조세심판원 심판청구 법인세

부과제척기간 경과를 사유로 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-전-4699 선고일 2025.05.29

경정청구기간 내에 적법하게 제출된 경정청구를 국세 부과제척기간에 불구하고 경정청구일로부터 2개월 이내에 처리할 수 있음에도 처분청이 국세 부과제척기간이 만료되었음을 들어 경정하지 아니한 것은 위법함

1. 처분개요
  • 가. 2003.1.4. 충청북도 청주시 흥덕구 OOO에 설립되어 의약, 약학 및 생물학 등의 연구개발업을 영위하고 있는 청구법인은 조세특례제한법(법률 제14390호, 이하 “조특법”이라 한다) 제5조 중소기업 등 투자세액공제를 적용하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2024.3.28. 2018사업연도 법인세에 대하여 일반연구·인력개발비 세액공제(이하 “연구인력세액공제”라 한다)와 연구·인력개발설비투자세액공제(이하 “설비투자세액공제”라 한다)를 추가 적용하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.6.28. 부과제척기간 경과의 사유로 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017·2018사업연도 법인세 신고 시 조특법 제10조에서 규정하는 연구인력세액공제를 받았는데, 이 연구인력세액공제 대상 인건비에는 연구전담요원의 ① 확정기여형(DC형) 퇴직연금의 납입액과 ② 사회보험료 사용자부담금이 누락되었다. 조특법 별표6에서 정하고 있는 연구인력세액공제 대상이 되는 인건비는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 연구전담요원과 연구업무를 지원하는 자에 대한 인건비로서, 그 명칭 여하를 따지지 아니하고 근로의 제공에 대한 대가로 지급되는 비용에 해당한다. (가) 연구인력세액공제를 적용받는 인건비 중 공제대상에서 제외되는 인건비는 같은 별표6의 제1호 가 1)의 단서에서 규정하고 있다. 이 중 다목에 명시하고 있는 법인세법 시행령 제44조의2 제2항 에 따른 퇴직연금 등의 부담금은 2019.2.12. 개정 전(대통령령 제29241호 일부개정) 조특법 시행령 별표6에서는 세액공제 제외 대상 인건비로 열거되지 아니하였으나, 2019.2.12. 개정(대통령령 제29527호 일부개정)된 조특법 시행령 별표6의3에서는 세액공제 대상에서 제외되는 인건비로 추가되었고, 해당 시행령의 개정 시 부칙에는 2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 하고 있다.

1. 대법원 판결(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)에 따르면, 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상 근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 퇴직연금보험료는 연구인력세액공제 대상인 인건비에 해당하는 것으로 판시한 바 있고, 기획재정부(조세특례제도과-72, 2021.1.22.)에서도 ‘확정기여형 퇴직연금보험료는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 1)에 따른 퇴직소득, 퇴직급여충당금 등에 포함되지 아니한다’고 회신하였다.

2. 대법원 판결 및 개정된 조특법 부칙의 적용시기를 고려하면, 2018사업연도 및 그 직전 사업연도의 법인세 신고 시에는 청구법인이 지출한 확정기여형 퇴직연금등의 부담금은 연구인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 포함된다. (나) 연구전담요원 등에게 지급하는 급여뿐만 아니라, 그 급여 지급금액을 기초로 부과되는 사회보험료 사용자부담금도 그 근로의 제공에 대한 대가로 지급되는 비용에 포함된다.

1. 국세청 예규(서면법규-752, 2014.7.17.)에 따르면, 국민건강보험법고용보험법에서 정하는 바에 따라, 사용자가 부담하는 보험료는 연구인력세액공제 대상에 해당하고, 조세심판원의 결정례(조심 2016광1331, 2016.12.16.)에서도 소득세법에서 비과세소득으로 열거하고 있지 아니하는 국민건강보험법에 의한 사용자부담금도 인건비의 범위에 포함하는 것이 타당하다고 결정하였다.

2. 이에 따라 청구법인의 전담부서 등에서 연구개발업무에 종하사는 연구전담요원에 대하여 지출한 사회보험료 사용자부담금 상당액은 연구인력세액공제 대상이 되는 인건비에 포함된다.

(2) 한편, 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고 시 연구인력세액공제 중 일부가 이월되어 2018사업연도 법인세 신고 시 연구인력세액공제를 적용받는데, 2017사업연도의 연구인력세액공제 대상 인건비에는 확정기여형 퇴직연금 납입액과 사회보험료 사용자부담금이 포함되지 아니하였다. (가) 2017사업연도의 연구인력세액공제 대상 인건비에 확정기여형 퇴직연금 납입액과 사회보험료 사용자부담금을 반영하면, 2017사업연도의 이월공제대상세액이 증액되고, 2018사업연도에 공제되는 연구인력세액공제분도 증액된다. 이는 부과제척기한이 도과한 2017사업연도의 과세표준 및 세액을 변동시키지 아니하면서 2018사업연도의 과세표준 및 세액을 변동시키는 적법한 경정청구에 해당한다. (나) 조세심판원 결정례(조심 2010중971, 2010.10.20.)에 따르면, 세무조사 시 부과제척기간이 도과한 과거 사업연도의 세액공제 감액결정을 통하여 부과제척기간 내 과세대상사업연도의 세액을 증액결정하는 것이 부과제척기간의 정함을 위법하게 해석한 것이 아니라고 판단하였다. (다) 이 건도 부과제척기간 내 사업연도의 세액공제 경정청구 시 부과제척기간이 도과한 2017사업연도의 과세표준 및 세액을 변동시키지 아니하면서 2018사업연도의 과세표준 및 세액을 변동시키고자 하는 경정청구는 위법한 청구에 해당하지 아니한다. (3) 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고 시 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자하면서, 투자한 사업용자산에 대하여 설비투자세액공제를 적용하지 아니하고, 조특법 제5조 중소기업 등 투자세액공제를 적용하여 신고·납부하였다. 청구법인이 투자한 사업용자산은 연구개발을 수행하는 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구시험용 시설에 해당하고, 해당 시설은 조특법 제11조 설비투자세액공제 적용 대상자산에 해당하며, 이에 따른 중소기업은 연구 및 인력개발을 위한 시설 투자금액에 대하여 100분의 6에 상당하는 세액공제율이 적용되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 국세기본법 제26조의2 에서 정한 국세부과제척기간이 경과한 경우, 과세관청은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(경정)도 할 수 없는 바, 위 경정청구는 2024.5.28.로 국세부과제척기간이 만료되었으므로 처분청의 거부처분은 적법하다.

(2) 확정기여형 퇴직연금 납입액 및 사회보험료 사용자부담금은 조특법 제10조3 및 조특법 시행령 [별표 6]에서 정하고 있는 연구인력세액공제 대상에 포함된다.

(3) 그러나 설비투자세액공제와 관련하여 청구법인은 제출한 투자자산 목록이 조특법 제11조(연구인력 개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) 및 같은 법 시행령 제10조(연구시험용 시설의 범위)에 해당되어 설비투자세액공제를 적용하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 청구법인이 제출한 자료만으로는 연구개발을 수행하는 전담부서에서 직접 사용한 연구시험용 시설인지 사실확인 불가하여 세액공제 적정여부 판단이 불가하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 부과제척기간 경과를 사유로 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  • 가. 기업유형에 따른 비율

1. 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2. 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다) 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 “코스닥상장중견기업”이라 한다)의 경우 100분의 25] 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2018년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 “연구 및 인력개발을 위한 시설”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제25조(특정 시설 투자 등에 대한 세액공제) ① 내국인이 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우 또는 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 대통령령으로 정하는 연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설 (3) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

  • 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
  • 나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법 제2조 제2호 에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 제10조(연구시험용시설의 범위 등) ② 법 제11조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다.

③ 법 제11조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 인력 개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다.

⑥ 법 제11조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 투자금액을 계산함에 있어서는 제4조 제3항의 규정을 준용한다.

⑦ 법 제11조에 따라 투자세액공제를 받으려는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(같은 조 제3항을 적용받으려는 경우에는 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다. 이하 제21조 제5항, 제22조 제4항, 제22조의2 제3항, 제22조의3 제3항 및 제22조의4 제3항에서 같다)의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제22조(연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설의 범위) 법 제25조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

1. 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설

2. 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설 <표 삽입을 위한 여백> ※ [별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 구 분 비 용

1. 연구개발
  • 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등

2. 전담부서 등 및 연구개발서비스사업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

3. 전담부서 등 및 연구개발서비스사업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (이하 생략) (4) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 제29527호로 개정된 것) <표 삽입을 위한 여백> [별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 구 분 비 용

1. 연구개발
  • 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서 등"이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제44조의2 제2항 에 따른 퇴직연금 등의 부담금 및 소득세법 시행령 제40조의2 제1항 제2호 에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

2. 전담부서 등 및 연구개발서비스사업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3. 전담부서 등 및 연구개발서비스사업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제25조의3 제3항 제2호 가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (이하 생략)

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2024.3.29. 처분청에 ‘2018사업연도 법인세 세액공제액 과소산정으로 인한 법인세 과다신고’의 사유로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.6.29. ‘부과제척기간 경과’로 이를 거부하였다(<표1> 참조). <표1> 2018사업연도 법인세 신고내역 및 경정청구내역 OOO (나) 청구법인이 제출한 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)은 <표2>와 같다. <표2> 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)(2018사업연도) OOO (다) 청구법인은 2018사업연도 법인세에 대한 경정청구 제기 시 처분청에 세액공제신청서를 제출하였고, 이와 관련한 증빙으로 연구인력세액공제에 대하여는 ‘일반연구 및 인력개발비 명세서’를, 설비투자세액공제에 대하여는 ‘투자 자산별 명세서’를 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 우선, 처분청은 부과제척기간의 경과의 사유로 청구법인이 제기한 경정청구를 거부하였으나, 경정청구 기간 내에 적법하게 제출된 경정청구를 국세부과제척기간에 불구하고 경정청구일로부터 2개월 이내에 처리할 수 있음에도 처분청이 국세부과제척기간이 만료되었음을 들어 경정하지 아니한 것은 위법하다 할 것인데(조심 2013서189, 2013.6.12. 같은 뜻임), 국세기본법제45조의2 제1항에는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고기한(2019.3.31.)이 지난 후 5년 이내인 2024.3.29. 처분청에 경정청구를 제기한 것으로 나타나므로 부과제척기간 만료라는 사유만으로 이 건 경정청구를 거부할 수 없다 하겠다. (나) 다음으로 세액공제가 가능한지 여부에 대하여 살펴본다. 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, 이와 같이 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 적정한 기간 손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어, 이 건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 제10조 제1항 이 정한 연구인력세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 판시(대법원 2017.5.30.선고 2016두63200 판결, 같은 뜻임)한 점, 조특법 제10조의 연구인력세액공제 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 국민연금법에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자 부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함된다고 봄이 타당한 점, 2018사업연도 이전 사업연도에 법인세 신고 시 누락한 확정기여형 퇴직연금 납입액 및 사회보험료 사용자부담금은 연구인력세액공제 대상 인건비에 포함되는 점(기획재정부 조세특례제도과-72, 2021.1.22., 국세청 서면법규-752, 2014.7.17. 같은 뜻임), 처분청도 청구법인이 제기한 확정기여형 퇴직연금 납입액 및 사회보험료 사용자부담금이 조특법 제10조 및 조특법 시행령 [별표6]에서 정하고 있는 연구인력세액공제 대상에 포함된다고 인정하고 있는 점 등에 비추어, 세액공제대상이라고 봄이 타당하다고 판단된다. (다) 다만, 처분청은 설비투자세액공제와 관련하여 청구법인이 제출한 ‘투자대상자산별 명세’에 대하여 연구개발을 수행하는 전담부서에서 직접 사용한 연구시험용 시설인지를 확인한 바 없고, 제시된 자료만으로는 명확하게 판단하기 어려우므로 처분청이 이를 확인·조사한 후, 그 확인된 투자자산들에 대하여 설비투자세액공제를 적용함이 타당하다고 하겠다.
4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OO세무서장이 2024.6.29. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은,

1. 조세특례제한법제10조 연구·인력개발비에 대한 부분은 세액공제 대상인 것으로 하고,

2. 같은 법 제11조 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 부분은 청구법인이 제출한 투자자산들이 연구개발을 수행하는 전담부서에서 직접 사용한 연구시험용 시설인지를 확인·조사한 후, 세액공제를 적용하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)