다른 과세기간에 대한 판결 등이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO를 이용하여 여객 및 화물 등의 운송을 주 업무로 하는 법인으로 2004.12.31. OOO에 따라 설립된 OOO이다.
• 나. 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대하여 2014.1.17.부터 2014.5.16.까지 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 경상북도와 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 대한 운행 협약에 따라 운임을 받고 이 중 40%를 경상북도에 지급하는 대신 경상북도로부터 전세운임으로 OOO 운행당 OOO원(이하 “쟁점지원금”이라 한다)을 지급받은 것에 대하여, 부가가치세 면세대상으로 신고하였으나, 조사청은 이를 임대용역 수익으로서 부가가치세 과세대상으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 이에 처분청은 2014.6.1. 청구법인에게 2009년 제2기〜2013년 제2기 부가가치세를 경정 ․고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.27. 심판청구를 제기하였고, 그 후 행정소송을 제기하였는바, 대법원(OOO 판결)의 파기환송판결에 따라 처분청은 2024.3.14. 부과처분을 직권취소하였으며, 대전고등법원은 2024.4.19. 조정권고(OOO 사건, 이하 “쟁점권고”라 한다)를 하였다. 청구법인은 2024.6.11. 쟁점권고를 근거로 동일 쟁점에 대하여 2014년 제2기〜2015년 제2기, 2019년 제1기∼2021년 제1기분 부가가치세 환급을 구하는 후발적 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2014년 제2기∼2015년 제2기 과세기간의 부가가치세 경정청구에 대하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보아 2024.8.2. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 소송 등의 지연으로 2014년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간 동안 OOO 운임을 과세매출로 신고·납부하였고, 이 후 쟁점권고에 따라 처분청에 경정청구를 하였다. 대법원 파기환송판결은 쟁점지원금을 경상북도가 재정상의 원조를 목적으로 교부한 운영자금으로 판시하였고, 이는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않으며, 판결 내용의 기판력은 청구법인을 구속한다.

(2) 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무가 성립한 후 후발적 사유의 발생으로 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있고(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 참조), 통상의 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로는 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다. 법원은 “최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 경정청구사유에 해당하고, 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세자의 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다”고 판시하였다(대법원 2017.9.7. 선고 2017두41740 판결). (3) 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 는 과세관청의 결정 등에 따라 연동되는 다른 과세기간의 같은 세목에 대하여 후발적 경정청구를 인정하고 있는바, 처분청은 쟁점권고를 근거로 2016년 제1기부터 2018년 제1기까지의 과세처분을 감액경정으로 환급하였고, 이는 같은 법령에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(4) 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 사유에 포함된다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결). 청구법인의 경우 과세처분 당시 쟁점지원금에 대하여 과세대상 매출액으로 신고하였으나, 세무조사 외의 과세부분(2014년 제2기∼2015년 제2기)의 법정신고기한이 지난 후에 쟁점권고로 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 법률효과가 달라지는 사유에 해당한다. (5) 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 의2에 따르면 부과제척기간 만료 후 법원판결을 수용한 과세관청의 처분을 인정하고 있는바, 처분청도 이에 따라 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액이 연동된 다른 과세기간에 대하여 감액결정 등의 필요한 처분을 할 수 있다고 보아야 한다.

(6) 청구법인은 2014년 제2기∼2015년 제2기분 부가가치세에 대하여 부과제척기간 내에 경정청구를 제기(2019.12.23.)한 사실이 있고, 또한 후발적 경정청구 사유인 쟁점권고가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 내에 적법한 후발적 경정청구를 제기하였다.

• 나. 처분청 의견 청구법인의 경정청구는 경정청구 기간을 경과하였고, 후발적 경정청구 사유에도 해당되지 않아 거부처분함이 타당하다.

• 가. 쟁점 다른 과세기간에 대한 판결 등이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점지원금과 관련한 불복 과정은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점지원금 관련한 불복 과정 일자 과세기간 내용 2019.12.23. 2014년 제2기∼2015년 제2기 부가가치세 환급 경정청구 제기 2022.8.30. 거부처분 2021.6.24. 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 환급 경정청구 제기 2024.1.25. 행정소송을 거쳐 환급 2022.6.29. 2017년 제1기 및 2018년 제1기 부가가치세 환급 경정청구 제기 2024.3.14. 행정소송을 거쳐 환급

(2) 청구법인은 쟁점지원금에 대한 2009년 제2기〜2013년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여 2014.6.1. 경정고지를 받고, 행정소송을 거쳐 2013.12.28. 대법원에서 쟁점지원금은 부가가치세 과세대상이 아니라는 취지의 파기환송판결을 받았으며, 처분청은 관련한 부가가치세를 환급하였고, 대전고등법원은 2024.4.19. 조정권고를 하였으며, 원고(청구법인)는 소를 취하하였다.

(3) 대법원의 파기환송 판결의 내용은 다음과 같고, 이에 따라 대전고등법원은 2024.4.19. “원고는 이 사건 소를 취하하고, 피고는 이에 동의한다. 소송비용 중 60%는 원고가, 40%는 피고가 각 부담한다”라는 쟁점권고를 하였다. 원심은, 경상북도가 2009. 11. 무렵 원고와 체결한 ‘OOO 운행 협약’(이하 ‘이 사건 운행협약’이라 한다)에 따라 OOO 내에서 도내 관광지를 홍보하고 특산품을 판매할 수 있는 공간과 기회를 제공받았고, OOO의 이용승객이 늘어날수록 경상북도의 관광수익도 증대될 가능성이 높았다는 등 그 판시와 같은 이유를 들어, 경상북도가 매월 원고에게 OOO 전세운임 명목으로 지급한 금원(이하 ‘이 사건 전세운임’이라 한다)은 원고가 경상북도에 대한 OOO 운행대행 용역 공급의 대가로 수령한 것으로서 ‘용역의 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금’에 해당하지 않으므로 원고의 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 판단하였다. 그러나 원심판결 이유와 기록을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 전세운임은 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 에서 정한 ‘용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금’에 해당하므로 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 보아야 한다.

• 가) 경상북도는 원고가 OOO 운행으로 인한 손실을 보지 않도록 일정 수익을 보장하는 차원에서, OOO 개조 전 좌석 수를 기준으로 산정된 이 사건 전세운임을 매월 지급한 후에 그 금액을 한도로 원고가 승객들로부터 지급받은 운임의 40%에 해당하는 금액을 원고로부터 돌려받았다. 이 사건 운행협약 제5조는 이 사건 전세운임의 지급 목적이 ‘OOO운행에 따른 변동비용 일부 보전’에 있음을 명시하고 있다. 위와 같은 금원의 지급 및 반환 구조, 운행협약의 내용과 함께 OOO 운행사업은 경상북도뿐만 아니라 교통편의 증진, 지역경제 활성화 등 경상북도 주민들의 이익에도 기여할 수 있는 사업인 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 전세운임은 영업수지만으로는 기획하기 어려운 공공성 있는 사업의 진행을 위해 지방자치단체인 경상북도가 사업자인 원고에게 교부한 보조금에 해당한다고 볼 수 있다.
• 나) 경상북도는 OOO의 운임 매출액에 비례하여 이 사건 전세운임을 돌려받게 되는데 그 매출액 규모에 따라 이 사건 전세운임 전부를 회수할 수도 있다. 만일 이 사건 전세운임이 OOO 운행대행 용역의 공급대가라면, 경상북도가 원고로부터 공급받는 OOO 운행대행 용역의 양에 비례하여 이 사건 전세운임 금액도 증가하여야 하나, 원고가 OOO 운행대행 용역을 제공함에 따라 운임 매출액이 발생하면 오히려 경상북도가 실질적으로 부담하는 금액이 감소하게 되므로, 이러한 점에서도 이 사건 전세운임의 성격을 OOO 운행대행 용역의 공급대가로 보기 어렵다.
• 다) 원고로부터 OOO 운행 용역을 직접 공급받은 상대방은 경상북도가 아닌 OOO이용자이고, 이 사건 전세운임은 원고가 별도로 체결한 이 사건 운행협약에 따라 경상북도로부터 지급받은 것이므로 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 운영자금에 해당한다.
• 라) 이 사건 운행협약 중에 원고가 경상북도 관광 홍보활동을 위해 노력할 의무를 부담한다는 내용이 포함되어 있기는 하나, 이는 공공보조금을 교부받는 보조사업자가 보조사업과 관련하여 부수적으로 부담하는 의무에 불과할 뿐이어서, 그러한 정도의 의무 부담을 근거로 이 사건 전세운임을 관광홍보 용역의 대가라고 볼 수도 없다. 그런데도 원심은 이 사건 전세운임이 ‘용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금’에 해당하지 않아 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세 과세표준에서 제외되는 공공보조금에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점권고가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 이 건 경정청구를 제기하였으므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 또는 제4호 등에 따른 적법한 후발적 경정청구라고 주장하나, 조정권고에 따른 직권취소는 법원이 심리 중인 사건의 신속‧원만한 해결을 위하여 조정을 권고하고 소송당사자들이 이를 받아들인 결과에 불과하므로 법원의 조정권고 자체를 후발적 경정청구사유로 보기 어렵고(조심 2016서3310, 2017.4.13. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임), 쟁점권고 이전의 대법원 파기환송판결을 “확정된 판결”로 보더라도 국세기본법 제45조의2 제2항 의 사유가 발생한 것을 안 날로부터 “3개월 이내”에 결정 또는 경정을 청구해야 한다는 기간을 도과하였으며, 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 의 경우 납세자가 적법하게 신고하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단한 경우 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기를 결정 또는 경정하는 것을 뜻하는바, 이 건의 경우는 쟁점지원금이 부가가치세 과세대상에 관련한 것인지 여부가 문제될 뿐, 그 귀속시기의 오류가 있었다고 보기 어렵다 할 것이고(조심 2015전4825, 2016.4.27., 조세심판관합동회의, 참조), 이 건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 “법정신고기한이 지난 후 5년 이내”의 기간을 초과하여 제기한 점 등에 비추어 처분청의 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.