유가 관할관청에 있었다고 보기 어렵고, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 보여지지 않는 점, 조특법 제104조의19에 따른 주택건설사업자의 주택신축용지에 대한 종합부동산세 과세특례는 같은 조 제3항에서와 같이 주택건설사업자가 주택건설을 위한 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 추징의 예외규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 기 감면받은 종합부동산세액을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015부5348, 2016.11.28. 등 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)