조세심판원 심판청구 조세특례

조특법§99의2 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2024중0069 선고일 2024-08-07 조세심판원

[요지] 청구인은 확인서 제출 요건을 미충족한 것으로 보이는바, 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인들은 경기도 가평군 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 경매(2013.12.20. 매각허가결정)로 각 2분의 1 지분씩 취득한 후, 2014년부터 2016년까지 모두 양도하면서 양도소득세 신고 시 경기도 가평군수로부터 받은 2014.2.3.자 조세특례제한법 제99조의2 제4항에 따른 ‘신축주택등임을 확인하는 날인’(이하 “쟁점확인서”라 한다)을 첨부하여 양도소득세를 감면받았다.
  • 나. 이후 처분청 남양주세무서장은 2023.6.21. 경기북부경찰청으로부터 청구인들의 국세 포탈 혐의 통보를 받은 후 청구인들의 양도소득세 신고내용을 확인한 결과, 청구인들이 쟁점확인서를 위‧변조하여 양도소득세를 신고한 것으로 보아 처분청 성남세무서장․경기도가평군수․경기도성남시장에게 각 자료통보를 하였고, 처분청들은 기 감면한 양도소득세 등을 부인하여 아래 <표>와 같이 2014~2016년 귀속 양도소득세 등을 경정‧고지하였다. <표> 이 건 처분내역 ㅇㅇㅇ
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2023.12.1.(양도소득세) 및 2024.1.11.(지방소득세) 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견

  • 가. 청구인들 주장 청구인들은 사업주체 등인 A과 B 소유이던 쟁점주택을 2013.12.20. 법원 경매를 통해 낙찰받아 매각허가결정을 받았고 쟁점주택이 신축주택등임을 확인하는 날인을 2015.2.3. 경기도 가평군수로부터 받았는바, 조세특례제한법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면 요건을 모두 충족하였다. 처분청들은 청구인들이 2014.3.31.이 지난 2015.2.3. 신축주택등임을 확인하는 날인을 경기도 가평군수로부터 받았기 때문에 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법 제99조의2에 따른 감면대상이 아니라는 것으로 보인다. 그러나 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제11항은 제12항과 달리 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아야 하는 기한을 2014.3.31.로 특정하고 있지 않다. 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아야 할 의무자는 사업주체이지 사업주체로부터 주택을 양수한 자가 아니다. 그런데 쟁점주택의 취득은 일반적인 매매계약에 의해서가 아니라 경매를 통해서 이루어졌다. 즉 쟁점주택의 취득에서 사업주체인 C과 B은 형식적인 양도인에 불과하지 실질적인 양도 과정은 국가에 의해 진행되었다. 당연히 형식적 양도인인 C과 B이 매매계약서를 갈음하는 매각허가결정에 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아오리라 기대할 수도 없다. 그렇다면 신축주택등임을 확인하는 날인을 2015.2.3.에 받는데 청구인들에게 어떠한 잘못이 있다고 평가하기도 매우 어려워 보인다. 그럼에도 불구하고 그에 따른 불이익을 모두 청구인들에게 돌리기는 부당하다 할 것이다.
  • 나. 처분청들 의견 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제1항에 따른 신축주택등에 해당하더라도, 같은 조 제11항에 따라 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 매매계약서에 시장․군수․구청장으로부터 신축주택등임을 확인하는 날인을 받지 아니한 경우에는 조세특례제한법 제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례를 적용할 수 없는 것으로, 사후 날인은 인정되지 않는다(기획재정부 재산세제과-769, 2015.11.20.). 청구인들은 2014.2.3.자 쟁점확인서를 첨부하여 양도소득세 신고를 하였으나, 이는 위‧변조된 것으로 실제 2015.2.3. 사후 날인을 받았는바, 이는 매매계약 체결 즉시 확인 날인을 받도록 한 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제11항의 요건을 충족하지 아니하므로 감면을 부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청들이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 의정부지방법원 2013.12.20.자 OOO 매각허가결정 및 부동산등기부등본에 의하면, 청구인들이 강제경매 낙찰을 통해 쟁점주택을 취득한 사실이 나타난다. (나) 청구인들은 이후 2016년까지 쟁점주택을 모두 양도하면서, 양도소득세 신고 시 아래 쟁점확인서를 첨부하여 양도소득세를 감면받았다. <쟁점확인서> ㅇㅇㅇ (다) 경기도북부경찰청장은 2023.6.19. 수사 중인 중요 사건 관련, 조세특례제한법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면 과정에서 청구인들의 ‘부정행위’로 인해 국세를 포탈한 혐의가 수사단계에서 확인되어 앞으로 사건 진행 상황 등 부과제척기간을 검토하여 적절한 조치를 요청한다는 공문을 남양주세무서장에게 송부하였고, 이에 남양주세무서장은 청구인들이 쟁점확인서를 위‧변조하여 양도소득세를 감면받은 사실을 확인하여 성남세무서장, 경기도 가평군수, 경기도 성남시장에게 자료통보를 하였다. (라) 청구인들은 이 건 심판청구 시 아래와 같이 2015.2.3.자 신축주택등임을 확인하는 날인을 제출하였다. <2015.2.3.자 신축주택등임을 확인하는 날인> ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제99조의2 제1항에서 거주자 등이 신축주택, 미분양주택 등으로서 대통령령으로 정하는 일정한 요건을 갖춘 경우 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다고 규정하고 있고, 제4항에서 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다고 규정하고 있다. (나) 같은 법 시행령 제99조의2 제11항에서 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다고 규정하고 있고, 제8항에서는 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (다) 살피건대, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2020.6.11. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 청구인들이 위 규정에 따라 양도소득세를 감면받기 위해서는 쟁점주택의 양도소득세 신고 시 적법하게 교부받은 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하였어야 할 것이나, 위‧변조된 쟁점확인서를 관할세무서장에게 제출한 것으로 나타나는 점, 위 법령에서 신축주택등임을 확인하는 날인은 매매계약을 체결한 즉시 받을 것을 요건으로 하고 있으나, 청구인들은 매각허가결정이 이루어진 2013.12.20. 이후 1년 이상이 경과한 2015.2.3.에 신축주택임을 확인하는 날인을 받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청들이 위 규정에 따른 과세특례 요건을 청구인들이 충족하지 못하였다고 보아 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제99조의2 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “신축주택등”이라 한다)을 말한다. 1.주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 “사업주체”라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택 2.주택법 제15조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 주택법 제54조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 2013년 4월 1일 이후 도래하는 주택으로 한정한다) 3.주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(주택법에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다)

③ 법 제99조의2 제1항 전단에서 “1세대 1주택자의 주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 “감면대상기존주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.2013년 4월 1일 현재 주민등록법상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 “1세대”라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 주택법에 따른 주택을 말하며, 주택법에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 주민등록법에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 “1주택”이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택 2.국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

⑥ 법 제99조의2 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 자”란 다음 각 호의 구분에 따른 자를 말한다. 1.제1항에 해당하는 주택: 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업주체, 같은 항 제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 신탁업자, 같은 항 제8호에 따른 주택을 건설한 자 및 같은 항 제9호에 따른 분양사업자 또는 건축주

⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑨ 사업주체등은 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 현황(2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것으로 한정한다)을 2013년 6월 30일까지 시장(특별자치시장과 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제11조제2항에 따른 행정시장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항 제2호ㆍ제3호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)ㆍ제4호ㆍ제5호(2013년 4월 1일 이후 대물변제 받은 것으로 한정한다)ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)에 해당하는 신축주택등 현황의 경우에는 사업주체등과 최초로 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출하여야 한다.

⑩ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제9항에 따라 제출받은 신축주택등 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑪ 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

(3) 지방세법 제86조(납세의무자 등) ① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)