[요지] 청구법인이 제출한 아이디어 스케치 등 이외에 청구법인의 사내이사인 AAA가 자신만의 노력과 비용 등으로 쟁점특허권을 취득하였다는 점을 입증할 수 있는 증거자료의 제출이 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유자를 청구법인으로 보아 그 사용료로 지급한 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고 소득금액변동통지(배당, 상여)를 한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다
[요지] 청구법인이 제출한 아이디어 스케치 등 이외에 청구법인의 사내이사인 AAA가 자신만의 노력과 비용 등으로 쟁점특허권을 취득하였다는 점을 입증할 수 있는 증거자료의 제출이 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유자를 청구법인으로 보아 그 사용료로 지급한 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고 소득금액변동통지(배당, 상여)를 한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
(1) 쟁점특허권의 실질소유자인 청구법인이 a과의 거래를 가장하여 쟁점금액의 법인자금을 부당하게 유출하고, 이를 손금에 산입하였다.
(2) 청구법인이 2013.12.19. 쟁점법인에 양도한 쟁점자산의 매매대금 OOO원 중 장기간 회수하지 않고 있는 미수금 OOO원(이하 “쟁점미수금”이라 한다)을 부당행위계산 부인 적용 대상으로 보아 매년 인정이자 OOO원을 익금에 산입하였다.
(3) 청구법인의 기업부설연구소 연구원 중 규제과학전문가팀(RA팀으로, 이하 “쟁점부서”라 한다)이 실제 연구개발을 전담하지 않으면서 다른 업무를 겸직하여 쟁점부서의 인건비는 조특법 제10조에 의한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 쟁점부서 인건비 합계 OOO원에 대한 연구·인력개발비 세액공제액 합계 OOO원을 부인하였다. ＜표1＞ 청구법인에 대한 경정·고지 및 소득금액변동통지 내역 (단위: 원)
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점특허권은 청구법인의 사내이사인 a이 실제 발명하고 출원·등록한 것이 분명함에도 이를 청구법인 소유의 특허권으로 보아 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 2012.10.18. 대표이사인 c가 발명한 ‘약액 유량제어장치’에 관한 특허권(출원번호 OOO 이하 “비교특허권”이라 한다)을 출원하여 2014.9.29. 특허결정을 받았으나, 비교특허권이 예상과는 달리 ROLLER에 의한 유속제어장치(Tube)의 엉킴 현상이 발생하여 설계대로 제품이 구동되지 않았기 때문에 환자의 생명을 위협하는 중차대한 의료사고로 이어질 개연성이 높아서 비교특허권의 제품화를 포기하였다. (나) 이 과정에서 a은 피아노 건반의 댐퍼 원리를 이용하면 비교특허권의 문제점을 해결할 수 있겠다는 아이디어를 생각해냈고, 2014년 7월에 본인의 아이디어에 대해 청구법인의 대표이사와 특허법인에 설명하고 특허법인의 조력(특허 도면 및 출원과 관련한 비용을 a이 부담)을 받아 쟁점특허권을 단독으로 출원하였다. (다) 다만 특허청의 심사 및 보정단계에서 a은 청구법인과 특허법인이 쟁점특허권에 대한 의견서를 제출(의견서 제출 관련 비용은 청구법인이 부담)한 점 등 쟁점특허권에 대한 청구법인의 기여분을 인정하게 되었고, 이에 청구법인은 2016.4.5. 청구법인을 공동출원인으로 하는 출원인 변경신고서를 접수하게 되었으며, 2016.6.20. a과 청구법인의 공동특허 등록이 결정되었다. (라) 쟁점특허권은 a의 혁신적인 아이디어를 통해 비교특허권의 기술적 과제를 구체적으로 해결한 새로운 특허로, 발명은 실질적인 기여 내용에 따라 판단해야 한다.
1. 조사청은 나이, 직업, 경력 등 여러 정황상 a을 쟁점특허권의 실질적인 발명자로 보기 어렵다는 의견이나 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것이고, ‘발명자’란 사실상의 발명을 한 자를 말하는 것으로서 나이·직업 기타 조건이나 제약과는 아무런 관련이 없다.
2. 조사청에서는 쟁점특허권에 대한 a의 소유권을 부인하려면 기존의 대법원 판례를 기준으로 a이 발명자로서 실질적으로 기여했는지를 검토해야 하는데, 조사과정에서 ‘a이 특허권자라는 것은 상식적으로 납득되지 않는다.’는 주관적이고 편향된 관점에서 a이 발명자가 아니라는 의견이 있을 뿐이고, a이 발명자가 아니라면 쟁점특허권의 실질적인 발명자가 누구인지에 대해서 명백하게 밝혔어야 함에도 전혀 특정하지도 않았다.
3. 조사청에서는 쟁점특허권의 소유권자가 a이 아닌 청구법인이라고 한다면 청구법인이 자체 설비 및 자원을 이용하였다는 근거를 명확하게 제시하여야 한다. (마) 쟁점특허권의 소유권에 대한 입증책임은 처분청에 있다.
1. a이 20세의 대학생 신분으로서 기존 약액 주입장치의 문제점을 이해하고 그 해결방안을 제시하는데 어려움이 없었음에도 조사청은 a이 막연하게 나이가 어리고 학생 신분이라는 정황이 과세 경험칙 상 이례에 속하는 특별한 사정이 존재하는 것으로 보아 법인세 등을 과세하였다.
2. 그러나 만일 약액 주입장치에 대해 잘 알아야 하고, 의료기기가 무엇이며, 직접 관련 제품에 관해 연구하고 생산한 경험이 있어야만 쟁점특허권과 같은 아이디어를 발명할 수 있는 것이라면, 청구법인의 연구소 직원들이 발명하였어야 경험칙에 부합한다고 할 수 있을 터이고 그렇다면 조사청에서는 청구법인이 자체 설비 및 자원을 이용하여 개발하였다는 근거를 제시했어야 함에도 그렇게 하지 않고 청구법인에 입증의 책임을 전가한 것은 과세처분의 적법성과 과세요건 사실이 결여된 부당한 과세처분이다. (바) 처분청은 쟁점특허권에 대해 기술의 실현가능성과 효율성, 안정성 등을 검증하기 위해 시제품 제작 및 다양한 실험이 필요한 특허라고 일방적으로 전제하고, a이 시제품 제작과 다양한 실험을 할 수 있는 인적·물적 자원이 없으므로 쟁점특허권의 법적소유권을 부인한 후, 시제품 제작이나 다양한 실험을 하였다는 어떠한 구체적인 근거도 제시하지 못하면서 청구법인이 쟁점특허권의 실질소유자라고 추정하여 쟁점특허권의 사용료인 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 조세의 부담을 부당하게 감소시키기 위해 특수관계인에게 금전을 대여한 것이 아님에도 불구하고 처분청에서 쟁점미수금을 금전의 무상대여로 보아 인정이자 상당액을 익금산입한 처분은 부당하다. (가) 처분청은 청구법인이 그동안 쟁점미수금을 회수하기 위해 쟁점법인이 소유한 자산에 대해 경매를 의뢰하는 등의 강제집행을 하는 것이 상관행임에도 그렇게 조치하지 않은 것이 특수관계인에게 업무와 관련이 없이 자금을 대여한 것이라는 의견이나, 쟁점법인의 매출이 급격하게 신장하거나 공장 등 부동산의 가치가 급등하는 등 매우 특별한 상황이 아니고서는 단시일 내에 쟁점미수금을 회수하거나 상환할 수 없는 등 청구법인과 쟁점법인의 구체적인 제반 사정을 고려할 때, 강제집행은 청구법인과 쟁점법인 및 종사 직원 모두에게 손해만을 끼치는 상황에서 반대로 모두에 이익이 되는 방법인 쟁점미수금을 회수하지 않는 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 정당한 사유가 없거나 경제적 합리성이 결여되었다고 보기 어렵다. (나) 쟁점법인은 어려운 경영 사정에도 불구하고 약 20여명에 달하는 직원들의 고용을 유지하며 기업의 생존 및 경영실적 개선을 위해 고군분투하고 있고, 청구법인은 쟁점미수금 채권을 포기 또는 면제하거나 대손 처리하는 등 경제적 합리성을 무시한 행위 또는 계산으로 조세를 회피한 사실이 없다. (다) 비록 쟁점법인이 10년 이상의 누적적자 및 자본잠식 상태이지만 종사 직원의 고용 안정을 위해 기업의 사회적 책임을 다하고자 법인 청산 또는 매각을 신중하게 고려해 왔던 청구법인에 쟁점미수금에 대한 세법 규정을 엄격히 적용하여 인정이자를 익금산입하고 거액의 법인세를 추징하는 것이야말로 건전한 사회통념이나 상관행을 벗어난 국고주의 징수행정에 의한 과세처분이기에 인정이자 상당액을 익금에 산입한 처분은 취소되어야 한다. (라) 아울러 청구법인은 쟁점미수금에 대한 소멸시효 중단을 위한 별다른 조치 즉, 재판상의 청구나 압류 등의 조치를 취하지 않음으로써 상사채권의 소멸시효인 5년이 경과한 2019년 2월에 소멸시효가 완성되었다고 볼 수 있으므로 소멸시효가 완성된 쟁점미수금에 대해 인정이자 상당액을 익금산입한 처분은 부당하다.
(3) 쟁점부서 종사직원의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다. (가) 쟁점부서는 연구개발 부서에서 제품의 설계부터 사업화(생산 및 판매) 전까지의 연구개발 과정에서 연구개발 부서를 보조하는 역할을 하고 있어서 조특법의 연구개발 정의에 부합한다. (나) 쟁점부서에서 수행한 연구개발 활동은 기업부설연구소의 연구개발 활동을 성공시키기 위해 필수 불가결한 연구개발 활동 보조에 해당하고, 연구개발한 의료기기에 대한 사업화(생산 및 판매)가 이루어지기 전까지의 모든 과정에서 수행되었기 때문에 기업부설연구소(3층)가 아닌 2층에서 연구개발 활동을 하였다고 하여 쟁점부서의 인건비를 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것은 쟁점부서에 직원을 고용하여 자체적으로 연구개발한 의료기기의 사업화를 위해 노력한 청구법인에 너무 가혹한 처분이고, 또한 일부 행정업무 등에 투입되었다고 인건비 전액을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것은 인력난에 허덕이는 중소기업의 현실을 무시한 것이다. (다) 따라서 쟁점부서 직원의 전체 인건비를 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 처분을 취소하거나 적어도 쟁점부서 직원의 연구·개발업무와 기타 행정업무의 업무량을 고려하여 인건비를 배분하고 그 중 행정업무 등 인건비만을 부인하는 것이 합리적이다.
(1) 쟁점특허권의 실질소유자를 청구법인으로 보아 법인세 등을 부과한 처분은 정당하다. (가) 청구법인 대표이사의 특수관계인인 a은 해외유학 당시 경영학을 전공하였고, 청구법인에 입사한 이후 현재까지 연구소에서 근무한 적이 없으며, 생산부·성형부·품질부·마케팅부·영업부·기획조정실에서 각각 약 6개월 정도씩 근무를 하였다고 진술한 사실이 있다. (나) 청구법인의 대표이사인 c는 학회 등을 통해 관련 업종 종사자들로부터 지속적으로 아이디어를 제공받아 왔고, 청구법인의 업무영역에 속하는 기술적 노하우 등의 아이디어 제공은 청구법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있다. c는 자녀인 a과 비교특허권의 문제점에 대해 구두로 이야기를 나누다가 a이 의견을 제시하여 쟁점특허권과 관련하여 청구법인에서 시제품 제작 및 테스트를 진행하였고, c가 시제품을 집에 가지고와 확인하였다는 진술 내용을 확보한 사실이 있다.
1. 청구법인은 2001년부터 연구소를 설립하여 지속적으로 경상연구개발비를 지출하면서 의료기기에 대하여 연구개발을 하였고, 이에 대하여 매년법인세법상 연구·인력개발비 세액공제를 받았다.
2. 쟁점특허권은 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현가능성, 효율성, 안정성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작과 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비와 비용이 필요할 것으로 보인다.
3. 청구법인의 특허출원 이력에서 볼 수 있듯이 청구법인에서 지속적으로 약액주입기 등에 대한 연구가 이루어지는 등 쟁점특허권은 청구법인의 인적·물적 자원을 활용하여 발명한 것으로서 a이 아닌 청구법인의 특허권으로 보아야 하고, a이 단순히 아이디어를 제공하였다 하더라도 쟁점특허권의 발명을 실험 등을 통하여 구체화하고 완성하는데 실질적으로 기여하였다고 볼 증빙자료는 없으므로 a을 쟁점특허권의 권리자로 볼 수 없다. (다) 조사청이 a과 문답서 작성 시 본인이 쟁점특허권에 대한 아이디어를 3장 스케치한 것이 있음을 이야기하였으나 제출한 스케치는 쟁점특허권과 관련하여 특허에 이를 정도로 구체적인 수치나 시행착오 사항 및 실험 기록사항 등의 연구내용 과정은 확인되지 않아 구체적으로 어떠한 기여를 하였는지 파악하기 어려울 정도였고, 사후에 작성되었을 가능성도 배제할 수 없었다. (라) 이 건의 경우 a이 쟁점특허권과 관련하여 구체적으로 어떠한 연구개발 활동을 하였고, 창작행위에 실질적으로 기여하였다는 입증자료의 제시도 부족한 점 등에 비추어 실질적 기여행위가 없었다고 보아야 타당할 것이다.
(2) 쟁점특허권의 실질소유자인 청구법인이 대표이사의 특수관계인에게 쟁점특허권에 대한 사용료를 지급한 것은 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 부당행위계산부인 규정 적용대상이다. (가) 청구법인이 쟁점특허권에 대한 사용료를 a에게 지급하였는데, 쟁점특허권에 대한 실질적인 검증이나 이를 활용한 청구법인의 이익창출에 대한 구체적인 계획 등을 검토한 사실이 확인되지 않고, 합리적인 경제인이라면 선택할 만한 명확한 요소 및 다른 사업 목적상 합리적인 이유가 확인되지 않아 통상적인 거래로 볼 수 없다. (나) 청구법인을 지배하는 대표이사가 쟁점특허권의 실질소유권이 청구법인에 있음에도 a 개인의 명의로 쟁점특허권을 출원하여 매년 고액의 수수료를 지급하는 것은 법인자금을 유출하고, 이를 청구법인의 손금으로 계상하여 조세를 부당하게 감소시키는 것에 주된 목적이 있다 할 것이다. (다) 따라서 청구법인이 a에게 지급한 쟁점특허권 사용료인 쟁점금액에 대해법인세법제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 배당 등으로 소득처분하여 법인세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(3) 특수관계인에게 금전을 무상으로 대여하거나 낮은 이율로 대여하는 행위는 인정이자의 계산 대상이 되고, 쟁점미수금은 당초부터 특수관계법인간의 부당한 거래로 인하여 발생한 것으로 회수하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. (가) 쟁점법인은 쟁점자산을 매수한 2013사업연도에도 결손금이 존재하였고, 실제 청구법인에게 지급한 OOO원도 대출을 받아 지급한 것을 보아 애초부터 쟁점자산의 매매대금을 쟁점법인이 자력으로는 지급할 수 없는 상황이었으며, 이후 지속적인 경영악화에도 불구하고 쟁점법인은 임대차계약에 의한 매달 소액의 일정 금액을 월세를 지급하는 방식으로 사업을 영위하지 않고 굳이 특수관계가 있는 청구법인과 OOO원이라는 거액의 매매계약을 진행하였다. 이에 청구법인이 주장하는 쟁점법인의 경영환경 및 당기순손실 등의 사유는 법령에서 규정하고 있는 특수관계인에 대한 쟁점미수금 관련 인정이자에 대한 정당한 사유가 될 수 없다. (나) 청구법인은 상거래관행상 거래처의 효율적인 관리를 위하여 특수관계가 없는 다른 거래처 간 거래와 같이 정당한 경제적 계산과 책임 하에 거래를 하였어야 하나, 결과적으로 청구법인은 관련 대가를 수취하지 아니하여 손실이 발생하게 되었으므로 애초부터 쟁점법인이 변제할 능력이 없었음을 인지하면서도 청구법인 소유의 쟁점자산을 양도한 것은 상식적으로 납득하기 어렵다. (다) 아울러 청구법인이 쟁점미수금에 상사시효가 적용되고 시효중단 사유가 없다고 판단하였다면 인정이자를 익금산입하는 대신 청구법인이 채권의 소멸시효 완성시기라고 주장하는 2019사업연도의 손금에 산입하였어야 한다. 그럼에도 청구법인이 쟁점미수금 채권의 소멸시효 완성으로 인한 대손사유 충족 여부를 간과하였다가 부과제척기간이 경과한 이후에서야 2019사업연도에 이미 소멸시효가 완성되어 대손요건이 충족되었다고 주장하는 그 주장 자체로 적정하지 않다. (라) 청구법인과 쟁점법인이 특수관계인에 해당하고 쟁점미수금의 실질이 쟁점법인에 대한 자금의 대여로써 경제적인 합리성이 결여되어 청구법인의 조세를 부당하게 감소하는 원인에 해당한다면법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되므로 이에 따라 인정이자를 반영하여 소득금액을 재계산한 이 사건 처분은 적법하다.
(4) 연구업무에 종사하는 연구전담요원이 아닌 연구와 직접 관련이 없는 다른 업무를 겸직하는 쟁점부서 직원의 인건비는 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 요건을 충족하지 못한다. (가) 조사청은 세무조사 시 확보한 쟁점부서의 기안문과 내부문서 등을 검토하고 쟁점부서의 d 이사와 유승원 부장에게 문답을 실시하여 청구법인에서 쟁점부서가 실제 수행한 업무에 대해 아래 ＜표2＞와 같이 확인하였다. ＜표2＞ 쟁점부서의 업무내역 (나) 이와 같이 조사청은 쟁점부서가 연구·개발활동을 직접 수행하지 않았고, 연구소에서 개발되거나 제품 변경 시 국내·외 인허가 업무, 심사 등의 보조업무와 함께 개발 후 모니터링 및 해외에 판매하는 의료기기에 대한 문제점이나 사건 등에 대한 보고 등 사후관리 업무를 하고 있다는 사실을 실제 쟁점부서의 업무총괄을 담당하고 있는 d 이사로부터 확인하였다. (다) 쟁점부서는 연구개발 활동과 직접 관련이 없는 사후관리 업무를 겸직하고 있으므로 본연의 연구만을 전담한 것으로 볼 수 없는바, 쟁점부서 직원들의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점특허권의 실질적 소유자를 청구법인으로 보아 사내이사에게 지급한 쟁점특허권 사용료를 손금불산입하고 사내이사에 대한 상여(배당)로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부
② 특수관계법인에 대한 자산양도대가 장기미수금에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 인정이자 상당액을 익금산입한 처분의 당부
③ 쟁점부서 직원들의 인건비가 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상인지 여부
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
(3) 법인세법 시행령 제87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도국세기본법제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 당해 법인이독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(4) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.
2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.
(5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란특허법·실용신안법또는디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.
3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정
2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정
③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.
(6) 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(7) 조세특례제한법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 구분 비용 1.연구개발
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가)소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나)소득세법제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금 다)법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등
2. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (이하 생략) [별표 6] 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용
(8) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다. 1.기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 2.문화산업진흥 기본법제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
2. 당해 법인의 주주로서법인세법 시행령제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와소득세법 시행령제98조 제1항 또는법인세법 시행령제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우법인세법 시행령제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.
(9) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. “연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.
(1) 쟁점①과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 국세청 전산시스템에 따르면, 청구법인은 의료기기 제조업을 영위하는 법인으로 대표이사인 c는 a의 부친이고, 청구법인의 2022사업연도 주주 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인의 2022사업연도 주주 내역 (단위: 주, %) (나) OOO를 통해 확인되는 청구법인의 특허권 출원 내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 청구법인의 특허권 출원 현황 (다) 쟁점특허권의 출원 및 등록까지의 일련의 과정은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점특허권의 출원 및 등록관련 과정 등 (라) 청구법인은 사내이사인 a이 쟁점특허권을 청구법인과 무관하게 연구·발명하고 특허출원하여 취득한 것으로서 a 개인소유의 재산권이라고 주장하며, 제출한 증빙자료 등은 다음과 같다.
1. 쟁점특허권은 a이 기존 약액 주입장치의 엉킴 현상이라는 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상, 즉, 피아노 건반의 댐퍼 원리를 적용한 새로운 약액 주입장치라는 혁신적인 아이디어를 아래 ＜표6＞과 같이 스케치한 것을 특허법인의 도움을 받아 도면화 및 특허 출원서를 작성하여 출원(a이 관련 비용 부담)하였다. ＜표6＞ 쟁점특허권 관련 a의 아이디어 스케치 내역
2. 쟁점특허권은 아래 ＜표7＞와 같이 a의 혁신적인 아이디어를 통해 비교특허권의 기술적인 과제를 구체적으로 해결한 새로운 특허이다. ＜표7＞ 쟁점특허권과 비교특허권의 비교
3. 쟁점특허권의 댐퍼원리가 제품에 반영된 도면은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점특허권(댐퍼원리)이 제품에 반영된 도면
4. 특허청의 의견 제출 요구에 대한 의견서 제출 등에 있어서 청구법인이 관여하고 그 비용을 부담한 점은 인정하고 따라서 a은 쟁점특허권의 단독출원을 공동출원으로 변경하게 되었다.
5. a은 청구법인의 설비 및 자원을 이용하지 않았는데, 처분청은 쟁점특허권에 대한 a의 기여도를 부인할만한 구체적인 근거를 제시함이 없이, 쟁점특허권의 실질적인 발명자가 누구인지 입증하지도 않고, a의 나이와 신분 등에 의해 쟁점특허권의 핵심적인 아이디어를 발명할 수 없었다며 쟁점특허권의 실질소유자를 청구법인으로 보았다. (마) 처분청은 청구법인이 a이 발명하지 아니한 쟁점특허권을 a 명의로 등록한 후, 청구법인이 사용료를 지급하는 형식을 빌려 쟁점금액의 법인자금을 부당하게 유출하였다는 의견으로, 제출한 증빙자료 등은 다음과 같다.
1. a은 2008년 중학교 재학시절 스위스의 우리나라 중·고등학교에 해당하는 OOO로 유학을 떠났고, 5년간의 학업(2008∼2013년)을 마치고 미국에 있는 OOO 사립 경영학 특화대학교에서 경영학을 전공(2013∼2017년)한 후 한국으로 귀국하였는데, 2014년부터 2017년까지 a의 출입국내역은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ a의 출입국 내역 (단위: 일)
2. a이 2024.2.22. 작성한 문답서의 내용 일부는 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ a의 문답서 내용 일부
3. 특허청이 2015.11.17. 쟁점특허권을 단독으로 출원한 a에게 의견제출통지서를 발송하였는데, 해당 통지서에 기재된 출원 거절이유는 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표11＞ 특허청의 의견제출통지서 내용 일부
4. 이에 대해 a은 2016.3.17. 신규·진보성에 대해 특허청의 의견을 반박하는 내용의 의견(답변, 소명)서와 보정서를 제출하였고, 해당 내용이 인정되어 2016.4.5. 청구법인을 공동출원인으로 하는 출원인 변경을 거쳐 2016.6.20. a과 청구법인의 공동특허 등록이 결정되었다.
5. 쟁점특허권과 관련하여 OOO가 청구법인에게 세금계산서를 발행한 내역은 아래 ＜표12＞와 같다. ＜표12＞ 쟁점특허권 관련 세금계산서 수수 내역 (단위: 원)
6. a 명의의 금융계좌(계좌번호: 619--**-019)에서 쟁점특허권과 관련하여 대금이 이체된 내역은 아래 ＜표13＞과 같고, a은 쟁점특허권 출원시 착수비용 외에 지출한 비용이 없다. ＜표13＞ a 명의 계좌에서 대금 이체 내역 (단위: 원)
7. 쟁점특허권과 관련한 a의 아이디어 스케치만으로는 a이 어떠한 기여를 하였는지 파악하기 어렵고, 사후에 작성되었을 가능성도 배제하기 어렵다.
(2) 쟁점②와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.7.20. ‘주식회사 e 울산지점’이라는 상호로 부동산 임대업의 사업자등록을 한 후, 2012.7.27. 쟁점법인을 설립하였는데, 2022사업연도의 청구법인과 쟁점법인의 주주 및 임원을 비교하면 아래 ＜표14＞·＜표15＞와 같다. ＜표14＞ 2022사업연도 청구법인과 쟁점법인의 주주 비교 (단위: 주, %) ＜표15＞ 청구법인과 쟁점법인의 2022사업연도 임원 비교 (나) 청구법인은 2012.4.23. ㈜f로부터 아래 ＜표16＞과 같이 쟁점자산을 OOO원에 양수하였다. ＜표16＞ 청구법인의 쟁점자산 양수 내역 (단위: 백만원) (다) 이후 청구법인은 2013.12.19. 쟁점자산을 OOO원(잔금청산일: 2013.12.19.)에 쟁점법인에 양도하는 매매계약서를 작성하고, 쟁점자산을 양도하였으나, 아래 ＜표17＞과 같이 OOO원을 회수하고 OOO원(쟁점미수금)을 회수하지 못하고 있는 것으로 나타난다. ＜표17＞ 쟁점자산 양도대금의 회수 내역 (단위: 백만원) (라) 쟁점자산을 양도한 ㈜f의 직원들은 아래 ＜표18＞과 같이 쟁점법인에 고용이 승계된 것으로 나타난다. ＜표18＞ 쟁점자산의 매매관련 고용 내역 등 (마) 청구법인의 이사인 g이 2024.3.6. 작성한 문답서의 내용 일부는 아래 ＜표19＞와 같다. ＜표19＞ g의 문답서 내용 일부 (바) 쟁점법인의 2012∼2022사업연도 연도별 손익 등 재무현황과 청구법인이 쟁점법인에 운영자금을 대여 및 회수한 내역은 아래 ＜표20＞·＜표21＞과 같다. ＜표20＞ 쟁점법인의 연도별 손익 등 재무현황 (단위: 백만원) ＜표21＞ 청구법인이 쟁점법인에게 운영자금을 대여 및 회수한 내역 (단위: 천원)
(3) 쟁점③과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 의료기기의 개발 등을 위하여 부설연구소를 운영하고 있는데, 부설연구소에는 2022사업연도를 기준으로 12명이 근무하고 있고, 이 중 쟁점부서에서 근무하는 인력의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비로 신고하였다. (나) 청구법인이 제출한 의료기기의 사업화(제품화) 과정과 쟁점부서 직원들의 역할은 아래 ＜표22＞·＜표23＞과 같다. ＜표22＞ 의료기기의 사업화(제품화) 과정 ＜표23＞ 쟁점부서 직원들의 역할 (다) 쟁점부서에 근무하는 d이 2024.2.28. 작성한 문답서의 내용 일부는 아래 ＜표24＞와 같다. ＜표24＞ d의 문답서 내용 일부 (라) 처분청은 쟁점부서가 연구개발 활동과 관련이 없는 사후관리 업무를 겸직하여 쟁점부서의 직원들의 인건비는 조특법 제10조에 의한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아, 아래 ＜표25＞와 같이 쟁점부서 인건비 합계 OOO원에 대한 연구·인력개발비 세액공제액 합계 OOO원을 부인하였다. ＜표25＞ 쟁점부서 인건비 및 관련 연구·인력개발비 세액공제액 (단위: 원) (마) 의료기기의 제품화를 위해 주요 개발단계별 인허가 자료를 안내하는 내용의 식품의약품안전처의 보도참고자료는 아래 ＜표26＞과 같다. ＜표26＞ 식품의약품안전처 보도참고자료
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 a의 혁신적인 아이디어를 바탕으로 쟁점특허권을 개발하였으므로, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유자를 청구법인으로 보아 법인세를 부과한 처분 등은 부당하다고 주장하나, 쟁점특허권과 관련한 기술의 실현에 대한 제반 과정, 기술의 실현가능성·효율성을 검증한 시제품 제작 및 실험이 어떠한 방식과 자원을 가지고 이루어졌는지에 대하여 객관적·구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인은 a이 쟁점특허권을 청구법인의 도움 없이 독립적으로 발명한 것임을 주장하며 아이디어 스케치 내역을 제출하였으나, 해당 아이디어 스케치를 a이 작성하였음을 인정한다 하더라도 해당 스케치의 작성사실만을 가지고 쟁점특허권이 청구법인과 a이 공동으로 개발한 것이라 단정하기는 어려워 보이는 점, 청구법인이 제출한 아이디어 스케치 등 이외에 청구법인의 사내이사인 a이 자신만의 노력과 비용 등으로 쟁점특허권을 취득하였다는 점을 입증할 수 있는 증거자료의 제출이 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유자를 청구법인으로 보아 그 사용료로 지급한 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고 소득금액변동통지(배당, 상여)를 한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인에 대한 쟁점미수금의 회수가 지연된 데 대하여 정당한 사유가 있으므로 처분청이 이를 자금의 우회지원(대여)으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하고 인정이자 상당액을 익금산입하여 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장하나, 부당행위계산 부인 규정의 적용대상은 법인과 특수한 관계에 있는 자와의 거래가법인세법 시행령제88조 제1항 각 호에서 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함에 따라 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우 또는 그런 의도가 없더라도 경제인의 입장에서 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 인정된다 할 것인바, 청구법인은 자금력이 있는 특수관계인이 아닌 자에게 쟁점자산을 양도하여 매매대금을 회수할 수 있었음에도 경영악화로 인해 결손상태인 쟁점법인에 쟁점자산을 양도하였고, 그 결과 매매대금의 일부는 대출로 지급받았으나 나머지 쟁점미수금에 대해서는 회수하지 못하고 있는 점, 청구법인이 고액의 쟁점미수금을 자금경색의 위험까지 부담하며 10년 이상 회수하고 있지 않는 것은 쟁점법인이 특수관계인이 아니면 가능할 수 없는 경제적인 합리성을 결여한 것이고, 법인이 특수관계인로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연한 것은 실질적으로 매매대금이 계약상의 의무이행 기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 동일한 효과가 있는 점(대법원 2010.1.14. 선고 2007두5646 판결 참조), 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점미수금을 회수하기 위한 아무런 조치를 취하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점법인에 대한 쟁점미수금을 장기간 회수하지 아니한 행위가 정당한 것으로는 보이지 아니하므로 부당행위계산 부인 규정을 적용하고 쟁점미수금의 지연회수에 따른 인정이자를 계산하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부서에서 의료기기 연구개발활동의 보조업무를 수행하는 등 쟁점부서 직원들의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세 또는 비과세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비는 자체연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비를 의미함에도 쟁점부서는 의료기기 연구업무가 아닌 국내·외 인허가 업무 및 사후관리 업무 등을 수행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점부서 직원들의 인건비가 조특법 제10조에 의한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 보아 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.