쟁점보상금은 국가정책적인 목적에 따라 철도요금의 감면액을 보전하거나, 사업성이 낮은 벽지노선의 운영 등에 따른 손실을 보전하는 보조금으로, 이는 일반․광역철도 여객운송 사업 등 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이는바, 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다 하더라도 위 개정규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것임
쟁점보상금은 국가정책적인 목적에 따라 철도요금의 감면액을 보전하거나, 사업성이 낮은 벽지노선의 운영 등에 따른 손실을 보전하는 보조금으로, 이는 일반․광역철도 여객운송 사업 등 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이는바, 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다 하더라도 위 개정규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 대법원이 이 건과 동일한 사안에 대하여 ‘이 사건 공익서비스보상액은 (중략) 국가로부터 지급받는 것으로 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당되므로 부가가치세 과세표준에서 제외됨이 타당하다. 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없다’고 판시(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결)한 바 있으므로 공통매입세액 안분계산시 쟁점보상금은 분자와 분모에서 모두 제외하여야 한다.
(2) 또한 최근 국세청의 유권해석(사전-2020-법령해석-부가-35, 2020.2.14.)을 보면 ‘국가정책상 통행료를 할인함에 따라 발생한 손실을 보상하기 위한 보전금은 부가가치세법제29조 제5항 제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것이며, 같은 법 시행령 제81조 제1항의 면세공급가액에 해당하지 아니하는 것’이라고 해석한 바 있으므로 쟁점보상금도 유권해석에 따라 공통매입세액 안분계산시 제외하여야 한다.
(1) 2018.2.13. 개정된 부가가치세법 시행령제81조에 따라 국고보조금의 대가성 여부와 관계없이 국고보조금은 면세공급가액과 동일하게 취급하여 공통매입세액 안분계산에 포함되므로 쟁점보상금을 공통매입세액 안분계산시 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다. (가) 이 건과 동일에 사안인 청구법인의 2018~2012년 국고보조금의 공통매입세액 안분계산에 대한 대법원 판결(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결)에 따라 정부는 2018.2.13. 부가가치세법 시행령제81조를 개정하여 국고보조사업 등의 ‘공통매입세액 안분규정을 합리화’하였고, 이에 따라 공통매입세액 안분계산시 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금 등이 면세공급가액등에 포함된다고 명시적으로 규정하였다. (나) 따라서 쟁점보상금이 과세표준에서 제외되는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금이라는 대법원의 종전 판단에도 불구하고, 개정된 부가가치세법 시행령제81조에 따라 쟁점보상금은 공통매입세액 안분계산시 포함하여 계산하여야 하는 것이다.
(2) 또한 청구법인은 국세청의 유권해석(사전-2020-법령해석-부가-35, 2020.2.14.)을 근거로 쟁점보상금이 공통매입세액 안분계산시 포함되지 않는 것이라고 주장하나, 해당 법령해석은 고속도로 준공 후 이를 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받은 민간투자사업 시행자가 손실보전금을 한국도로공사로부터 받는 경우에 대한 것이므로 국가로부터 공익서비스 비용을 보전받은 청구법인에는 해당하지 않는 것이다.
7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. (3) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 것) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 부칙<대통령령 제28641호, 2018.2.13.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) (4) 철도산업발전기본법 제32조 (공익서비스비용의 부담) ① 철도운영자의 공익서비스 제공으로 발생하는 비용(이하 “공익서비스비용”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국가 또는 해당 철도서비스를 직접 요구한 자(이하 “원인제공자”라 한다)가 부담하여야 한다.
② 원인제공자가 부담하는 공익서비스비용의 범위는 다음 각 호와 같다.
1. 철도운영자가 다른 법령에 의하거나 국가정책 또는 공공목적을 위하여 철도운임ㆍ요금을 감면할 경우 그 감면액
2. 철도운영자가 경영개선을 위한 적절한 조치를 취하였음에도 불구하고 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 벽지의 노선 또는 역의 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 되는 경우로서 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속함으로써 발생되는 경영손실
3. 철도운영자가 국가의 특수목적사업을 수행함으로써 발생되는 비용 제33조(공익서비스 제공에 따른 보상계약의 체결) ① 원인제공자는 철도운영자와 공익서비스비용의 보상에 관한 계약(이하 “보상계약”이라 한다)을 체결하여야 한다.
② 제1항에 따른 보상계약에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 철도운영자가 제공하는 철도서비스의 기준과 내용에 관한 사항
2. 공익서비스 제공과 관련하여 원인제공자가 부담하여야 하는 보상내용 및 보상방법 등에 관한 사항
3. 계약기간 및 계약기간의 수정ㆍ갱신과 계약의 해지에 관한 사항
4. 그 밖에 원인제공자와 철도운영자가 필요하다고 합의하는 사항
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 2019년 제1·2기 중 공익서비스 비용 발생에 따라 국가로부터 받은 쟁점보상금의 세부내역은 아래 <표1>과 같고, 공익서비스는 일반·광역철도 여객운송 운임감면(노인·장애인·국가유공자 등), 벽지노선 여객운송손실 등 청구법인의 면세사업과 관련된 것으로 보인다. <표1> 쟁점보상금 내역 (나) 청구법인이 2008~2012년 중 지급 받은 보상금이 공통매입세액 안분계산시 포함되는지 여부와 관련한 대법원 판결(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결)의 주요 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 대법원 판결 주요 내용 (다) 법령의 개정연혁에 따르면, 위 대법원 판결이 선고(2018.1.25.)된 직후인 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 공통매입세액에 관한 부가가치세 시행령제81조 제1항 단서가 개정되었고, 그 개정 전․후 규정의 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 부가가치세법 시행령제81조 제1항의 개정내용 2018.2.13. 개정 전 2018.2.13. 개정 후 제81조 ① (본문 생략) 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세 공급가액(비과세공급가액을 포함 한다. 이하 이 조 및 제61조 의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 제81조 ① (본문 생략) 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급 가액(면세사업등에 대한 공 급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. (라) 기획재정부의 2017 간추린개정세법상 부가가치세법 시행령제81조 개정이유 등은 아래 <표4>와 같다. <표4> 2017 간추린개정세법 국고보조 사업 등에 대한 공통매입세액 안분계산 방법 보완(부가령 §81)
종전 개정
□ 공통매입세액 안분계산 방법 ㅇ 과세사업과 면세사업등(비과세사업 포함)을 겸영하는 경우 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 중 면세사업 등에 관련된 매입세액은 불공제 ㅇ 면세사업등에 관련된 매입세액계산방법 공통매입세액 × 면세공급가액등 총공급가액 - 총공급가액은 과세사업에 대한공급가액과 면세공급가액등의 합계액 - 면세공급가액등은 면세사업등에 대한 수입금
□ 국고보조 사업 등에 대한 공통매입세액 안분계산 방법 규정 <좌 동> - 면세공급가액등은 면세사업등과 관련하여 받았으나 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 포함
ㅇ 국고보조사업 등의 공통매입세액 안분규정 합리화
ㅇ 2018.2.13. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보상금은 용역의 공급대가에 해당하지 아니하므로 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 2018.2.13. 개정된 부가가치세법 시행령제81조 제1항은 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 안분하여 계산한다고 규정하고 있고 단서규정에서 면세공급가액의 범위와 관련하여 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 포함한다고 규정하고 있는바, 쟁점보상금은 공익서비스 비용 보상계약에 따라 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 청구법인이 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부받는 시설·운영자금으로서 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금 등과 유사한 것에 해당한다고 보이고(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결 참조), 따라서 쟁점보상금은 2018.2.13. 개정된 부가가치세법 시행령제81조 제1항에 따라 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액의 범위에 포함되는 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.