쟁점토지에 대한 환산취득가액을 부인하고 계약서상 가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 홍성세무서장이 2024.3.8. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 충청남도 홍성군 OOO 외 9 필지의 토지 및 건물(이하 “양도부동산”이라 한다)을 2023.4.7. OOO원에 양도하고, 쟁점부동산 중 2005.11.15. 취득한 충청남도 홍성군 OOO 전 752㎡ 및 OOO 전 956㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 실제취득가액을 확인할 수 없다고 하여 환산취득가액(OOO원)으로 2023.6.30. 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 국세청으로부터 양도소득세 신고검증에 대한 과세자료를 통보받고, 충청남도 홍성군청에 양도부동산의 실거래가(검인)신고서 등을 확인 요청한 바, 쟁점토지가 검인계약서 상 OOO원에 매매된 것을 확인하고, 환산취득가액을 부인하여, 2024.3.8. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 1997.5.20.부터 2022.11.23. 폐업하기 전까지 ‘OOO’를 운영해 온 개인사업자로서, 2000.7.10. 충청남도 홍성군 OOO 소재 토지 및 건물(토지 지상의 건물을 이하 “교환건물”이라 한다)을 매수하여 2002.7.8. 주소지를 이전하여 거주하던 중, OOO이 아파트 건설을 하는데 교환건물과 맞닿는 게 문제가 되자 OOO은 교환건물과 쟁점토지의 교환을 제시하였고, 교환에 따른 소유권이전등기는 OOO에서 진행하기로 하여 2005년 초 교환건물을 철거하였으며, 2005.5.23. 건축물대장을 말소하고, 청구인은 충청남도 홍성군 OOO으로 이주하여 거주하였으며, 2005.11.15. 쟁점토지의 등기를 완료하였다. 청구인은 교환에 따른 소유권이전등기에 관한 업무를 OOO에 위임하였기 때문에 매매계약서 보관 등을 인지하지 못하여 분실한 것으로 보이고, 등기등본상 등기원인이 교환이 아닌 매매로 되어 있다는 것도 이번 양도소득세 신고를 통해 알게 되었다. 개별공시지가가 실제 시세보다 작다는 점을 감안하면, 쟁점토지의 2005년 개별공시지가(합계 OOO원)와 검인계약서상의 금액(OOO원)이 차이가 많이 나기 때문에 OOO과 청구인이 특수관계인이 아닌 이상 검인계약서 상의 금액을 실지양도가액으로 보기 어렵고, 청구인은 OOO에 쟁점토지에 대한 매매금액을 이체하거나 현금으로 지급한 내역도 전혀 없다. 국세기본법 제14조는 실질과세원칙에 따라 법적 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 세법을 해석하고 요건사실을 인정해야 한다고 규정하고 있고, 대법원은 실질과세의 원칙상 단순히 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결제방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다고 판시하고 있다(대법원 2012.12.26. 선고 OOO 판결, 참조). 따라서 처분청이 쟁점토지의 개별공시지가 금액보다 훨씬 낮은 가격인 검인계약서 상의 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 검인계약서는 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받는바, 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 하나(대법원 1993.4.9. 선고 OOO판결 참조), 청구인은 교환거래에 대한 계약서 등 객관적인 증빙자료를 제출한 바 없고, 이사 등의 사유로 관련 자료 등을 분실하였다고 하며, 실제 취득가액을 산정할 대금 이체내역 등도 확인되지 않고 있다. 쟁점토지는 등기부등본 상 등기원인이 교환이 아닌 매매로 기재되어 있고, 청구인 및 그 배우자와 OOO은 2005년 당시 아래 ＜표1＞과 같이 여러 토지를 거래한 내역이 있어 쟁점토지의 교환거래를 특정할 수 없다. ＜표1＞ 청구인과 세광종합건설 간의 토지 거래 내역 양도인 양수인 소재지(충청남도 홍성군) 양도일 등기 원인 비고 청구인 OOO 홍성읍 OOO 2005.2.28. 매매 배우자(A) 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 매매 홍성읍 OOO 건물 (교환건물, 교환 거래 주장 물건) 2005.5.23. 미등기 철거되어 말소정리 OOO 청구인 홍성읍 OOO 2005.11.15. 매매 홍성읍 OOO 매매 청구인의 주장대로 교환건물과 쟁점토지가 교환거래라면 양도 및양수일이 동일해야 하나, 교환건물의 양도일은 미등기로 공부에 의해 확인되지 않고, 건축물대장 상 2005.5.23. 철거되어 말소되었으며, 쟁점토지의 양수일은 2005.11.15.로 확인되므로 쟁점토지의 취득이 교환 또는 매매대가가 아닌 주택 멸실의 대가라면 그 대가인 취득자산(쟁점토지)의 가액으로 취득가액이 결정되어야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지에 대한 환산취득가액을 부인하고 검인계약서상 가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 청구인은 2023.4.7. ㈜A에 양도부동산을 OOO원에 양도하고, 쟁점토지의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 하여 환산취득가액으로 계산하여 2023.6.30. 양도소득세 예정신고를 하였다. (나) 국세청(자산과세국)은 검인계약서 신고내용을 확인한 후, 처분청에 쟁점토지의 양도소득세 신고검증에 대한 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2023.12.29. 충청남도 OOO에 부동산 실거래가(검인)신고서 등을 확인요청하였으며, 회신된 ‘검인건 상세조회’ 내역에는 신청인 청구인, 매수인은 OOO로 하여 2005.11.10. 쟁점토지가 거래가액 OOO원으로 매매되었다는 내용이 기재되어 있다. (다) 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 검인계약서 상의 OOO원으로 하여 이 건 양도소득세를 경정한 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 양도소득세 경정 내역 ㅇㅇㅇ (라) 쟁점토지인 충청남도 홍성군 OOO(752㎡) 및 OOO(956㎡)의 2005년 기준 개별공시지가는 1㎡당 각 OOO원 및 OOO원으로 확인된다. (마) 교환건물의 일반건축물대장을 살펴보면, 교환건물은 충청남도 홍성군 OOO에 대지면적 797.71㎡, 건축면적 181.41㎡, 연면적 237.87㎡의 지상 2층 건축물(착공 OOO)로서, OOO 철거되어 말소된 것으로 나타난다.

(2) 부동산등기법에 따라 부동산 거래시 실거래가액을 등기부에 기재하는 제도는 2006.6.1.부터 시행되었고, 토지, 건물에 대한 양도소득에 대해 원칙적으로 실거래가에 의해 과세하는 제도는 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 검인계약서가 신빙성이 높고, 교환거래에 대한 객관적인 증빙자료도 없으므로 검인계약서상 매매가액인 OOO원을 쟁점토지의 실제 취득가액으로 보아야 한다는 의견이나, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시인 2005년에는 양도소득세 신고시 기준시가를 적용하여 양도소득을 산정할 수 있었고, 실지 거래가액을 기재하도록 한 부동산등기법이 개정된 2006.6.1. 이전에는 관행상 지방세인 취‧등록세 등을 적게 납부할 목적으로 실제 매매계약서 외에 별도의 검인계약서를 작성‧제출하여 검인계약서상 매매가액은 실제 매매가액보다 낮게 작성한 것으로 보이며, 이 건에서 시가보다 일반적으로 낮게 책정되는 개별공시지가를 적용하면 취득 당시의 쟁점토지의 가액은 OOO원으로 검인계약서 상의 금액보다 약 4배 정도 높은 것으로 나타나는 등 처분청이 제출한 자료만으로는 검인계약서상 매매가액을 실지 거래가액에 부합한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인의 쟁점토지 취득과 관련한 실지거래가액은 확인되지 아니한 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 검인계약서상 매매가액으로 하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.