수사기관의 수사결과, 쟁점매입처와 청구법인 간 거래는 실제 거래이나, 공급가액이 실제보다 과다 기재한 세금계산서를 발급한 것으로 보아 기소하였고, 법원은 형사재판에서 기소내용을 받아들여 함명우에 대해 실제 거래가 있다는 전제하에 공급가액이 과다하게 기재된 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 징역형을 선고한 점, 쟁점매입처 등에 대한 수사 및 형사재판 과정에서 제출된 자료와 기타 청구법인이 추가로 제출하는 자료 등을 확인하여 이 건 과세 처분 당시 없었던 객관적 입증 자료 등이 있는지를 재조사할 필요가 있음
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 매출은 석면 해체 공사 매출로, 청구법인은 자료상이 아닌 정상적인 법인이다. (가) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 과정에서, 2019.4.5.부터 2021.1.13.까지 청구법인이 쟁점매입처로부터 용역을 조달하여 매출한 OOO고등학교 석면해체 공사(계약일 2019.4.5., 공사금액 OOO원), OOO초등학교 석면해체 공사(계약일 2019.4.5. 공사금액 OOO원) 등 석면해체 공사 매출 29건, 총 공사금액 OOO원의 거래들은 실질거래로 인정되었다. (나) 청구법인의 원천세 신고 내역에 의하면 2019년 3월부터 2021년 2월까지의 청구법인의 근무인원은 평균 약 13명 정도에 불과한바, 청구법인의 인력만으로는 위 공사진행을 감당할 수 없다. 따라서, 청구법인은 외부업체에게 공사도급을 통한 업무를 수행할 수밖에 없어 쟁점매입처와 공사도급계약을 체결하고 해당 업무를 진행한 것이다. (다) 쟁점매입처에 대한 도급금액은 ① 쟁점매입처가 투입한 인건비, ② 기타 부대비용(거래처 등에게 지급된 금액), ③ 쟁점매입처의 이윤을 고려하여 결정하였다.
(2) 청구법인, c과 쟁점매입처의 실제 대표 b와의 관계는 다음과 같다. (가) 쟁점매입처의 실제 대표 b는 2017.6.23.부터 2019년 2월경까지는 ㈜d를 실질적으로 운영하였고, 2019.4.4.부터 2021.4.7.까지는 쟁점매입처를 실질적으로 운영하였다. b는 사업 초기에는 제조업체에 대한 인력을 공급하고 관리하는 사업을 영위하였다. (나) 석면 해체 제거작업의 경우 직접적으로 석면 해체 제거에 관한 기술을 갖고 있는 ‘석면공’ 외에도 청소나 기타 잡일을 하는 ‘일용직 근로자’도 필요하다. 청구법인의 대표자 c은 2017년 하반기경 지인으로부터 b를 소개받아 일용직 근로자를 공급받으며 관계를 이어갔고, 이후 2018년경 b가 c에게 석면공사에 대해 배우고 싶다고 하여 c은 석면 해체 제거 공사의 운영과 관련 방법에 대해 알려주었다. c은 b를 통하여 공사 진행이 원활하게 이루어지자 2021년 초까지 계속적으로 쟁점매입처에게 공사차장·관리감독을 포함한 석면해체제거공사 도급을 주었다. (다) 청구법인은 2021년 7월경 쟁점매입처가 세무조사를 받게 된 이후에 쟁점매입처와 다른 업체들 사이의 일부 거래가 문제되고 있음을 알게 되었으며, 현재까지도 쟁점매입처와 쟁점매입처의 매입처 간 거래에 대해서는 정확히 알지 못한다. 다만 당시 쟁점매입처의 대표자 b는 2018년 첫째 아들이 태어난 이후 가정을 책임지기 위해 밤낮으로 일하고 있었는데, 호프집을 운영하면서 현장에 대한 인력관리를 차질 없이 진행하기 위해 ㈜e 등 6개 업체와 하도급 관계를 맺을 필요가 있었던 것으로 알고 있다. (라) 쟁점매입처와 그 하위업체 사이에 자료상 거래가 있었다고 하더라도, 그와 같은 거래와 청구법인과는 거래는 별도로 판단되어야 한다. 가공거래의 입증책임은 처분청에게 있음에도 불구하고, 처분청은 실제 공사사실이 존재하는 매출거래 뿐만 아니라 매입거래 또한 가공세금계산서로 확정하여 수사기관에 고발을 진행한 바, 처분청의 주장대로라면 누가 해당 공사를 완료한 것인지 알 수 없다.
(3) 청구법인과 쟁점매입처 사이 체결된 계약의 구체적 내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점매입처와 ‘인력공급 계약’을 체결했다고 잘못된 전제를 한 후, 새로운 인력을 공급한 것이 없다는 이유로 계약 자체를 허위라고 판단하였다. 그러나 사실은 청구법인과 쟁점매입처 사이에 체결된 계약의 내용은 ‘석면해체제거 공사현장 및 근로자에 대한 관리·감독’에 관한 도급계약으로, 위 도급계약에 따라 쟁점매입처는 청구법인에게 청구법인 발주 또는 원청으로부터 도급받은 공사를 도급계약 형태로 재하청 받아 쟁점매입처의 책임하에 실제 용역을 제공하였다. (나) 쟁점매입처의 b는 석면해체 제거작업 관리·감독자 정기교육과정을 이수하여 관리·감독자의 자격을 갖춘 자이다. 위와 같은 자격을 토대로 b는 OOO고등학교 공사에서 ‘해체업자 담당자’ 및 ‘현장책임자’로서 고용노동부에 정식으로 신고되어 관리·감독자 역할을 수행하였다. b는 석면해체제거 공사현장의 감독자로서, 직접 현장에 나가 작업근로자에 대하여 관리 감독을 하거나 공사의 진행 정도를 확인하고 단계별로 현장사진을 찍었다. b가 직접 촬영한 것이기 때문에 사진 상에서 얼굴이 확인되는 것은 아니나, 석면기술자로서 b와 같이 현장에서 일하였던 f, g, h, i은 “b씨는 관리자로서 작업자 관리 및 현장관리 업무를 하였습니다. 작업자가 작업을 하고 있으면 사진촬영 및 공사 총괄 감독을 하였습니다”라고 진술하기도 하였다. 또한 b는 원청사를 대신하여 발주처 등과 계약 관리를 진행한 사실도 있다. 청구법인은 OOO로부터 OOO초등학교 현장의 석면해체 제거작업을 도급받아 이를 쟁점매입처에 재도급하였는데, b는 원청사 OOO를 대신하여 직접 학교 담당자·교육청 주무관·각 업체 담당자들과 공정회의·현장 작업관리·직원 근태관리·각종 서류 업무까지 모두 맡아서 공사 진행을 하였다. 이에 OOO 관리자인 j는 “(b는) 저희 원청사를 대신해 창조전부터 공정회의 및 공사진행 단계를 준비하고, 공사중 현장관리감독 업무를 진행하였습니다”라고 진술하였다. (다) 석면해체 제거작업의 경우 주로 단위 면적 당 공사의 난이도에 따른 단가를 곱하여 공사대금이 정해지는데, 청구법인과 쟁점매입처는 위와 같은 기준으로 용역비를 산정하였다. 석면해체 제거작업 공사대금은 주로 인건비로 지급되는데, 쟁점매입처의 법인통장 거래내역을 살펴보면 쟁점매입처가 직접 혹은 쟁점매입처의 매입처 등을 통하여 작업근로자들에게 인건비를 지급한 것을 확인할 수 있다.
(4) 청구법인과 쟁점매입처 사이 체결된 계약의 이행과정은 다음과 같다. (가) 청구법인의 공사 발주: 청구법인은 석면해체 제거공사를 직접 발주받을 때도 있고, 별도의 원청사(주식회사 k 등)로부터 도급받을 때도 있다. (나) 청구법인과 쟁점매입처 간 도급계약 체결: 청구법인은 위와 같은 공사현장 및 작업근로자에 대한 관리자감독에 관하여 쟁점매입처에게 도급을 준다. (다) (공사 진행) 쟁점매입처는 자신의 책임 하에 작업근로자의 근태관리 및 적정인원의 유지 업무, 현장 진행상황 확인 및 사진 촬영 업무 등을 하며 공사가 원활히 진행되도록 한다. (라) (쟁점매입처의 용역비 청구) 공사가 완료되면 쟁점매입처는 용역비(주로 작업근로자에 대한 인건비에 대한 것)를 청구하고, 청구법인은 노무대장 상 인건비의 금액 등이 일치하는지 확인한다. (마) (쟁점매입처의 세금계산서 발급) 쟁점매입처는 ‘월말’ 혹은 ‘청구법인이 원청사로부터 대금을 지급받아 쟁점매입처에게 용역비를 지급할 수 있는 날’ 세금계산서를 발급한다. (바) (청구법인의 용역대금 지급) 청구법인은 세금계산서를 발급한 익월 10일경 혹은 발주처로부터 공사대금을 받은 직후 쟁점매입처에게 용역비를 지급한다.
(5) 청구법인과 쟁점매입처와의 거래양상은 일반 자료상의 거래와 다르다. 실질거래 없이 세금계산서만 발급하는 이른바 자료상 거래는, 통상적으로 자료상 측이 약 3.5%의 수수료만 받고, 나머지 96∼97%의 돈은 전부 매출처에게 다시 돌려준다. 그러나 쟁점매입처에 대한 조사과정에서 조사청은 청구법인의 대표자 c이 본인 및 가족 계좌를 통하여 쟁점매입처의 b로부터 돌려받은 돈은 약 OOO원으로 보았던바, 이는 부가가치세를 포함한 전체 거래 금액 약 OOO원 중 약 14% 상당에 해당한다. 만약 쟁점매입처와 청구법인 사이의 거래가 이른바 자료상 거래로서 허위의 거래였다면, 위 사실은 c이 b에게 전체 거래가액의 약 85%를 자료상 거래에 대한 수수료 명목으로 지급하였다는 의미가 되는 것인데, 이는 상식적으로도 도저히 납득하기 어려운 설명이다. 특히 청구법인은 2019년경부터 2021년 초기까지 경영상 어려움이 전혀 없었으므로 자료상 거래를 이용할 동기도 존재하지 않았다. 위 OOO원 상당의 금전은 c이 쟁점매입처가 매출을 올릴 수 있도록 거래를 이어준 것에 대하여 감사의 차원에서 사례비 명목으로 돌려받은 것이다. 이처럼 청구법인의 c이 역으로 b로부터 약 OOO원 상당의 금액을 돌려받았다면, 이는 자료상 거래와는 전혀 다른 구조로서 오히려 청구법인과 쟁점매입처 사이에 실질적인 거래가 있었음을 반증하는 것이다.
(6) 쟁점매입처는 당초 심판청구에서 매출거래에 대하여 적극적으로 주장할 필요가 없어 주장하지 않고 기각 결정되었으나, 이후 수사과정에서 적극적으로 주장하여 거래사실은 인정되나, 그 가액만 일부 사실과 다른 것으로 인정 받았다. (가) 쟁점매입처는 가공세금계산서 발급 및 수취에 따른 가산세 부과처분에 불복하여 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023.4.19. 기각결정을 하였다. 그러나 쟁점매입처는 조세심판청구 당시 발급한 세금계산서가 가공이 아님을 적극적으로 다투지 않았다. 처분 당시 쟁점매입처의 매출·매입이 모두 OOO원으로 경정되었는데 이 같은 경우 청구법인과 같은 상위업체가 부가가치세를 납부하므로 쟁점매입처에게 유리한 측면이 있었기 때문이다. 쟁점매입처의 매입만 허위라고 인정될 경우, 쟁점매입처는 진정한 매출에 대한 부가가치세 및 그에 대한 가산세를 온전히 자신이 부담하여야 하므로 매우 불리한 입장에 처하게 된다. (나) 쟁점매입처는 가공세금계산서를 발급 및 수취 혐의에 관하여 고발되어 수사기관의 수사를 받았고, 2024.12.27.경 특정범죄가중처벌등에관한법률상 허위세금계산서 교부등의 죄는 혐의없음으로 불기소, 조세범 처벌법위반에 대해서는 쟁점매입처는 기소유예, 쟁점매입처 실제 대표 b는 불구속 기소되었으나, 수사기관은 쟁점매입처가 청구법인에게 발급한 세금계산서를 가공 세금계산서가 아닌, 실제거래 사실은 인정되나 공급가액이 일부 다른 것으로 보아 기소하였다. (다) 위 수사결과에 따라 쟁점매입처는 당초 세무조사 결과에 따라 매출 및 매입이 OOO원으로 경정되었던 것을, 수사과정에서 실제 거래로 인정된 매출 및 매입에 대하여 2019년 제1기부터 2020년 제2기 부가가치세 총 OOO원을 수정신고하였다.
(1) 청구법인과 쟁점매입처 간 거래의 실질내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 본 심판청구에 이르러서 청구법인과 쟁점매입처 간의 도급계약이 ‘인력공급’을 원인으로 체결된 것이 아니라, ‘석면해체제거 공사현장 및 근로자에 대한 관리·감독’을 원인으로 체결된 것이라 주장하고 있으므로 거래 실질내용과 주장하는 이유에 대하여 살펴볼 필요가 있다. 쟁점매입처의 대표자 b에 대한 조사청의 세무조사 당시 심문과정 및 청구법인의 대표자 c에 대한 처분청 세무조사 당시 심문과정에서 b와 c은 모두 ‘인력공급’을 원인으로 도급계약을 체결하였다고 진술한 바 있고, 청구법인은 인력 근태관리 및 용역비 산정근거와 공사현장별 투입 인력에 대한 처분청의 추가소명 요청에 대해 쟁점매입처로부터 공급받은 인력에 대한 노무대장과 공사현장별 소명서류를 제출하였다. 그러나 본 심판청구에 이르러 청구법인은 쟁점매입처와의 도급계약이 ‘석면해체제거 공사현장 및 근로자에 대한 관리·감독’의 내용으로 작성된 것이라 주장하며, 쟁점매입처 대표자 b는 석면해체 제거 관리감독자 정기교육 과정을 이수하여 관리 감독 자격을 갖춘 자이므로 청구법인과 쟁점매입처 간 거래가 실제 용역의 공급이 있는 정상거래라는 논리를 펴고 있으나, 이는 당초 청구법인이 “인력공급”이라고 진술한 사실과 상이하여 부적절한 것으로 판단된다. (나) 청구법인과 쟁점매입처 간 거래가 인력공급이라는 전제하에 청구법인의 석면해체 공사(직접 발주 또는 원청사로부터 도급받음)에 투입된 쟁점매입처의 공급인력을 살펴보면, 청구법인에서 근무를 하고 있는 자가 쟁점매입처의 노무대장에서도 중복 관리되는 것이 확인될 뿐만 아니라 그 금액 또한 청구법인이 주장하는 세금계산서 발급금액(도급금액)의 구성요소(① 투입된 인건비, ② 기타 부대비용(거래처 등에게 지급된 금액), ③ 쟁점매입처 이윤) 대비 투입된 인건비가 대부분 과도하게 측정되거나 인건비 지급내역이 아예 없는 등 그 비율이 일관적이지 않아 청구법인이 자의적으로 발급한 것임을 확인할 수 있고, 공사대금의 대부분을 인건비로 지급하였다는 주장은 사실과 다름을 알 수 있다. <표1> 2019년 월별 노무대장 – 세금계산서 차이 정리표 <표2> 2020년 월별 노무대장 – 세금계산서 차이 정리표 <표3> 2021년 월별 노무대장 – 세금계산서 차이 정리표 또한, 청구법인과 쟁점매입처 간 활발하게 거래가 있었던 2019년 ∼ 2020년 중 쟁점매입처에서 청구법인으로 공급된 개별인력들이 동일연도에 청구법인 상시근로자로 중복 신고된 내역이 확인되어 인력의 모집과 관리 주체가 불분명하고 실제 근로를 제공한 회사가 어디인지 불분명하다. <표4> 상시근로자 중복 신고 내역 (다) 청구법인과 쟁점매입처와의 현장별 ‘공사계약서’와 세금계산서를 대사한바, 청구법인은 도급계약 이행과정 중 공사가 완료된 시점에 쟁점매입처가 청구법인에게 도급금액을 청구하고 세금계산서를 발급한다고 주장하였으나, 공사가 진행되기 전 공사계약일 이후 발급되는 세금계산서상 청구금액과 정확히 일치하는 도급금액을 기재하여 세금계산서 발급 공사계약서를 사후 작성한 것으로 판단된다. <표5> 세금계산서 발급일자 및 공사계약서 상 계약일자 대사
(2) 쟁점매입처 대표자 b와의 관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점매입처의 실질 대표자인 b와 2017년 ㈜l를 통해 인력공급을 공급받는 것을 시작으로 2019년부터는 쟁점매입처로부터 석면해체제거 공사에 투입되는 인력을 공급받는 등 청구법인은 b로부터 법인만 바뀌었을 뿐 동일하게 인력을 공급받아 왔던 것으로 확인된다. 두 법인 모두 형식상 대표는 실제 운영한 b 본인이 아닌 가족들로 등록한 것이 확인되는데, ㈜l는 b의 배우자인 m을 대표로 등록하였고 쟁점매입처는 b의 친형 n를 대표자로 등록한 것으로 확인된다. b는 2017년도 ㈜l에 앞서 본인을 대표 및 주주로 하는 인력공급업체 ㈜o을 설립하여 단기간 고액매출을 발생시키고 부가가치세 체납 후 폐업하였고, 이후 가족들의 명의를 빌려 비슷한 형태의 법인을 두 차례나 더 운영한 것으로 보인다. (나) 청구법인 조사 당시에도 b는 청구법인 대표자 c이 운영하는 다른 법인 p(주)에서 근무하고 있는 것으로 확인되었으며 청구법인을 대신하여 쟁점매입처에서 청구법인에게 투입된 인력에 대한 노무대장을 작성하고 쟁점매입처 뿐만 아니라 쟁점매입처의 매입처 6곳에 대한 금융거래내역을 제출하기도 하였다. 해당 사실은 b와 쟁점매입처의 매입처 간 금융거래내역을 주고 받을 정도로 각별한 사이이거나 b가 쟁점매입처뿐만 아니라 쟁점매입처의 매입처까지 운영하였다는 것을 의미하는바, b로부터 지속적으로 인력공급을 받은 청구법인이 쟁점매입처 및 쟁점매입처의 매입처를 각각 별개의 거래로 보아야 하며 재하도급 거래내용에 대하여 전혀 알지 못하였다는 청구법인의 진술은 신빙성이 결여되있다. (다) 청구법인은 2016년∼2017년 쟁점매입처의 사내이사로 등재된 q의 배우자 r이 대표로 있던 인력공급업체 주식회사 s(OOO원 체납)를 시작으로 2017년∼2019년은 ㈜l, 2019∼2021년은 쟁점매입처로부터 거짓세금계산서를 수취하며 b와 연관된 거래처들이 결코 정상거래처가 아님을 알 수 있다.
(3) 쟁점매입처가 청구법인에게 다시 지급한 금전이 정상거래임을 반증한다는 주장은 타당하지 않다. (가) 청구법인은 통상적인 자료상 거래의 경우 거래대금의 3.5%의 수수료만 자료상이 수취하고 나머지 거래대금은 매출처로 다시 돌아가는 것인데, 청구법인과 쟁점매입처 간 거래대금 OOO원 중 OOO원만 청구법인에게 돌아갔으므로 이는 나머지 85%는 쟁점매입처에게 수수료로 지급하였다는 의미가 되는바, 처분청의 주장은 납득하기 힘들고 청구법인과 쟁점매입처 간 거래가 정상거래이므로 매출 증가에 대한 사례비로 쟁점매입처가 청구법인에게 돌려준 금원으로 봄이 타당하며 이는 정상거래임을 반증하는 것이라 주장한다. (나) 통상적인 자료상 거래의 거래형태를 적용하기에 앞서 청구법인과 쟁점매입처 간 거래대금 즉, 공사대금의 적정여부를 먼저 검토하여야 할 것인데 청구법인은 공사대금은 ① 투입된 인건비, ② 기타 부대비용(거래처 등에게 지급된 금액), ③ 쟁점매입처 이윤으로 이루어져 있다고 하였다. 그러나 기타 부대비용(거래처 등에게 지급된 금액)에서 말하는 거래처는 누구의 거래처를 의미하는 것인지 동 금액에 대한 부담을 청구법인이 하는 것이 적정한지에 대하여 처분청의 심문조서 당시 청구법인은 명확히 소명한 바가 없으며, 부대비용에 대한 구체적 산정근거를 제시하지 못하고 있어, 진실한 세금계산서인지 합리적 의심이 들 수밖에 없다. (다) 청구법인은 청구법인이 쟁점매입처에게 지급한 OOO원에 대한 쟁점매입처의 사용내역을 쟁점매입처 및 쟁점매입처의 매입처 총 7개 법인의 금융거래내역을 통해 소명한바 있는데 OOO원 중 OOO원은 인력 급여, OOO원은 거래처 지급, 대표자 및 대표자 가족에게 OOO원 지급되어 소명되지 않은 OOO원에 대하여는 그 귀속을 밝힌 바가 없다. (라) 종국적으로 청구법인은 쟁점매입처로부터 받은 공급가액 OOO원에 대하여 매입세액 공제를 받았고, 쟁점매입처 또한 하위 매입처와의 매입액에 대한 매입세액 공제를 통하여 부가가치세를 전혀 부담하지 않았으며, 하위 매입처는 고액의 부가가치세를 체납한 채 폐업함으로써 국고에 귀속된 부가가치세는 없는 것으로 확인된다. 비단 부가가치세만이 아니라 인력공급업체 자료상 특성상 투입된 인력에 대한 의료보험, 국민연금, 산재보험, 고용보험을 일명 폭탄업체에 전가함으로써 누구도 부담하지 않게 되는바 청구법인이 주장하는 거짓세금계산서 수취 동기의 유무에 대하여는 더 언급할 필요가 없는 것으로 판단된다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 조사청은 2021.7.27.∼2021.11.30.의 기간동안 쟁점매입처(㈜a)를 조사한 결과에 따라 쟁점매입처를 자료상으로 보고 2019년 제1기부터 2021년 제1기까지의 매출 및 매입을 OOO원으로 보고 세금계산서 관련 가산세를 부과하는 것으로 하여 부가가치세 과세표준을 경정한바, 세무조사 종결보고서의 주요내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점매입처에 대한 조사 내용 (나) 조사청은 쟁점매입처의 실사업자로 확인된 b에 대해 2021.7.28. 문답을 실시한바, 문답서 주요내용은 아래 <표7>와 같다. <표7> 조사청과 b와의 문답내용 (다) 쟁점매입처는 우리 원에 불복청구를 제기하여, 매출 및 매입 거래에 대해 전부 실제거래가 있었던 것이 아님은 인정하나, 일부는 실제 거래가 있었다고 주장하였으나, 우리 원은 아래 이유로 기각 결정(조심 2022중5527, 2023.4.19.)하였다. <표8> 조심 2022중5527, 2023.4.19. 결정 이유 (라) 청구법인은 석면해체 공사 관련하여 현장에서 일한 f, g, t, u 등이 작성한 사실확인서를 제출한바 ‘쟁점매입처의 실제 대표 b는 관리자로서 작업자 관리 및 현장관리 업무를 하였다’는 내용이고, OOO의 석면해체 공사 관련하여 OOO 관리자 v이 작성한 사실확인서를 제출한바 ‘b는 원청사를 대신해 공정회의, 공사진행 단계를 준비하고 공자 중 현장관리·감독 업무를 하였다’는 내용이다. (마) 처분청 제출자료에 의하면, 쟁점매입처과 쟁점매입처의 다른 매입처는 b와 아래 <표9>와 같은 관계가 있는 것으로 나타난다. <표9>쟁점매입처과 쟁점매입처의 매입처 간 관련성 (바) 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 정상거래임을 입증하기 위해 인력공급계약서 및 공사계약서, (쟁점매입처와 관련된) 청구법인의 노무대장, 쟁점매입처의 원천세 신고 내용 및 노무대장, 현장별 공사서류 (1. OOO초등학교 ~ 21. OOO여중 등 현장별 노동부 석면해체·제거작업 신고서 등), 쟁점매입처의 매입처 6개의 통장거래내역 등을 제출하였다. (사) 쟁점매입처 및 쟁점매입처의 실제 대표자 b에 대한 수사결과에 의하면, 수사기관(수원지방검찰청)은 2024.12.27. 쟁점매입처가 청구법인 및 기타 다른 사업자에게 공급가액을 과다기재한 세금계산서를 발급하였다고 보아 쟁점매입처의 실제 대표자 b를 조세범 처벌법위반죄로 기소한 것으로 나타난다. <표10> 쟁점매입처에 대한 수사 결과 <표11> 공소장 내용 발췌 <표12> 범죄일람표 (아) 수원지방법원 OOO 판결에 따르면 b의 공급가액을 사실과 다르게 작성한 세금계산서 발급 혐의가 인정되어 징역 1년 4개월 등의 형이 선고된 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 쟁점매입처 및 대표이사 b에 대한 수사과정에서 채택된 증거목록을 제출한바, 총 순번 604번까지의 증거목록이 기재되어 있음이 나타난다. (차) 청구법인의 대표이사 c에 대한 수사기관(충청남도경찰청)의 불송치 이유서에 따르면, 아래와 같은 내용이 나타난다. <표13> c에 대한 수사기관의 불송치 이유서 일부 발췌
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분이 정당하다고 주장하나, 수사기관의 쟁점매입처 및 쟁점매입처의 실제 대표 b에 대한 수사 결과, 쟁점매입처와 청구법인 간의 거래는 실제 거래이나, 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 사실과 다른 세금계산서라고 보아 조세범 처벌법위반 혐의로 기소한 점, 수원지방법원 OOO 판결에 따르면 형사재판에서 검사의 기소 내용을 받아들여 b에 대해 실제 거래가 있다는 전제하에 공급가액이 과다하게 기재된 사실과 다른 세금계산서 발급한 것으로 보아 징역형을 선고한 점, 쟁점매입처 및 b에 대한 수사 과정에서 제출된 자료를 살펴볼 필요가 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 쟁점매입처 및 b에 대한 수사과정에서 제출된 자료 등을 살펴 이 건 과세 처분 당시 없었던 객관적 입증자료 등이 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률
(1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ① 사업자 또는 국외사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
OO세무서장이 2024.2.1. 청구법인에게 한 부가가치세 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 주식회사 a 및 b에 대한 수사 및 형사재판 과정에서 제출된 자료와 기타 청구법인이 추가로 제출하는 자료 등을 확인하여 부가가치세 과세기간 2019년 제1기 내지 2021년 제1기 사이에 청구법인이 주식회사 a로부터 받은 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.