청구법인에 대한 당초 과세 근거가 된 거래 또는 행위 등이 쟁점심판결정에 의해 다른 것으로 확정된 것이고, 청구법인은 쟁점유상증자 관련 이익분여의 제3자가 아닌 당사자에 해당하여 쟁점심판결정의 직접 영향을 받는 청구법인이 제기한 이 건 후발적 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨
청구법인에 대한 당초 과세 근거가 된 거래 또는 행위 등이 쟁점심판결정에 의해 다른 것으로 확정된 것이고, 청구법인은 쟁점유상증자 관련 이익분여의 제3자가 아닌 당사자에 해당하여 쟁점심판결정의 직접 영향을 받는 청구법인이 제기한 이 건 후발적 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OO세무서장이 2024.5.13. 청구법인에게 한 2016사업연도 및 2020～2022사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 B 심판청구의 결정에 직접적인 영향을 받으므로, 단순한 제3자가 아닌 실질적인 청구 당사자이다. 세무조사 결과통지서에 의하면, 쟁점금액 관련 처분은 “불균등증자를 통해 분여받은 이익”에 대해 익금산입한 것인바, 이는 청구법인이 특수관계자인 B로부터 분여받는 이익이 있다는 전제하에서만 성립될 수 있는 것이다. 쟁점심판결정에서 조세심판원은 B가 유상증자에 참여하지 않은 것은 “특수관계인에게 이익을 분여하기 위한 것이었다거나, 경제적 합리성이 결여된 것이 아니다”고 판단한바, 이는 B가 쟁점유상증자에 참여하지 아니한 것을 “특수관계인에게 이익을 분여하기 위한 것이 아니고, 경제적 합리성도 갖춘 것”으로 보는 것과 같다. 최초의 결정에서 과세표준 및 세액 계산의 근거가 된 B의 행위(이익 분여액이 발생하는 유상증자 미참여 행위)가 쟁점심판결정을 통해 다른 것으로 확정(이익 분여액이 발생하지 않는 유상증자 미참여 행위)됨에 따라 처분의 근거가 되는 사실관계가 변동하여 결론적으로 청구법인은 법인세를 과다하게 납부하게 되었다. 따라서, 세무조사 결과통지서상의 과세근거, 처분의 성격 및 근거 법령(국세기본법 제45조의2 제2항 제1호) 등을 고려할 때, 청구법인은 쟁점심판결정에 직접적인 영향을 받는 자로서, 쟁점심판결정의 실질적인 당사자로 보는 것이 타당하다. 기존 심판례 및 판례에서도 심판청구 및 소송의 직접 당사자가 아님에도 후발적 경정청구를 인정한 사례가 존재하는바, 조세심판원은 ① A법인이 비상장법인의 주식을 양수한 거래와 관련하여 비상장법인이 청구한 심판결정에 따라 A법인의 법인세액이 감액되었으므로 비상장법인에 대한 심판결정이 A법인의 후발적 경정청구의 사유에 해당된다고 보았고(조심 2019전3051, 2020.9.3.), ② B법인이 그 주주로부터 증여받은 계약이 법원의 판결에 따라 무효로 확인되는 경우, 동 판결이 소송 당사자가 아닌 다른 주주(특정법인을 통한 이익 증여액에 대하여 증여세를 납부한 B법인의 주주로서 그 주주의 자녀)의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보았으며(조심 2022서5402, 2022.11.21.), 법원은 ③ 부과처분에 대한 직접적인 판결이 아니더라도 판결의 논리필연적 결과로 부과처분의 근거가 없어지면 후발적 경정청구의 대상이 된다고 보았다(수원지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합56728 판결). 처분청이 인용하고 있는 유권해석(법령해석과-784, 2018.3.26.)은 ‘조세심판원 심판청구에 대한 결정’이 후발적 경정청구 사유에 추가 신설된 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 개정이 반영되기 전에 생성된 것으로서, 청구법인의 경정청구는 법원 판결이 아닌 조세심판원 결정을 근거로 청구한 것이어서 상기 유권해석과 사실관계가 다를 뿐 아니라, 원칙적으로 조세심판원 심판청구에 대한 인용 결정을 후발적 경정청구 사유로 적용할 수 없다면, 후발적 경정청구 대상을 확대하여 납세자의 권리를 보호하려는 국세기본법의 개정 취지에도 부합하지 않는바, 동 유권해석을 이 건에 적용하는 것은 타당하지 않다. (나) 청구법인이 일반적인 경정청구 또는 불복 청구를 진행하지 않은 것만으로 청구법인의 후발적 경정청구 적용을 제한할 수 있는 법령상 근거는 없고, 청구법인의 후발적 경정청구가 조세 법률관계의 장기간 불안정을 야기한다고 단정할 수도 없다.
1. 청구법인은 아래와 같은 사유로 이 건 후발적 경정청구 전에 청구법인에 대한 과세처분에 대해 별도의 불복청구를 진행하지 아니하였다. 첫째, 청구법인의 행위가 아닌, 이익 분여자인 청구법인의 특수관계자(B)의 행위(유상증자 미참여)가 경제적 합리성이 있는지 여부를 청구법인이 직접 입증하며 다투기에는 명백한 한계가 있었는바, B에 대한 처분이 이루어 질 경우에는 이익분여자인 B가 보다 적극적이고 명확하게 경제적 합리성 유무를 입증할 수 있었을 것으로, 청구법인의 입장에서는 B에 대한 과세처분 관련 불복 결과에 따라 후속 조치 여부를 결정하는 것이 보다 합리적인 의사결정일 수 있었다. 둘째, B에 대한 과세처분이 적시에 이루어지고, 이에 대하여 B에서 불복청구 절차를 수행하였다면 그 불복 결과의 확정 시기에 따라 청구법인도 일반적인 경정청구 절차를 수행할 가능성이 있었으나, B에 대한 과세처분이 부과제척기간에 거의 임박하여 뒤늦게 이뤄짐에 따라 청구법인은 일반적인 경정청구 절차를 수행할 여지가 없었다.
2. 일반적인 권리 구제 절차의 이행 여부와 후발적 경정청구의 허용 간에는 법령상 제한이나 제약이 있는 것이 아니고, 일반적인 권리 구제 절차로도 납세자가 권리를 구제받지 못하는 상황에서 납세자의 권리 구제 수단을 확대하는 취지로 후발적 경정청구가 인정된다는 점을 고려하면 양자를 상호 보완적인 측면에서 보아야 하는 것이 적절하다. 즉, 일반적인 경정청구 및 불복 청구를 진행하지 않았더라도 향후 후발적 경정청구 사유에 해당된다면 납세자의 권리 구제 측면에서 당연히 납세자가 후발적 경정청구를 할 수 있는 것으로 보아야 한다. 후발적 경정청구 규정은 조세법률관계의 조기확정과 납세자 권익보호 사이의 균형을 고려하여 신설된 규정으로서, 헌법재판소는 국세기본법에 후발적 경정청구 규정이 1994.12.22. 법률 제4810호로 신설되기 이전에 후발적 경정청구 사유가 발생한 사안에서 납세자의 권익보호를 강조하여, “납세자의 후발적 경정청구권은 법률상 명문의 규정이 있는지 여부에 따라 좌우되는 것이 아니라, 조세법률주의 및 재산권을 보장하고 있는 헌법의 정신에 비추어 볼 때 조리상 당연히 인정된다”고 하였는바(헌법재판소 2000.2.24. 선고 97헌마13 결정), 후발적 경정청구 사유에 관한 국세기본법령상 규정은 예시적 규정으로 볼 수 있는 것이다. 이에 따라 국세기본법이 2022.12.31. 법률 제19189호로 일부개정되기 전에도 조세심판원은 심판청구에 의한 결정도 후발적 경정청구의 사유로 인정한 바 있고(조심 2022서5402, 2022.11.21., 조심 2016중1104, 2016.6.23., 조심 2021서3176, 2022.1.14. 등 다수), 이후 개정된 국세기본법에는 후발적 경정청구 사유로서 조세심판 결정이 추가 반영되어 후발적 경정청구 사유가 더욱 명확해진 것이다. 과세관청의 조세권 확보 및 납세자 권리보호와 법적 안정성 간 균형을 위하여 국세기본법에서는 부과제척기간, 경정청구의 기한을 두고 있는 것인바, 단지 해당 기간의 물리적 시간을 기준으로 “장기간”에 해당하는지를 판단할 수는 없는 것이다.
(1) 청구법인의 경정청구는 통상적인 경청청구 기간을 경과하였다. 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 규정에 의하면, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 정하고 있는바, 청구법인이 납세고지서를 수령한 일자는 2019.7.4.이고, 경정청구 접수일은 이로부터 90일이 훨씬 경과한 2024.3.11.로 경정청구 기간을 경과하여 적법하지 않다.
(2) 쟁점심판결정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 2022.12.31. 국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구의 사유에 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 대한 결정이 추가되어 2023.1.1. 시행되었고, 해당 조항에서 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송 등에 의하여 그 거래 또는 행위의 존부나 그 법률 효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미하므로(대법원 2008.7.24. 선고, 2006두10023 판결 등), 쟁점심판결정으로 쟁점유상증자와 관련하여 B가 청구법인에게 이익을 분여하지 아니하였음에도 청구법인이 이익을 분여받은 것으로 보아 과세된 조세채권은 실체적으로 존재하지 않는 것이고, 청구법인이 납부한 세액은 아무 근거가 없는 것이라고 주장한다. (나) 후발적 경정청구 사유인 판결로 인정받기 위해서는 후발적 경정청구권자가 소송의 당사자 등으로서 판결의 효력을 받는 자에 해당하여야 하는바(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결, 조심 2019중655, 2019.4.25. 등), 청구법인이 제시한 쟁점심판결정은 직접적인 소송당사자가 아닌 제3자에 대한 결정이므로 효력을 받는 자에 해당하지 아니하며, 행정(조세) 판결은 후발적 경정청구의 판결에 포함되지 아니한다(법령해석과-784, 2018.3.26.). (다) 또한, 청구법인은 쟁점유상증자와 관련하여 조사청의 세무조사 당시 과세의 부당성에 대하여 소명서를 제출하는 등 과세를 막기 위하여 최선의 노력을 하였다고 주장하고 있는데, 과세처분 당시에 이미 해당 처분의 부당성 등을 인지하고 있었고, 경정청구나 불복 청구 등을 제기할 충분한 법률적 역량이 있었음에도 이를 포기한 청구법인에게 부과제척기간이 상당기간 경과한 후, 제3자인 B가 제기한 쟁점심판결정을 원용하여 청구법인의 심판청구가 인용될 경우, 조세 법률관계가 장기간 불안정한 상태로 방치되거나 국가재정 확보에 위험을 초래할 염려가 있다.
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (3) 법인세법 시행령 제52조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우
(1) 처분청은 조사청의 조사 결과에 따라 쟁점유상증자와 관련하여 청구법인이 B로부터 이익을 분여받은 것으로 보아 2016사업연도의 과세표준을 증액하였는데, 이와 관련하여 청구법인이 불복을 제기한 사실은 없는 것으로 나타난다.
(2) 쟁점유상증자에 따른 쟁점증자법인의 주식변동내역은 아래 <표3>과 같은바, 청구법인 및 B, 쟁점증자법인이 세법상 특수관계인에 해당한다는 사실에 대하여는 다툼이 없다. <표3> 쟁점유상증자에 따른 쟁점증자법인의 주식변동내역 (단위: %, 주) OOO
(3) 쟁점심판결정의 쟁점 및 주문, 판단 부분의 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점심판결정의 쟁점 및 주문, 판단 부분의 내용
○○○
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 후발적 경정청구 사유인 판결 등으로 인정받기 위해서는 후발적 경정청구권자가 소송의 당사자 등으로서 판결 등의 효력을 받는 자에 해당하여야 함에도 쟁점심판결정은 청구법인이 아닌 제3자에 대한 결정으로 청구법인은 그 효력을 받는 자에 해당하지 아니하여 후발적 경정청구의 대상이 되지 아니하고, 청구법인은 통상적인 경정청구를 하거나 불복을 제기할 충분한 역량이 있었음에도 국세의 부과제척기간이 상당기간 경과한 후 B에 대한 쟁점심판결정을 들어 후발적 경정청구를 함에 따라 조세법률관계가 장기간 불안정한 상태로 방치되고, 국가재정 확보에 위험을 초래할 염려가 있다는 의견이나, 국세기본법 제45조의2 제2항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 제1호는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있는데, 조사청은 당초 B가 쟁점유상증자에 참여하지 아니함에 따라 청구법인이 특수관계인인 B로부터 쟁점금액의 이익을 분여받은 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정의 대상이 적용된다고 조사하였으나, 이와 관련하여 B가 제기한 심판청구에서 우리 원은 “B가 쟁점증자주식의 인수를 포기한 것은 유동성위험을 회피하고 합리적인 투자 및 경영을 하기 위하여 행한 경제적 합리성이 있는 행위로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 용인할 만한 상당한 사유가 있다”고 판단한바, 이는 청구법인에 대한 당초 과세 근거가 된 거래 또는 행위 등이 쟁점심판결정에 의해 다른 것으로 확정된 것이고, 청구법인은 B의 쟁점유상증자 관련 이익분여의 제3자가 아닌 직접 상대방으로서 당사자에 해당하여 쟁점심판결정의 직접 영향을 받는 청구법인이 제기한 이 건 후발적 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하는 것으로 보이는 반면, 이 건 당초 과세의 근거가 되는 부당행위계산 부인 규정은 양 행위 당사자에게 영향이 미치는 규정으로서, 이러한 특수한 규정의 적용을 받는 경우에까지 당사자의 범위를 지나치게 좁게 당사자가 아닌 제3자로 해석함은 납세자의 권리를 구제하려는 후발적 경정청구 규정의 입법취지에도 맞지 아니하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 일반적인 경정청구 또는 불복 청구를 진행하지 아니한 사정만으로 청구법인의 후발적 경정청구가 제한된다고 보는 것은 불합리해 보이고, 이러한 경정청구를 제한하는 규정도 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.